切札勝太。自称何をやっても最強…そして天才。大好物のカレーパンで何でも言うことを聞いてくれる一面を持つ。ある時、ガリ勉のべんちゃんに最高級カレーパンを渡され、明日の9時に公園にくるようお願いされる。勝太は実はデュエマ嫌い。そんな時、勝太は幼い時の勝舞とのデュエマを思い出していた。勝太はデュエマ伝説のデュエリスト切札勝舞の弟だったのだ。翌日呼び出された公園に行くと人がいっぱい集まっている。それは三人一組で出場するデュエマの大会だった。

デュエマから逃げた勝太のことをライバルのドラゴン龍がバカにし、勝太を虫ケラ呼ばわりする。バカにされたことに怒った勝太はデュエマ大会への参加を決める。大会は3対3のチーム戦。先に2勝したチームが勝ち。1回戦の相手は商店街のパン屋さん、八百屋さん、花屋さんの商店街スタンプラリーズ。去年の大会のベスト4という強豪チーム。そして勝太の相手は実力者のパン屋さん。いざ勝負かと思いきや、ヨーデルの手を握る勝太。何とデッキを持っていなかった。そしてデュエマのやり方も知らなかった…果たして勝負の行方は?!

決勝まで駒を進めた勝太たち。しかし、勝太が勝ったのは初戦だけ、2回戦、3回戦は負けていた。決勝の相手はドラゴン龍が率いるチームドラゴン。ヨーデルとぶっちゃけは勝太をドラゴン龍にぶつけて、自分たちが2勝して優勝する計画だ。勝太が使うスタートダッシュデッキは速攻型。ドラゴン龍のシールドを早くもブレイクする。しかし、ドラゴン龍に動じる気配はない。そして徐々にドラゴン龍がその実力を見せ始める。

優勝はチームドラゴン…チームは負けたのにまだ諦めていない、勝太の目はまだ生き生きしていた。ドラゴンに追い詰められ、全く攻撃出来なくなった時も勝太は笑っている。そしていよいよ残りシールドが一枚になった時、機神勇者スタートダッシュ・バスターを召喚して怒涛の反撃を開始する。しかしドラゴンは「遊びはここまで」と不敵な笑みを浮かべて勝太を打ち破る。惜しくも敗れてしまった勝太には会場から盛大な拍手が送られる。優勝したドラゴンには「超爆デュエルファイヤー」が渡されたが、ドラゴンはそれを捨ててしまう。勝太はそれを手にして見つめていた。

勝太のおじさん、勝三に呼ばれたヨーデルとぶっちゃけ。勝太はデュエマやらないと言いながら「超爆デュエルファイヤー」を大事に持っていた。勝太はリベンジを宣言するが、ヨーデルとぶっちゃけは勝太の実力にギモンを持っていた。勝太は実力をしらしめるためにぶっちゃけ、ヨーデルとデュエマをするが、負けてしまう。勝太はカードの使い方がめちゃくちゃだという指摘にも耳をかさない。ただ次の日からブツブツと考えながら呟く勝太の姿があった。

再びドラゴン龍と対峙した勝太。「オレとデュエマしろ！」 負けたままじゃ気が済まない勝太はドラゴンに戦いを挑む。ドラゴンは勝ったら勝太が胸からぶら下げているカードをもらうことを条件に挑戦を受け入れ、勝太が勝った場合は歌いながらパンツ一丁でカレーパン100個持ってくることを受け入れる。…善戦むなしく結果はドラゴンの勝利。特訓していたことをおくびにも出さない勝太だったが、ヨーデル、ぶっちゃけにはバレており、これから特訓相手になってあげると言われる。素直に喜ばない勝太だったが、デュエマに対する気持ちは変わりつつあった。

勝太はデュエマ相手を探して低学年の子どもたちに「デュエマしよう」と声をかけるが、子どもたちはデッキを差し出して「許して下さい」と言う。街では負けたらデッキを全部奪われるデッキ狩りが流行っていた。勝太はデュエマ相手を探していたことを突っ込まれて慌てて否定する。勝太がデッキ改造していたらドラゴン龍のデュエマは勝敗が分からなかったかもしれない。勝太はデッキ改造の名人のガリ勉のベンちゃんにデッキの作り方を習おうとするが、ベンちゃんは無視して応じない。ベンちゃんはもうデュエマはやらないという…。

