2050年。ミソラタウンに住む山野バンは、何よりもホビー用小型ロボットLBXが大好きな少年。しかし、母親に反対され、自分のLBXを手に入れることができずにいた。そんなある日、いつものように馴染みの模型店で仲間のアミやカズとLBXバトルを楽しんだ帰り道、バンは見知らぬ女性からひとつのアタッシュケースを託される。何者かに追われているらしいその女性は、すぐにその場を立ち去ってしまう。「この中には人類の『希望』と『絶望』の両方がつまっている」という言葉だけを残して。

LBXメーカーであるタイニーオービット社では、アーマーフレーム「アキレス」が社長の宇崎悠介のもとに送られてきた謎の手紙によって製作されていた。一方、AX-00を見事に操り、突然襲いかかってきたLBXを撃退したバン。アミやカズ、キタジマ模型店の店長にAX-00を見せるが、それは誰も見たことも聞いたこともない機体であった。AX-00を自分のLBXにすることを決めたバンに、店長は入荷したての「アキレス」をプレゼントしようとする。ところが、アキレスはミソラ二中の四天王の1人である郷田という男に奪われてしまっていた。凄腕のLBXプレイヤーという噂の郷田をさっそく探し始めるバン。ところが、バンたちの目の前に四天王の３人、別名、ゴウダ三人衆が現れ、LBXバトルをしかけてきた！

ゴウダ三人衆とのLBXバトルに勝利し、ついに郷田のいる部屋へとたどり着いたバンたち。アキレスを返せと迫るバンに、郷田はアキレスを返すかわりにそれを使って勝負しろという。郷田とのバトルに勝つしかアキレスをとり戻すことができないと考えたバンは、アミ、カズとともに３VS１のLBXバトルをスタートさせる。アキレスの強さに驚くバンであったが、郷田とLBX「ハカイオー」の圧倒的な強さに、ピンチに陥る。その時、アキレスが意外な動きを見せる――。一方、AX-00をつくった博士を拘束する謎の組織。そこでは、AX-00を奪還するためのある計画が進行していた。

郷田とのLBXバトルで愛機「ウォーリアー」を失ってしまったカズは、沈んだ気持ちで街をうろついていた。その時、LBXをズラリと並べた怪しげな露天商に呼び止められる。カズは露天商の勧めで、黄金のLBX「エジプト」を手にする。だが、それはイノベーターの仕掛けた罠だった。バンとアミの前に現れたカズは、エジプトの催眠術に操られ、LBXバトルを迫る。カズの様子がおかしいことに気付かないバンとアミ。アキレスVSエジプトのLBXバトルがスタートした。エジプトのスピードとパワーに押されるアキレスは防戦一方となり、ついに破壊寸前の窮地に立たされる。その瞬間、バンのCCMがこれまでみたことのない反応を示した！

Vモードを発動したアキレスによって、LBX「エジプト」は撃破され、カズは正気を取り戻していた。そんなカズに、新たなLBXを勧めるバンたちであったが、カズにはどれもピンとこない。そんな中、バンたちの前に2人の男が現れる。宇崎拓也、そして檜山蓮と名乗る男たちは、ある組織によってLBXを使った総理大臣・財前宗助の暗殺計画が企てられていることを告げる。その話を聞き、暗殺計画の阻止を引き受けるバン。カズには、長距離射撃用LBX「ハンター」が拓也から渡される。長距離射撃によって暗殺を阻止する計画であったが、カズはハンターの性能を使いこなせずにいた。そしてついに、総理のパレードが始まってしまう！

宇崎拓也から財前総理暗殺計画の阻止を依頼されたバンたちは、手分けして暗殺者を探しはじめた。しかし、射撃練習の失敗が頭から離れないカズは、一人、ハンターのカスタマイズを始める。宇崎拓也は、そんなカズの態度に不安を覚えながらも、バンたちとともに暗殺者探しを続ける。狙撃ポイントになりそうなビルを必死で探し続けるバンであったが、暗殺者の姿をまったく見つけ出すことができない。ところが、LBXプレイヤーならではの発想で、バンはあることに気がつく。そして、とあるビルにたどり着いたバンたちであったが、そこはLBXデクーが監視していた。 バンとアミがデクーと戦っている間に、ビル最上階へと向かったカズは、ついに暗殺者の姿を発見するが・・・！

父親が生きていると知らされたバンは、宇崎拓也から５年前の飛行機事故の真相を聞かされる。父親である山野博士を連れ去ったのも、財前総理の暗殺計画もすべては「イノベーター」と呼ばれる謎の組織によって仕組まれたものだった。そして、アキレスが自分に託された本当の理由を知るバン。クノイチを使い、宇崎拓也と檜山蓮の会話を盗み聞くことに成功したアミは、バンの父親が『天使の星』にいることを知る。『天使の星』の正体を突き止めたバンたちは、山野博士救出へと向かう。しかしそこには、バンのLBXを狙うエージェント３人組と八神英二の姿が・・・。一方、なんとか『天使の星』へともぐり込んだバンたちであったが、なんとLBXデクーカスタム（監視型）の大群に取り囲まれてしまう！

