ファントムハイヴ家に来客予定の日。朝、いつものようにシエルを起こした後、超一流なファントムハイヴのもてなしの準備にかかる執事セバスチャン。しかしその一方で、セバスチャンをあっと言わそうと、使用人のバルド、フィニ、メイリンが独自に準備にかかる。その結果は…、全て大失敗。来客まで残り時間わずかとなった最悪の状況で、セバスチャンがとった行動とは!?

シエルが書斎から何者かにさらわれてしまった。セバスチャン宛てに届いた一通の誘拐犯からの手紙。そこには、主人であるシエルを返す条件として、ある物をもって指定の場所に来るように書かれていた。使用人達に夕食の用意を任せると、セバスチャンは一人、犯人のもとへ向かった…。

マダムレッドの頼みで、役に立たない執事グレルを引き取り、鍛えなおすことになったシエル。そこに突然、許婚のエリザベスが訪れる。勝手に屋敷を少女趣味に飾り立てたエリザベスは、ダンスパーティーをやろうと言い出す。ダンスの経験が浅いシエルに、セバスチャンは指導を申し出た。

ホワイトチャペルで娼婦の猟奇殺人事件があった。その残忍な殺害方法から、スコットランドヤードは犯人を「ジャック・ザ・リッパー」と呼んだ。女王の憂いを払うため、犯人の特定を急ぐシエル。やがて、捜査線上に黒魔術に傾倒している一人の貴族が浮かんだ。変装したシエルとセバスチャンは、その子爵が開くパーティに潜入するが・・・。

子爵が犯人でないことが判り、あらためて犯人像の割り出しにとりかかるシエル。被害者の身体的な共通点から、次の被害者を予想し、犯人を袋小路で待ち伏せるシエルとセバスチャン。しかし、そのすぐ側で、新たな犠牲者の悲鳴が響き渡った。

マダム・レッドの亡骸にマントをかけるシエル。その背後では、月光に照らされるなか、グレルとセバスチャンの死闘が続いていた。ほぼ互角の両者の攻防だったが、グレルの放った一撃が、深々とセバスチャンの胸元を切り裂いていった…。

法律の抜け穴をくぐり、裏で「犬虐め」を行う村を、女王の保養地の名目で確保しに来たシエル達。しかし、出迎えた村の有力貴族ヘンリー卿は、祟りがあるために、女王の命令でも買収には応じられないと提案を断固拒否する―。

ヘンリー卿が殺害された。その死体には、かなり大きな動物の噛み傷が残されていた。伝説の魔犬の仕業と信じ、怯える村人達。そんななか、薬草を積みにいったまま戻らないヘンリー卿のメイドのアンジェラを探しに、使用人達は沼地へ向かった。

イギリスで写真技術を発明したタルボット。彼が最後に使っていたカメラで人物を撮影すると、被写体の人物が一番恋しく思う存在が写るという。そのカメラを入手したシエルは、バルド、フィニ、メイリンの三人に、本人に気付かれずに、セバスチャンを撮影するように命令した。

凍ったテムズ河で開かれている氷上マーケットを訪れたシエルとセバスチャン。偶然出逢ったアバーラインから、非常に価値のあるブルーダイヤを追っていることを聞き、ダイヤ探しに付き合うことうことにする。一方、エリザベスもシエルにあげるプレゼントを探しにマーケットを訪れていた…。

シエルの誕生日前日。エリザベスは、以前自分が壊してしまったファントムハイヴ家の指輪の代償として、拾った「ホープの欠片」の指輪をプレゼントとして渡そうとする。しかし、すでにシエルの指にはセバスチャンが元通りに修復した指輪がはまっていた。落胆するエリザベスは帰途、かすかに聞こえてくる音楽の旋律に併せて、突然指輪が明滅し始めたことに気付き、音楽の流れる方向へと進んでいった･･･。

月明かりに照らされた塔の制作室のなか、人形にされたエリザベスが椅子に座らされていた。一方、セバスチャン達と共に、襲い掛かる少女人形を撃退しながらエリザベスを追ってきたシエルは、あらためて自分の身が再び砕けることも恐れないほどエリザベス救出に固い決心を示す。その時、ドロセルが奏でる音楽によって操られた人形達が、一斉にシエル達の前に現れた。

冬のロンドンの一角。コーヒーハウスの店先に、半裸の白人４人が逆さ吊にされる事件が起きた。彼らの体には、舌の絵と王室を侮辱する内容を含む犯行声明書が貼られていた。インド帰りの者を狙った同様の事件が20件も発生しており、シエルはセバスチャンと捜査に手をつけ始める。インド人密航者が多い暗黒街を調査していたセバスチャンとシエルは、突然インド人達に絡まれてしまう。その時、従者を連れたインド人が、間に割り込んできた―。