しゃちほこ決闘連しゃちほこーず、それがデュエマ狩りの正体。勝太は自分で組んだ自称最強デッキでデュエマすることに。ところが勝太のデッキはマナコストの高いクリーチャーばかり。防御は最大の攻撃と女性デュエリストは着々とブロッカーを召喚していき、ついに勝太は負けてしまいデッキを奪われてしまう。ベンちゃんは隠していたデッキを手にデュエマ狩りとデェエマする。デュエマをバカにするヤツは許せないとベンちゃんのシールドトリガーが炸裂して見事勝利！

デュエマのことを聞こうとベンちゃんの後をついて行く勝太。べんちゃんは仕方なく勝太にデッキの組み方を教える。そして説明より実践と早速デッキを組んでみることに。まずは自分が入れたいカードを入れてみたらと言われ、勝太は首から下げている「激竜王」のカードを入れようとする。そのカードはベンちゃんも見たことがないカードだった。そこへぶっちゃけとヨーデルが現れ、べんちゃんにもう一度デュエマするように誘うが、べんちゃんは「デュエマは嫌い」と去っていく。ベンちゃんが歩いているとデュエマ狩りをしていた三人に遭遇する。

勝太がかけつけると、べんちゃんが負けていた。デュエマの相手はオンセン。べんちゃんのデッキが奪われてしまう。勝太は自分のありたっけのカードとぶっちゃけ、ヨーデルのデッキを賭けてオンセンとデュエマすることに。自分で組んだデッキを手に勝太は以前とは違う気迫を見せる。オンセンはべんちゃんを破った三体合体で勝太に迫ると、勝太の「激竜王」が輝き出す。それはサイキック・スーパー・クリーチャーと呼ばれるビクトリー・カードだった。

「デュエマの母」こと浦無（うらない）ズバ子のデュエマカードを使った占いは当たるらしい。5ターンのうちにその人がブレイクしたシールドを見ればズバリ分かるという。全国放送でミミがズバリ言い当てられるが、信じようとしないミミに対し、ズバ子は「信じないヤツはエイリアンに脳みそをグリングリンされる」と言う。信じようとしない勝太は占ってもらうとズバリ言いあてられてしまう。そして未来を占ってもらうと「3年間カレーパンを食べられなくなる」という。

ズバ子の占いを変える方法があるという。それはデュエマでズバ子に勝つこと。早速ズバ子に戦いを挑む勝太。するとズバ子の予言が次々に的中し、勝太はピンチを迎えてしまう。すると急に独り言を言い出し反撃を開始する勝太。カードに話しかける勝太をズバ子は自分の占いと似た能力があると感じる。デュエマに勝利した勝太はズバ子から兄のことは気にしない方がいいと忠告を受ける。そしてドラゴン龍に会いたければ次世代WHFに行けば会えると教えられる。

次世代WHFにドラゴン龍を探しにやってきた勝太たち。DMの強豪たちが揃った大会にドラゴン龍も参加していると思われたが、参加者リストにドラゴン龍の名前がない。しつこい勝太を避けるためにドラゴン龍は大会に参加しないのか、勝太にはドラゴン龍を探し出す秘策があるという。だが、その作戦にひっかかったのは祖父の勝三と犬の勝丸。勝三はデュエマをせずに遊んでいる勝太を勝舞と比べて嘆く。すると勝舞の弟という噂を聞いたチャラ男が現れ、勝太にデュエマを挑んでくる。

チャラ男は有名なデュエリストばかりを選んで倒している実力者。勝太とチャラ男のデュエマは地味で、ドラゴンはその場を立ち去ろうとする。そのことでぶっちゃけはドラゴンが大会に参加しなかった理由に気づく。それは大会に参加して目的のカードを探すより、デュエマを見て回った方が効率がいいのであった。すると立ち去ったドラゴンに近づく気配が…。その正体はオンセン。一方勝太のデュエマは、勝太の独り言タイムがまた始まり、見事に勝利。べんちゃんは勝太に日本一決定戦に出場するように勧める。

