クレストランドで暮らしている少年、御代カモンはレストランを経営する姉アオナと買出しの途中、ビーダマンで対戦している少年達を見かけた。 その場ではビーダマンに興味が無い様に装ったカモンだが、彼は何度も繰り返してあるビーダマンとそのビーダマンを自在に操る夢を見ていた。なぜ、いつもその夢を見るのか？？　それがカモンの疑念だった。 レストランに戻り、いつものように姉の手伝いをするカモン。その彼を見つめる男がいた。カモンのことを良く知っているらしいその男は自分の経営するショップ『Ｂ―ジャンク』にランチを届けるようにオーダーし、カモンが届けることになった。 怪しい雰囲気の漂うその店でカモンが見たのはズラリと並んだビーダマンだった。 しかし、そこには彼がいつも夢に見るビーダマンだけが無かった。 「無いなら創ればいい！」その男に勧められるままパーツを組み上げて行くカモン。 無意識で完成させたビーダマンは夢に出てくるビーダマンと全く同じものだった。 その時、１体のＢ－アニマルが大気圏より飛来しそのビーダマンに宿った。 双肩に朱雀の紋章を刻んだビーダマン、ドライブ＝ガルバーン。それがカモンとガルバーンの出会いだった。

完全復活したドラゴルドによって崩壊の危機を迎えた世界。ＷＢＭＡは二度とそのようなことが起きないよう、世界中のビーダーに呼びかけ情報交換を行っていた。 しかしその呼びかけに応じず、絶縁宣言をする地域があった。カモン達が住むクレストランドだ。クレストランドではで独自に紋章を持つビーダマンが開発されており、クロスファイトではないビーダマン対決『ロードファイト』が行われていることを知ったＷＢＭＡは、スバルを派遣して調査を命じていた。 その頃、カモンはビーダマンショップ「Ｂ－ジャンク」の店主、ゴギョウからロードファイトについて聞かされていた。クレストランドには『グランドＢマスター』と呼ばれるビーダーの指導者がいて、彼が認めた非道なるルールのもと、対戦することを『ロードファイト』と呼ぶ。 ゴギョウの『ロードファイトの掟』についての説明もそこそこにカモンは「ロードファイトで一等賞になる！」と言い残し、ガルバーンを持って飛び出していってしまった。 そこに一人のビーダーが現れ、ロードファイトでの対決を要求してきた。蜂須賀ミツル、スズメバチの紋章（エンブレム）を持つビーダマン『スロット＝ビードル』の持ち主だ。

ミツルとのロードファイトに勝利したカモン。ロードファイトの掟では、敗者は勝者に絶対服従だ。ミツルは「煮るなり焼くなり好きにしろ」と言い放つがカモンは「ただビーダマンで一等賞になりたいだけだ」と言って、取り合わない。むしろミツルとの勝負に夢中になるあまり、帰りが遅くなったことでアオナに叱られないかを心配する始末だ。 理由は分からないが、アオナはカモンがビーダマンに関わることを禁止していた。カモンはガルバーンを見つけられない様に気を付けていたのだが、自らの不注意でガルバーンをアオナに見つけられ、取り上げられてしまう。 その頃、スラム街ではＷＢＭＡから派遣されてきたスバルがミツルと対峙していた。 スバルはクレストランドのビーダマンの探る絶好の機会とその勝負を受けた。 新たに紋章の入ったビーダマンに進化した『ソニック＝ドラヴァイス』。その実力が遂に明らかに。

ロードファイトの勝者としてスバルがミツルに命じたことは、強いビーダーを紹介するということだった。 ミツルはスバルにカモンを紹介したのだが、カモンはアオナにビーダマンを止められていることもあり、スバルとの勝負を受けようとしない。 しかし、Ｂジャンクの屋上で『ＤＸ（デラックス）ブレイクボンバー７』を偶然目にしたことで心が揺らいでしまう。ＤＸブレイクボンバー７に興味津々のカモン。ミツルもＤＸブレイクボンバー７を試してみたいと言い出したため、スバルは２人を対戦させ、クレストランドのビーダーの実力を計ることにした。 冷静にＤＸブレイクボンバー７の分析をするスバル。そこにＢ－ジャンクの店主、ゴギョウが現れ、ビーダマンの楽しさを知ってもらうためにＤＸブレイクボンバー７を開発したのだと言い出した。更にゴギョウは『クロスファイト』の存在も知っているという。 この謎の人物・ゴギョウ。彼の正体とは？

ミツルを通じ、クレストランドのビーダマンとロードファイトについて調査をするスバル。徐々にロードファイトの実態が見えてくる中、ある日、ゴギョウの暗躍もあり、クレストランド初のクロスファイトが開催されることになった。 一方ミツルは、グランドＢマスターの命令を受けたカオスという少女から「南エリアのＢマスターにしてやるから、カモンからガルバーンを奪い取れ」と指示され、苦悩していた。 カオスはカモンを倒すためと言ってグランドＢマスターから預かってきたチューンアップギア『コンバートバレル』をミツルに手渡す。なぜ、グランドＢマスターはカモンとガルバーンをそれほどまでに危険視するのか？

ミツルとカオスの会話は全てスバルに聞かれていた。スバルはロードファイトの勝者の権限を持って、ミツルに考えを改めるように説得したのだが、ミツルはスバルへのロードファイト・リベンジを成功させ、カモンと対決することを選んだのだった。 クレストランド初のクロスファイト大会では、カモンが決勝戦まで勝ち残っていた。決勝戦の相手がミツルに決まり、俄然やる気を見せるカモンの前にスバルが現れ、カオスの企みを告げた。 かつてミツルには憧れのビーダーがいた。まだ、ロードファイトの制度がなかった頃、出会った『南エリアのＢマスター』だ。グランドＢマスターはカモンに勝利し、ガルバーンを取り上げることができたら、ミツルを南エリアのＢマスターにしてくれるという。 南エリアのＢマスターに成りたいミツルｖｓガルバーンとともにビーダマンで一等賞に成りたいカモン。この２人による決勝戦が始まった。 一方、客席ではゴギョウとアスナがカモンについて話をしていた。記憶を失っているカモン。彼の過去に一体何があったのか？

