バルスブルグ帝国の士官学校生・テイト＝クラインは、卒業を前に親友のミカゲと『戦場でピンチになっても死ぬ時は一緒だ』という誓いを立てる。元は戦闘用のスクラーで過去の記憶を失っているテイトにとって、ミカゲはただ一人の大切な存在。そんな中、帝国軍のアヤナミ参謀長官との出会いをきっかけにテイトの脳裏に衝撃の記憶がよみがえり、ミカゲと誓った未来への歯車は大きく狂い始める！

自分がバルスブルグ帝国に滅ぼされたラグス王国の人間で、国王だった父をアヤナミに殺されたという記憶を取り戻したテイトは、アヤナミに歯向かうがかなわず、ミカゲの捨て身の手引きでなんとか逃亡。三人の司教・フラウ・カストル・ラブラドールに運命的に拾われ、教会に匿われる。テイトは、ラグス王国が協定を破り戦争が起きたという歴史を知るが、それは彼の記憶とは違っていた…。果たして歴史の真実とは!?

士官学校に残してきたミカゲのことが気がかりなテイトは、教会から出て行こうとするがフラウに止められる。 シスターたちの手厚いもてなしを受けるが、ミカゲへの想いは消えるはずもなく、自分がミカゲを守らなければいけないと決意する。 そんな中、テイトは一人の老人と出会う。老人は願いを叶えたければ真夜中にもう一度会おうとテイトを誘う。 その頃、ミカゲはアヤナミに捕われていた。

テイトの逃亡を手引きしたミカゲは、知っている事を話さなければ家族の安全は保証しないとアヤナミに詰め寄られる。“家族”か“テイト”か、ミカゲは究極の選択を迫られる。 一方、ミカゲへの想いを募らせているテイトは、願いを叶えてくれるという老人のもとを訪れ、『ミカゲに逢いたい』と願いを告げる。 しかし、その瞬間、予想だにしない事態がテイトに襲いかかる！

使い魔“コール”に襲われた所をフラウ達に助けられたテイトは、ラグス王国の国王だった父から、後継者として“ミカエルの瞳”を託されたことを思い出す。この記憶が真実なら、自分はラグスの血族を探す帝国に追われる身であり、教会にいると迷惑になると心を痛める。その頃、ラブラドールは『彼の世界を壊す者が迎えに来る』と予言。その直後に現れたのは、なんとテイトの親友・ミカゲだった！

教会で年に一度のバザーが始まり、テイトはミカゲと二人でフラウたちの出店を楽しむ。しかし、テイトは帝国軍から逃げ出してきたミカゲの行く末をどうしても案じてしまう。そんな折、使い魔“コール”に襲われた令嬢が教会に逃げ込んでくる。ミカゲは懸命に助けようとするが、その裏にはアヤナミの非情なたくらみが渦巻いていた…！

ミカゲは“家族”か“テイト”のどちらかを選べというアヤナミの要求をめぐって思い悩む。だが、そんな想いに蓋をするようにして最終日を迎えた教会のバザーをテイトと一緒に楽しもうとする。士官学校時代のテイトに面影の似た少年・タジオと出会って共に過ごす中、突然、ミカゲの脳裏にアヤナミの非情なメッセージが！　ミカゲはテイトをアヤナミに引き渡せば自分の家族は助かると想いをめぐらせるが…。

テイトやフラウたちは、ミカゲが教会にやってきてからの穏やかな時間がいつまで続くのかと不安に思う。それはミカゲ自身も同じで、体が自分のものではないような気配を感じていた。実はミカゲの魂は半分の状態になっていたのだ。 ラブラドールはミカゲについて『もうすぐ彼は全てなくなる』と予言。その頃、ミカゲは『お前の手でテイトの人生を終わらせるのだ』と迫るアヤナミの思念と必死に戦っていた…！

