シオンに導かれながらガイアタワーを目指すイツキとスバル。二人の前に立ちふさがったのは、デジフレが変化した存在・シェイド。コスモスファングとマスカレードゴーストの力を借りながら、目の前に現れたシェイドを打ち倒していく。素性を隠しながら住民に状況を説明しようとすると、助けを求める声が。だが、駆けつけようにも間に合わない！ 絶体絶命の危機を救ったのは……。一方、ヒイロやマルグリットの要請で、歴戦のシャドバプレイヤーたちがシェイドとの戦いに協力。伝説のカードが待つ、シャドバカレッジに集まろうとしていた。
ガイアタワーでイツキとスバルを待ち受けていたのは、データ生命体を自称する存在、エルデだった。ガイアタワーを無力化する方法は二つ。一つは、エルデ自身がタワーに崩壊を促すこと。そしてもう一つは……エルデとのバトルに勝利すること。世界を救うべく、強い覚悟と共にバトルを挑む二人だったが、エルデとのバトルは変則的で、苦戦を強いられてしまう。そして何より、エルデには強力無比な切り札の存在が示されていた。エルデは語る。「この従者など、絶傑に至るまでの道のりに過ぎないのだから」と……。
バトルはエルデの後攻5ターン目を迎えていた。エルデの放つ波動は、フォロワーを破壊するだけではなく、強烈な衝撃となってスバルとイツキを襲う。イツキが一気に体力を削られ、駆け寄るスバルにも激痛が走る。何かがおかしい。この違和感の正体は、エルデの用意したルールにあった。公平なバトルのためにエルデの体力と手数が優遇されているだけではなく、敗北すれば消滅するエルデと同様に、スバルとイツキが体力を削られるとその命も削られていくのだという。敗北の先に待っているのは、死。それでも二人は恐怖を乗り越えようとし、正面からぶつかろうとするのだが……。データ生命体であるエルデには、人間の常識が通じない!?
舞台に立つのはイツキとスバルだけではなく、スレイドとバケルスも一緒――。相棒とともに二人が再び立ち上がると、シャドバのフィールドも復活。そして、決着をつけるというイツキの言葉に呼応するかのように、ブロッサムウルフ・スレイドが輝きを増していく。華の嵐が巻き起こると、そこに真の姿となったスレイドが現れるのだった。エルデはそのイレギュラーを安っぽい奇跡だとあざ笑うが、イツキはそれを否定。畳みかけるかのような猛攻は絶傑をも追い詰め、エルデを苛立たせていく。データ生命体にも予測不可能なものがある――。完璧ではないことを突きつけられたエルデは、それでも二人の未来を奪おうと強烈な反撃を仕掛けてくる。
スカイタワーへ向かうツバサとレンの前に立ちはだかったのは、「セブンシャドウズ」のアンドレアとヒナだった。なぜこの二人と戦わなければいけないのか。相対する二人に疑問をぶつけるレンとツバサ。だが、アンドレアは「人類を救うために――私は、人類を滅ぼす」と告げ、二人の言葉に耳を傾けようとしない。ターンを重ねても、言葉を交わしても、アンドレアとヒナには想いが届かない。それでも自分らしく進もうとするレンは、世界を守り、その世界の中に二人もいると真っ直ぐに立ち向かおうとする。レンとツバサの眩しさに照らされながら、自身の抱えた絶望の理由を明かすアンドレア。レンとツバサは絶望の闇を晴らすことができるのか!?