クレストランド初のクロスファイト大会で優勝し、これからがんがんクロスファイトを行おうと張り切っているカモン。一方ミツルは自分の取った行動を恥じ、カモンの力になろうと西エリアに偵察に訪れていた。 西エリアにはＢマスターにより資格を取り消されたにも関わらず、無許可でロードファイトを続けている一匹狼のビーダーがいるという。その名は『拝カゲロウ』。狼の紋章を持つビーダマン『ガンロック＝ヴォルグ』のパートナーだ。彼は『西のＢマスター』に忠誠を誓うマスターガーディアンズと呼ばれる黒服の男達に追われながらも今日まで逃げ延びているのだった。 その話を聞いたカモンは骨のありそうなカゲロウを仲間に加えればさらにクロスファイトが盛り上がると考え、彼を仲間にしようとガルバーンとともに西エリアに出掛けていった。首尾よくカゲロウを見つけ、クロスファイトに誘おうとするカモンに対し、カゲロウは敵意むき出しでロードファイトを挑んできた。 はぐれビーダー・カゲロウとガンロック＝ヴォルグ。なぜ彼らは孤独な戦いを続けているのか？

キャノンアームを装着し、かつての力の一部を取り戻したガルバーン。カモンも、「勝負はこれから」と燃えてきたところにマスターガーディアンズが乱入してきたため、カゲロウとの勝負は流れてしまった。 Ｂ―ジャンクに戻り、カゲロウを仲間にする方法を考えていたカモン。そこにアオナから助けを求める連絡があった。 急いでアオナの元に戻ったカモンが見たのは、うず高く積みあがった皿の山とぐったりとテーブルに突っ伏したアオナ。そして大量の料理を注文し、その惨状を引き起こした張本人・ユキヒデの姿だった。彼は負傷したスバルに変わり、ＷＢＭＡから派遣されてきたといい、カモンに挨拶代わりの勝負を挑んできた。 その頃、ミツルはカゲロウをクロスファイトに誘うため、独り西エリアを訪れていた。自分のことをマスターガーディアンズの一味ではないか？と疑っているカゲロウに対し、「カモンの仲間だ」と告げたミツル。しかし、カゲロウはその『仲間』という言葉を耳にした途端、異常なほどの憤りをあらわにしてミツルにロードファイトを挑んできた。 カモンｖｓユキヒデ。ミツルｖｓカゲロウ。２つの勝負の行方は？

西エリアでもクロスファイトを開催しようと張り切るカモン。ゴギョウやユキヒデとともに、会場の下見に訪れていた。 カゲロウも参加しないかと期待するカモンに対し、カゲロウには近づかない方が良いと忠告するミツル。なぜ、カゲロウは『仲間』を否定するのか？カモンにはカゲロウの気持ちが理解できなかった。 一方その頃、カゲロウはスマホに届いたクロスファイト開催の通知を見てカモンのことを思い出していた。 そのカゲロウを陰から見張っている者がいた。グランドＢマスター配下のカオスだ。彼女はマスターガーディアンズのリーダー『ハガタキ』にカゲロウを捕らえる協力をする代わりに一緒にカモンとガルバーンを捕らえて欲しいと依頼していたのだった。 カオスの企みに全く気付いていないカモンは傷が癒えたスバルと合流し、クロスファイト西エリア大会に参加していた。 ＤＸブレイクボンバー７による対戦。スバル、ミツル、カモンらが順当に初戦を勝ち上がる中、会場では１回戦屈指の好カードが始まろうとしていた。

クロスファイトが行われているその裏で、マスターガーディアンズはカゲロウとカモンを捕らえる準備を着々と進めていた。 カモンとカゲロウの試合の最中、緊急警報が鳴り響き、大型モニターに襲来するマスターガーディアンズが映し出されたため混乱する場内。カゲロウもヴォルグを手にその場から逃走しようとしたのだが、カモンはそのまま試合を続けようという。 さらにカモンは、マスターガーディアンズはここには来ないと断言し、ガルバーンまでもが試合を放棄すればお前の負けだ。それでも構わないなら逃げろとカゲロウを挑発した。 カモンが「マスターガーディアンズが来ない」と断言する理由はただ1つ。スバルやユキヒデ、ミツルとその子分達。ビーダマンを通じて出会った仲間達がマスターガーディアンズを食い止めてくれると信じているからだ。 かつて仲間に裏切られたため、仲間を絶対に信じなくなったカゲロウ。そのカゲロウに、お前も仲間だというカモンとガルバーン。カモンの言葉を信じがたいカゲロウだが、仲間のために奮闘するスバル達の姿を見て、その心が揺れ始めた。

カゲロウがユキヒデに連れられてレストラン『ＡＯＮＡ』にやって来た。 しかし、カゲロウはこれまでの癖が抜けず、カモン達のことを「仲良しごっこ」と言い放ち、出て行ってしまった。 カゲロウは彼を倒したビーダーに雪辱を果たすため、はぐれ狼となったのだった。 心配したユキヒデが連れ戻しにきたが、カゲロウはその好意を拒否。そんなカゲロウにユキヒデはナオヤに操られていた頃のレイジの姿を重ねていた。相手を憎むことで自分が強くなったと思い込んでいた頃のレイジの姿を…。 憎しみで強くなる…。そんなことはまやかしに過ぎない。そう気付かせるため、ユキヒデはカゲロウにロードファイトを挑む。

クレストランド西エリアで２回目のクロスファイトが開催された。 順当に勝ち上がるカモン、カゲロウ、ユキヒデ。そんな彼らのもとに思いがけない報せが舞い込んできた。スバルがまさかの２回戦負けを喫したというのだ。 スバルを倒したビーダーの名は『不知火ビャクガ』。 彼は驚異的なコントロールを誇る白虎のビーダマン『クライス＝レイドラ』を操り、３回戦では同じコントロールタイプのミツルのビードルをも圧倒した。 一方その試合を見ていたカゲロウだが、その表情が一変した。その理由とは？？