デクーカスタム（監視型）の大群を残らず撃破したバンたちは、暗闇の中に不気味にたたずむＬＢＸに遭遇する。 巨大なツメ型アームを持ったＬＢＸ、インビットである。不審に思いながらもアキレスを接近させるバン。その瞬間、インビットは赤く光るアイカメラでバンたちを捕捉し、突然攻撃を仕掛けてくる！ アキレス、クノイチ、ハンターの３機で応戦するバンたちであったが、インビットの素早い動きと厚い装甲に阻まれ、キズひとつつけることができない。なんとかその場から離れ、注意深く観察するうちに、インビットの弱点を見つけ出すことに成功する。そして、ついにバンたちは山野博士が監禁されていると思われるエンジェルスターの最深部へと向かったのだが・・・！

エンジェルスターの最深部へたどり着いたバンたちの前に、アスカ工業の元社長・霧島が操縦する大型重機「イジテウス」が現れる。ある理由からタイニーオービット社に恨みをもつ霧島は、神谷にそそのかされアキレスを破壊しようとしていた。強力なパワーを発揮するアームやレーザーで次々と攻撃してくるイジテウス。まわりの物をことごとく破壊するイジテウスの攻撃をかわすことが精一杯のバン。その頃、ブルーキャッツでは宇崎拓也と檜山蓮が、バンたちのエンジェルスター侵入を知り、救出にかけつけようとしていた。一方、バンたちはイジテウスの頭部カメラの破壊に成功するが、肉眼による操縦に切り替えた霧島によって、アキレスがつかまってしまう。そのとき、敵か味方か、謎のLBXが現れる！

父親である山野博士を救出できないままエンジェルスターから戻ったバンは、いつもの通り登校していた。そんなバンのクラスに転校生がやってくる。何にも興味を示すことなく冷たい表情を見せる転校生の名は、海道ジン。放課後、バンたちはブルーキャッツで宇崎拓也と檜山蓮から、闇のLBX大会「アングラビシダス」についての情報を聞く。アングラビシダスに出場して、優勝すること。バンにとって父親を取り戻す方法はそれしか残されていなかった・・・。大会の会場を見せるという宇崎拓也に案内された場所は、驚きの場所であった。そして、そこにはあの海道ジンの姿が！ スパーリングバトルを始めた海道ジンは、3 VS 1という不利な条件の中、圧倒的な強さを見せる！

ゴウダ三人衆に連れられ郷田のもとへ向かうバンたちの前に、イノベーターのエージェントが立ちはだかった。バンにLBXバトルを挑む三人組。あることを条件にLBXバトルを受けるバンであったが、始まったのは3 VS 1の変則バトル！ しかし、コアパーツのカスタマイズによって、驚異的なスピードを手に入れたアキレスは、LBXデクー３体の攻撃を軽々とかわす。そして、CCMには必殺ファンクションである「ライトニングランス」の使用を許可するメッセージが表示された！バトルを終え、郷田のいるゲームセンターへと向かったバンたち。ところが、そこには無残な姿で倒れるハカイオーの姿があった！

主催者である伝説のLBXプレイヤー[レックス]こと檜山蓮の宣言とともに、ついに開幕したアングラビシダス！ 大観衆の熱気と興奮に包まれる会場。そんな中、仙道ダイキとの一件が頭から離れないバンは、初戦を前に慎重に武器を選択する。バトルスタート直後、対戦相手ガトーの攻撃に防戦する一方となってしまうバン。カズのアドバイスで自分のバトルスタイルを取り戻したバンは、アキレスのブロードソードでLBX「ブルド改」に強力な一撃を与える。ところが、ブルド改が放ったスタングレネードが、アキレスにヒット！ 行動不能になってしまったアキレスにブルド改のグレートアックスが振りおろされる！

アキレスの片腕を失いながらも、初戦を突破したバンは次のバトルへと駒を進める。一方、カズは２回戦へ進出、アミはジンとのバトルに敗れる。仙道ダイキとの３回戦を控え、郷田に託されたハカイオーの右腕をアキレスに装着するバン。父親を救い出すため、絶対に負けられないバトルに、バンはいつも以上の気合いを込める。バトルスタート直後、ハカイオーの右腕で、強力な攻撃を繰り出すバン。ところが、仙道のジョーカーには一撃も与えることができない。仙道が不敵な笑みを見せたかと思うと、ジョーカーが高速で走り出し分身をはじめる。一方的な攻撃を受け続けるアキレス。しかしその瞬間、エジプト戦で見せた「Vモード」が再び発動した！