絶体絶命のピンチに陥りながらも、なんとか立ち上がったレンとツバサ。胸に灯る想いをぶつけるべく、迎えたのはレンの後攻8ターン目。ドローしたのは、レンが待ち望んでいたカードだった！ ヒーローの登場に興奮するレン。無限の希望を力にアミロスが真の姿を解放し、ヒナたちの体力を一気に奪っていく。かろうじて耐えるも、“奇跡”と“希望”を前に膝をついてしまうアンドレア。ヒーローの都合のよさに怒りをぶつけるヒナ。そんな二人に、レンとツバサは心を込めて手を差し伸べようとする。果たして、希望と絶望のバトルの行方は……。一方、レンとツバサの状況を把握したシオンは、ここにきて作戦の変更を余儀なくされる。
アンドレアとヒナ、二人とはもっと違った未来を歩めたのではないか――。仲良くなれる可能性を夢想しながらも、つらい現実を受け止めるレン。ツバサはそんなレンに寄り添い、悲しみを共有しようとする。シオンからの連絡でスカイタワーの状況を知った二人は、「今できること」のためにシェイド討伐の遊撃隊として動くことに。同じ頃、スカイタワーの戦いは4ターン目を迎えていた。一進一退の攻防を続けながらも、余裕を見せる両者。だが、リョウガとミカドに煽られたヒメルが少しずつ苛立ちを募らせていく。データ生命体が人間のすべてを知っているというのも嘘なのではないか。そう問われたヒメルが二人に隠された真実を明かす。
ヒメルに追い詰められたリョウガとミカド。迫り来る死を背中に感じながらも、シャドバで大きな経験を得てきた二人は、“成長”を武器にしてデータ生命体に立ち向かおうとする。ミカドの先攻9ターン目。同じく成長を果たしたガルエルがミカドを後押しするのだが……。ヒメルは「人類が滅びる道は絶対」であると断言する。ヒメルの言うデータ生命体の「切り札」とは何か？ 一方、ジェネシスカンパニーでは、シオンがシェイドの影響を調査していた。数自体は減ってきているのに侵食の規模は拡大し続けているのだ。事実、猫目町では強化されたシェイドが暴れ回るようになっていた。猫目町に集まったシャドバプレイヤーたちも苦戦を強いられていて……。
世界の危機すら顧みず、自らのエゴを貫こうとする男ヴォーデン・クラフト。ジェントルマンと孤高の求道者のバトルは、先攻5ターン目を迎えていた。ヴォーデンは切り札のテンペストソーサラーを解放し、ウィッチクラスらしい戦い方でジェントルマンのフォロワーを一蹴。神の領域にすら至らんとする欲求は留まることを知らず、それどころか欲求こそが最大の力となっていた。ジェントルマンはヴォーデンの自己中心的な言い分に怒りを募らせるが、それは「自分のために生きられない自信のなさ」であると喝破されてしまう。かつては自らも孤高を標榜したジェントルマン。果たして、ヴォーデンが見せるシャドバの極みに打ち勝つことはできるのか。
ワールドタワーへ向かうライトとドラグニル。ガイアタワー付近で強化シェイドと戦うイツキとスバル。それぞれが恐怖を抱えながらも、仲間を信じて前へ進もうとしていた。そんな中、セブンスフレイムのメンバーにシオンとヴォーデンがバトル中であるとの通信が入る。位置情報がライトたちに転送されるのだが……。一方、ジェントルマンとヴォーデンのバトルは後攻9ターン目に突入。誰かのために戦うのでは勝てないと吐き捨てるヴォーデンに対し、ジェントルマンは切り札のミスティックキングを解放。仲間とともに成長した自分――乙坂シオンの想いを男の目に焼き付けようとする。シオンとヴォーデン、未来を勝ち取るのはどっちだ!?