ビャクガこそカゲロウが雪辱を果たしたいビーダーだった。そのビャクガにユキヒデまでもが敗れてしまった。 グランドＢマスター『リョーマ』のことを崇めるビャクガ。彼はクロスファイトが広まることで、リョーマが定めたロードファイトの制度が廃れてしまわない様に、クロスファイトをつぶす目的でこの大会に参加したのだった。 一方、カゲロウはビャクガ攻略の糸口を見つけていた。準決勝で対戦する２人。今度こそカゲロウはビャクガに勝利することができるのか？？

カゲロウにも圧勝したビャクガ。彼の正体は西エリアのＢマスターだった。 無口なビャクガに代わり饒舌なレイドラは「自分たちが優勝したらDXブレイクボンバー７を没収する」と宣言した。 対するカモンは自分が勝ったら西エリアで自由にクロスファイトを開催できるようにすることを要求。決勝戦はクロスファイトの今後がかかった大一番となった。 決勝戦でも変わらぬ強さを発揮するビャクガとレイドラ。 追い詰められたカモン、だがその様子がおかしい…。カモンに一体何が起こったのか？

自らの敗北によりＤＸブレイクボンバー７を没収され、そのショックから立ち直れずにいるカモン。カゲロウもビャクガに敗れたことで、落ち込んだままだ。 スバル達からその報告を受けたＷＢＭＡは、カモン達を立ち直らせるためには荒療法も必要と、バサラとドラゼロスのコンビをクレストランドに派遣することを決定した。 その頃、クレストランドのセンターエリアではリョーマとビャクガが面談していた。リョーマはカモンの復活を予言し、ビャクガに一層腕を磨くように指示するのだった。 しかし、当のカモンは未だ失意の中。アオナはそんなカモンを見かねて気分転換のため、旅行に連れ出していた。そこでカモンは怪しい仮面のビーダーと出会う。「ミステリー」が口癖のこのビーダーの正体は？？

カモンが出会った仮面の男の正体はカケルだった。彼はナツミとともにホームステイツアーでこの土地を訪れていたのだった。 カケルとの対戦で立ち直おりつつあるカモンに対し、未だ敗戦のショックを引きずるカゲロウ。その２人に対し、カケルはブレイクボールで勝負することを提案。 最初はやる気を見せなかったカゲロウだったが、カケルとカモンに触発され、本来の調子が戻ってきた。いつの日か再戦することを約束し、別れる３人。 一方、キッチン『ＡＯＮＡ』では置いてけぼりにされたミツルの元にバサラが訪れていた。 早速ロードファイトを仕掛けるバサラ。進化した黒龍『ストリーム＝ドラゼロス』の力が明らかになる。

自分達のことを「甘ちゃんぞろい」と挑発するバサラに怒りをあらわにするカモン。その様子を見たドラゼロスはカモンがかつてのバサラと同じく心の奥底に闇を抱えていると見抜いた。 同じことを感じ取ったバサラはカモンに対し、「心の闇の使い方を教えてやる」と言い出した。アオナは反対するが、カモンはバサラの特訓に付き合うことにする。 しかし、バサラは徹底的にカモンを痛めつけるだけで何のアドバイスもしない。ミツルやカゲロウ、ガルバーンまでもがバサラの特訓に異を唱える中、カモンだけはバサラのことを信じるという。 一方、グランドＢマスター・リョーマから驚くべき発表があった。 西エリアのＢマスター・ビャクガまでも驚くその発表の内容とは？？

グランドＢマスター主催で行われるクロスファイト。優勝賞品は前回の大会で没収されたデラックスブレイクボンバー７だというのだ。バサラの特訓で満身創痍のカモンもベスト４まで勝ち残っていたが、立っているのがやっとの状態だ。 ブレイクボールで行われる準決勝。第１試合はバサラがミツルを下し、決勝に勝ち進んだ。続く第２試合はカモンvsビャクガの因縁の対決だが、前回の対戦同様、ビャクガの前に手も足も出ない。一気にトドメを刺そうとするレイドラを制止し、通常攻撃を繰り返すビャクガ。それがリョーマの意思だという。 追い詰められたカモン。全身は暗黒のオーラに包まれ、目はうつろ…。 ミツルやカゲロウの声も届いていない様だ。 バサラとの特訓は何だったのか？そしてカモンはこのまま敗れ去ってしまうのか？？

ミツルとカゲロウ、２人の必死の呼びかけで正気を取り戻し、ビャクガを倒したカモン。バサラの特訓はカモン達の絆を深めるために行われていたのだ。 決勝戦はそのバサラと新競技『メテオボンバー』で対決だ。カモンのことを「まだ自分の相手じゃない」となめて掛かっていたバサラだが、その強さがカモンの戦闘本能に火を着けることになった。 自分でも気付かないうちに潜在能力を発揮し始めたカモンに対し、その底知れなさに舌を巻き、一気に勝負を決めようとするバサラ。 カモンはバサラに勝利し、ＤＸブレイクボンバー７を取り戻すことができるのか？？

新たにＷＢＭＡより派遣されてきたビーダー『蠍宮シュモン』。しかし、カモン達はゴギョウが見よう見まねで作ったというメテオボンバーに夢中でシュモンのことを気にかけない。気分を悪くしたシュモンだったが、ゴギョウの取りなしによりメテオボンバーでエキシビジョンマッチを行うことになった。 ミツルはシュモンのことをバカにしていたが、エンブレム入りのボディに進化した『マッハ＝サソード』を操り、片手による連射が冴えるシュモンに敗北。その対戦を見ていたカモンの闘志にも火が点いた。 次は自分がシュモンと対戦しようとしたその時、カモンの闘志に呼応するかのようにポケットの中で『ブラストアーム』が光っていることに気づいた。ブラストアームを装着してまた１つ、失われた力を取り戻したガルバーン。マッハ＝サソードとの勝負の行方は？

