冒険家にあこがれる少年・龍ヶ崎カケルは、幼なじみのナツミに連れられて、初めてビーダマン大会を訪れた。ビーダマンのことは全く知らなかったカケルだが、会場でホビーショップの手伝いをするうちに次第に興味を覚え始めた。 しかし、そこで聞いた「選ばれた者だけが参加できる特別なビーダマン大会があるらしい」といううわさだけは、さすがに信じることができなかった。だが、その時、背後から不思議な声が彼に語りかけてきた。「少年、この世にはまだ、君の知らぬことが山ほどある」その声に驚いて振り返ってみたが、そこには、ビーダマンを携えた少年が一人いただけだった。 大会終了後、カケルはホビーショップを手伝ったお礼として、店主の雑賀から１体のビーダマンをプレゼントされることになった。数あるビーダマンの中からカケルが選んだのはブルーのドラゴンタイプのビーダマン。「目が合った気がした」それがカケルとドラシアンの運命的な出会いだった。

ビーダマンの選手登録の際に示された場所を一人で訪れたカケル。そこで見たのは、昼間、不思議な声がした時に居合わせた少年がビーダマンの大会に出場している姿だった。そのプレイに圧倒されるカケル。さらにカケルを驚かせたのはドラシアンが彼に話しかけたからだ。「これはクロスファイト。お前と俺は、ここで力を合わせて戦うのだ」 驚いたカケルが大声を上げたため、大会は一時中断。場内が騒然とする中、一人の少女・ルリが場内に告げた。「皆さん、新しい仲間の誕生です」その言葉に場内はさらに騒然。焦って周囲を見回したカケルが目にしたのは、昼間の少年と彼の持つビーダマンだった。「我が名はドラヴァイス……君のパートナーと同じく、ドラゴンタイプのビーダマンだ」昼間の不思議な声の主はその少年のビーダマンだったのだ。 さらに言葉を続けようとするドラヴァイスをその少年が一喝して止めた。白銀スバル。それがその少年の名前だった。

秘密のビーダマン大会・クロスファイト。そこにいたのはスゴ腕のビーダーばかり。その中でも圧倒的な実力を見せるスバル。そのプレイに目を奪われていたカケルは、全競技終了後、初めてビーダマンをプレイすることになったのだが、ミスショットに終わってしまった。 それでも、ビーダマンに対する興味は深まるばかりで、次の大会が待ち遠しくて仕方がないカケル。ドラシアンから情報を引き出そうとするが、ドラシアン自身もクロスファイトのルール以外の記憶を失っていた。 「だったらこれから二人で、ミステリーを解き明かしていかなくちゃね！」手始めに雑賀のショップを訪れたが、特に手がかりはない。そこにナツミも来店し、一緒に雑賀の話を聞くうちにスバルとドラヴァイスの姿を思い浮かべたカケル。「そうだ。アイツらならきっと何か知ってるんじゃ…」 その時、カケルのスマートフォンに着信が入った。それはクロスファイトの招集の連絡だった。

クロスファイト西ブロックのチャンピオン・白銀スバル。クロスファイトは幾つかの競技ブロックに分かれており、前回、スバルは東西交流戦のため、東ブロックに遠征していたのだった。 モニターでスバルの様子を見つめるカケルの前にルリの祖父であり、クロスファイトの実行委員長である天宝院のシルエットが姿を現し、カケルに語りかけた。「ドラゴン同士引き合うものがあるとみえる…」 思い切ってクロスファイトについて尋ねたカケル。しかし、天宝院は「強くなって、大会を勝ち抜けばその答えが分かる」とだけ告げ、モニターから姿を消してしまった。 カケルが考え込んでいるうちにビーダー達が集まり、その日のクロスファイトが開始された。東ブロックのトップビーダー・鷲村ユキヒデ。パワーショットが自慢の月輪ゴウイチロウ。正確なショットを決める蠍宮シュモン。そして、遅れてきたランキング２位の鮫島カイト。 彼らのプレイに目を輝かすカケル。そして、遂にカケルのプレイ順が回ってきた。

クロスファイトの大会で必殺技『昇龍ドライブ』を発動させ、初優勝したカケル。それ以来、スマートフォンから鳴り響くクロスファイトの知らせに喜びが隠せない。 その日の競技は『グランド・アラウンド・アタック』。 各自戦略を練って競技に挑む中、カケルはゴウイチロウがスーパーショットを放った際にベアーガから出現したグリズリーを見て、呆然とつぶやいた。「いまのクマって……なに？」 今更のその発言に一堂は唖然。ユキヒデの説明によるとそのビーダマンに宿る不思議なパワーを『Ｂ－アニマル』と呼び、クロスファイトの主催者は、その謎を解き明かすために大会を開いているのかもしれないということだった。 ひとつビーダマンの謎が明らかになったことで、喜ぶカケル。 その様子を見てユキヒデはつぶやいた。「もしかすると、カケルって――謎をひとつ解くたびに、強くなっていく……そんなビーダーなのかもしれない」と…

実家がレストランを経営しているユキヒデの家を訪れたカケル。そこにはカイトやゴウイチロウ、シュモンもいて一緒に食事をすることになった。 イグル、シャークス、ベアーガ、サソード。いずれも『Ｂ－アニマル』が宿っているはずなのに、なぜドラシアンだけ心を通わせることが出来るのか？　それもビーダマンの謎のひとつだった。 ドラシアン自身にもその謎は分からない様だが、「ビーダマンとパートナーの心はひとつ」という言葉に胸を熱くさせるカケル。しかし、シュモンだけが言葉に反発しその場を白けさせてしまう。 その後、雑賀のショップを訪れたカケル達はビーダマンのイベントの手伝いをすることになった。 ユキヒデ達の前にはたくさんの子供達が集まっているが、シュモンの前には誰一人集まらない。どこか寂しげなシュモンに雑賀はアドバイスをするのだが・・・