デュエル・マスターズ最高機関『ダッシュ』の本部ビルに保管されていると言われている、「ミズチ」のカードを手に入れるため、ドラゴン、ウコン、サコンは潜入を試みていた。しかし、ビルは厳重な警備に守られていた。この警備を突破するには、カードのある場所まで迷わず行けでもしないと不可能。そんな暗雲立ち込めていたドラゴンだがデュエル中急に力を発揮する勝太のことを思い出す。その力があれば、「ミズチ」のカードを探し出せるかもしれない。ドラゴンは急いで勝太に果たし状を書くことに…。

ドラゴンからの果たし状を受け取った勝太。指定された場所はダッシュの本部ビルの屋上だった。べんちゃん、ヨーデル、ぶっちゃけと共に急いで約束の場所へ向かう勝太は、襲いかかる警備の罠も気合で乗り越えて、何とか屋上へとたどり着く。そこには空からの侵入に成功したドラゴンの姿が。ドラゴンは勝太の力の秘密を知るため、勝太は因縁を果たすため。再び二人のデュエルの幕が上がる。一進一退のデュエルがくり広げられる中、勝負は思わぬ方向に…。

ドラゴンとのデュエルを経て、実力アップの必要を感じた勝太たちは、勝三指導のもと、デュエル合宿をすることに。向かった先は勝三の知り合い、ケンちゃんと孫のハコちゃんが営んでいる山奥の山荘。「運が悪いですね…」と口癖のように言うハコちゃん。だが、この後勝太たちは本当の不運を体験することになる。見るからに恐ろしい雰囲気漂う山荘で、地獄の特訓を受ける勝太たち。そんな中、なんとヨーデルが幽霊を目撃してしまう。デッキビルダーでデッキを強化し、怖いものなし状態の勝太は、幽霊の正体を暴くため、森の中へと進んでいくが…。

幽霊の正体を暴くため、森の中へと足を踏み入れた勝太たち。しかし、突然の雨に打たれ、雨宿りのため洞窟へと避難する。待っている間やることもないので、デュエルをすることに。だが、なぜかそこに着ぐるみのようなものを着た少年の姿が…。まさかの展開に驚き慌てふためく一同。この少年はシカバネキタロウ。この地から出ていけと勝太たちに警告をするため現れたのだ。キタロウは勝太にデュエルを申し出るのだが、これにはある条件があった…。

合宿中の勝太たちは、今日も地獄の特訓中。だが、その甲斐あってかみんな自分の実力が上がっていることを確信する。そんな彼らに勝三が与えた試練、それはミミとの四面同時デュエル。勝太たちはミミにあっという間に敗れてしまう。悔しさを抑えきれない勝太は、ヨーデルたちにデュエルをお願いするも、断られてしまう。そんな勝太の姿を影から見つめる影が…。その正体はハコちゃん。なんとデュエルの仕方を教えてもらいたいらしい。だが、勝太はある勘違いをしてしまい…。

ハコちゃんとのデュエル特訓を終え、お礼に手作りのハコをもらった勝太。これはまさかプレゼント？と浮かれていると、手元に一瞬影が横切り、ハコを奪って行ってしまった。慌てて追いかけると、そこにいたのはモンジローという名のいたずら好きサル。馬鹿にした表情で勝太たちを見つめている。ようやく追い詰めたものの、ここからまさかの展開に。なんと、サルのモンジローが、返してほしければデュエマで勝負と言ってきたのだ。相手になると前に出た勝太。だが、それを制するようにデュエルに応じたのはハコちゃんだった。

大会に向けて修業を続ける勝太たち。そんな中、一人浮かない表情のべんちゃん。実は、受験に専念するため、一時的にデュエマを辞めようと考えていたのだ。ようやく勝太をつかまえ、思い切って胸の内を明かすべんちゃん。だが、勝太には理解が出来ず、部屋を飛び出して行ってしまう。共に戦ってきた仲間だからこそ、心の底から信頼してきたべんちゃんの言葉は勝太には重すぎたのだ。果たして二人の友情のゆくえは…!?

