デュエマ大好き主人公、勝太たち5年2組の面々！ ある日、仲良し四人組は同じ夢を見る…。それは見たことない場所で見たことないドラゴンに出会う夢。実はそこは現実にある場所で、早速行ってみることに。到着した先で見たのは、奇妙な古ぼけた書物だった。一方その頃、この書を追う巨大な組織が暗躍をはじめていた…。

勝太のもとに転がり込んだ、古ぼけた書。それはアウトレイジの書と呼ばれるものだった。そして、その書と一緒にやってきた小さなドラゴン。カツドンと名付けたそのクリーチャーは、勝太の大事なカレーパンを食べあさったり大暴れ！ そんな中、街でカードの能力を使った奇妙な事件が発生！ どうやら原因はクリーチャー!?

街で次々起こるクリーチャー事件！ その原因はオラクルという種族が放つ悪の意思であることが分かった。そんな中、再びクリーチャーによる事件が発生！ 勝太はカツドンの力でデュエルゾーンへ引きずり込み、デュエマで解決！…のはずだったが、相手の様子がおかしい。そこに現れたのはオラクル軍団で…！

クリーチャー事件を成り行きで解決していた勝太たちのもとに、思いもよらぬ来訪者が！ その子は紫の髪をなびかせて、タブレットを駆使して勝太たちに迫ってきた！ 少女の名前はレイ！ どうやら転校生のようだ。レイは事件の裏に勝太あり！ と嗅ぎつけて、探偵団を結成しようと持ちかける…！

デュエマ探偵団として活動する羽目になった勝太。やる気は出ないが、レイのカレーパン作戦につられ、今日も事件解決へ乗り出す！ 今回の事件は、巨大な湖に突如現れた怪物、ダムッシーの捜索！ 早速現場に出向いてみるも、そこには思わぬ事態が待ち受けていた…！

再び新たな事件が発生！ 街中からスイーツやカレーパンが消えた！ またもやレイちゃんの発案でデュエマ探偵団が出動することに。事件を追っていく中で一人の青年パティシエが浮かび上がる。しかし本人には何の意識もなく、まさかそんな事件が起きているとは思ってもいなかった。事件の真相やいかに…!?

あらゆる建築物が破壊・デコレーションされる事件が発生！ 若き建築家・桜田が犯人として浮かび上がった！ 探偵団が調査を進めていると、これまでの事件とは違う匂いが…。その理由は事件を起こしていたクリーチャーにあった！

無事に桜田の事件を解決した勝太の前に現れた謎の覆面デュエリスト！ 勝太に対して、オラクルに関わるといつか大切なものを失うと警告する。なんのことやら分からない勝太であったが、そんな中街を再び事件が襲う！ 巨大なクリーチャーの像があちこちに乱立し、混乱に陥れているというのだ…！

何とか覆面デュエリストを退けた勝太。久々に平穏な日々を送っていた。そして今日は待ちに待った社会科見学！ 行先はなんと「カレーパン工場」！ いやがおうにもテンションが上がる勝太。早速工場の中を進んでいくと、一人の少年に声をかけられる…。

オラクルのボス、ヨミの手によってクロスファイアを失った勝太。オラクルの目的はアウトレイジの書と勝太を自分たちのものにすることだった！ そのために手段を選ばないオラクルは、勝太の仲間たちを襲い始める。ヨミの忠実な部下イズモによって次々にやられていく仲間たち…。

カツドンが倒され、封印されてしまった勝太。何を言っても反応なく、黒くくすんでしまったカツドンはまるで死んでしまったよう…。失意の勝太のもとに再び事件が襲う！ 今度は時を操るクリーチャーが現れ、街中で時間をいじり騒ぎを起こしていた。事件解決に乗り出した探偵団だが、カツドンのいない勝太はみるみる追い込まれてしまう…。