西ブロックのクロスファイト競技場ではスバルがドラヴァイスの力を引き出し、圧倒的な実力を見せつけていた。 そのころ、東ブロックでは天宝院がモニターの前にビーダー達を集め、東西交流戦にユキヒデとカケルを代表として派遣することを発表していた。カケルが代表に選ばれた理由が、単に天宝院が東西ドラゴン対決を見たいだけだったことに唖然とする一堂。 特にランキング２位のカイトは納得がいかず、カケルに勝負を挑んできた。どうしてもスバルと直接対決してみたいカケルはその勝負を受け、見事カイトに勝利、交流戦へと進む。今回の交流戦はタッグバトル。カケルはユキヒデとチームを組み西ブロックのビーダー達に挑むのだった。

クロスファイト東西交流戦がいよいよ開幕。鋭く視線を交わし合うレイジ・ユキヒデ・スバル・カケルの４人。クロスファイトとビーダマンの秘密についてスバルから話を聞きたいカケルにドラヴァイスは「プレイで唸らせてみろ」と言い放ち、勝負をあおるのだった。 スバルとタッグを組むビーダー巻レイジ。彼はユキヒデが西ブロックにいたころのライバルで、過去の対戦成績は互角。そのレイジを押さえ、西ブロックのトップに君臨する白銀スバル。 この２人のチームに挑んだカケル・ユキヒデのチームは…

東西交流戦のため、カケルとユキヒデが不在の間に突如現れたレオージャの使い手・来堂オウガ。 カイトを倒した彼が探している「ドラゴン野郎」が自分のことだと気付いたカケルはカイトの敵討ちを決意する。そしてドラシアンの忠告にも耳を貸さず、オウガとのバトルに挑むのだった。 スピンショットで死角のターゲットを倒していくオウガのレオージャに対し、ドラシアンのドライブショットでは死角のターゲットが倒せないため、移動しながら連射を続けなければならない。 ドラシアンの言葉さえ耳に入らないカケルは、オウガの挑発に乗って過度な連射を繰り返した結果、ドラシアンのアクセルコアに亀裂が入ってしまう。 果たしてドラシアンは・・・

カケルは壊れてしまったアクセルコアの代わりに、ドラシアンにブレイクコアをセットして次のクロスファイトに備えていた。「レオージャとオウガを倒す」とアツくなるカケルに対し、冷静になるように諭すドラシアン。しかし、カケルはその忠告を聞き入れず、２人は仲違いをしてしまう。 ドラシアンとの仲が修復されないまま臨んだクロスファイト。カケルはブレイクコアの力を発揮できずに敗退してしまう。 「なぜ、スーパーショットが出せなかったのか？」会場の隅で落ち込むカケル。その時、目にしたのは西ブロックに参戦するオウガの姿だった。 レオージャと心を通わせるオウガの姿に、カケルはドラシアンと出会ったころの自分を思い重ね、ドラシアンと仲直りする。 そして、２回目のチャレンジで誰も達成できなかったヘビーターゲットの撃破に成功するのだった。

スバルとの対戦を希望するオウガに、挑戦状をたたき付けたカケル。その様子を見た天宝院は東西ブロック全ビーダーによるバトルロイヤル大会の開催を宣言する。その名は「ＥＷクロスファイト」。上位入賞者には通常のクロスファイトの倍のポイントを進呈されるため、全ビーダーが色めき立つ。 ブレイクコアを使いこなせるようになってきたものの、オウガに勝つにためにはアクセルコアが必要だと感じるカケルとドラシアン。思い悩むカケルの前にナツミが現れ、雑賀のショップを訪れることになった。 雑賀の勧めにより、カケルは雑賀が自ら開発したシステムを使ってアクセルコアを修理することを決意。メタルアクセルコアを完成させたちょうどその時、スマートフォンからクロスファイトの招集コール音が鳴り響いた。 東西のビーダー達によるバトルロイヤルがここに始まる。

「ＥＷクロスファイト」予選開始。パワー・連射・コントロールの三種目の競技を全てクリアした最初の５人だけが決勝に進めるバトルロイヤルに挑むビーダー達。 スバル、オウガ、ユキヒデの３人が勝ち抜け、残る枠はあと２つ。 ４人目の決勝進出者はゴウイチロウ。連射に向かないパワータイプのベアーガにゴウイチロウはロールコアをセットして競技をクリア。 その頃、コントロール競技に挑戦中のカケルはカイトと残る１枠を争い、際どいタイミングながらカケルが５人目の決勝進出者となった。 決勝の競技は『サドンデス・ラッシュ』。５００体のターゲットを最初に倒したビーダーが優勝となる。 その過酷な競技内容に唖然とするビーダー達。しかし、決勝に残った５人の顔にためらいの色は無い。 スタートと同時に怒涛の連射を繰り出す５人。時間の経過とともにユキヒデ、ゴウイチロウが脱落。オウガのレオージャのコアにもひびが入り、無念のリタイア。 残ったのはカケルとスバルの２人。果たして勝者は・・・

「ＥＷクロスファイト」から１週間。カケル宛にＷＢＭＡよりファン感謝イベントの招待状が届いた。その招待状はユキヒデやカイト達、選ばれたビーダーだけでなく、雑賀やナツミにも届いており、みんなで参加することになった。 イベントを楽しむビーダー達。そんな中、カケルは一同からはぐれ、迷子になっていた。そこへ一人の少年が現れ、案内を買って出た。彼の名はナオヤ。彼はカケルとドラシアンに見せたいものがあると言い、カケルを地下空間に連れて行った。 そこには『Ｂ－クリスタル』と呼ばれている巨大なビー玉状のサーバーがあり、Ｂ－アニマル達はネット回線を通じてやって来たと告げるナオヤ。 驚いているカケルに、「ＷＢＭＡはこの謎を解くために、クロスファイトを開催してるって訳だ」という謎の声が聞こえてきた。その声の正体はドラグレン。ナオヤのパートナー、赤いドラゴンタイプのビーダマンだった。