シュモンも仲間に加わり、更ににぎやかになったカモン達のスマホに着信があった。 発信者はリョーマ。彼はクレストランドにいる全ビーダーに対し、長い間空席になっている東エリアのＢマスターを決める大会『Ｂマスターバトル』を開催すると宣言した。 ゴギョウはリョーマのワナに違いないと、カモンに対し大会に参加しないように忠告するが、東のＢマスターになれば堂々とクロスファイトができると言ってカモンは耳を貸さない。さらに大会に参加するなら今後一切協力しないとまでいうゴギョウに反発し、必ず優勝すると言い放ち、店を出て行ってしまった。 大会当日、父親としてカモンのことを心配するゴギョウをよそに、優勝して東のＢマスターとなり、ゴギョウを見返そうと意気込むカモンとガルバーン。 この大会にはスバル、バサラら実力者も多数参加している。その中にクロスファイトチャンピオン『龍ヶ崎カケル』とそのパートナー『ドラシアン』の姿があった。

Ｂマスターバトルの予選が終了。トップ通過のスバルを始め、カモン、シュモン、カゲロウ、バサラ、そしてカケルの６人が勝ち残っていた。 抽選の結果、ブレイクボールによる本戦第１試合はカケル、バサラ、カゲロウの３人によるバトルと決まった。カケルとエンブレム入りにパワーアップした『ライジング＝ドラシアン』に対し激しくライバル心をむき出しにするバサラとドラゼロス。カゲロウも加わって３人それぞれが１つ目のボールを打上げ、決勝進出にリーチをかけた。 ２つ目のボールを狙い、バサラとカゲロウがエンブレムチャージの体勢に入ったその時、カケルの口から驚くべき言葉が飛び出した。『ダブルエンブレムチャージ！』。ドラシアンから放たれた必殺技はドラゼロスとヴォルグの必殺技を蹴散らし、２つ目のボールを打上げた。１人目の決勝進出者はカケル。 そしてスバル、シュモン、カモンによる本戦第２試合が始まろうとしていた。決勝戦に進み、カケルと対戦するのはどのビーダーになるのか？

カモンとカケルによるＢマスターバトル決勝戦。この勝負に勝ったほうがこの東エリアの頂点に立つＢマスターになれるとあって意気込むカモンに対し、この試合が終わったら一緒にミステリーツアーに行こうと言い出すカケル。対照的な二人だったが、名勝負が予感させられた。 その頃、リョーマの元にカオスが怪しい箱を届けていた。ビャクガと共にいたレイドラはその箱から何やら感知したことのない未知なるパワーを感じていた。 アオナもリョーマが何かを企んでいると察知し、不安で仕方がない。 いよいよ決勝戦がスタート。まずはカケルが1ポイントを先取するが、カモンも負けじとポイントを取り返し１対１。 戦前の予想通り、名勝負が展開されていたその裏でリョーマは着々とカモンの記憶を呼び覚ます準備を整えていた。またしてもカモンは心を闇に支配されてしまうのか？？

暗黒オーラに包まれたカモン。もはや叫ぶ気力も失い放心状態だ。 ゴギョウが駆け付けようとするがハガタキに邪魔され近付くことができない。さらにリョーマはカオスに命じ、『揺らぎの球体』を放たせた。 その球体の直撃を受けたとたん、ガルバーンにも異変が…。 揺らぎの球体の未知なる力はガルバーンを通じてカモンへと伝わり、完全にカモンを支配してしまった。カモンの変貌に驚くカケルたち。 リョーマの命じるままにカケルとの対戦を続けるカモン。暗黒の力を得てパワーアップした必殺技がカケルとドラシアンを襲う。 カケルとカモン、東のＢマスターになるのはどっちだ？？？

ゴギョウからカケルたちに明かされた真実。グランドＢマスター・リョーマとカモンは実の兄弟であった。ビーダマンの開発者だったゴギョウの影響で2人はビーダーの道を歩み始め、兄のリョーマがグランドＢマスター、弟のカモンが南のＢマスターになったのだった。 しかし、ある日を境にリョーマは別人のように変わってしまった。ドラゴルドによりＢクリスタルが暴走したあの日・・・それ以来リョーマはクレストランドのビーダーにロードファイトを強いるようになり、反発したカモンはリョーマに戦いを挑んだが敗れ、全ての記憶を失ったのだという。 リョーマの操り人形と化してしまったカモンを救うため、カモンにロードファイトを挑もうとするカケルたちだが、肝心のカモンに勝つ手段が思い付かない。 意気消沈する彼らのもとにルリが新パーツ『マグナムアーム』を持って現れた。このパーツはカモン奪還の切り札になるのか？？？

カモン対カケルのロードファイト。カモンが勝てばカケルたち全員がグランドＢマスターに忠誠を誓うことを、一方、カケルが勝てばカモンがカケルたちの元に帰ることを条件にメテオボンバーで対決することになった。 暗黒に支配されたままのカモンはカケル相手に反則技を使うこともいとわない。その様子を見たリョーマは余程のことがない限り、カモンの負けは無いと言い切る。 圧倒的に不利な状態ながらカモンを信じ、決して勝負を諦めないカケル。その時、東エリアにある青龍の石碑が青い光を放ち、それに呼応するかのように南エリアの朱雀の石碑も赤く輝き、彼らのもとに集まってきた。 青龍と朱雀。２体の聖獣がカケルの心に共鳴し、力を貸してくれたのだ。その力によりカモンとガルバーンは正気に戻ることが出来るのか？？？

レストランＡＯＮＡにカモンの母ヒミコが帰ってきた。考古学者の彼女はスバルの父とともに『フェニックスのビーダマン』を探していたという。 フェニックス――。東の青龍、南の朱雀、西の白虎、北の玄武、四聖獣のさらに上にたつという２体の究極聖獣の１体。月や闇を司る麒麟に対し、太陽や光を司るフェニックス…。 クレストランドでは２体の究極聖獣フェニックスと麒麟が戦い、勝利したフェニックスが麒麟を『善き心』と『悪しき心』に分断し封印したという伝説がある。そのフェニックスの力を宿すビーダマンがクレストランドのどこかに存在しているというのだ。 その頃、ＷＢＭＡでは焔ナオヤが進化したドラグレンとともに新競技を奪って逃走するという事件が起こっていた。 ナオヤは何を企んでいるのか？