ついにアークルーラーのもとへ辿り着いたライト。アークルーラーは、すべての「始まり」について語り出す。元凶となったのはジェネシスカンパニーの創業者にして元社長のレオン・オーランシュ。男が引き起こした世界の“混乱”とその顛末、そして産み落とされた「アーク」と「アークルーラー」の秘密が語られていく。アークルーラーは、レオンと同じ失敗は繰り返さないこと、まもなく人類は消滅することを宣言。そして人類が滅びた“その後”の計画を明かし、もはや人類に勝ち目はないと諭すのだった。だが、ライトは諦めていなかった。シャドバで勝利すれば、世界を救える――。まっすぐな眼差しを向けながら、アークルーラーとのバトルに挑む！
他のプレイヤーたちにもネグザシステムがインストールされ、シェイドとの交戦状況が好転していく。追い詰められていたシャドバカレッジも、シャドバ部の部長たちが中心となって一転攻勢へ。生徒がシェイドを倒しきれば、激化する猫目町の戦闘に加勢できるかもしれない……。しかし、大きな問題もあった。ヒイロとルシアのペア、そしてマウラが各エリアで孤立状態となっていたのだ。ネグザシステムも限界を迎え、強化シェイドの餌食となるのも時間の問題かに思われたが、それぞれのエリアに強大な力を持つ者が現れる。時を同じくして、ライトはアークルーラーに「反撃」を宣言。人間の可能性を信じて、アークルーラーに真っ向からぶつかっていく。
人類の滅亡は確定しているのに、何度も敗北してきた脆弱な少年が立ちはだかる。どれほど追い詰められても諦めないどころか、まっすぐな瞳で立ち向かってくる。アークルーラーにとって、ライトはもはや叩き潰すべき憎悪の対象となっていた。敗北という「過程」があったからこそ成長できたというライトは、切り札のレーヴァテインドラゴンをドロー！ 対するアークルーラーもまた新たな絶傑を次々とドローする。圧倒的な攻撃を繰り出され、つい怯んでしまうライト。アークルーラーは盤面を覆す方法を伝授する余裕すら見せ、同時にライトの可能性をすべて否定するのだった。それでもなおライトは勝利を信じ、1枚のカードに思いを託す。
ライトとアークルーラーのバトルも、いよいよ決着のときを迎えようとしていた。ライトが降臨させたレーヴァテインドラゴン・デュアルモードβは、アークルーラーのフォロワーをすべて破壊し、アークルーラー自身の体力も一気に削っていく。しかし、アークルーラーもまた、再び白き破壊のアーティファクトと黒き破壊のアーティファクトの能力によって、ライトを絶望の淵へとたたき落とすのだった。体力は風前の灯火となり、切り札も失ってしまったライト。次にアークルーラーのターンとなれば、敗北は確実。どう足掻いても勝ち筋はない。しかし、ライトはそれでも諦めないと言い、地面を力強く踏みしめる。ライトに「残されているもの」とは……!?
何不自由ない家に生まれ、光に満たされた幼少期を過ごしてきたウルフラム。だが、彼の住む地域と隔てられた「向こう側」には、平等と公正とは程遠い「闇」が広がっていた。幼いウルフラムは好奇心から闇へと足を踏み入れ、ある少年に出会う。彼はならず者の「ボス」にいいように使われ、搾取されていた。ウルフラムは、この場所は危険だという少年の言葉に耳を貸さず、お金がほしければ真面目に働けばいいと、不平等で不公平な世界の住人に呆れるほど純粋な正論をぶつけてしまう。一方、少年はボスに金銭を要求されながらも、お坊ちゃんを差し出すようなことはしなかった。ウルフラムは少年へのお礼に、彼が憧れるシャドバを教えることになるのだが……。
ライトこそが伝説のカードの持ち主であり、ネクサスと戦う選ばれし者のはずだった――。唐突に告げられた真実に戸惑うばかりのライト。ウルフラムは選ばれし者としての自覚を持たせるために、ライトに数々の試練を与えてきたといい、「大義」を見せてくれと焚きつける。その言葉に怯みそうになりながらも、ライトは渾身の力を振り絞ってドローする。溢れ出す光が形となり、そこに降臨したのは本来の姿を取り戻したアークルーラー、「アークライトルーラー」だった。ネメシスクラスの伝説のカードは、その能力によってデッキを「真装デッキ」に変身させる。ライトはずらりと並んだ新カードを使いこなし、見事なコンボを決めていくのだが……。