アヤナミに操られているミカゲは、必死の抵抗もむなしく(自分の意志と反して)テイトに襲いかかる！テイトはミカゲを救おうとする中、力の制御装置をつけられ、その瞬間、彼の中で何かが“覚醒”する。死神の姿となったフラウも駆けつけるが、ミカゲの魂は喰われていて、戦えば魂が消えてしまう！ 操られたミカゲはフラウを『ゼヘル』と呼ぶ。それは教会に祀られている７人の神の像、セブンゴーストのひとりだった。

茫然自失となったテイトは、『私が憎ければ復讐しに来い』というアヤナミの言葉に応えるかのように、次第にアヤナミへの復讐心を募らせ、教会を出て行こうとする。 一方アヤナミは、テイトを殺し、彼に宿る“ミカエルの瞳”を奪還しようとブラックホークのメンバーと共に動き出す。そんな中、テイトに宿った“ミカエルの瞳”が覚醒する…！

どうやってミカゲの死を償えばいいのかと思い悩むテイトに、カストルは司教試験を受けるよう勧める。合格して司教になれば、あらゆる場所に検閲なしで行けるようになるという。テイトは試験を受けることを決意し、フラウたちと、筆記試験や法術試験の準備を始める。法具“バクルス”を使いこなすことも司教になるには不可欠というが…。

司教試験を前に受験生たちが教会へ集まる中、テイトはハクレン＝オークという勝ち気な受験生と出会う。ハクレンはテイトを子供扱いし、二人はいきなり反発しあうが、あろうことかルームメイトになってしまう！ そんな中、テイトはバスティン大司教補佐が“バクルス”を使いこなして、使い魔・コールを浄化する姿を見る。バクルスをうまく使えないテイトに、カストルは深夜の特別講習を提案する。

教会の門番が何者かに殺され、その体に『神のご加護があらんことを』という文字が刻まれていた。ハクレンと共に現場に居合わせたテイトは、冷徹な目つきで佇むフラウを目撃する…！ そんな中、テイトは幼い頃、“ファーザー”と呼んでいた神父と共にいたことを思い出す。これ以上、周りの人々を巻き込まないためにも、過去やミカエルの瞳のことを思い出したいと願うテイト。その脳裏に“ファーザー”とのさらなる記憶がよみがえる！

司教試験のため教会を訪れる受験生たちに紛れて、アヤナミ率いる帝国軍の精鋭部隊・ブラックホークのクロユリとハルセが教会に入り込んだ。 フラウたちは彼らの狙いが分からず危機感を募らせる。一方、テイトとハクレンは司教試験への想いを語り合い、お互いの強い決意を知る。 試験合格に向けてバクルスの訓練に力が入る中、二人は使い魔・コールが進化した“ヴァルス”に突然、襲われる！果たして二人は!?

ラグス国王だった父が殺された後、自分を育ててくれたのは“ファーザー”という神父だったことを思い出したテイト。 そんな彼の前に“フェア＝クロイツ”と名乗る謎の司教が現れ、“私との日々を思い出せ”“教会は味方ではない”と告げる。 そんな中、テイトの記憶の封印が解き放たれ、“フェア＝クロイツ”や“教会との関わり”についての真実がよみがえる！ 一方その頃、教会に潜伏していたクロユリたちは非情な企みを実行に移そうとしていた…。

テイトを育てた神父“ファーザー”こと“フェア＝クロイツ”は、かつて悪しき死神“フェアローレン”が眠るパンドラの箱を教会から盗み出した。 それをきっかけにラグス戦争が起きたという話をテイトは聞く。 一方、フラウは教会では禁忌とされている黒法術“ヴァルスファイル”を使って罪人達を殺したとして投獄されてしまう！ このままでは死罪になるという報せを聞いたテイトは、フラウの無実を信じて、教会のどこかにあるという“光の地下牢”を目指す。

テイトとハクレンは、フラウを罠にはめた犯人を突き止めるべく動き出す。 フラウが罪人達を殺したとして捕らえられた現場へと向かうと、バスティン大司教補佐も愛弟子のフラウを救う手がかりを探しに来ていた。 バスティンは、聖職者に不向きな子供だったフラウがいかにして育ったかをテイトたちに明かす。そんな中、テイトとハクレンは衝撃の手がかりを発見し、フラウを陥れた教会の内通者へと辿り着く。