ダイキとともにグランドＢマスターの臣下になりたいというナオヤに対し、その申し出を却下したリョーマ。 しかし、ナオヤが忠誠の証としてＷＢＭＡから奪ってきた新競技『パワープッシュ』を進呈するといったことでリョーマの心が動いた。 臣下にする価値があるかどうか力を見せろというリョーマに、ナオヤは自分の愛機ドラグレンはレイドラにも劣らないといってビャクガを挑発し、彼と対戦するように仕向けた。 カモンとの出会いをキッカケに感情を表に出すようになったビャクガ。ナオヤとの対戦でも以前の冷静な戦いぶりとは異なり、激しい打ち合いを挑むように変わってきていた。 ２人の戦いはドラグレンのモードチェンジを駆使したナオヤが勝利したものの、それでもナオヤを試そうとするリョーマ。 更なる忠誠の証としてダイキのタイガルをリョーマに差し出すナオヤ。 タイガルの力を得たレイドラは、パーフェクト＝レイドラにパワーアップ。アサルト＝ドラグレンＶＳパーフェクト＝レイドラ。究極のコントロールタイプ同士の対戦の結果は？？？

カケルの発案で究極聖獣フェニックスの手がかりを求めて、四聖獣の石碑を調べるカモンたち。東エリアで青龍の石碑を、南エリアで朱雀の石碑を調べ終え、カケルとカモンは白虎の石碑を探しに西エリアに向かった。 その行動をカメラで監視していたリョーマに対し、ナオヤはカケルの勘の鋭さを警戒するよう進言し、ビャクガとともに直接監視に着くことを申し出た。 ナオヤは偶然を装ってナツミを使い、カケルに石碑の在り処として『白虎のねぐら』という洞窟の存在を伝えた。 ナオヤの行動を怪しむカケルとドラシアンに対し、全く無警戒なカモンとガルバーン。結局、直接確かめるということになり、ナツミたちと合流することになった。 白虎の石碑がある広間でカモンたちを見つけた途端、ナオヤはナツミたちを人質にとり、ビャクガとともにカモン＆カケルにロードファイトを挑んできた。 勝てば人質の解放、負ければ東と南エリアのＢマスターの座を返上することをかけたバトルの行方は？

パワープッシュ３本勝負の１本目、カケルとナオヤの勝負はナオヤの勝利に終わった。人質を危険にさらすという卑怯な策を用いてカケルに勝利したナオヤに怒りを向けるビャクガだが、彼の精神は未だにグランドＢマスター・リョーマの支配下にあった。 リョーマを裏切ることはできないと、葛藤しながらもカモンと対戦することを選ぶビャクガ。互角の勝負を展開する２人だったが、ナオヤはビャクガにパーフェクト＝レイドラの力を使ってカモンを倒せと指示した。 ナオヤを卑怯者と決め付け、その指示を拒否するビャクガに対し、全力の勝負を要求するカモン。 ナオヤの本心はビャクガをカモンと対戦させることで白虎の石碑の聖なる力を引き出し、ビャクガをグランドＢマスターの支配から解き放つことにあった。そのためにダイキとともにＷＢＭＡを裏切ったふりをしていたのだ。 ナオヤの企みは成功し、ビャクガを正しいビーダーの道に導くことができるのか？

ビャクガが自身の心を封印し、リョーマに服従する理由。それは彼の過去にあった。かつて不知火コーポレーションの御曹司として何不自由なく暮らしてきたビャクガだったが、父である不知火会長の誰かの陰謀による失脚により、全てを失っていた。 彼の元に残ったのは、親友の闇黒寺ゲンタだけだった。そのゲンタがリョーマに従い、『北のＢマスター』になったその日からビャクガは自分の心を封印し、西のＢマスターとなってリョーマに臣従してきたのだった。 カケルたちと出会ったことで生まれ変わったナオヤ。そのナオヤにより、ビャクガの心の封印が解かれた。リョーマが差し向けたドラゴンビットの一軍を相手に自分の意思で立ち向かうビャクガ。 また１人、強いビーダーを仲間に加えたカモンたち。対するリョーマの次なる手は？？？

南エリアでロードファイトが復活！？その噂を聞いたカモンはカケルとともに調査に乗り出した。 その結果、ロードファイトの主催者はＷＢＭＡから新たに派遣されてきた来堂オウガだと判明。彼は紋章入りにパワーアップした『ジェット＝レオージャ』を使ってロードファイトを繰り返していた。 南のＢマスターとしてロードファイトを認めることはできないというカモンに対し、ビーダーらしくビーダマンで決着を付けろというバサラとドラゼロス。その場を収めるため、カモン＆カケルＶＳバサラ＆オウガでロードファイトを行うことになった。 その頃、ビャクガは西のＢマスターとして、西エリアでもクロスファイトを広める準備を進めていた。 そこにビャクガの親友であり、北エリアのＢマスターであるゲンタが現れた。一緒にグランドＢマスターの元に戻ろうというゲンタに対し、自分自身で自分の進むべき道を決めたというビャクガ。 そして親友同士の対決が始まる…。

グランドＢマスター・リョーマに仕える謎の男『エージェント・ダーク』。彼から四聖獣がまとまらないのは好ましくないとの諫言を受けたリョーマは、ゲンタに南と東のＢマスターを倒せという指令を下した。 親友ゲンタとの対戦以来、元気が無いビャクガ。彼は自分がその親友を裏切ってしまったのでは？と苦悩し、カモンたちの元に相談に訪れていた。 その頃、リョーマの指令を受けたゲンタはカケルのもとに現れ、対戦を迫っていた。戦いを断ればカケルの不戦敗として東のＢマスターの地位を剥奪するという。 ゲンタのことを強引なところはあるが根はまっすぐなビーダーだと判断したカケルは対戦に応じることにした。 デスシエルの超連射に対し、パワーで対抗するドラシアン。東と北、Ｂマスター同士の対決。勝者はどちらだ？？？