「パンドラからの贈り物だ」というメッセージとともに送られてきたプログラムは、Vモードをコントロール可能にするものだった。仙道とのバトルを制したバンは、ついに海道ジンとの決勝戦をむかえる。ジンのこれまでの戦いを見てきて、真正面からのバトルを挑むことを決めたバンは、アキレスに盾とランスを装備させる。ところがバトルスタート直前、ジンがイノベーターの刺客であることが発覚。勝てば父親がどこにいるか教えるというジン。互角のバトルを繰り広げる中、バンは必殺ファンクション「ライトニングランス」をおとりに、Vモードによる秘策にでる。一気に勝負にでようとするバンであったが、本気を出したジンのジ・エンペラーがアキレスに襲いかかる！

激闘の末、アングラビシダスで優勝したバン。イノベーターの刺客であったジンから聞き出した情報の結果、バンの父親は、政治家・海道義光の屋敷にいることが判明した。しかし、宇崎拓也とレックスは、海道邸に侵入することは困難だという。そこへ、バンにAX-00を託した謎の女性が、突然現れる。彼女の名は、石森里奈。里奈は、海道邸に潜入するための屋敷の設計図を手にしていた。バンは、拓也とレックス、そして里奈の３人から意外な事実を知らされる。里奈が入手した設計図を解析するため、バンたちをある場所へと案内する拓也とレックス。そこは、イノベーターのような組織に対抗するために創設されたテロ対策ユニット「シーカー」の本部であった！

シーカーの一員となったバンたちは、宇崎拓也・レックスとともに海道邸への潜入を計画する。情報提供者である石森里奈に従い、ショッピングモールから海道邸へと続く隠し通路を進むバンたち。一刻も早く父親を救出したいバンは、気持ちばかりが焦る。やがて海道邸の敷地へとたどり着き、バンたちは居住区へ、里奈・拓也・レックスはセキュリティルームへと向かう。居住区のセキュリティを解除する里奈。しかし、里奈と行動をともにしていたレックスは、すべてが順調すぎることを不審に思う。一方、バンたちはシーカー本部で事前に確認した、父親が拘束されていると思われる場所へと急ぐ。ところが、先を急ぐバンたちの前に意外な人物が姿を現わした！

父親が拘束されていると思われた部屋に現われたのは、政府の会合に出席しているはずの海道義光だった。バンたちはLBXで挑むも、海道のLBX「月光丸」に一蹴されてしまう。バンたちが捕えられたところで、父親の山野博士が連れてこられた。父親との再会を喜ぶバン。ところが海道は、アキレスを手に入れたいま、必要のなくなったバンの抹殺を手下に命じる。しかし、一瞬の隙をついて海道の手下を倒した拓也は、海道へ駆け寄り首筋にレーザーナイフを突きつける。形勢逆転かと思われた次の瞬間、拓也に向けて銃を構えたのは意外な人物であった。その頃、シーカー本部はイノベーターの部隊に占拠されてしまっていた。アキレスに隠されたエターナルサイクラーの設計図を手に入れたかと思った海道であったが、山野博士から意外な事実が告げられる。設計図を開くには、世界で最も安全な場所に隠された解読コードが必要であると・・・！

海道邸から脱出したバンはイノベーターとの戦いを決意し、LBX世界大会『アルテミス』への出場を目指す。イノベーターの圧倒的な力を前に、シーカー本部は壊滅させられ、ブルーキャッツにも人の姿はない。そして、海道義光の孫である海道ジンもまた、バンたちの学校から転校してしまっていた。バン一人で戦いに行かせるわけにはいかない、とバンとともにアルテミスへ出場することを決心するカズとアミ。一方、海道邸の地下研究室では、イノベーターによって創り上げられたLBXプレイヤーが目覚めようとしていた・・・。そんな中、バンにある人物から連絡がはいる。バンが急いで向かった先に姿を現したのは、なんとレックス。バンに新たな必殺ファンクションを伝授しようというのだ。伝説のLBXプレイヤー・レックスの特訓が始まった！

ついに開幕したLBX世界大会『アルテミス』。 各国の強豪選手とともに、仙道ダイキ、灰原ユウヤ、そして海道ジンが出場プレイヤーとして名を連ねる。Aブロック・一回戦。レックス・郷田チームがバトルをスタートさせた直後、別のステージではジンが、たった一人で対戦相手の２体を一瞬にして撃破する。あまりにも圧倒的なジンの強さに、観客席でバトルを見ていたバンたちは唖然とする。ジンの試合の様子を不気味なくらい無表情で見つめる灰原。一方、郷田のパワーバトルとレックスの巧みなLBXコントロールで、こちらも一回戦を突破する。その頃、宇崎拓也はタイニーオービット社の社長であり、兄の悠介のもとを訪れていた。シーカーを壊滅させられた今、海道義光の陰謀を止めるため、悠介の力を借りようとしたのだ。２人には海道を恨むある理由があった・・・。