ウルフラムの威圧感に飲み込まれそうになりながらも、自らを奮い立たせるライト。ウルフラムの体力は残り4。ここで攻めきれば、勝利に届く。ライトは、アークライトルーラーのエンハンス能力によって手札に加わったスペルカード・真実の証をプレイ。自らの手札とフォロワーがすべて消滅するが、無数のカードが出現する。これこそが“伝説の力”。各クラスにつき1枚ずつレジェンドカードを手札に加えられるのだ。しかし、完全な状態ではないため、ライトは選ばなければならなかった。手札を残しておいて、次のターンで確実に勝負を決めるか。あるいは、リスクを負ってでも今ウルフラムを倒すか。その選択の果てにあるものとは――。
ウルフラムの待つ天空城の最上階に辿り着き、再戦を申し出るライト。しかし、ウルフラムは相手をする理由はないと言って取り合おうとしなかった。運命はすでに決している――。それでも、「何者でもない、一人のシャドバプレイヤー」としてバトルがしたいというライト。資格なき者の言葉にウルフラムは天空城を揺らすほどの怒りをあらわにするが、ライトの傍らに立つドラグニルとアークルーラーの力を警戒し、天空城の維持という名目でシャドバでの決着を承諾。人類の命運を懸けた戦いが始まろうとしていた。ライトはアークルーラーに調整してもらった真装デッキで立ち向かうが……。ウルフラムはその「仕掛け」は割れていると余裕を見せる。
ライトを一人で送り出して本当によかったのか――。逡巡するルシアに、ヒイロはライトのことが信じられなくても、ライトを信じる自分を信じてほしいと笑顔を見せる。カズキたちもヒイロのもとへと集まり、ライトは世界を救えるのかと、それぞれの信頼と不安を吐露していく。それは世界中の人々も同様だった。不信感を抱く者、信じ続ける者。ヒイロにはある確信があるようだが……。一方、ライトとウルフラムのバトルは、先攻6ターン目を迎えていた。何度も見せつけられてきた苦難と理不尽への怒りを吐き出しながら、強烈な攻撃を繰り出してくるウルフラム。それでも、ライトはウルフラムを理解しようと言葉を紡いでいく。果たして、その言葉は届くのか!?
ライトの紡ぐ言葉は無意味で無価値、子どもの戯れ言だと切り捨てるウルフラム。その威圧感がライトを襲うが、ライトは決して怯むことはなかった。ウルフラムは、ライトが世界を救う存在になるべきだったと語る。資格を持ちながらも、罪を裁く力と大義を持つ意志がなかったから、世界は滅ぼされるのだ、と。しかし、ライトの考え方は違った。「何かをすべき」ではなく、「何かをしたい」という思いで生きてきたライトは、「自分らしさ」をそのカードに込めて、己のシャドバを貫こうとする。ウルフラムもまた、己の正しさを信じている。ぶつかり合う言葉と言葉、攻撃の応酬。その中で、ライトはウルフラムの“核心”に迫る。
「真実の証」によって新たな能力を得たデジフレたちが、レジェンドフォロワーとなってライトに力を貸す。メイティをプレイしたライトの隣に立ったのは、シオンだった。かつてライトに救われた彼女は、ぶっきらぼうに感謝を延べ、ともにウルフラムと対峙。自らの変化と成長、その可能性をウルフラムに叩きつけるのだった。それでも未来を閉ざすことを諦めないウルフラム。今度はレンがその“大義”を否定し、さらにミカドがライトの隣に並び立つ。自らの思い上がりと失敗、その反省を噛みしめるミカドは、同じ過ちを犯そうとするウルフラムが受け入れられない。ライトは仲間と共に、ウルフラムが抱えてきた“本当の願い”に切り込んでいく。
“セブンシャドウズ”が世界を救い、人類は滅亡の危機を乗り越え、再び平穏を取り戻した。この日は、シャドウバース全国大会決勝戦が行われる日。シャドバに魅せられた者たちは、その願いを、その未来を胸に描き、それぞれの人生を踏みしめていた。ミモリと“夢”を叶えたいアリスに、自身の未来を見定めたミモリ。決勝戦まで勝ち上がったセイヤと、苦難を乗り越えてここまでやってきたシロウ。二人の戦いを見つめるハルマは、仲間とともに新生ファーストリーパーとして歩み出そうとしていた。そして、かつてセブンスフレイムのメンバーが命を賭して戦った強敵もまた、新たな道を歩んでいて……。
ライトが世界を救ったことは、「なかったこと」になった。ウルフラムとのバトルのあと、ライトはアークルーラーから2つの選択肢を突きつけられていた――。ミカドとともにシャドバカレッジ内のスタジアムにやってきたライトは、その選択を後悔していないと断言し、ミカドに問いかける。セブンスフレイムに入らないか、と。その答えは決まっている。その返答はわかっている。2人は笑顔を見せ合い、合言葉を重ね合う。「バトル！ シャドウバース！」。