カツドンはカツキングとなり蘇った！ 心強い相棒が再び帰ってきたことで勢いを取り戻す勝太。事件解決も絶好調で、イズモ・ヨミへのリベンジを強く胸に誓う。そしてその時は思わぬ形でやってきた！ 事件解決のために乗り込んだ館に現れたのはイズモ！ 勝太の負けられない超決戦が始まる！

イズモとの戦いを終えた勝太のもとに、オラクル軍団の総帥ヨミが現れた。ヨミのために忠誠を誓い、全力でデュエマに挑んだイズモは、ヨミにとってはただの捨て駒にすぎなかった。その言葉を聞き、怒りを覚える勝太。そしてもう一人、ヨミへの怒りをあらわにする人物が…。

自分を認め、共に戦ってくれたイズモの存在を軽んじたヨミに対し、怒りをあらわにする覆面デュエリスト！ ついにヨミと決別、イズモの弔いデュエマが始まった！ しかし三神合体で圧倒的な力を見せるヨミの前になす術なし…。果たして意地の一撃は決まるのか!?

新たにプロメテウスを仲間に加え、オラクルとの戦いに備える勝太。そんな中、街中にクリーチャーが大量出現！ その原因はヨミの操る次元リアクターという装置だった！ 勝太たちは次元リアクターを止めるため、ヨミの待つオラクルビルへと向かう…！

次元リアクターのもとへとたどり着いた勝太たち！ 装置を破壊しようとする勝太だが、ヨミに阻止されてしまう。そして次元リアクターが起動、世界中に大量のクリーチャーが！ アウトレイジの書の力を借りて、ヨミにデュエルで挑む勝太！ 地球の運命を賭けた、勝太とヨミの最終決戦が始まる…！

夏休みが始まり、集合場所だった学校に入れなくなってしまった探偵団。探偵事務所を開こうとするレイが目をつけたのは、プリンプリンの家だった！ バチバチと火花を散らすレイとプリンプリン！ そんな中、兄がチャラいサーファーになってしまったという女の子が相談にきて…？

探偵団に依頼にきたのは、超可愛い女の子！ デュエマ大会に勝って、優勝賞品のハワイ旅行をプレゼントしてほしいという。興味のわかない勝太だが、ぶっちゃけたちは女の子にメロメロ！ その裏にはクリーチャーの影が!? デュエマ大会の行方やいかに…？

高原のコテージに泊っていたお客さんが消えてしまう、という事件が発生！ 塾のテストがあるベンちゃんを除いて、探偵団はコテージ村へと向かう。そこで出会ったのはデュエマ好きの親切な少年だったが…？ 一方、探偵団のことが気になり駆けつけたベンちゃんは、ロビーから驚きの真実を聞く!!

カツドンたちチーム・エグザイルの分のアイスを食べてしまい、カツドンと大喧嘩してしまった勝太。謝ろうとしない勝太に怒ったカツドンは、他のクリーチャーと共にストライキを起こす！ そんな中、公園に覆面デュエリストのニセモノが出現!? カツドン不在のまま、事件を調べる勝太だが…!?

何もない交差点で人が転んだり、車がパンクしたりする不思議な事件が起こった！ 妖怪の仕業だと騒ぐぶっちゃけだったが、勝太たちはカード事件である証拠を発見！ しかし、カードの持ち主は一体どこに？ そして犯人の目的とは!? デュエマ探偵団の、必死の調査が始まる！

夏休みもついに最終日！ いつものようにカレーパンを取り合う勝太とカツドンだったが、ふとしたことから、二人が出会った日のことを思い出す。チーム・エグザイルとの出会い、覆面デュエリストやイズモ、ヨミとの激アツバトル…！ 勝太＆カツドンの、デュエマ激闘の日々の軌跡をたどる！

新学期が始まり、デュエマ探偵団での活動にやる気をだす勝太。しかし、勝太の他にもカード事件を解決している奴がいた！ 男の名は青砥礼二、スーツにサングラスの怖そうな男。そして、共に闘っていたのはアウトレイジの親分肌、ジャッキーだった！ ある晩、勝太と共に闘ってきたクリーチャーたちは、ジャッキーに呼び出され…!?