大会に向けて、勝太たちは合宿修業中！ しかしべんちゃんの突然の告白で事態は急展開を迎えていた。帰ろうとするべんちゃんを引きとめて、勝太はデュエマを挑む！ 今まで一度も勝てたことがないべんちゃんが相手だが、勝太はおくすることなく、自分のデュエマを貫き、べんちゃんを追いこんでゆく。さらに、額にはVの文字が…。

合宿を終え、ついにやってきた「日本一ビクトリーなヤツ決定戦！」。ドラゴンへのリベンジに燃える勝太は気合十分。そしてデュエルヒーロー ユウ・アツトの号令で予選がスタート！ 三十人で総当たりをする長期戦。とはいえ当然スタートは大事…なのだが、勝太はまさかの大苦戦！ 思いもよらない形で最初のデュエマに敗れてしまう。

思わぬ形で「日本一ビクトリーなヤツ決定戦！」の初戦を落としてしまった勝太。しかし、誰でも緊張のせいでうまく力が出せないことはある。そう言い聞かせて挑んだ次の試合も、まさかの惨敗！ そしてその次の試合も…。気づくと積み重ねられた負けの数は「10」！ その間、1勝もすることが出来ずにいた。そんな様子を想定していたかのように、べんちゃんは勝太のために手紙を残していた…。

まさかの予選10連敗で、すでに後がなくなった勝太。べんちゃんからの手紙と、闇デッキへのススメで初勝利を狙う中盤戦の1試合目！ 相手はイヤミで挑発をしてくる「とつろう」。今までの勝太なら、熱くなって火文明特有のガンガン攻撃で立ち向かうところだが、闇デッキを手にした勝太は一味も二味も違った！ 手札破壊とブロッカーを巧みに使い分け、とつろうに自分のデュエマをさせない！

闇デッキの強さが分かり始めた勝田。勢いそのままに連勝を重ね、なんと残り1試合に勝てば決勝進出というところまで盛り返した！ 予選最終戦の相手は、小さな島のみんなの願いをたくされた少年「まさる」。負けられない理由を持つ二人。勝った方が決勝進出という極限デュエルが始まる！ さらに、その他の予選会場でも、ぶっちゃけ、ヨーデルたちが決勝進出を賭けたデュエマに挑む！ 果たして、決勝に残るのは誰だ!?

見事、決勝に進んだ勝太とヨーデル！ しかし、ぶっちゃけは一人決勝進出を逃してしまう。そんな中、ささいなことから勝太とぶっちゃけが大ゲンカ！ 大事な試合を前に持ち前のチームワークにかげりが…。そんな勝太の決勝ラウンド1回戦の相手は、過去何度も優勝しながらも、勝太の兄、勝舞が出ていなかったからと悲しい評価を受けて来た男、ミステリアス仮面！ 兄と比べられることを嫌う勝太に対して動揺をさそう言葉をぶつけるが…！

ぶっちゃけとケンカをしたまま決勝ラウンド1回戦を迎える勝太。相手のミステリアス仮面は過去の大会でもチャンピオンになったほどの実力で、一気に勝太を追い詰めていく！ 覚醒リンクを狙う勝太に対しても、冷静に対応。ギルクロス・NEXの能力などを巧みに使い、勝太に思うようなデュエマをさせない。さらには勝太の兄、勝舞と比較され、息苦しい展開の勝太！ しかし、絶体絶命の大ピンチを救ってくれたのはやはりあの男だった…！

各ブロックで熱いデュエマが続く中、ついにドラゴンがオンセン一味の一人・リキシと激突！ 1回戦を勝利した勝太も、ドラゴンの勝利を信じ観戦する。だが、いつも圧倒的な力を見せるはずのドラゴンに勢いがない…。考えられないようなミスをして、リキシの猛攻にノックアウト寸前まで追い込まれてしまう。しかし、これには思いもしない罠が仕組まれていた！

リキシに思わぬ苦戦をしいられるドラゴン。理由はシャチホコの手に落ちた“プリンプリン”のカード！ だが、勝太からの一言で全てに気づいたドラゴンは、ここまでの劣勢を跳ね返すかのような猛チャージを見せる！ しかし、立ちはだかるのはリキシのスーパー・覚醒・クリーチャー「雲龍 ディス・イズ・大横綱」！ 果たしてドラゴンはこのピンチを切り抜けることが出来るのか!?

日本一ビクトリーな奴決定戦は、次々と上位進出者が決まっていく。そんな中、ついにヨーデルの出番！ 相手はオンセン一味の一人・シャチホコ！ 強敵とのデュエマを前に、極度の緊張でお腹をこわしてしまったヨーデル。始まる前から早くも大ピンチ!? 不安を残しながらもデュエマスタート！ なかなかカードが引けないシャチホコに対し、ヨーデルはデュエマ前のピンチがウソのような絶好調！ 順調にデュエマは進んでいく。しかし、これが全てシャチホコの作戦だとしたら…!?