カケルのクラスに転校してきたナオヤ。なぜ彼は他のビーダー達の知らないビーダマンとクロスファイトの秘密を知っているのか？謎は深まるばかりだった。 クロスファイトの会場で天宝院よりナオヤが全ビーダーに紹介され、彼の東ブロック参戦が発表された。同時にナオヤがＷＢＭＡの特別スタッフだということも明かされたため、カケルのナオヤに対する疑惑は晴れ、その日の競技に臨むことになった。 ユキヒデ達がチューンナップギアで強化したビーダマンで競技に挑む中、何の準備もしていないカケル。そんなカケルにナオヤは自分の持つパーツを差し出した。 そのおかげでカケルはスーパーショットを放つことができたのだが、そのパーツをナオヤに返そうとしたところナオヤは「自分には必要ない」と言い放つのだった。

クロスファイトの大会でその実力を見せ付けたナオヤ。彼の丁寧過ぎる口調に不満を抱きながらも、その実力を認めざるを得ないカケル達。 ナオヤとの親睦も兼ねてユキヒデの店で食事をしながら、西ブロック会場の中継映像を見ることになった。 レイジ、オウガのチャレンジの後、ルリから新メンバーの発表があった。 ド派手な出で立ちでスケボーに乗って登場した一風変わった少年、その名は『渡ダイキ』。 ラウンド＝タイガルをパートナーに持つビーダーだ。 ドラグレンとナオヤによると、彼はかつての南ブロックNo.1ビーダーで『南のボス』と呼ばれていたというのだ。

ナオヤとダイキの密談の場に居合わせたレイジ。裏の顔を知られたナオヤはレイジに対し、勝負して自分達が勝ったら今聞いたことを他言無用にと取引を持ちかけた。 ナオヤの持つフォース＝ドラグレンとダイキのラウンド＝タイガルが合体したパーフェクト＝ドラグレンに挑むレイジ。 しかし、完全に心を取り乱している彼の放つビーダマはターゲットに当たらず、敗北。 さらにオロチの一部が破損してしまった。 気落ちするレイジに二人は告げた。ダイキが『南のボス』と呼ばれていたのは、あくまでも表向きの話、真のNo.1で、裏で『南のボス』と呼ばれていたのはナオヤだというのだ。 ナオヤはさらに、レイジに告げるのだった。ドラヴァイスに勝たせてやると。

ダイキの参戦以来、荒廃が進む西ブロック。レイジやオウガまでもダイキの仲間になり、ＷＢＭＡも看過できない状態になっていた。 そこで、ルリがダイキに態度を改めるよう注意することになったのだが、ウラでつながっているナオヤとダイキのたくらみにより、ルリは愛機ステア＝スワローを奪われてしまった。 さらにダイキはルリのスワローを返してほしければ勝負しろと、東ブロックのビーダーに果たし状を叩きつけたのだった。 勝負は３対３の団体戦。ルリのビーダマンを取り戻すため、一致団結するカケル達に天宝院はＷＢＭＡが密かに開発していた新競技ブレイクボンバーで対決することを提案するのだった。新競技ブレイクボンバーとは一体！？

ルリのスワローを賭けた東西団体戦。ナオヤはカケルの実力を見極めるため、この団体戦のメンバーに選ばれるように画策したのだが、シュモンの予期せぬ活躍により、カケルは代表から外れてしまった。 しかし、何としてもカケルを出場させたいナオヤはシュモンが団体戦に出場できないようにウラで手を回し、カケルを代わりに出場させることに成功した。 それにより東ブロックの代表者はナオヤ、カイト、カケル。相対する西の代表者はオウガ、レイジ、ダイキ。３対３の団体戦がいよいよスタート。 最初のチャレンジはオウガ対カイト。以前、オウガとの対戦でシャークスのコアを破壊された借りを返したいカイトだが・・・

ブレイクボンバーによる３対３の東西対抗戦は東ブロックの勝利に終わり、ダイキを中心にした西ブロックのビーダーの横暴は抑えられた。 しかし、東西のブロックをウラから支配しようと企むナオヤはその計画を次の段階に進めようとしていた。 ナオヤはダイキに勝手に動かないように指示し、バカンス先のイーストタマ湖で計画を練っていた。 一方、ナオヤがイーストタマ湖に来ていると知らないカケル達も雑賀に連れられて、イーストタマ湖のキャンプ場に来ていた。キャンプに来てもビーダマンから離れられないカケル達。。。 それを見つめる怪しい影があった。それは、ナオヤの指示を聞かず、リベンジに燃えるダイキであった。

キャンプ場で謎の遺跡を発見したカケル達。その遺跡の奥から不思議な波動を感じ取った一同はその遺跡を探索することになった。 奥に進んでいくと、そこにはクロスファイトの会場にそっくりの競技場があり、さらにドラシアンがスーパーショットを放つと「Ｂ－アニマル」までもが出現した。 「ＷＢＭＡはこの不思議な波動をクロスファイトに利用しているのでは？」と推理するカケル達。しかし、あとを付けて来たダイキにより、その遺跡に閉じ込められてしまった。 カケルのサバイバル術により、その遺跡から無事に脱出した一同が見たのはダイキと計画を練るナオヤの姿だった。ナオヤのことを信じたいカケル。言い逃れをするナオヤに丸め込まれそうになったその時、スバルとドラヴァイスが現われてナオヤの正体を暴露した。ナオヤこそが南ブロックの真のボスで、東西のブロックを支配するために全てを仕組んだ張本人だというのだ。

ナオヤ達ことが許せないカケルの提案で、決着はブレイクボンバーでつけることになった。ユキヒデがカケルのパートナーとして名乗りを上げ、ナオヤ達のビーダーとしての進退をかけた勝負が繰り広げられることになった。ナオヤ・ダイキが負けた場合は2人のクロスファイト選手資格は抹消される。 それに対し、ナオヤはＷＢＭＡの機密情報の公開と、東西ブロックのクロスファイト運営権の譲渡を要求。 負けられない勝負に挑むことになったカケルとユキヒデ。しかし一方で、ユキヒデはレイジのことが気になっていた。 ナオヤに操られ、ダイキの手下になってしまったレイジ。ユキヒデはレイジの目を覚まさせるため、ある決断を下すのであった。