フラウを陥れた犯人は、あろうことかバスティン大司教補佐だった！ バスティンはハクレンを人質に取り、テイトを処刑するべく襲いかかる！ 一方その頃、教会に潜伏していた帝国軍の精鋭部隊・ブラックホークのクロユリとハルセも任務を遂行すべく教会に潜入していた。 カストルとラブラドールはそれを察知し、阻止しようと動き出す…。

自らの信念に生きたバスティン大司教補佐は、愛弟子であるフラウの腕の中でその命を終えた。一方、クロユリを捕らえたカストルは、セブンゴーストの一人「繋魂(フェスト)」として、クロユリの体を通してアヤナミと対峙する！ その翌日、教会ではバスティンの弔いが行われる。 バスティンとの戦いのあと初めて目覚めたテイトは、ハクレンの無事を喜ぶものの、フラウに対しては怒りをぶつける。

バスティン大司教補佐との戦いの中で、テイトに宿る“ミカエルの瞳”にヴァルスが入り込んでいた！ その力を利用してクロユリはテイトを呼び寄せ、教会から連れ去ろうとする。 ハクレンやフラウ、カストル、ラブラドールは、それをなんとか阻止しようと必死の戦いを繰り広げる。しかし、そこへアヤナミ参謀長官が率いる空挺・リビドザイルが現れる！ 激しい戦いの中、“ミカエルの瞳” が発動する…！

テイトに宿る“ミカエルの瞳”が発動したことは、帝国軍の幹部たちにも大きな驚きを与える。瞳を扱う者の出現は、かつて滅んだ国・ラグスの国王が誕生する予兆だと考えられる。そのため、帝国軍はテイトを抹殺すべく動き出す。 一方その頃、教会ではいよいよ司教試験が始まる。しかし、なぜかテイトのザイフォンが出ない！果たしてテイトは試験を乗り切ることが出来るのか!?　テイトとハクレンは不安を抱えたまま第一関門へと向かう！

一次試験で“敗者の扉”をくぐったテイトとハクレンだが、試験に合格したことを告げられる。この試験に勝者は存在せず、パートナーに手を差し伸べられるかどうかが重要だったのだ。二次試験までの間、テイトは元大司教の老人が「心が落ち着かない時は水辺に行くといい」と話していたのが気になり、噴水へと向かう。 そこでラゼットは、テイトを知られざる空間へと誘う。一方、フラウたちは何者かの影が近づいて来ていることを感じていた…。

二次試験は法術試験。“試練の橋”の向こうに辿り着けば合格だが、テイトたちは厳しい戦いを強いられる。 試練の橋では、受験生それぞれの心の闇が幻影となって出現するのだ。 テイトは自らの心に潜むアヤナミの幻と対峙し、親友・ミカゲの死を招いたのはテイト自身だと迫られる。一方、ハクレンは、司教になることを反対している父の幻影と対峙する。 果たして二人は自らの闇に潜む恐れに打ち勝つことができるのか!?

フラウが待つ二次試験の出口になぜかテイトの姿はなかった。あろうことか、試験を乗り切ったテイトのもとに再びアヤナミが現れ、異空間へと連れ去ったのだった。テイトはミカエルの瞳の力に頼ることなく、自らの意志でアヤナミを倒すことを決意する。その頃、教会内には帝国軍が侵攻し、フラウとハクレンはクロユリと対峙する。そして、カストルとラブラドールは教会内に潜んでいるスパイを追い詰める。

記憶を辿り、“パンドラの箱”の在処を教える事をアヤナミに迫られるテイト。それが出来なければ教会の人々が殺されてしまう！その頃、フラウたちは教会を護るため、ブラックホークと対峙していた。果たして、それぞれの戦いの行方は!?　テイトたちの物語はついにクライマックスを迎えるー