順調に見えたヨーデルのデュエマに落とし穴！ シャチホコの作戦にはまり、流れは一気にシャチホコへ！ このままでは負けてしまう…。だが、観戦席のぶっちゃけだけは落ち着いていた。なぜならヨーデルにはこの日のために身につけた“秘策”があるからだ！ その秘策とは、ある一言をきっかけに始まる『ハイパー・デンジャラス・ヨロレヒモード』！ 果たしてその力とは一体!?

ついにベスト4が出揃った！ 見事勝ち抜いた勝太の次の相手は、ヨーデルを破ったシャチホコ！ 仇を打つためにも準備に余念がない勝太。一方、オンセンに「負けるなよ」とクギをさされたシャチホコは、リキシの力を借り、勝太へ罠を仕掛けようとする。勝太は何も知らないまま、ついに準決勝のデュエマがスタート！ 順調にデュエマを進める勝太だったが、突如、頭の中に聞き覚えのない声が響く…！

突然聞こえ出した声にまどわされ、思うようなデュエマが出来ずにいる勝太！ 声の主であるリキシは勝太が負けるように誘導を続ける。気づけば絶体絶命の大ピンチ！ そんな情けない姿を見かねたドラゴンの一声で、ようやく自分のデュエマに目覚める勝太！ だが、時すでに遅し、勝負はほぼ決まりかけていた…。果たして勝太の運命は!?

勝太の激闘を見届けたドラゴンは、準決勝で因縁の相手・オンセンとぶつかる。過去に何かがあったようなそぶりを見せる二人。様々な思惑をのせ、デュエマがスタート！ オンセン・ドラゴン共に、序盤からスピード感溢れるハイレベルなデュエマを展開する！ 勝負のカギを握るのはやはりサイキック・クリーチャー！ そんなキーとなるクリーチャーを最初に召喚したのはオンセン！ 一気にドラゴンを追い詰めにかかる…！

ドラゴンVSオンセンの準決勝。突如オンセンの額に現れた温泉マーク。これはまさに勝太のビクトリーモードそのもの！ クリーチャーの声を聞き、一気に勝負を決めにかかる！ しかもオンセンのこの能力にはもう一つ恐ろしい力があった。それは、攻撃を受けると実際のデュエリストもダメージを受けるというもの！ みるみるうちにボロボロになっていくドラゴン…。果たして勝機はあるのか!?

傷ついたドラゴンを前に呆然とする勝太。ようやくたどり着いた舞台、決勝戦を前にしてもその表情は固いまま。そんな勝太を見た右近・左近は、ある決心をする。それはドラゴン・オンセン、そして、優勝賞品である「永遠のプリンプリン」に関する全てのヒミツを話すということ。全てを聞かされた勝太たち。だがそれはあまりに衝撃的な内容だった…。

ドラゴンとオンセンの壮絶なデュエマが終わった。傷つき運び込まれるドラゴンの姿を見て、ショックを隠しきれない勝太。ここまでドラゴンとのデュエマだけを目標に駆け抜けてきた勝太にとって、このドラゴンの敗北は、とても大きな意味を持っていたのだ。目標がなくなったことで、勝太はせっかく進んだ決勝の舞台すらも放棄しようとする。だが、そんな勝太にドラゴンは最期の言葉を告げる…。

ドラゴンとの約束を胸に、決勝の舞台に立つ勝太。目の前には宿敵・オンセン。このデュエマに賭けられているのは、日本一の座だけではなくなった。ライバルとの大事な約束。それが勝太の闘志に今まで以上の火をつける！ 一進一退の攻防の中、最初にアドバンテージを握ったのはオンセン！ それもそのはず、オンセンは勝太のVモードと同様の能力を、自在に操ることが出来るからだ！ 窮地に立たされた勝太。だが、それを救ったのは、あの男の化身のカードだった…！

日本一ビクトリーなヤツ決定戦もいよいよクライマックス！ 友情の力か野望の力か。二つの巨大な思いがカードと共にぶつかり合う！ 激闘、ついに決着!!