レイジとの対戦で、愛機イグルが損傷してしまったユキヒデ。その代わりにカケルのパートナーに名乗りをあげたのはスバルだった。 ＷＢＭＡの命運をかけた一戦はナオヤ・ダイキの龍虎タッグＶＳカケル・スバルのドラゴンタッグの対戦となった。 スバルの活躍で先制したものの、ナオヤの超ミラクルショットにより、逆転をゆるしてしまったカケル達。その上、ナオヤのスーパーショットの衝撃波で吹き飛ばされたカケルは気を失ってしまった。 カケルの復活を信じて待つスバルだが、カケルは一向に目を覚ましそうにない。絶体絶命のカケルとスバル。勝負の行方は如何に・・・

カケルとスバルのドラゴンタッグの勝利により、クロスファイトは守られた。 負けたらクロスファイトの出場権を失い、永久追放されるはずだったナオヤとタイガは、カケル達の計らいで謹慎処分で済まされることになったのだが、ナオヤはクロスファイトをリタイアし、カケル達の前から姿を消してしまった。 そのことにショックを受けたカケルだが、ユキヒデ達の励ましで、元気を取り戻しつつあった。そうなると気になるのはクロスファイトのランキング。東ブロックはナオヤのリタイアでわずか１００点の点差内に１位から１０位のビーダーがひしめき合う大接戦となっていた。一方、西ブロックはスバルがブッチギリで１位を独走していた。 クロスファイトも次の大会が今季最終戦。東西両リーグの優勝者が決定し、そしてその後、それぞれのブロックのチャンピオンによるクロスファイト真のチャンピオンが決定する。

学校の課外授業で訪れた博物館で偶然スバルと出会ったカケル。 「いつかのドラゴン対決の決着を、今度こそつけよう……」 そのスバルの言葉に俄然やる気になったカケル。新しい必殺技も編み出して準備は万端だ。 クロスファイト最終戦当日。西ブロックではスバルが優勝を決め、残すは東ブロックのみ。上位ランカーのカイトとシュモンは連射、ゴウイチロウはパワーと得意のショットで得点を稼いて競技を終了。残る挑戦者は暫定１位のユキヒデと２位のカケルの２人。 先に競技に挑むのはユキヒデ。得意のコントロールショットで確実に得点を稼ぎ、暫定１位の座を死守。スバル、ユキヒデ達が見守る中、カケルのチャレンジがスタート。 東ブロックの優勝者はユキヒデか？それともカケルか？

東ブロックのチャンピオンとなったカケル。そのことによりカケルとスバル、二人のドラゴン使いによる頂上決戦が実現することになった。 カケルはスバルとの対戦のことが気になり、家でも学校でも、母親や先生に叱られてばかりいた。 スバルとの統一チャンピオン決定戦の対決方法はブレイクボンバー三本勝負。天宝院からその勝者にはビーダマンの根本をつかさどるＢ－クリスタルとの対戦権が与えられることが発表された。Ｂ－クリスタルとの対戦とは？クロスファイト最大の謎が遂に明かされる！？ カケルとスバル、ドラシアンとドラヴァイス。東西チャンピオンによるドラゴン対決が開始された。 一方その頃、荒廃した北ブロックのクロスファイト跡地では第４の龍が目覚めていた。その名は黒龍ツイン＝ドラゼロス。そしてその呼びかけに応える１人の少年。統一チャンピオン決定戦のその裏で、クロスファイトは新たな局面を迎えようとしていた。

カケルとスバルによる統一チャンピオン決定戦は二試合を終えて一勝一敗。勝負は第三試合に持ち越された。死力を尽くして戦う二人。その凄まじい戦いぶりに客席で見ているユキヒデ達も、応援を忘れて呆然とするばかりだ。 さらに二人の戦いに呼応するかの様に地下ではＢ－クリスタルが反応し、閃光を放ち始めた。この戦いの勝者には、Ｂ－クリスタルとの対戦権が与えられるという天宝院の言葉を思い出したカケル。「この試合にはビーダマン最大のミステリーが掛かってるんだ！」ビーダマンの謎を解き明かしたい。その思いを力に変え、必殺技「激流ドライブ」を放つカケルに対し、必殺技「竜巻螺旋撃」の二連発で迎え撃つスバル。統一チャンピオン決定戦、ついに決着。一方、地上で統一チャンピオンが決定した頃、地下秘密エリアに侵入し、Ｂ－クリスタルと対戦する者がいた。黒渕バサラ。黒龍ツイン＝ドラゼロスのパートナーに選ばれた少年だ。彼らの目的は･･･！？

統一チャンピオン決定戦の後、数週間が経過。ＷＢＭＡは『意思を持つビーダマン』の存在とその謎を解き明かすため、極秘のビーダマン大会『クロスファイト』を開催していたことを公表していた。 この異変の原因はＢ－クリスタルにあり、Ｂ－クリスタルに戦いを挑み、勝利した者は巨大な力をえられるという言い伝えがあったのだが、バサラとドラゼロスによってその力は解き放たれ、強き者を求め、どこかに行ってしまったというのだ。そこでＷＢＭＡは、その力をＢ－クリスタルに戻させるため新たなクロスファイトを開催することを決定した。これまで秘密裏に行われていたクロスファイトが白日の下で開かれる。カケル達ビーダーも緊張の面持ちで臨んだ開会式。スーパープレイを披露する彼らは･･･。