東のＢマスター・カケルをも倒したゲンタ。次のターゲットをカモンに定め、南エリアにやって来た。 その頃、カモンはＢジャンクでカケルからゲンタとのバトルの話を聞いていた。ビャクガから既にゲンタのことを聞いていたカモン。新しい仲間たちといることで落ち込んでいたビャクガが本来の自分を取り戻しつつあることに安堵しているところにゲンタが現れ、対戦を挑んできた。 グランドＢマスター・リョーマに心酔し、彼の敷いたロードファイトの制度を維持するために全エリアのＢマスターを倒すというゲンタ。 掟に縛られるロードファイトではビーダマンは楽しめないというカモンの言葉にも耳を貸そうとしない。 ビャクガ、カケルに続き、カモンまでもがゲンタに敗れてしまうのか？

ゲンタの愛機デスシエルに対抗するため、スバル、シュモン、ダイキを相手に対連射タイプの特訓に励むカモン、カケル、ビャクガの３人。 その様子を見たオウガは、ゲンタがカモンたちを本気にさせるスゴ腕ビーダーだと確信し、レオージャを手にゲンタに対戦を挑みに行った。 オウガの予期せぬ挑戦に何かウラがあるのではといぶかしむゲンタだが、オウガが単純に勝負を挑んでいるだけだと知り、対戦に応じた。 ゲンタを強敵と分かった上でなお、彼とのバトルを楽しんでいるオウガ。その姿にかつてビーダマンを楽しんでいた頃の自分とビャクガの姿を思い重ねたゲンタは、ビャクガと２人でＢマスターになると決めた日のことを思い出した。 心を捨ててリョーマに尽くすとしても、自分とは心のままに向き合いたいといってくれた親友ビャクガ。そのビャクガが自分と異なる道を歩み始めた。 ビャクガとの思い出はゲンタを激しく動揺させた。 オウガＶＳゲンタのバトルの行方は？

カモンＶＳゲンタ、２度目の対戦。スバルたちとの特訓の成果を発揮し、ゲンタと互角の勝負を演じるカモン。 その頃、センターエリアのリョーマはエージェント・ダークに命じ、カモンたちを捕らえるための計画を立てていたのだが、ナオヤはその計画を阻止するべく手を打っていた。 カモンとゲンタの対戦がピークを迎えたその時、別の方向から飛んできたビー玉が２人の戦いをさえぎり、更に２人の頭上に巨大なビーダマンの３Ｄ映像が現れた。そのビー玉を放ったのはスバル。そして映し出されたビーダマンこそ、伝説の『スパイク＝フェニックス』だというのだ。 ナオヤはスバルたちと協力し、究極聖獣フェニックスの力を手に入れ、兵器に利用しようと企む者の存在を明らかにした。その名はエージェント・ダーク――。そして、その正体がゲンタの父・闇黒寺ゲンヤであると…。 更にナオヤは、ゲンヤがフェニックスの力を手に入れるために不知火コーポレーションを乗っ取ったことも明らかにした。 驚愕の真実を知らされたビャクガとゲンタ。２人の友情はどうなってしまうのか？？

クレストランドの近海に突如、謎の島が出現した。 その島が『悪しき獣目覚める時、遥か水底より甦る善きモノあり』というクレストランドの伝説にある『不死鳥闘技場島（フェニックスバトルアイランド）』ではないかと考えたヒミコは、カモンたちと一緒にその島を調査することにした。 そこに行けば、「甦る善きモノ」とされる伝説のビーダマン、『スパイク＝フェニックス』がいるのではないかと興奮するカモンたちに対し、アオナはフェニックスが甦ったのだとしたら『悪しき獣』も同時に目覚めたはずだということに気が付いていた。 『悪しき獣』すなわち、闇の究極聖獣『麒麟』が目覚め、その力を宿すビーダマンはリョーマの手にあるのだ。そのことに不安を感じたアオナは自分もカモンたちに同行すると言い出した。 ＷＢＭＡが用意したヘリコプターに乗り込むカモンたち。しかし、その様子を物陰から窺っている少年がいた。彼は誰にも気付かれないようにヘリに忍び込んだ！！ その島では予想通り、リョーマの妨害が待ち構えていた。それによりカケルたちとはぐれてしまったカモンとアオナの前に謎の少年が現れた。 角突リュウドウと名乗るこの少年は何者なのか？？

リョーマとのバトルに敗れ、捕らえられてしまったビャクガとゲンタ。２人を助けに来たカケルとオウガもリョーマの前に敗れてしまった。 リュウドウはフェニックスを奪うチャンスを窺っていたのだが、リョーマの圧倒的な強さの前に手を出せずにいた。彼はアニキと慕うバサラに『スパイク＝フェニックス』を献上するため、この島に潜入したのだった。 満身創痍のカケルたちのもとに駆けつけるカモンとアオナ。敵を討とうとリョーマに挑みかかるカモンに対し、アオナは今のリョーマは普通じゃないと注意を促す。リョーマの手には『ライト＝ドレイク』に加え、『レフト＝スタリオン』の２体のビーダマンがあった。 それでも果敢にバトルを挑むカモン。しかし、ガルバーンの声が届かないほど取り乱している。何かに怯えるように連射を繰り出すカモンに対し、リョーマは告げた。 『トリプル＝ギルシオン』降臨と… フェニックスと対となるもう１体の究極聖獣『麒麟』のＢ－アニマルの力を宿すビーダマンが遂にその姿を現した！！

