最果ての大陸・ユグドは、突然現れた黒の軍勢に襲撃されて未曾有の危機に陥っていた。大陸をまとめる聖王も倒れ、人々が絶望に沈む中、名もなき一人の戦士・ユーリが、義勇軍を立ち上げる。彼らはユグド各地で仲間を集めながら、もう一度ユグドを一つにまとめていった。そして長く困難な戦いの末に、黒の軍勢の本拠地にたどり着き、ついに軍勢を率いる黒の王に戦いを挑む。

あきらめずに戦うアラムの姿に過去の自分を見たユーリは、再び戦う意思を取り戻した。そして体制を立て直すため、義勇軍に協力するギルド連合の本部がある副都を目指す。一方、ずっと一人で戦ってきたアラムは、黒の軍勢によって拡大する大陸の黒化について初めて知らされて驚く。さらに、ユーリから義勇軍に勧誘されるが……。翌日、一行が目指す副都は、黒の軍勢の襲撃を受けて大混乱に陥っていた。

副都でギルド連合の議長・ギルバートと再会したユーリは、新たに討伐軍を立ち上げたことを報告し、支援の約束を取り付ける。一方、聖王女ユリアナは、聖騎士団を再編するためにユーリたちと別れて騎士団の本拠地である聖都に戻る決断をする。そして自分の代理として聖騎士のブルクハルトを討伐軍に同行させる。しかしユーリに不信感を持つブルクハルトは、残ることに不満を募らせていた。

ユリアナたちが聖都に戻ると、そこは暴動の真っただ中だった。荒んだ人々の様子に心を痛めるユリアナ。一方ユーリたちは、ピリカの行方を捜すために賢者の塔に向かっていた。しかし、そこには魔法兵団が待ち構えていた。賢者の塔に住まう三賢者の一人・力の賢者メルティオールが、協力してほしければ力を見せろと魔法兵団のヴェルナーたちをけしかけてくる。応戦するユーリたちだったが……。

運命の賢者・ファティマの言葉に従って深い雪に覆われた迷宮山脈に向かったユーリたち。しかしそこに現れた黒の軍勢の攻撃に苦戦をしいられ、戦いの最中、ユーリとアラムが遭難してしまう。フィーナたちは、二人の捜索に協力してもらうため、土妖精たちの里を目指す。そこでは、謎のアーティファクトが発掘されていた。一方、ユーリたちは雪洞を掘って天候の回復を待っていた。（C）SEGA／チェンクロ･フィルムパートナーズ

突然ユーリたちの前に現れたシュザが、黒の王を倒すためにチェインクロニクルを渡せとフィーナに迫る。ユーリは、シュザたちにもう一度一緒に戦って欲しいと訴えるが、しかし討伐軍のやり方では勝てないと拒否される。そしてユーリたちと九領軍の間で戦いが始まってしまう。激闘の最中、エイレヌスがブルクハルトをオルツァーダという二人の魔神を連れて現れる。

エイレヌスたちの襲撃で、壊滅的な打撃を受けてしまった討伐軍。チェインクロニクルはシュザに奪われ、カインの意識は戻らない。そしてユーリは黒の軍勢の軍門に下ってしまった。討伐軍はここで解散し、マリナたちカインを連れて副都に戻ることになった。一方、アラムとフィーナは、ユーリの意思をついで精霊島へ向かうことを決意する。その頃王都では、黒の王と黒騎士が対面していた。

精霊島についたアラムとフィーナを待ち構えていたのは、またしても黒の軍勢の攻撃だった。なんとか森妖精のビエンタとラファーガ親子に助けられながら世界樹の図書館を目指すが、そこに黒騎士が現れる。ショックを受けるアラム。しかしラファーガに促されて先へ進む。そしてこの大陸のクロニクルを持つユグドと共に、ピリカを探すためにクロニクルの中に入っていく。

砂漠の湖都を訪れたアラムは、湖都の王・アシュリナから新たな砂漠の守護竜の誕生のために伝説の歌姫・ムジカを探して欲しいと頼まれる。しかしその時、ユリアナ率いる聖騎士団とシュザの九領兵が近くで一触即発の状況で対峙しているという報告が入る。アラムは、ムジカ探索をフィーナに任せてユリアナたちのところへと向かうのだった。

守護竜を伴って賢者の塔に戻ったアラムたちを待っていたのは、力の賢者メルティオールが作った空間転移装置「箱舟」だった。それは、黒の瘴気で覆われた王都に直接突入するための最終兵器。全ての準備が整い、ついに王都奪還作戦が決行されることに。決戦前夜、月明かりの下で話をするアラムとフィーナ。しかしその前に黒の軍勢を率いたブルクハルトが現れる。

アラムたちの乗った箱舟は、王都への侵入に成功するが、直前のブルクハルトの攻撃のため王都上空で大破してしまう。ばらばらに落下するアラムたち。しかしその時、守護竜によって救われたムジカの歌声が響き、王都を覆う黒の瘴気が取り払われる。それに呼応するように、王都の外で待ち構えていたユリアナたちが一気に突入してくる。ここに、王都奪還の反抗作戦が始まった。

王城の奥深く、ついに対峙するアラムと黒騎士の最後の戦いが始まった。一方、王城の外では、ユリアナの危機に駆けつけたシュザがエイレヌスと激突。そして激しくなる黒の軍勢の攻撃の前に、討伐軍は疲弊していく。捕えたフィーナを伴い、不気味な笑みを浮かべてその様子を見ている黒の王。悪化する状況を前にして、フィーナは自らの命を賭し、黒の王を倒す決断をする。