オンセンとの激闘を制し、見事「日本一ビクトリーなヤツ」に輝いた勝太！ 仲間の祝福を受け、いよいよ表彰式。それすなわち、ドラゴン龍が必死に追い求めていたカード、「永遠のプリンプリン」を手にする瞬間でもあった！ 最大のライバルとの熱い約束を果たし、一安心の勝太だったが、そこにはすでに恐ろしい魔の手が迫っていた…。

奪われたプリンプリンのカードを探し、奔走する勝太たち！ しかし会場には消えたオンセン一味の姿は見えない。一方、こっそりと身を潜ませていたリキシ・シャチホコ。後はカードをオンセンに渡すだけ…とそこに、人の気配が！ 現れたのはデュエルヒーロー・ユウとアツト！ 悪の限りをつくすオンセン一味との激しいデュエマがくり広げられる！

一人不穏な動きを続けるオンセン。ようやく手に入れたプリンのカードを使って、自らのパワーアップを試みる…が、現れたのは巨大なエイリアン！ オンセンたちもまた、エイリアンたちに利用されていたのだ！ そしてこの騒動がさらなる犠牲者を生むことに…！

エイリアンによって体を乗っ取られてしまったヨーデル！ 再び勝太たちからプリンのカードを奪い返そうとたくらむオンセンによって、意のままに操られてしまう。そんな様子のおかしいヨーデルの姿にいち早く気づいたぶっちゃけは、親友を止めるべく、ヨーデルと真剣勝負をすることに…！

行方が分からなくなってしまったハコちゃんを探すため、勝太たちは占い師、ズバ子のもとを訪ねることに。しかし、人探しはズバ子の腕を持ってしても難しく、ある試練を超えなければ占うことは出来ないと言われてしまう。その試練とは、5ターンでクリーチャーを二十体バトルゾーンに並べるというものだった…！

ダッシュツリーのもとでシャチホコたちを追っていたハコは、勝太の親友ベンちゃんに遭遇する。事情を聞いたベンちゃんは、助太刀してくれるという。オンセンたちの足止めのために、挑発し、デュエマを挑むベンちゃん。だが、その結果が非常事態を招くことに…！

オンセンに敗れ捕らわれてしまったベンちゃん。時間はかかったもののオンセンたちはダッシュツリーの頂上へとたどり着く。そしてプリンプリンの力を使い、クリーチャー世界へと繋がる“ディメンジョンゲート”を開き始めた！ このままでは世界がエイリアンに埋め尽くされてしまう…！

エイリアンが力を解放し、ついにオンセンたちもその体を完全に乗っ取られてしまう。しかしそこに、世界の危機を救うべく、勝太たちが現れた！ 完全体となったエイリアン相手に、命運をかけたデュエマを挑む勝太！ 果たしてその結末は…!?

ついに始まった最終決戦！ ここまで互角の戦いを見せる勝太。そこに聞き覚えのない声が響き始める。なんとディメンジョンゲートの力で、この世界がクリーチャー世界に近づき、クリーチャーたちの声が自然と聞こえるようになってきているのだ！ 今まで共に戦ってきたみんなの声を力に、勝太がビクトリーモードを解き放つ!!

勝太VSオンセン！ いよいよ最終決着が迫る！ クリーチャーたちの声に励まされ、少しずつオンセンを追い詰めていく勝太！ しかし、オンセンにも戦局を一瞬で覆す切札呪文があった！ まさかの一撃で一転ピンチに追い込まれる勝太。さらに追い打ちをかけるように、オンセン最強の三体合体エイリアンクリーチャーがバトルゾーンを支配し始める！ 果たして激闘の行方は!?

激闘を制したのは、ドラゴン、プリンの力を借りて見事な逆転をおさめた勝太！ だが、勝負は決着がついたものの、戦いは終わっていなかった…。今度は強大になったディメンジョンゲートが収縮を始めたのだ！ このままでは世界が飲みこまれ、エイリアンたちが地上に流れ込んできてしまう…。そんな様子を見かねて身を投げ出したのは、勝太とドラゴンが命をかけて守ったプリンのカードだった…。

広がり続けるディメンジョンゲートが世界を飲み込んでいく…。カードになって身を投じたプリンの運命は！ そして勝太たちは世界を救うことが出来るのか！ 衝撃のビクトリー最終回！