クロスファイトの新たな大会名が発表された。その名は『ＧＰ（グランプリ）シリーズ』。 セレモニーのさなか、突如乱入してきたバサラの参戦も認められ、クロスファイトは力ある者が頂点を争う『戦国時代』に突入。 バサラは全ビーダーを倒し、Ｂ－クリスタルの中に眠っている力を手に入れるため、ドラゼロスと組んでクロスファイトに参戦すると言うのだ。同じドラゴンタイプのビーダーとしてそれを見過ごせないカケルとスバル。 ３人のドラゴン使いがにらみ合う中、その中に割って入ったカイトがバサラに挑戦状を叩きつけた。決戦はブレイクボンバー。心配するカケルたちをよそにカイトは秘密兵器を用意していた。カイトＶＳバサラ。この勝負の行方は･･･？

クロスファイトが公になったことで、統一チャンピオンとしてカケルは全ビーダーの注目を集めることになった。その状況に戸惑うばかりのカケル。 いよいよ開幕したＧＰシリーズ第１戦・イーストグランプリ。 スバルやユキヒデ達の他、バサラをはじめ多くのビーダーが参加して予選が開始された。 そんな中、カケルの前にカケルのことを“先輩”と呼ぶ一人の少年が現れた。彼の名は皇（すめらぎ）リュウジ。カケルに憧れてビーダマンを始めた新米ビーダーだ。 しかし、他にもう一人、カケルのことをマークしている謎のビーダーがいた。その正体は神扇（かみおうぎ）アスカ。自身もビーダーであると公表しているカリスマキッズモデルだ。ドリフト＝ジャッカーを操る彼は、カケルが統一チャンピオンと呼ばれることが許せず、ドラシアンのことを醜いと言ってカケルを煽る。 愛機をバカにされたことに怒りを覚え、アスカと勝負することにしたカケル。 イーストグランプリは予選からヒートアップ。本戦に進めるのは誰だ？！

ＧＰシリーズ第１戦・イーストグランプリ。まさかの予選落ちとなってしまったカケルだが、ドラシアンの励ましもあり、全くメゲている様子は無い。 一方、予選の途中で出会ったリュウジ、アスカの二人は本戦に出場する８名に残っていた。本戦１回戦第１試合はカイトＶＳアスカ。グリップバレルを装備し、アスカのカーブショット対策も万全で臨んだカイトだったが、アスカのジャカーにはバックスピンショットというもう一つの切り札が備わっていた。 ド派手なカーブショットと自分の手元に撃ったビー玉が戻ってくるバックスピンショットを操るアスカの前にカイトは敗北。 その他に１回戦を勝ち上がったのはスバル、リュウジ、バサラ。 この４名の中からＧＰシリーズ第１戦・イーストグランプリの覇者が決定する。

ＧＰシリーズ第１戦・イーストグランプリはスバルの優勝で幕を閉じた。 ＷＢＭＡではクロスファイトがこれほどブームになった今、より広報活動を拡充するため、ルリの提案で、ビーダマンを扱うブロガーの中からファン代表のスペシャルサポーターを選ぼうとしていた。 ルリが候補に挙げたブログ『ナッツのビーダマンブログ・ＢＦＩＧＨＴ』。ビーダマンの楽しさを広めるため、ナツミが開設したブログだった。 イベント開催の情報をブログで見て、さっそくルリはこのブログの作者“ナッツ”に会いに行く。一方、当のナツミは雑賀、カケルとともにイベントに集まった大勢のビーダーやギャラリーの整理に追われていた。 ユキヒデ達が手伝いに来てくれたことでようやく、一息つくことが出来たナツミ達。 その大混雑のイベント会場で、ルリは無事、“ナッツ”ことナツミに会うことが出来るのか･･･。

ビーダマンのイベント会場の近くでアスカが撮影をしていると知ったナツミは、何とかアスカをイベントに参加させたいと思うが、仕事中だと言って相手にしてもらえない。 しかし、「ビーダマンの試合をするアスカこそ本当に美しい」というナツミの一言で、アスカの態度は一変。急遽イベントに参加し、カケルとのエキシビジョンマッチが実現する。 勝負の方法はブレイクボンバー。ギャラリーの声援やアスカを撮るカメラのシャッター音が気になり競技に集中できないカケルに対し、華麗なショットを次々に決めるアスカ。。。 今回のエキシビジョンマッチでもカケルはアスカに敗れてしまうのか？

ＧＰシリーズ第２戦・ウエストグランプリが開幕。エキシビジョンマッチでカケルをライバルとして認めたアスカも加わり、いつも以上ににぎやかな東ブロックのビーダー一同。 それに対し、ここは自分たちの縄張りと闘志を燃やす西ブロックのビーダー達。今回も予選から激しいバトルの連続だ。 「今度こそ本戦進出を」と意気込むカケルは予選会場で、ビーダーとして競技に参加しているルリに遭遇。彼女はカケル達と勝負がしてみたいとＧＰに参加しているのであった。 そこにバサラが現れ「お嬢さまは引っ込んでいろ」とルリ目掛けてフロートが飛んでいくようにビー玉を発射。動けないルリ。カケルの助けも間に合ない。 そのピンチを驚異的なパワーショットで救ったビーダーがいた。彼の名は荒野グン。 彼はバサラとなにやら因縁があるようだが･･･。

新たに参戦してきたビーダー、バースト＝バイソンの使い手、グン。彼はサウスシティでは名の知れたアメリカンフットボールの選手で、今回のグランプリ本戦に勝ち残っていた。 彼は本戦１回戦でアスカに勝利し、準決勝でカケルと対戦することになった。互いにパワータイプのビーダマンを操る二人の対決は、カケルが見事勝利し、グランプリ決勝進出を決めた。 勝負のあと、グンはカケルに自分がノースシティの出身でバサラとは幼馴染みだと告げた。グン曰く、バサラはそのパワーに耐えられるビーダマンがなく、孤独の中にいたというのだ。その怒りをドラゼロスに利用されているバサラの目を覚ましてやってほしいと頼むのだった。 一方、バサラはイーストグランプリの決勝で敗れたスバルにリベンジし、決勝にコマを進めていた。 ウエストグランプリ決勝はバサラＶＳカケル。黒龍ＶＳ青龍の対決。勝つのはどっちだ？