リョーマの手に堕ちてしまった『スパイク＝フェニックス』。 事態を重く見た天宝院とルリは御代一家をＷＢＭＡ本部に呼び出した。彼らは開発中のアルティメットアームをカモンとガルバーンに託したいという。 アルティメットアーム――。完成すれば、パワー、連射、コントロール、３つのタイプの性能全てを向上させられるという究極のバージョンアップパーツだ。その最後の仕上げはゴギョウに託された。 一方、リョーマはエージェント・ダークとともにスパイクコアの力を兵器利用するため、『スパイク＝フェニックス』を解体することを決定していた。解体作業は翌日、不知火コーポレーションのラボで行われる。 その状況に焦るナオヤ。急ぎＷＢＭＡに報告するが、頼みのアルティメットアームは未だ完成していない。 天宝院はアルティメットアームの完成を急がせるとともに、カケルたちを不知火コーポレーションに先行して乗り込ませることにした。 『スパイク＝フェニックス』の運命は？？

ゴギョウにより、ようやく完成したアルティメットアーム。その名の通り究極のバージョンアップパーツを装着し、ガルバーンの全ての能力が強化された。 また、その能力を最大限に発揮させるためには自身のスキルアップも必要だとカモンも特訓に励んでいた。 不知火コーポレーションでは『スパイク＝フェニックス』解体が始まっている。焦りと疲労で特訓に行き詰まるカモン。 そこにカモンの母・ヒミコが現れた。彼女は島の遺跡を調べた結果、究極聖獣『麒麟』は人の心を操る能力を持っていることが分かったというのだ。 人の心を操る。その言葉に暴走したときの自分を重ねるカモン。 更にヒミコはカモンだけで無く、リョーマ自身も、『麒麟』によって心を操られている可能性が高いと考えていた。彼女もリョーマが変わってしまった原因を探っていたのだ。 母の思いを知ったカモン。『アルティメットドライブ＝ガルバーン』を使いこなし、『スパイク＝フェニックス』と兄・リョーマを助け出すことは出来るのか？

アルティメットドライブ＝ガルバーンとともに不知火コーポレーションに到着したカモン。フェニックス救出のため、エージェント・ダークの仕掛ける妨害工作に協力して立ち向かうカモンたち。 その頃、カモンたちとは別にフェニックスのもとに向かっていたバサラとリュウドウの前にはリョーマが立ちはだかっていた。リョーマはメテオボンバーで２人同時に相手をするという。 リョーマはトリプル＝ギルシオンの必殺技を容赦なく繰り出し、２人を圧倒。その場に駆けつけたカモンが見たのはバサラをかばい、１人でギルシオンの必殺技を受けて意識を失うリュウドウの姿だった。 バサラはリョーマの相手をカモンに任せ、リュウドウの治療のためその場を立ち去った。非道なリョーマに改めて怒りを覚え、勝負を挑むカモン。だが、リョーマは更なる切り札を隠し持っていた。

メテオボンバーによるカモンとリョーマの兄弟対決。勝負は最後のメテオパックまでもつれ込んだ。 お互いの必殺技の応酬に凄まじい爆発が巻き起こる。吹き飛ばされたカモンに対し、その衝撃に耐えたリョーマ。 勝負は決したかに思われたその時、リョーマの目の前に１枚の写真が舞い落ちてきた。 カモンが母・ヒミコから預かった御代家の家族写真。それを目にした途端、リョーマも動けなくなってしまった。 カモンたち侵入者排除のために放たれた衝撃波に巻き込まれたリョーマ。その体には心を闇に支配された時のカモンと同じような紋章が刻まれていた。 やはり、兄・リョーマは究極聖獣・麒麟に心を操られていたのだと確信するカモン。助けようと爆風の中に飛び込むがそこにリョーマの姿はなかった。 全ての黒幕エージェント・ダークのもとに急ぐカモンたち…クレストランドのビーダマンの謎が遂に明らかになる。

エージェント・ダークこと闇黒寺ゲンヤの野望を阻止し、スパイク＝フェニックスを救出してから既に１ヶ月が経過していた。 ロードファイトの制度から解き放たれたクレストランドでは、平和にビーダマンを楽しめるアミューズメント施設が建造され、新しい時代の到来を感じさせていた。 ＷＢＭＡは不知火コーポレーションの協力のもと不死鳥(フェニックス)グランプリの開催を宣言した。優勝者にはスパイク＝フェニックスが与えられる。 エキシビション・プレイで盛り上がる中、姿をくらましていたリョーマが現れ、この大会に参加すると言い出した。 ギルシオンを倒し、兄・リョーマを取り戻すため、必勝を誓うカモンとガルバーン。不死鳥グランプリ、いよいよ開幕！！

予選から白熱する不死鳥グランプリ。 ガルバーンとともに予選突破を目指すカモンだが、究極のバージョンアップを遂げたビーダマンはガルバーンだけではなかった。 カケルもまた『究極レッグ』を手に入れ、ドラシアンを『究極ライジング＝ドラシアン』にバージョンアップさせていた。 アルティメットドライブ＝ガルバーンがパワー・コントロール・連射の３要素全てを向上させた万能タイプのビーダマンであるのに対し、究極ライジング＝ドラシアンはパワーのみを集中強化させたビーダマンだという。 更にナオヤも、ドラゴルドのデータをもとにビーダマンをバージョンアップさせる究極のシールドを開発し、ドラグレンを『アルティメットドラグレン』に進化させていた。 その他の出場者も強敵ぞろい。その中にはカケルも気にかけるあるビーダーの姿があった。皇リュウジ、かつてドラゴルドに心を支配されていた彼もこの大会に参加していた。 不死鳥グランプリ本戦に進めるビーダーはわずか８名。勝ち残るのはどのビーダーか？？

フェニックスグランプリ準々決勝の対戦カードが決まった。 ゲンタＶＳリョーマ、ビャクガＶＳナオヤ、カケルＶＳバサラ、カモンＶＳスバル。４試合ともに何れ劣らぬ好カードの連続だ。 通常の６倍になる巨大ブレイクボールで対戦する準々決勝第１試合。グランドＢマスター・リョーマと対戦するとあって、ゲンタの表情はいつになく硬く、彼らしくないミスをおかし、リョーマにリードを許してしまう。 「お前は絶対、私には勝てない」かつてリョーマにそう言われたことを思い出したゲンタ。自身の弱点を見切られ、完全にリョーマにのまれてしまった。 デスシエルの忠告にも耳を貸さず、防御に徹して持久戦に持ち込もうとするが、それでも徐々に点差を離されていく。このまま為すすべなく敗れ去ってしまうのか？