各ステージでの激闘が続くLBX世界大会『アルテミス』。Bブロック決勝戦は、仮面のLBXプレイヤー・マスクドJとすべての試合を１分以内で決めてきた神崎ショウの対決となった。マスクドJに得体のしれない不思議な感覚をいだくバン。試合早々、神崎のグラディエーターの一方的な猛攻を受けるマスクドJのLBXマスカレードJ。ところが、神崎の攻撃を見切ったマスクドJは、華麗な技を繰り広げバトルに勝利。決勝バトルロワイヤル進出を決める。そんな中、バンたちはCブロック一回戦の相手である北米エリアチャンピオンと一触即発の事態となるが、寸前のところで昨年のアジアエリアチャンピオンである森上ケイタたち３人に助けられる。お互いの健闘を祈り、かたい握手を交わすバンとケイタ。そして、バンたちのバトルが、ついにスタートする！

昨年のアジアエリアチャンピオンである森上ケイタたちとのCブロック決勝を迎えたバンたち。ケイタたちの罠にはまり大きなダメージを受けたアキレスとクノイチであったが、何とかその場を逃れることに成功する。押され気味となってしまった状況の中、態勢を立て直したバンたちは、今度は逆にケイタたちにトラップを仕掛ける。バトルは形勢逆転の様相をみせる。チームワークを活かし、無傷のハンターで、一瞬の隙をつきブルドとアマゾネスをブレイクオーバーに追い込む。残るはケイタのウォーリアーのみ。ダブル攻撃で一気に勝負をつけようとするカズとアミだったが、攻撃しようとした瞬間、ウォーリアーの必殺ファンクションがハンターとクノイチに炸裂！ ケイタとの一騎打ちとなったバンに秘策はあるのか！？

仙道ダイキとオタクロスの弟子・ユジンとの対戦となったDブロック決勝。３人チームの仙道に対し、１人でバトルに挑むユジン。不利な対戦と思われる状況の中ではあるが、ユジンはヒーロー風の仮装で、アルテミスの平和を守ると意気込む。そんなユジンのパフォーマンスに調子を狂わされる仙道は、ユジンと１VS１の勝負を挑む。バトル開始早々、仙道のジョーカーＭｋ-２がこれまで以上のスピードでユジンのLBX・ビビンバードXに襲い掛かる！ 奇妙な戦い方でこれを回避したユジンに対し、仙道は仲間の２機をも巻き込んで必殺ファンクションを炸裂させる。ところが、この攻撃を防いだユジンは、必殺ファンクションで反撃にでる！ 一方、ケイタたちとの戦いで傷ついたアキレスをメンテナンスするバンであったが、アキレスランスに重大な損傷が見つかっていた・・・。そして、ついにファイナルステージ進出の５人が決定する！

海道ジン、マスクドＪ、ユジン、灰原ユウヤ、そしてバン。ついにファイナルステージ進出者が出そろった。最終決戦は、５人で戦うバトルロワイヤル形式。バトルスタート早々、灰原のLBXジャッジが驚異的な動きを見せる。灰原が身にまとったCCMスーツは、CCMを操作することなく脳波でLBXをダイレクトにコントロールできるのだ。しかし、灰原に攻撃を指示しているのは、イノベーターであった。さらにイノベーターは、バトルの様子をモニターしてデータを収集していた。混戦を極めるバトルの中、ユジンのビビンバードXがジャッジを攻め込む。一方、マスクドＪとの一騎打ちを繰り広げるバン。ところが、バトルの最中にマスクドＪはあるデータをバンのCCMに転送する。データの内容は一体・・・！？ そんな中、必殺ファンクションの指示を受けた灰原が、突然苦しみだし暴走を始めた！！

お互いの協力によって灰原ユウヤの暴走を食い止めることに成功したバンとジン。残った２人による最終決戦は、どちらも力負けしない一進一退の攻防戦となる。互角の激しい戦いを繰り広げる２機を前に、観客は呆気にとられる。そんな中、お互いの必殺ファンクションが炸裂！ エンペラーＭ２のインパクトカイザーをかわしたアキレスの超プラズマバーストが、エンペラーＭ２を直撃する。そして、死力を尽くした２機の最後の一撃でバトルは、壮絶な決着を迎える！ ところがその直後、コントロール不能となったエンペラーＭ２が、アキレスを巻き込んで自爆してしまう！ 辺りを覆う爆風に紛れて侵入したデクー改は、あるものを回収するためにアキレスに近づく。デクー改の目的は一体・・・！？ 一方、すべての事態を把握した宇崎悠介は、重大な事実を拓也に告げる！

LBX世界大会アルテミスに勝利したにもかかわらず、アキレスを破壊され、プラチナカプセルとメタナスGXを強奪されてしまったバンたち。事件から数日経っても拓也からの連絡がない中、バンは海道義光に関するあらゆる情報から糸口をつかもうとしていた。また、郷田たちも途絶えてしまったレックスからの連絡を待っていた。一方、海道ジンはエンペラーＭ２に自爆装置をセットしたのが祖父である海道義光ではないかと疑いをもち、それを問いただす。しかし、ジンの問いかけに海道は何も答えることはなかった。数日後、ジンはLBXの後発メーカーであるサイバーランス社にいた。サイバーランス社は、驚異的な性能を誇る次世代LBXのテストプレイヤーとしてジンを迎え入れるというが・・・。その頃、レックスに特訓してもらった廃工場へと来ていたバンのもとに、意外な人物が姿を現す。そして、世界の運命がかかった“ある物”をバンに手渡す・・・！