激闘の末、バサラに勝利し、ウエストグランプリを制したカケル。だが、その勝利と引換えにドラシアンは深いダメージを負ってしまった。 雑賀によりボディは修理されたが、ドラシアンは記憶を失っており、カケルのことも、自身の名前すらも忘れてしまっていた。 頼みの綱のＷＢＭＡでもその原因はつかめず、カケルは元気なく食も進まない。心配したユキヒデ達がＢ－アニマルを見せれば記憶が戻るかもと協力を申し出るが、ドラシアンが反応することはなかった。 それでも「必ずドラシアンの記憶を取り戻す」とめげないカケルの元にメールが届いた。メールの送り主はナオヤ。ドラシアンの記憶を取り戻す方法を知っているから、ＷＢＭＡには内緒でノースシティに来て欲しいと連絡してきたのだった。 「罠の可能性も否定できない」というスバルに対し、カケルはノースシティに行くことを決意果たしてナオヤの目的は･･･！？

ドラシアンの記憶を取り戻すため、ナオヤの誘いに乗ってノースシティにやって来たカケル。翌日ナオヤに会うことになったのだが、同行した雑賀はその日の宿泊先を決めておらず、吹雪の中で立往生していたところにアスカが現れ、彼の知人が経営するホテルに招待されることになった。 そのホテルにはアスカ専用のビーダマンの練習場があり、ＷＢＭＡの協力でクロスファイトと同じ状況を作り出せるという。 スバルがドラヴァイスでＢ－アニマルが発現することを確認し、カケルとドラシアンにも試してみるよう促したが、記憶が無いドラシアンにはＢ－アニマルを出現させることが出来なかった。 そこにドアマンに扮したバサラがやって来て、カケルに勝負を挑んできた。バサラとドラゼロスは記憶の無いドラシアンを完全にぶっ潰すと息巻く。 スバルが代わりに相手をしようとドラヴァイスを手にしたが、アスカがそれを制しバサラの相手は自分がすると勝負を買って出た。アスカには何か策があるようだが。。。

ノースシティに着いて早々バサラに勝負を挑まれたカケルだが、アスカの機転でバサラを追い返すことに成功した。 こっそりあとを追って来たリュウジも合流し、ナオヤのことを疑いつつも遺跡の奥を目指すカケル達。 その遺跡にはプロト０１を象った小さな石像がある部屋があり、その石像にビー玉を命中させると奥に進める仕掛けが施されていた。 しかし、ナツミがショットをミスしたせいで遺跡のトラップが発動し、カケル達一行は分断されてしまった。 結局カケルとリュウジ、もう一方はスバル、ナツミとアスカと二手に分けれ、別々に進むことになった。 カケルとリュウジが進んだ先はメデューサの部屋。そこにある碑文には、時間内に５つのターゲットにヒットさせないと、ビーダマンが石になって砕け散ってしまうと記されていた。奥に進むためにはそのトラップを攻略しなければならないが、それは凄腕ビーダーでも難しい。ましてや記憶の無いドラシアンには無理だと思われた。 カケルが諦めかけたその時、リュウジは自分がそのトラップに挑むと言い出した。 カケルとドラシアンに憧れてビーダマンを始めたリュウジ。彼にこの部屋のトラップを突破できるのか？？？

リュウジが自分のプロト０１を犠牲にしてトラップを突破してくれたおかげで、遺跡の更に奥に進めるようになったカケル。 次なる部屋は巨大ブレイクボンバーの間。先に進むにはその巨大ブレイクボンバーで試合をしなければならないと碑文には書いてあったのだが、既にリュウジのプロト０１は無く、ビーダマンは記憶の無いドラシアンのみ。 リュウジはスバル達が合流するのを待とうと提案するがそこにバサラが現れてカケルに勝負を挑んできた。 バサラは勝負をしないなら競技台を壊すとカケルを脅し、リュウジのジャッジで２人は相対することになった。 ドラシアンに負担をかけまいと必死に戦うカケルに対し、弱い者をなぶるような攻撃を繰り返すバサラとドラゼロス。 ジャッジのリュウジも心配そうに見つめる中、ドラシアンは自分の記憶が戻らなくても構わないので自分の身を案じるようカケルに言うが、カケルはその言葉を拒否。 ドラシアンと過した思い出はカケルにとって大切な宝物なのだ。その必死なカケルの思いにドラシアンは応えることが出来るのか？？？

カケルの思いに応え、記憶を取り戻したドラシアン。バサラとドラゼロスを倒し、あとはナオヤの本心を確かめるのみ。 しかし、ナオヤの本心は伝説のゴールドドラゴン、『スマッシュ＝ドラゴルド』の復活にあった。 ナオヤは当初、ドラシアンが記憶を失ったのをいいことに、カケルをドラゴルドのパートナーに仕立てようと企んでいたのだが、ドラゴルドがリュウジをパートナーに選んだことでより良い方向に転換したというのだ。 ドラゴルドを手にした瞬間、リュウジの容貌は一変する。そしてドラゴルドの力で遺跡を崩壊させ、ナオヤと共に姿を消してしまった。 グンの助けもあり、何とか崩壊する遺跡から脱出できたカケル達だったがリュウジの豹変とドラゴルドの凄まじい力に衝撃を受けていた。 特にカケルのショックは大きく、スバル達が声を掛けることすら出来ない状況だ。 遺跡の崩壊から一夜明け、ＷＢＭＡ本部に現れたナオヤとリュウジ。２人は宣戦布告に来たと言い、ドラゴルドが咆哮をあげると東西南北全てのシティでプロト０１が一斉に沈黙し、その力は全てドラゴルトに吸収されていった。 この先の戦いに参加できるのは、真に強きビーダマンのみ。そう言って立ち去るナオヤとリュウジ。 そしてグランプリシリーズ第３戦ノースＧＰが開幕した。。。