準々決勝第２試合がスタート。競技台を自由に動き回るブレイクボールでの対戦は精度の高いコントロールショットが要求されるため、最初からパーフェクト＝レイドラとアルティメット＝ドラグレンで対戦に臨むビャクガとナオヤ。ただでさえ正確なショットが要求されるにもかかわらず、ナオヤはわざとブレイクボール本体を回転させて難易度をあげ、互いのコントロールと動体視力だけで勝負することを提案してきた。結局その提案に乗ったビャクガだったが、その決断は彼自身が下したものではなくレイドラの判断に応じたに過ぎなかった。勝負の最中、アクシデントが発生。２人同時に必殺技を放った結果、烈しい激突で発生した静電気によりレイドラは意識を失ってしまった。ビャクガにとってかけがえの無い友人であり、ビーダマンのコーチであったレイドラ。そのサポート無しでビャクガは戦うことが出来るのか？

フェニックスグランプリが行われている最中、ヒミコは遺跡の島の発掘調査を続けていた。天宝院と同様に彼女もビーダーたちの熱い戦いがフェニックスのＢアニマルを蘇らせるのではと考えたからだ。準々決勝第３試合はカケルとバサラによるドラゴン対決。対戦競技はカモンがアルティメットドライブ＝ガルバーンを使いこなすための特訓で使用したパワープッシュの進化版で連射・パワー・コントロールの３つの特性全てが強化された特別仕様だ。ドラゼロスとともにこの大会が終ったらクレストランドを去ることを決意しているバサラ。カケルと究極ドラシアンの猛攻に敗北寸前にまで追い込まれるが、彼をアニキと慕うリュウドウたちの声援を得てピンチを脱した。互いにゆずらず膠着状態が続く中、ドラシアンに異変が…青龍ＶＳ黒龍。この勝負の決着は？？

互いを認め合い、クロスファイトで激闘を繰り返してきたスバルとカケル。ライバルを超えた同志として、ビーダーとして強い絆で結ばれた宿命の２人。彼ら２人が対戦するためには互いに決勝戦まで勝ち残らなければならない。それゆえスバルは決勝戦を見据えているという。その話をシュモンやユキヒデから聞かされたカモンは準々決勝が始まった後も気後れしてしまい、試合に集中できない。初めて見る競技であっても冷静に対応するスバルに対し、カモンはミスショットを連発し、ポイントで大きくリードを許してしまう。決勝戦でカケルと対戦することを望みながら、その思いを胸に秘め、感情に流されることなく目の前の試合に集中しているスバル。カモンはこの強敵を倒すことができるのか？

フェニックスグランプリ準決勝に勝ち進んだのはリョーマ、ビャクガ、カケル、カモンの４人。第１試合がカケルＶＳビャクガによる東西Ｂマスター対決、第２試合がリョーマとカモンによる兄弟対決と決まった。初めてカケルと対戦するビャクガ。彼は敗れていった親友ゲンタのために必勝を期して対戦に臨む。その頃、遺跡の島の闘技場では、ヒミコが発掘したビーダマン用の競技台と思われる謎の物体のデータ解析のために、カモンとゲンタがビーダマン対決を行っていた。データ解析のためとはいえ、手を抜かない２人。四聖獣のビーダマンに選ばれた４人のＢマスターによる真剣勝負は光の究極聖獣フェニックスの完全復活のカギとなるのか？

闇の究極聖獣『麒麟』に心を支配されたままのリョーマ。その兄・リョーマを取り戻すため、DXブレイクボンバー７での準決勝に臨むカモンとガルバーン。試合開始直後、パワー・連射・コントロールの全てにおいてリョーマを圧倒し、勝利にリーチをかけたカモンだったが、ギルシオンに操られるまま闇の心を解き放ったリョーマの反撃にあい、勝負は最後のボムに持ち越された。 死力を尽くす兄と弟。「リョーマに勝ってビーダマンの一等賞になる」カモンとガルバーンの熱い思いに、またもやフェニックスの魂が応えた！スパイク＝フェニックスの力を宿したガルバーンＶＳトリプル＝ギルシオン……光の究極聖獣『不死鳥』ＶＳ闇の究極聖獣『麒麟』……カモンＶＳリョーマ……。全ての因縁に遂に決着がつくのか？！

カモンとの死闘の果てにようやく自分の心を取り戻したリョーマ。しかし、その直後に意識を失ってしまった。命に別状はないものの、生命エネルギーが低下した状態にあり、このまま目を覚まさない可能性があるという。この事態を重く見た天宝院たちもこのまま決勝戦を行うかどうか迷う中、カケルはその判断をカモンに委ねると言い出した。悩むカモン。その末に出した結論は「決勝戦に出てビーダマンの1等賞になる」カモン＆アルティメットドライブ＝ガルバーンＶＳカケル＆究極ライジング＝ドラシアン。メテオボンバーによるフェニックスグランプリ決勝戦。いよいよ開始！！

カモンとカケル、実力伯仲の２人による決勝戦。互いに必殺技を放っても決定打になりえず、ただ時間だけが過ぎていく……。残り時間もあとわずかとなったところで、その均衡が崩れた。カケルが放った必殺技が先にパックを捕らえたのだ。このチャンスを逃さないカケル。完全にパックをコントロールし、勝負を決めにかかった。試合を見守るスバルたちも、当のカモンですら「勝負あった」と思ったその瞬間、信じられないことが起こった。「あきらめるな、カモン！」カモンの大ピンチにリョーマが目を覚ましたのだ！！兄・リョーマの姿を目にし、再び闘志をみなぎらせるカモン。フェニックスグランプリ優勝者はカケルか？カモンか？