プラチナカプセルを解析するため、拓也とともにタイニーオービット社へと向かう途中、バンたちはイノベーターの襲撃を受ける。バンたちが乗った車を取り囲むトレーラーと無数のデクーエース。カズとアミは、それぞれハンターとクノイチで応戦しようとするが、拓也の車のコントロールを奪われ、中に閉じ込められてしまう。その時、突如現れたパンドラが、車上に張りついていたデクーエースを吹き飛ばす。パンドラの姿に驚くバンたち。その間にも、パンドラは次々とデクーエースを撃破。さらに、通常のLBXでは考えられない高度な電子攻撃を加える。圧倒的な強さをみせるパンドラであったが、時折不可解な動きをみせる。パンドラの助けと、身動きがとれるようになったカズとアミの応戦により、なんとかその場を逃れ、タイニーオービット社へと着いたバンたち。そこでアミは、パンドラに隠された重大な秘密を解明する！

宇崎悠介からパンドラを託されたアミは、タイニーオービット社に侵入したインビットの迎撃に向かう。初めて扱う機体とは思えない俊敏な動きで、アミのパンドラはインビットのカメラアイを破壊。カメラアイを破壊されたことで、インビットは攻撃目標を失う。そして、残りの２機を仕留めようとしたその瞬間、インビットの弱点と思われていたカメラアイが防御されてしまう。次第に追いつめられるパンドラであったが、そこにはアミの秘策があった！ インビットの壊滅に成功したバンたちは、拓也にある場所へと連れてこられる。そこでは、山野博士が設計した新機体“オーディーン”が製造されていた！ さらに、拓也に案内された場所には、驚きの光景が広がっていた。一方、海道義光の考えに疑問を持った八神は、イノベーター本部から脱出することを画策するが・・・！

原因不明のリニアモーターカー暴走をイノベーターの企みだと悟った悠介と拓也。２台のリニアモーターカーが激突した場合には、想像を超える被害が予想される中、悠介は自分たちの手で暴走を止めることを決意する。そして、バンは、オーディーンを使った作戦を思いつく。選択の余地は残されていない状況で、悠介は、バンとオーディーンに全てを託す。遠隔操作を可能にする「コントロールポッド」に乗り込むバン。そして、オーディーンが、飛行形態による音速飛行でリニアモーターカーに向かう。ところが、そこにはイノベーターのＬＢＸマスターコマンドの姿があった！ 赤の部隊の指令によって、攻撃態勢にはいるマスターコマンド。アキレスを上回る高度な機動性に悪戦苦闘するバンであったが、強力なキラーガトリングを乱射するマスターコマンドの攻撃をなんとかかわす。そして、ついにマスターコマンドの一瞬の隙を突いて必殺ファンクション「グングニル」を発動させる！

メタナスGXの中に隠されているプラチナカプセルの解読コード。オーディーンの中に残されていた山野博士の助言により、外部から解読コードを取り出せる方法を知ったバンたちは、伝説の超ハッカー「オタクロス」を探しにアキハバラへと向かう。アキハバラ特有の賑やかな雰囲気の中、バンたちはあらゆる店で聞き込みをするが、オタクロスの情報を一向に得ることができないでいた。その時、オーロラビジョンに映し出された人物が、バンたちに呼びかける。なんとそれがオタクロス本人であった。バンはオタクロスに頼みを聞いてもらおうとするが、あっさりと断られてしまう。ところが、アミに興味をもったオタクロスは、「伝説のLBX」を手に入れることができたら頼みを聞いてやるという。オタクロスからのヒントをもとに伝説のLBXを探すバンたち。そして、ある場所へとたどり着いたバンたちの前に、オタクロスの弟子であるオタレンジャーたちが立ちはだかる！ そこには、アルテミスで仙道を打ち破ったユジンの姿もあった。伝説のLBXを手に入れるため、オタレンジャーとのLBXバトルが開始された！

ＬＢＸ３機を同時に操るオタクロスとのバトルに苦戦するバンたち。そしてさらに、オタクロスの３機のＬＢＸが合体し、パーフェクトＺＸ３となる。スピードもパワーも格段に向上したパーフェクトＺＸ３にさらなる苦戦を強いられるバンたち。カズは距離をとってハンターライフルで狙い撃ちするが、パーフェクトＺＸ３には効果がない。防戦一方となるオーディーンとパンドラへ向けて、オタクロスは必殺ファンクションを発動させた！ オタクロスの勝利かと思われたが、なんとハンターが身を挺してオーディーンとパンドラを守る。そして、反撃にでたオーディーンが必殺ファンクション・グングニルを放つ！ オタクロスとのバトルに決着をつけ、頼みを聞いてもらえることになったバンたち。オタクロスによると、解読コードを取り出すには、インフィニティ―ネットにＬＢＸを送り込み、メタナスＧＸにアクセスさせるという。送り込めるＬＢＸは２機。オーディーンとハンターがインフィニティーネットへと突入する！