ソーマが寝た後、アグニが内緒でどこに行っているのか突き止めるため、こっそり後をつけたセバスチャン達。アグニがはいっていったのは、インドからの輸入品を手広く扱っているハロルド・ウェスト＝ジェブの屋敷だった。実はウェストは自分がロイヤルワラントを手に入れるために、アグニを操り、逆さ吊り事件を起こしていた首謀者だった。ふいにアグニはソーマが懸命に探していたミーナの名前を語り、それを聞いたソーマはウェストとアグニの部屋に駆け込んでしまう。その時セバスチャンがとった行動とは･･･。

ヴィクトリア女王参加の下、ついにロイヤルワラントをかけたカレー対決の火蓋が切って落とされた。各々参加者が調理に入るなか、とりわけ格好よく手馴れた感じで調理するアグニ。一方で、セバスチャンもそれに全く引けをとらない手つきで調理を行う。そして、セバスチャンが鍋に入れ始めたものは、なんとファントム社製のチョコレートだった。はたして勝負の行方は！？

ファントムハイヴ家が所有するラドロウ城に幽霊がでるため、ホテルの改装工事の中止依頼が来ているとの報告を受けたシエルは、セバスチャンと共に真相を確かめるべく城に向かう。そこで四百年前に暗殺されたといわれるエドワード５世とリチャードの二人の王子の霊に出会う。城の明け渡しを賭け、エドワード５世とのチェス勝負に臨んだシエルだったが、負けてセバスをとられてしまう。王子の霊の謎をひとりで解こうとするシエルだったが･･･。

女王の執事、アッシュから、プレストンの郊外にある今は使われていない修道院が異様な教義を唱える教団の巣窟になっており、政府に対して蜂起を企てているとの情報を聞いたセバスチャンとシエルは、早速修道院へと向かう。ドゥームズデイブックと呼ばれる、生前の美徳や悪行が刻まれた台帳を使用する教団に潜入したセバスチャン達が見たものとは！？

セバスチャンとともに教団のアジトである修道院へ潜入したシエル。ところが、すぐに信者に見つかってしまい、なぜか彼だけ教祖のもとへ連れていかれる。そこでシエルは、自分は過去を変えられるという教祖の謎の力によって、両親が殺害されたときの記憶を呼び起こされる。

テムズ川で死体が発見された。被害者のジョン・スタンレーは、女王のために働いていた裏社会の人物で、何者かに殺害されたらしい。女王から、彼の遺留品を手に入れ、秘密裏に処分するよう命じられたシエル。早速調査を始めた彼は、遺体が発見された地域を取り仕切る、上海マフィアのボス、劉のもとを訪れる。

ジョンの遺留品の行方を追う最中、シエルは何者かの罠にはまり、ロンドンで流行している麻薬“レディ・ブラン”に関与したとして警察に告発され、セバスチャンと別々に、ロンドン塔に幽閉される。孤立無援の状態に陥ったシエルだが、それでもひとりで調査を続けようとする。そこにアバーラインがあらわれて･･･。

シエルの使用人、メイリンとフィニ、バルドの３人は、落ち込んでいるようすの主人を心配していた。なんとか彼を元気づけようと相談を始めた３人は、ちょうど屋敷を訪れたエリザベスの意見を仰ぐことに。その結果、自分たちの笑顔で屋敷の雰囲気を明るくしようと決意する。

パリ万博に訪れている女王に謁見するため、パリを訪れたシエルとセバスチャン。万博会場内を歩いていた時、突然剥製が動き出して会場の照明を割り、会場は大混乱になる。セバスチャンの提言で、会場の外に一人避難したシエルだったが、そこで思いがけずアンジェラに遭遇してしまう。エレベーターの中へと逃げ込んだシエルだったが、そこでシエルを待っていたものは―。

焼け落ちてしまったファントムハイヴ邸。タナカが焼け跡のなかで、一人日記を綴っていた。一方、蒸気客船の貨物室内で、荷物の影に隠れているシエルは、葬儀屋に出会い、ロンドンで多くの魂の回収が必要なことを教えられる。その時、人々の絶望の叫び声がして、シエルはデッキに出る。デッキからはロンドンの町が赤く炎に染まっているのが見えた。そして葬儀屋から、自分がもうすぐ死ぬということを告げられる。

ロンドンの建設中のタワーブリッジの上に立っているアッシュ。セバスチャンはシエルを抱き、アッシュのもとへと急いだ。タワーブリッジの上、対峙する両者。シエルの口から、アッシュを倒すようにセバスチャンに命令が下される。ついに天使との決戦の火蓋が切って落とされた―。