ある日、零とブータンはゴスロリ服を着た少女に出会う。人形のような奇妙な雰囲気の少女は、記憶喪失になっていた。少女に気をかける零だが、少女は不気味な予言を残し姿を消してしまう。一方、勝太たちが学校に行くと、教室中が少女に似た人形で覆い尽くされていた！ 人形に襲われたヨーデルたちは、人形と同じ姿に変化してしまい…!?

ヨミが倒されて以来、姿を隠していたゾロスター。しかし、偶然テレビに写った怪しい青い光をきっかけに、石化したオラクルの書を発見する。その傍らには、光を放つカードが一枚…。翌日、勝太たちは街で怪事件が起きているというニュースを聞き、現場へ出動！ そこには大量のクリーチャーたちが出現し大暴れしていて!?

ニュースキャスター・ミミの大ファンであるぶっちゃけ。公開録画に応募し、流れ星に願いをかける。しかし落選して落ち込んでしまい、デュエマにも身が入らないぶっちゃけ。一方、もう一人流れ星に願いごとをしているミミちゃんファンがいた！ その男、タツキは手に入れたカードを使い、テレビ局に侵入して…!?

デュエマ大会にて、手札が次々とめくれ、デッキが崩れる事件が発生！ 犯人は、実体化した霞み妖精ジャスミンであった。カツドンたちが尋ねると、ジャスミンは一目惚れした愛しのクリーチャーを探しているという。ジャスミンの描いた似顔絵を元に、会場を探しまわるカツドンたち。恋の行方やいかに!?

商店街の福引で、沖縄旅行に当選した勝太。六名様ご招待ということで、探偵団のみんなとプリン、ドラゴン龍を誘って行くことに。ジャンボジェット機のファーストクラスに乗って、レッツ沖縄！…かと思いきや、外は雷と嵐の悪天候。更に、パイロットも他の客もいないのに空を飛んでいて!?

デッキの組み替えに夢中の勝太。その時、突風にあおられキャロルのカードが飛んでいってしまった！ それを拾ったのは、かつて勝太と激闘を繰り広げたナイスガイ・青砥礼二！ 礼二の「歌でみんなのハートを痺れさせる」という夢に協力することにしたキャロルは、礼二と手を組んで町内会のど自慢大会に挑む！

ヨーデル家が経営している「ヨロレヒ温泉郷」に遊びに来た探偵団メンバー。温泉好きのカツドンは、隠れた秘湯を探すため、ひとり山奥へ入っていくのだが…一方、温泉郷を楽しむ勝太たちであったが、ヨーデルが密室で何者かに襲われる事件が発生！ 消えたカレーパン、アリバイのないカツドン。犯人を探すべく、探偵団出動！

怪しい影に襲われるゾロスター。影を操っていたのは、オラクルの書に封印されていた神官、バラモンとデトロイト・テクノだった！ 復活した二人はゾロスターを脅し、とあるカードを探してくるよう命ずる。一方、街ではコンピュータを使い、大金を盗み出す事件が発生！ カード事件ではないかと疑う勝太たちだったが…？

海に浮かぶ刑務所、監獄島。なんとそこにオラクルの神官デトロイト・テクノが出現、監獄島を乗っ取ってしまった！ ドラゴン龍が負け、ヨーデルの財産も奪われたままで不安げな勝太たち。そこに、「オラクルの情報あり」と書かれた差出人不明のメールが届く。テクノの狙いとは？ そして勝太はドラゴンの敵をとれるのか!?