メタナスGXの内部に侵入したバンとカズであったが、イノベーターによってプラチナカプセルの解読コードは破壊されてしまった。インフィニティーネットに散らばってしまった解読コードを回収する方法はただ一つ。アキハバラの腕利きのハッカーを集めること。ところが、ハッカーたちは、本当にLBXの実力があり、アキハバラのLBX大会『アキハバラキングダム』の頂点に立つ『キング』の言葉にしか耳を貸さないという。そして、1週間後に開催されるアキハバラキングダムへ向けてバンたちの特訓が始まった！同じ頃、病院で妹を見舞っていた里奈は、自分が殺害したはずの海道が生きていることを確認し、驚愕する。アミとともに特訓に励むカズは、インフィニティ―ネットで戦った記憶を呼び起こし、バンとともに最後まで戦い抜く決意をし、バンはジンとの特訓を通じて、自分自身の『誰にも負けないLBXへの想い』を知る。それぞれの思いを胸に、ついにアキハバラキングダムが開幕する！！

アキハバラの最強LBXプレイヤーを決める大会『アキハバラキングダム』がついに開幕した！ 出場チームは８チーム。その中には、オタクロスの弟子であるユジン率いるオタレンジャーや、LBXマガジンで有名なチームの姿もあった。オタクロスの独断によって郷田・仙道とチームを組まされたバンは、何かと対立する２人に挟まれ四苦八苦する。「絶対優勝しよう！」と闘志を燃やすバン。しかし、チームメイトである郷田と仙田の睨み合いは続く・・・。やがて、運命の対戦カードが発表される。バンたちの１回戦の相手はキタジマ模型店の北島沙希。そして、バンたちとは別のチームとして出場しているジン・アミ・カズの対戦相手はジェイソン・クロサワという奇妙な日本語をしゃべる外国人だった。そんな中、ハッカー軍団VSメテオトレインの第１試合が開始されるが、圧倒的な強さでハッカー軍団が勝利。そのハッカー軍団は、キングを目指すバンたちに密かな敵意を燃やす・・・。そして、ついにバンたちの１回戦が始まったが、沙希のバトルスタイルにバンは苦戦を強いられる！

１回戦を勝ち進んだバンたちの前に、ハッカー軍団が現れる。不敵な笑みでバンたちを挑発する、ハッカー軍団のリーダー・ヤマネコ。そんなヤマネコに対して怒りを隠せない郷田は、一触即発の事態となる。だが、バンはハッカー軍団に対し、アキハバラの『キング』になることを条件に、頼みを聞いてもらう約束をとりつける。郷田と仙道の睨み合いが続く中、バンは二人の関係を改善するために、２回戦のハッカー軍団とのバトルは郷田と仙道でタッグを組ませることを決める。同じく２回戦の準備を進めるジン・アミ・カズの前に、あのオタレンジャーが登場。オタレンジャーの奇妙なノリについていけないアミ。しかし、ジンは素っ気無い態度でその場を立ち去ってしまう。そのジンの姿を見て、恋心を抱いてしまったオタピンク・・・。そして、ついに、運命の２回戦が開始される。

バンとジン、ともに２回戦を勝ち進んだ両チームは、ついに決勝戦での激突が決まる。ジンたちのフォーメーションを予測し、カズのフェンリルを封じ込めるよう仙道に指示をだすバン。ジンのチームもアミを中心に、バンのチームとの対戦に向け作戦を練る。そんな彼らに、ハッカー軍団のヤマネコは、どちらにしてもマスターキングには勝てないと、冷ややかな視線を向ける。そして、いよいよ『アキハバラキングダム』決勝戦が始まった！ ところが、バトル早々、バンの予想に反してジンのチームはフォーメーションを組まない攻撃にでる！ すかさずジンのプロトゼノンに詰め寄る仙道のナイトメア。仙道は、ジンとの対戦を密かに望んでいたのだ。慌ててナイトメアを追うオーディーン。しかし、フェンリルのドミニオンライフルがオーディーンをかすめ、息を合わせるようにパンドラが襲い掛かる！ それは、オーディーン・ハカイオー絶斗と、ナイトメアを分断するジン・チームの作戦だった。かつてない壮絶な攻防戦が繰り広げられる中、バトルは結末を迎える！