グランプリシリーズ第３戦ノースＧＰ。予選から５人のドラゴン使いのビーダーによる激しい戦いが繰り広げられ、５人とも本戦に勝ち残っていた。残るはユキヒデ、グン、アスカの３人。 その本戦１回戦。グンＶＳユキヒデ、スバルＶＳアスカ。更にカケルＶＳナオヤの対戦が電光掲示板に表示され、残ったのはバサラとリュウジ。誰もが注目したリュウジの１回戦の相手はバサラに決まった。 カードが決まるとさっさと立ち去ろうとするバサラに対し、負け犬とさげすむリュウジ。そのバサラをすぐさまスバルが追いかけた。彼はバサラに重要な話があるという。 一方、ステージでは第１試合グンＶＳユキヒデの対戦が始まっていた。得意のコントロールショットで的確にボムを射抜くユキヒデに対し、グンはカウンターを合わせる作戦に。相性の悪い相手だが、それが逆にユキヒデの闘志に火をつけた。 対戦が白熱するに連れ、観衆の大歓声がこだまする通路の片隅でスバルはバサラと対峙していた。 そしてスバルはバサラに対し「ドラゴルドに必殺技を使うな」と忠告していた。 スバルの忠告の真意とは？？？

スバルの忠告を無視して必殺技『双龍ストライク』を放ったバサラとドラゼロス。 しかし、その技をドラゴルドにコピーされた上、弾き飛ばされた赤ボムがドラゼロスを直撃。ドラゼロスは深刻なダメージを負ってしまった。。 相手の力をコピーし、自分のものに出来るドラゴルドの能力。その能力にリュウジは自分がＧＰシリーズのチャンピオンになることを確信するが、ナオヤはそのためには残るドラゴンの力も奪う必要があるとそそのかし、カケル、スバルとの対戦をけしかけるのだった。 その頃、東ブロックのビーダー達はドラゴルドを倒すための特訓に励んでいた。 中でもカケルは「リュウジは自分が倒し、目を覚まさせてやる」と意気込んでいたのだが、その様子を見たスバルは。。。

スバルは、たった一人でリュウジ＆ナオヤの二人と戦うことを決意し、ブレイクボンバーの三本勝負で対戦することになった。 その頃カケルはＷＢＭＡ本部でスバルの父・弦之助からドラゴルドの力の脅威とスバルの生い立ちについて話を聞かされていた。 「ドラゴルドの力に勝つことがスバルの宿命だ！ 」という弦之助。 モニターでスバルとリュウジ達とのバトルを見守るカケル。ナオヤとリュウジは防御に徹してスバルを疲れさせ、必殺技を使う様に仕向けてきた。 助けに行こうとするカケルに対し、弦之助はスバルに助けは必要無いと言ってカケルを引きとめるのだった。 必殺技が使えず、徐々に劣勢に追い込まれていくスバルに対しカケルは。。。

カケルとドラシアンの助けもあり、ドラゴルドにドラヴァイスの力を奪われずに済んだスバル。 次のサウスＧＰでリュウジ＆ナオヤと決着をつけるべく、雑賀のショップで対策を練るカケル達の元に、ナツミがスゴい情報をゲットしたといって飛び込んできた。 差し出されたスマホに写っていたのはサウスタマゾン河でのある出来事。大木が船の舳先に激突せんと迫ってきたところに、ワニ型のビーダマンを持った仮面のビーダーがＢ－アニマルを出現させて、船に激突する寸前の大木を粉砕する映像だった。 天宝院は、ＷＢＭＡではワニ型のビーダマンは作っていないというが、そのワニ型のビーダマンを操る仮面のビーダーのガントレットには古代の遺跡に遺されている壁画と同じ模様が入っていた。 「ドラゴルドへの対抗手段が掴めるかも知れない。」 ＷＢＭＡの最新鋭ヘリコプターでスマホに写っていた場所に向かうカケル達を待ち受けるものは。。。

サウーズの町にある洞窟からイーストタマ湖やタマガミ遺跡と同様の波動が発せられていること感じ取ったドラシアン達。その洞窟を散策中のカケル達の前に現れた仮面のビーダー。その正体は町長の孫・アルバだった。 彼はそこが彼の家が代々密かに守り続けた聖地で、部外者は誰もその中に立ち入らせないといい、カケル達を追い帰すため、後をつけてきたのだが、聖地がカケルに反応したのを見て、カケル達を中に連れて行くことにした。 アルバは、そこがかつて栄えた『超古代ビーダマン文明』の遺跡だといい、更にその先が知りたければ、それにふさわしい資格を示せと、カケル達に迫った。 これまでの遺跡同様、パワー・連射・コントロールの試練をクリアし、ようやくたどり着いた聖地の最奥アルバはブレイクボンバーで勝負を挑んできた。 相手をするはカケル。ドラゴルドに対抗する手段は見付かるのか？？

アルバとの戦いに勝利し、ココドゥロ一族の秘宝を手に入れたカケル達。 ＷＢＭＡ分析の結果、その秘宝はビーダーとビーダマンの精神同機率をアップさせるエネルギーの集合体であり、使い方によってはドラゴルドを倒すのに役立つかもしれないと言うことが分かった。 加えてアルバもカケル達と同行することになり、打倒ドラゴルドに向けて準備を進めていた。 一方その頃、ドラゴルドはドラシアンとドラヴァイスの力をコピーし、更なるパワーアップを遂げていた。先の戦いの際、ナオヤはリュウジには内緒でドラゴルドにドラシアンとドラヴァイスの分析を行わせていたのだった。 更にナオヤはサウスＧＰに向け新たな策略を思いつき、ダイキを利用してカケル達に「ドラゴルドが完全体になった」というニセの情報を流させた。ナオヤが思いついた策略とは？？

サウスＧＰ予選の最中、「ドラゴルドが完全体になった」という情報の真偽を確かめるため、単身リュウジに戦いを挑んだスバル。しかしドラゴルドの必殺技『ドラゴニック・ハンマー』の直撃を受け海に転落し、予選敗退となってしまった。 サウスＧＰ本戦に進んだのはカケル、シュモン、ナオヤ、リュウジ、ユキヒデ、グン、アルバ、アスカの８名。 意識を取り戻したスバルからドラゴルドが完全体になったと聞いたカケルは改めてドラゴルドを倒し、リュウジの目を覚まさせる決意をするのだった。 決勝戦まで勝ち残ったカケルとリュウジ。２度目の対決の行方は？？？