オラクルの新たな魔の手と闘うことになった勝太たち。それをきっかけに、アウトレイジの書に埋め込まれている宝石が、今までとは違う輝きを放つようになった。ところが光っている間、カツドンはボーッとしたりどこかへ行ってしまったりと、何か様子がおかしい。その頃街では、カードに取り憑かれたサラリーマンが喧嘩をしていたのだが…!?

アウトレイジの書の導きによって、ヨルムンガンドの迷宮にたどり着いたデュエマ探偵団。カツドンを探すため、勝太たちは書の光を頼りに迷宮へ踏み込むが、そこはデュエマの力を試される試練の場だった！ その陰で、オラクルの神官バラモンは街を襲い恐怖を集め、デトロイト・テクノは迷宮を攻撃し勝太たちを閉じ込めようとしていた！

デトロイト・テクノを撃退し、街へ戻ってきたデュエマ探偵団が見たのは、深い眠りに落ちた街の人々だった！ 人間に悪夢を見せ恐怖を集めるというバラモンの作戦により、謎の繭にパワーが集まっていく。バラモンに勝利した勝太だったが、油断した隙に零がオラクルに連れ去られた！ 閉じ込められた謎の城の中で、零は衝撃の真実を知る…！

妹である零を取り戻したイズモの次の狙いは、アウトレイジの迷宮だった！ ヨルムンガンドを襲うイズモの真意とは…？ 勝太たちのもとに戻ったブータンは、零がイズモの妹であり、オラクルとなったことを告げる。ショックを受ける探偵団メンバーのもとに現れたのは、なんと零自身であった！ 「お前が必要だ」という零の言葉に葛藤するブータンだが…!?

オラクルとなった零とブータンに敗れたベンちゃん！ 勝太は、零がオラクルとなったことを未だ信じられずにいた。カツドンたちエグザイルは、ブータンを説得し連れ戻そうとするのだが…！ 新たな力を使い、街を破壊するブータン！ デュエマで勝利しブータンを止めた勝太とカツドンだったが、そこに零が現れて…!?

カツドンが手に入れたレイジクリスタルを警戒するイズモ。かつてオラクルは、レイジクリスタルの力で封印されたのだった。しかし、オラクルにも強力な力を持つ伝説の秘宝があるという。零がオラクルになってしまったショックから立ち直れない勝太。ベンちゃんは、勝太を元気づけるべく勝負をしかける！ その時、零の残していったモバイルに着信があり!?

零を取り返すことに成功した勝太たち。オラクルの力から零を解放すべく様々な作戦を試すが、効果がない。しかし、カツドンの持つアウトレイジの剣を見ると零は苦しみ出す。零が連れ去られたことに気付いたブータンは、イズモの操るゴッドクリーチャー二体を引き連れ勝太たちを襲撃！ 何とか食い止める勝太たちだが、そこに現れたのは…!?

イズモの襲撃を受け、零を奪われてしまった勝太たち。勝太は、イズモの強烈な攻撃を受け気を失ってしまう。みんなに呼び掛けられても目を覚まさない勝太は、なんと意識の世界に囚われてしまっていた！ 仲間たちとの日々やオラクルとの戦いを思い出す中で、勝太が見つけたものとは!?

南極にて、ついにオラクルジュエルを発見したイズモ！ 秘宝の力を解放しようとしたその時、現れたのはドラゴン龍だった！ イズモを止めるべく、デュエマで勝負を挑む！ イズモに敗れボロボロの勝太たちは、今はドラゴンを応援することしか出来ない。プリンの一言で、ドラゴンの勝ちを信じる勝太たち。果たして、勝負の行方は!?

覚醒したオラクルジュエルの力によって、イズモは新たなる姿、新神類イズモへと変貌を遂げた！ 恐るべき力の前になすすべなく敗れるドラゴン。それを知った勝太のもとにイズモから呼び出しが…。新たな力を得たイズモVSレイ奪還に燃える勝太！ 三度衝突する二つの力！ 勝つのはどっちだ!?

