生物、機械、植物の枠を超えて融合し、独自の進化を果たした生物"B.R.A.I"。人類は、この脅威の前に滅亡の危機に陥り、必死に戦いを繰り広げていた。

研究が実を結び、レオンはマシンの力を引き出して大型B.R.A.Iを圧倒。その強大な力を目の当たりにしたケインは、レオン達にある提案を持ちかける。

ハイパードライブに懸念を抱くジェイ。しかしB.R.A.Iに対する戦力になることへの期待から、レオンに研究開発の続行と導入テストを命じる。

新たなB.R.A.Iがネオ翔龍へ向けて進攻し、防衛網を突破。リアクターの暴走事故への責任を背負い続けるレオンは、敵を迎撃するべく出動を直訴する。

ネオ翔龍の大型輸送機が未知なる敵に破壊され、レオンは輸送機よりも大きな鳥型B.R.A.Iの仕業だと推測。現実的な考えではないように思えたのだが…。

同門だったワンとの戦いの末、激しく負傷したクイニー。ワンが操っている鳥型B.R.A.Iを仕留めるため、クイニーは傷ついた体で戦場へと飛び立つ。

レオンは珍しくオシャレをして街へ出かけ、怪しむクロエは彼について行くことに。クロエはレオンに女性の影を感じるが、彼はあるものを追っていた。

ネオ翔龍で、人々が何者かに狙撃されて殺される事件が発生。レオンとパンドーラの仲間達は、さらなる犠牲者が出る前に犯人を見つけるべく動き出す。

仲間を狙撃した犯人の行方を追い、必死に捜索を行うレオン達。その最中、ケインは、自分の命をあえて奪わなかった凄腕スナイパーのことを思い出す。

姫を葬って街を奪おうと野心を燃やすMr.ゴールド。グレンは街を守りたい一心で、自分の機体にもハイパードライブを搭載するようレオンに頼み込む。

レオンはB.R.A.Iを進化させるダークドライブをテストし、量子リアクター開発の責任者のことを思い出す。彼は、翔龍クライシスで命を落としたのだが…。

ネオ翔龍周辺で謎の疫病が発生し、避難民がネオ翔龍へ押し寄せた。疫病の流入を防ぐべきか、人々を受け入れるべきか、一同は難しい決断を迫られる。

度重なるB.R.A.Iの襲撃で、翔龍リアクターは不安定な状況に。レオンは、リアクターのコアに問題があるせいでエネルギーが漏れているのではと考える。

破壊の限りを尽くすムカデ型B.R.A.Iの猛威を前に、姫は無極砲の使用を決断。レオン達は敵を射線上へとおびき出し、無極砲はついに敵を照準に捉える。

MOEVの応急処置のため、レオンは仲間達と共に以前の住み家へ。レオンはハイパードライブの副作用に襲われる一方、敗北のショックを払拭できずにいた。

強敵を辛くも退け、ネオ翔龍は束の間の平和を取り戻した。レオンは疲れた体で行動を続けていたが、Mr.ゴールドの右腕だった謎の男ジークに遭遇する。

姫が絶対安静で人前に出られないため、ジェイはクイニーを姫の影武者に仕立てることに。姫に成りきるため、クイニーは激しい特訓を重ねるのだが…。

度重なるB.R.A.Iの襲撃により、極度の食糧不足に陥るネオ翔龍。パンドーラは食糧を輸送する部隊の護衛任務に就くが、正体不明の敵に襲われてしまう。

レオンはジークとの戦闘で重傷を負ったかに見えたが、体には異常が見当たらない。ハイパードライブを使っている者達に、異変が起きようとしていた。

防衛都市の1つが突如として高出力のレーザーで攻撃され、跡形もなく消失。この脅威からネオ翔龍を守るため、パンドーラは直ちに作戦を開始する。

謎のB.R.A.Iの声を聞いたダグは、失った過去に思いを巡らせる。いつか自分がMOEVと同化したらそこに人の意識は宿るのか、ダグはレオンに問いかける。

リアクターを抑え込んでいたフィオナの気配が、突如として消失。フィオナを救出するため、レオンとクイニーは彼女がまつられている山へと向かう。

大量のハチ型B.R.A.Iがネオ翔龍に侵攻し、グレン率いる都市防衛軍が迎撃を開始。だが、レオンは相手に敵意が無いことを察し、攻撃の中止を願い出る。

レオンの意識は多重次元に取り込まれ、不思議な光景の中をさまよい続ける。レオンを救い出すため、フィオナは意識の中へ飛び込むことを決意する。

ついにジークの恐るべき企みが明らかになり、このままでは世界が終わりを迎えてしまう。姫とパンドーラのメンバーは、世界を守る最後の戦いに挑む。

レオンと仲間達は最終決戦で死力を尽くすものの、ジークが作り出した巨大な敵がネオ翔龍に魔の手を伸ばす。果たして、世界に残された最後の希望とは!?