美貌と、並外れた戦闘能力を持つ０４４は、クローンとしてこの世に生を受けた。統合省、ダクサス二世の指示でファージウイルス感染者を殺し続ける０４４。そんな彼女が幼い頃から見る夢は、存在しない母親を探し求める夢だった。ある日彼女は宇宙で不思議な声を聞く。それは優しく暖かく、０４４の心に響き--。

ファージ撲滅の任務を遂行する０４４。その後、決まって夢に見るのは、血に塗れた幼い自分の姿だった。「ファージは人間じゃない」そう呟く０４４、実は彼女もファージで、その命は限られていた。ボス、キングを追って、ファージの集会場に潜入した０４４は、そこでルカという若きファージと出会い、対決するが--。

瀕死のルカを連れて逃げる０４４。彼女は今までに感じた事のない幸福感に浸っていた。ただただルカが愛しく……。が、ルカに追っ手がかかる。０４４の真意を問おうと、ダグサス二世も彼女を追う。大勢の追っ手をなんとかかわし、彼女は主治医、ガルシアから教えられたマチルダの診療所にようやく辿り着いた--。

自ら体内に埋められたチップを取り出し、信号機を外す０４４、それは、残り少ない命、自分の為に使うという決意の表れだった。怒るダクサス二世、彼女の処分が決定される。そんな中、ルカに逢いたい一心で、マチルダの元に向う０４４。彼女を見て錯乱するルカ。そして、追っ手が診療所を取り囲んだ--。

ルカをファージ達の手に戻した０４４は、大勢の追っ手を巻いて診療所を脱出しようとする。そんな彼女を追ってきたのは、７２７という殺し屋だった。０４４をライバル視する７２７は、まさに殺人マシーンともいえる部下達を使い、彼女に迫る。そして自らも対決を楽しむかのように、彼女に魔の手を差し出してきた--。

逃亡の果て、とある惑星に辿り着く０４４とガルシア。無法者の集う採掘現場で働くが、女であることから反感を買われ、争いになる。それを止めたのは班長サクザだった。何故か彼女の正体を知るサクザ、だが、それを公にしようとはしなかった。そんなサクザの元に、彼女を探す統合省と名乗る男達が現れた--。

賞金稼ぎの手から０４４を救ったサクザ。だが、この出来事がきっかけで、ダクサス二世が０４４の居場所を知ってしまう。０４４を襲う、死へのカウントダウンとも言える発作。執拗に０４４を追い、『絶望の棺』を目指すダクサス二世。そして、ついにサクザの秘密が明かされる。それは驚くべき、壮絶な過去だった--。

ダクサス二世の掃討作戦が始まった。フォーティ・フォーを回収すると共に、犯罪者たちをも一掃しようとする政府軍。混乱する坑内。逃げ場を失った０４４は、サクザに誘われ、地下へと逃げ込むが、そこで０４４は新たな驚きに出会う。いざという時のために、サクザの仲間達が武器を手に、結集していたのだ--。

政府軍とサクザ軍の戦いが開始される。地の利を生かし優勢に持ち込むサクザ軍。宇宙船を奪いとり、フォーティ・フォーを宇宙に逃がそうというサクザの作戦は、順調に進んでいたかに見えたが、それを阻んだのはダクサス二世だった。一気に窮地に陥るサクザ軍。そんな時、サクザがレーザー弾に倒れてしまう--。

サクザの命と引き換えに、再び自由を手にしたフォーティ・フォー。彼女に残された時間は、あとわずかしかなかった。行く当てもなく宇宙を彷徨う０４４は、辿り着いた氷の惑星で、自分の運命を変えた男、ルカと再会する。ボロボロに変わり果てたルカは、すでにファージを発症し、武器を手に、０４４に向ってきた--。

疲れ果て、自暴自棄となったルカに、フォーティ・フォーは自分の思いを伝える。それはルカにとって、暗闇で見つけた一筋の光りだった。そんな時、０４４は、再びあの不思議な声を聞く。声の主を追って、地球に戻る０４４。ひと時の平和な時間を過ごす彼女達に聞こえて来たのは、キングが逮捕の知らせだった--。

キングを救うため、044の元を離れたルカ。再び会う約束をするが、２人に残された時間はあとわずかしかなかった。急激に044をむしばんでいくファージ・ウイルス。錯乱する彼女を押し止めたのは、あの不思議な声の存在だった。声の主に会うため、ついに044は行動を開始する。