イズモの手によって体内からレイジクリスタルを引き抜かれてしまったカツドン。これでイズモの手にはついに二つの秘宝が揃う…。一方カツドンは力も入らず完全脱力状態に。イズモは二つの秘宝の力を解放し、自らの城を移動要塞さながら空中へ！ 危険を察知したベンちゃん、ぶっちゃけ、ヨーデルは動けないカツドンの代わりに戦いを挑みに向かう！

アウトレイジの書の力で何とか立ち直ったカツドン。勝太と共に三人のもとへ。しかし城の周りにはオラクルの結界が張られ、容易に中に入ることは出来ない。困り果てた四人を救ったのはまたしても書であった。アウトレイジのオーラによって中和された結界の中に侵入し、決着をつけにいく四人。果たして運命は…!?

オラクルエリア内にて、次元リアクターを発見した勝太たち！ パワーアップして復活したゾロスターに妨害されつつも、勝太とカツドンは何とか次元リアクターを起動させる。その中で見た、アウトレイジとオラクルの隠された歴史とは!? そして、零の秘密とは!? その時、二つの書を取り返しに現れた零！ 果たして、零は元の姿に戻れるのか!?

オラクルの心に打ち勝ち、アウトレイジに戻った零！ オラクルのスパイであったことを告白し謝る零を、勝太たちは快く許す。ブータンもチーム・エグザイルに復帰、デュエマ探偵団は再結成したのであった！ ドラゴンとプリンも加わり、みんなでイズモを倒し地球のオラクル化を阻止しようと新たに決意する勝太たち。しかし、零は別の決意をしたように見えて…!?

新たな姿「無法人類 G・イズモ」へと進化したイズモ！ 説得にきた零を倒し、地球のオラクル化を進行させていく。勝太たちはイズモの野望を阻止するべく、オラクルエリア内を突き進む！ 完全体となったイズモを相手に、勝太とカツドンは勝つことが出来るのか!? みんなを、地球を、そして零を救うことは出来るのか!? ついにアウトレイジVSオラクル最終決戦!!

イズモを倒し、オラクルの魔の手から地球を救ったデュエマ探偵団！ 街には平和が戻り、勝太たちもいつもの日常を取り戻していた。一方、デュエルゾーンに集結し話し合うアウトレイジクリーチャーたち。強大な力を持つオメガクライマックスは、地球には存在するには余りに危険なものだ。カツドンたちは勝太たちに別れを告げ、元の世界へ戻ることを決意する…!?

復活したゾロスターに、カツドンもろともオメガクライマックスを奪われてしまった勝太！ ゾロスターは勝太たちが以前倒したはずのヨミの名を叫んでいたが、果たして…!? その時、空に巨大な光の柱が走る！ その根本に向かった探偵団たちを待っていたのは、かつてのオラクルの拠点・オラクルビルと、オメガクライマックスを奪われてしまったカツドンだった！

ヨミが作りだした、オラクルが人間を支配する世界へと引きずり込まれた勝太たち！ このままパワーが増幅すれば、地球はオラクル世界に飲み込まれてしまう！ オラクルが人間を支配することで、争いのない平和な世界が築けるというヨミ。しかし、勝太とカツドンは人間とクリーチャーの自由を取り戻すため、強大な力を手に入れたヨミに立ち向かう！ 勝太＆カツドンVSヨミ、究極の最終決戦デュエマ！

ついにオラクルを倒し、地球に平和を取り戻した勝太。しかし、一緒に戦ってきたカツドンたちアウトレイジも元の世界へ帰ってしまった。みんなと別れ部屋に戻った勝太が思い出したのは、アウトレイジたちとの出会いと戦いの日々だった。カツドン、クロスファイア、ジャッキー、カツムゲン――。勝太と共に激闘を繰り広げたアウトレイジの英雄たち。戦いの記憶と共に、衝撃のあの日からをトレスする。