『アキハバラキングダム』決勝戦を勝ち抜いたバンたちは、ついにマスターキングとの対決を迎える。ところが、LBX太陽神アポロカイザーをかかげたマスターキングは、なんと５歳の子供であった。そして、アキハバラの『キング』の称号を賭けたバトルがスタートする！ バトル開始早々、勢い良く飛び出すハカイオー絶斗とナイトメアであったが、南極フィールドという特殊な環境によって思うような攻撃ができないでいた。今回のフィールドに慣れているマスターキングの手下に翻弄される郷田と仙田であったが、一瞬の隙をついたナイトメア＆ハカイオー絶斗の協力攻撃が成功。必殺ファンクションがグレイメイド２機に炸裂する！ ところが、半壊したグレイメイド２機は予想外の行動を起こす！ 大きなダメージを受けたオーディーン、ハカイオー絶斗、ナイトメアに太陽神アポロカイザーの必殺ファンクションが迫る！ 太陽神アポロカイザーの強力な攻撃を受け続ける中、バンはある秘策を思いつく・・・！

プラチナカプセルの解読コードを回収することに成功したバンたちは、タイニーオービット社へと向かう。ところが、突然現れたイノベーターの刺客に、バンたちは取り囲まれてしまう。プラチナカプセルを強奪するため、バンに迫るイノベーター。もはやこれまでか、と思われた瞬間、イノベーターを抜けた八神と部下の三人が刺客たちを退け、バンたちの危機を救った。八神たちの助けにより、タイニーオービット社へと無事にたどり着いたバンたちは、海道義光の計画を悠介から聞かされる。それは、地殻動発電という地球全体に被害が及んでしまう、驚愕の計画であった。海道の陰謀を止める方法はただひとつ。エターナルサイクラ―を完成させること。海道の陰謀を阻止するためシーカーへの協力を申し出る八神。悠介はそれを受け入れたものの、拓也は八神に対する不信感をあらわにする。そこへ、またしてもイノベーターの魔の手がバンたちに迫ろうとしていた・・・！！

イノベーターのLBX、25000機以上がタイニーオービット社を襲撃しようとしていた。LBXの数の多さに戸惑うシーカーのメンバーとは対照的に、バンは戦う決意をする。悠介もまた、イノベーターに屈することを許さず、LBXの侵入を全力で阻止し、エターナルサイクラ―の完成を目指すことを全員に指示する。オタクロスの協力によって、ハッカー軍団のLBXも加わり、タイニーオービットが有するLBXとプレイヤーを総動員してイノベーターの襲撃に備える。最前線で直接迎撃に備える郷田＆ハッカー軍団、他の侵入経路を警戒する八神、そしてバンたちはコントロールポッドによる遠隔操作で最終防衛ラインでイノベーターを迎え撃つ準備をする。エターナルサイクラ―の完成までの時間を何としてでも死守しなければならない中、ついにイノベーターとの総力戦が始まる！ 一斉射撃による集中砲火、いくつもの必殺ファンクションを受けてもなお進軍するイノベーターのLBX部隊。 一進一退の攻防が続くなか、レーダーにかつてない巨大な敵機の反応が現れる！！

宇崎悠介が命を落としたのち、海道義光の地殻動発電計画が承認され、イノベーターの陰謀は着実に進みつつあった。バンは、悠介の事件に大きなショックを受け、事件のあった日から家に閉じこもり誰とも会わずにいた・・・。エターナルサイクラーが奪われ、設計図が破壊されてしまったため、設計データの復元が進められる中、拓也はタイニーオービットの全社員を前に新社長となることを宣言。さらに、レックスからもたらされた情報をきっかけに、拓也は意外な行動にでる。そして、拓也から召集をかけられたアミやカズなどバンを除くシーカーのメンバーが本部に着くと、そこには八神と真野晶子たちの姿があった。八神たちを正式にシーカーの一員として迎えることを決意した拓也。八神たちは、ステルス司令機エクリプスでメンバーをサポートすることとなる。その八神は海道の陰謀に対して、今以上に奥深い闇を感じ取っていた。そして、拓也は父・宇崎彰一郎に関する驚愕の事実を語り始めた・・・！

元エージェントの真野によって、イノベーターに奪われたエターナルサイクラーの隠し場所が判明した。神谷重工本社工場、通称「ゴライアス」。しかし八神は、最重要機密であるエターナルサイクラ―の場所が、いとも簡単に判明したことを不審に思う・・・。さらに、イノベーター専用の兵器工場であるゴライアスの警戒レベルの高さに不安を隠せない拓也と八神であったが、エターナルサイクラーを取り戻そうと意気込むアミ。バンならきっと無茶でも取り返しに行く。そう考えたアミとカズは、拓也の忠告を無視してゴライアスへ潜入することを決意する。そんな二人のもとにレックスからゴライアスへの侵入ルートの情報が送られてくる。そして、アミとカズは、郷田、仙道とともにゴライアスへの潜入に成功する。だが、海道義光と神谷藤吾郎の会話を盗み聞きしているうちに、神谷コウスケによって発見されてしまう。そして、コウスケとのLBXバトルを受けるアミたちであったが・・・！