サウスＧＰ決勝戦。スバルの思いに報い、リュウジの目を覚まさせたいと願うカケルは秘宝から放たれた『聖なる力』によりドラシアンと完全にシンクロし、新必殺技を発動させ、リュウジとドラゴルドを倒すことに成功した。 サウスＧＰが終わったことで、これまでの４大会の成績上位８名でＧＰファイナルが行われることになり東ブロックからはカケルとユキヒデが選ばれた。 一方、サウスＧＰでカケルに敗れた上に、アルバに「ビーダー失格」と言われたことで悔しがるリュウジはナオヤの助言も聞き入れず、ドラゴルドの言葉に従ってＧＰファイナル出場者を襲い始めた。 グン、ユキヒデのビーダマンが破壊され、ＧＰファイナルをリタイアさせられたことを知ったカケルは？？？

カケルのピンチを救ったのはバサラだった。リュウジはバサラのことを負け犬呼ばわりし、二人が相手でも構わないと決着をつけることを望むが、そこにナオヤが現れてその場を収めてしまった。 その場は素直に従ったものの、ナオヤのことを信用できなくなったリュウジはドラゴルドと共にドラグレンの力を渡せと迫った。 自分のコントロールが及ばなくなってきたことを自覚したナオヤは、リュウジとドラゴルドと戦うことを決意した。 四つ目の龍の力を手にしたいドラゴルドＶＳパーフェクトドラグレン。ナオヤとドラグレンに勝機はあるのか？？

ナオヤ最後の策も破れ、ついに四龍の力を備え、完全体となってしまったドラゴルド。圧倒的なパワーでドラグレンを倒し、勢いづいたリュウジはＷＢＭＡ本部を乗っ取ってしまった。 天宝院を含む全ＷＢＭＡ職員が社内の一室に閉じ込められる中、ルリが通気口から脱出に成功し、この危機的状況を伝えることが出来たが、リュウジが何のためにＷＢＭＡ本部を乗っ取ったのか理由が分からない限り、ＷＢＭＡ本部を奪還に向かうのは危険だと判断し、手詰まりとなってしまうカケル達。 そんな中、突然Ｂ－太のモニターにリュウジとドラゴルドが映し出され、ドラゴルドは、自身が完全体となった今、他のビーダマンなど必要ないと言い放った。 イグル、シャークス、ベアーガ、サソード・・・次々とＢ－アニマルがＢ－太の筐体を通じてＢ－クリスタルに吸い込まれていく。彼らの目的とは…！？

太古、Ｂ－アニマルの力を集めたドラゴルドは、その大いなるパワーをもってアルバの祖先の文明を滅ぼしたという。今また、ドラゴルドはＢ－太を経路にしてＢ－アニマルの力を吸収しようとしていた。 それを阻止しようと奮戦するカケル、スバルとビーダー達。ドラゴンビットの大群に苦戦を強いられる彼らの元に大型ジェットヘリが降りてきた。その機内から現れたのはレイジ、オウガ、アスカ、グン。ナツミから連絡を受けた彼らはカケル達を助けに来たのだった。 一方その頃、ＷＢＭＡの敷地内ではナオヤとバサラが対峙していた。ドラゴルドとの戦いに敗れ、リュウジに屈したことで自分を見失っているナオヤに対し、バサラは「ドラゴルドとの戦いに負けたことで自分を見つめ直し、変わることが出来た」と今の偽らざる本心を告げた。「あとは自分で考えろ」と言い残して去っていくバサラ。 常に相手をコントロールするための策略を練り、真っ向勝負を避けてきたナオヤ。バサラの言葉にナオヤは初めて全力で勝負することを決意した。相手はカケルとドラシアン・・・　この勝負でナオヤは変わることが出来るのか？？

リュウジとの決戦に臨むカケルとスバル。リュウジはＷＢＭＡがＧＰファイナル決勝戦のために開発したファイナル・ブレイクボンバーで決着を付けるべく二人を待ち受けていた。カケルとスバルを倒すことはドラゴルドが真の王者になるために必要な儀式だといい、二人まとめて相手になるという。 ドラゴルドの力が世界を支配するまで残された時間はあと５分。 モードチェンジを繰り返し、ポイントを重ねるリュウジとドラゴルドに対しチームワークで対抗するカケルとスバル。二人の奮闘に動揺するリュウジにドラゴルドはドラヴァイスのコピー技を仕掛けることを提案。 圧倒的な連射で一気に差を広げようとするが、スバルとドラヴァイスはそれを上回る新必殺技を発動させ、逆にポイントでリードを奪った。 そこにバサラも現れ、カケルとスバルに加勢するという。 追い詰められたリュウジに対し、ドラゴルドはカケル達に勝つために自分に全てを委ねろという。リュウジの決断は・・・

コピーした４龍の力に加え、リュウジの意識をも支配し超完全体となったドラゴルド。 放たれた超必殺技の爆風でカケル達は吹き飛ばされ、ポイントでもリュウジに逆転されてしまった。 意識が朦朧とする中、カケルはリュウジの心の中を垣間見た。 カケルに憧れ、ビーダマンを始めたリュウジ。カケルとドラシアンの強い心の絆を見て自分も強くなりたい、ドラシアンのようなパートナーが欲しいと望んだリュウジ。彼はその思いをドラゴルドに利用されているのだ。 リュウジを元に戻したい。我に返ったカケルが目にしたのは、ダイキとナツミの力を借りてドラゴルドと戦うナオヤの姿だった。 スバルとバサラも目を覚まし、ここに赤白青黒４体のドラゴンタイプのビーダマンと４人のビーダーが集結した。 ドラゴルドとの最終対決、ついに決着！！クロスファイトの未来は・・・