イノベーターに捕まってしまったアミたちを助けるため、ゴライアスへと潜入したバンとジン。ところが、その様子を別室でモニタリングする人物がいた・・・。いくら探しても一向にアミたちを見つけ出すことができない状況に、苛立ちを隠せないバン。しかし、ジンは何者かによって、どこかへ誘導されているという疑念を抱く。さらに先に進んだバンたちは、ついにアミたちと再会。合流したアミたちによると海道義光に命令をくだしている黒幕がいるうえに、詳細は分からないが、「フェアリーテイル」という計画が進行しているという話だった。さらに、海道に関する驚きの事実をジンから告げられる。とそこへ、バンたちをアミたちのもとへと導いた神谷コウスケが突然姿を現す！コウスケが二人をそこへ誘導した目的は、ジンとのLBXバトル。壮絶を極めるジンとバン VS コウスケのLBXバトルであったが、意外な形で幕を閉じる。そして、ついにフェアリーテイル計画の全貌が明らかになる！

超小型メガトン爆弾ドングリを搭載したフェアリーを大量に積み込んだ巨大ロケット「サターン」の発射まで残り３時間。フェアリーテイル計画の全貌が明らかになり、シーカー本部では拓也を中心にサターン発射阻止の作戦会議が行われるが、失敗の許されない状況にバンたちは緊張を隠せない。そんなバンに、新開発のLBX専用シールド「ビームガーター」が手渡される。なんとそれは、タイニーオービットを恨んでいたはずの霧島によって開発されたものだった！ 霧島もまた、イノベーターの悪事を許せず、また、宇崎悠介を結果的に死なせてしまったことを悔いていた。霧島の熱い思いを感じ取り、イノベーターとの最終決戦に向け気持ちを新たにするバン。その深夜。サターン発射まで残り３０分の警報が鳴り響く中、バンたちはイノベーター研究所への侵入に成功。そこでバンたちが目にしたのは、サターンの想像を遥かに超えた巨大な姿であった！ サターンに圧倒されながらも、バンたちは世界とLBXを守るため強い決意で先を急ぐ。ところが、司令室を目指すバンたちの前に、１機のフェアリーが突如現れた！

サターン発射阻止のためイノベーター研究所の司令室へとたどり着いたバンたちを待ち受けていたのは、なんとレックスであった！ 海道を殺害したレックスは、アンドロイドの海道を作り出し、自分の計画を遂行するためにすべてを陰で操作していたのだ。サターンの本当の目標は、Nシティで開催されている世界国家首脳会議であることがわかった！ バンたちを救うため司令室へと駆けつけた山野博士の説得にも応じることのないレックスは、１８年前に父親が犠牲となったある事件の真相を語り出す。壮絶なレックスの過去に、言葉を失うバン。モニター越しにバンたちに語りかけるレックスの眼は、人間の心を捨て冷酷に計画を遂行しようと狂気に満ちている。海道への復讐を果たしたレックスは、その先に更なる悪が存在することを知り、世界の首脳を抹殺することで新たなる世界を誕生させることを目的としていた。 バンたちは、レックスを止めるため発射されてしまったサターンへの突入を試みるが・・・！

オーディーンとゼノンをサターンへ侵入させることに成功したバンたちであったが、そこ で待っていたのは神谷コウスケのルシファーであった。ルシファーの必殺ファンクション『セラフィックウイング』が直撃するものの、ビームガーターがオーディーンたちを守り、バンたちは反撃にでる！ コウスケとのバトルを制したバンは、サターンの対空迎撃システム「フェンス」への停止プログラム注入に成功する。ところがその瞬間、サターンの対空防御が止まったのと同時に、コントロールポッドによるすべてのLBXの操作が不可能になってしまった！ レックスによって仕掛けられた二重三重のトラップにより、残された手段がサターンに乗り込んでの直接制圧となったいま、バンたちは意を決してサターンへと突入する！ 目標はコックピットからのサターン自爆指示。ところが、コックピットへと急ぐバンとジンの前に、アンドロイドの海道が月光丸とともに現れる！

サターンのコックピットへとたどり着いたバン。そこには、予想通りレックスが待ち構えていた。レックスを止められるのはバンしかいない、と山野博士とジンはすべてをバンに託し、イノベーターと交戦している八神たちのもとへと向かう。これまで共に戦ってきたレックスが黒幕だったことを信じられず、必死の思いでレックスを説得するバン。しかし、この世界に何も信じられるものはないと語るレックスは、おもむろにイフリートを取り出しLBXバトルを挑んできた！ オーディーンの必殺ファンクションを軽々とかわすイフリート。伝説のプレイヤーと呼ばれ、怒りに駆られたレックスが操るイフリートが、バンとオーディーンを圧倒する。 しかし、一瞬の隙を突いてオーディーンのリタリエイターがイフリートを貫く！ 火花を散らしながら膝をつくイフリート・・・再起不能と思われたその瞬間、レックスの執念が乗り移ったかのように、全身に炎をまとったイフリートが突然けたたましい咆哮とともに暴走をはじめた！ バンはレックスを、そしてサターンを止めることができるのか！？