室江高校剣道部顧問の石田虎侍は、先輩の石橋から女子団体戦の練習試合を持ちかけられる。しかし女子剣道部員は実質、部長の千葉紀梨乃しかいないため、新入部員の獲得に乗り出すことに。そして一年生の川添珠姫が剣道の才能を持っていることを偶然知り、剣道部に勧誘するのだが…

新入部員の中田勇次と共に珠姫入部の作戦を練る虎侍。一方、剣道場ではトラブルに巻き込まれた珠姫が、なりゆきから先輩の男子部員と剣道で対決することになっていた。体格差とブカブカの道着で苦戦する珠姫の脳裏に浮かんだものとは？

珠姫たち新入部員が加わった剣道部一同は、新しい防具を注文に剣道具店に買出しに出かけることに… その夜、コジローは石橋からの電話を受けたことをきっかけに、学生時代の思い出のトロフィー手に感傷にひたっていた所、とんでもないトラブルが発生する。 一方、都は栄花を傷つけた外山に仕返しをしようとするが、そこに鞘子が現れ…？

なかなか部活に現れない鞘子を呼び戻すべく、策をめぐらすコジローとキリノ、思いが通じたのかようやく剣道場に顔を出したサヤだが、都はトラブルを起こした相手が部活の先輩だったことに気が付いてしまう。厳しい練習と意外なめぐりあわせに剣道への熱意が冷めかける都だったが…

練習試合に向けて、対戦順を決める室江高と町戸高の両チーム、練習にも熱が入るが、室江高は選手が一人足りないままついに練習試合当日を迎えてしまう。一方、町戸高では集合時間になっても一向に集まらない生徒達を集めるべく、石橋が奔走を続けていた…

ついに始まった室江高と町戸高との練習試合、圧倒的な強さを見せる珠姫、初めての試合に戸惑う都、珠姫からの指導に触発される鞘子、いつもの自分のスタイルを貫く紀梨乃、それぞれの個性を出し試合に挑む、そして遅刻して現れた第５の戦士 武礼葉（ぶれいば）の正体とは…

練習試合の最後に相手チーム顧問の石橋と対戦することになった珠姫、大人相手に一歩も引かない珠姫に対して石橋が取った構えは… やがて練習試合も終わり紀梨乃の持ってきたメンチカツをつまみながら和気あいあいとした雰囲気になる両チームの面々、その夜、賭けに勝った虎侍は石橋と共に寿司屋に向かい、そこで衝撃の事実を知ることになる…

とある理由により、お金が必要になった珠姫、一方、練習の疲れから体調不調の都はお店番のアルバイトを代わってくれる人を探していた。 興味を持った珠姫は都の代わりにアルバイトを引き受けることになる、初めての経験に緊張で固くなる珠姫だが…

慣れない仕事にはげみながらも、部活のことが気になる珠姫は、アルバイト終了後道場に駆けつける。珠姫と共に次の大会に向けて盛り上がる剣道部の面々、しかし、帰宅前に虎侍が買い物に立ち寄ったスーパーで虎侍と剣道部の運命を大きく左右する事件が起きてしまう…

珠姫はアルバイト先で、都に会いに来た少女に出会うが、その話を聞いた都は動揺し、何かに怯えるようになってしまう。 数日後、剣道の大会が開かれ、紀梨乃は、偶然出会った中学時代の友人から、室江高校の一年生に剣道の実力者がいることを聞き、５人目の戦士を探すことになるのだが…

インターハイ予選に向けて他校との練習試合も決まり盛り上がる剣道部一同。 友人からの情報で剣道経験者の一年生の名前が東と知った紀梨乃と鞘子は剣道部に勧誘すべく図書室に向かうが、そこで意外な人物と出会う。 虎侍も東を剣道部に入部させるべく動き出すが、吉河先生から東が部活に入れない理由を知らされ…

紀梨乃と鞘子は、東を道場に誘い稽古を始める、その実力に驚く一同は入部を迫るが、東にはどうしても入部できない事情があったのだ。 そんなある日、室江高校に成明高校が練習試合にやってくる、顧問の林先生の厳しい指導に耐えかね、友人たちが退部する中、一年生の小川芽衣も部活を続けるかどうか迷いながら、合同練習に参加するのだが…

室江高と成明高の練習の中、珠姫と組んで練習をする芽衣は、その実力に驚き、あこがれる。 なりゆきから練習に参加していた東は紀梨乃のペースに乗せられ、珠姫と互角稽古をすることになり、次第に剣道の呼吸を思い出していた。 一方、虎侍は林から剣道に対する意外な思いを聞かされる。 やがて、練習試合が始まり…

東を剣道部へ誘い続ける紀梨乃と鞘子だが、東の意思は固く入部を断られてしまう、さらに入部を無理強いすることを虎侍から止められた二人は、落胆するが、その様子を見ていた都は、東の教室に向かい… 一方、虎侍は石橋からの勧めでインターハイ予選に向けての強化合宿を企画するのだが…

珠姫たちは町戸高校の面々と合宿を行うことになるが、最初に一同が向かったのは何故かプールだった… その後、練習は双方打ち解けながら和やかに進み、稽古の後、両校の生徒たちは汗を流すべく銭湯へ向かう、やがて夕食を経て修学旅行さながらな騒がしさのまま、夜は更けてゆくのだが…

突然、学校を２日連続で休んだ紀梨乃、連絡も取れないことに不安を感じた鞘子は部活を抜け出し紀梨乃の家に急ぐが、そこで何故か実家の店を手伝っている紀梨乃の姿を目撃する。 やがてインターハイ県北予選が始まり勝ち進む室江高女子チーム、しかし次の対戦相手の東城高校には良からぬウワサがあり…

東城高校の部員達による妨害を受け負傷した珠姫は、みんなに心配をさせまいと、何事もなかったように振舞い試合に出場する。 そして始まる、東城高との対戦、珠姫だけでなく、東や紀梨乃も不調や悩みを抱えながら試合に臨み、やがて珠姫と東城高の大将・小西との対戦を迎えるのだが…

室江高と東城高の対戦は、予想外の決着を迎える、そしてそれぞれの思いを胸に会場を後にするそれぞれの部員達… その夜、紀梨乃は剣道部の新たなスタートに際して、剣道部のマスコットキャラクターとテーマソングを作ろうと鞘子にメールで相談をするが、それが思わぬ悲劇を生むことになってしまう。

次の関東大会に向けて意気が上がる室江高剣道部一同はメンバーの総当り戦を行うが、一本も取れない都は落ち込む一方、そんな都を気遣ったダンは痛んだ竹刀を新しいものに換えるよう都を買い物に誘う。 その最中、偶然出会った、外国人の女子高生キャリー西川とのささいな争いはやがて、剣道部をも巻き込んだトラブルになり…

虎侍の出張のため部活が休みになった週末、珠姫は勇次がもらった遊園地のアトラクションショーのチケットで、ブレードブレイバーがゲスト出演することを知り、二人で見に行くことになる。 生のブレイバーと新作劇場版の制作発表を聞き喜ぶ珠姫だったが、ヒーローグッズを巡って、会場に居合わせた少女・鈴木凛と争うことに…

珠姫の家の道場に、父の友人の小沢剣友会の面々が劇場版ブレードブレイバー撮影のためにやって来る、そしてそのメンバーについてきたのは、遊園地で出会った鈴木凛だった。 アクションシーンの練習に目を輝かせ、凛とブレイバー談義に花を咲かせる珠姫、翌日、凛と共に映画の撮影現場に見学に出かけるが、撮影中にトラブルが発生し…

関東大会に向け、都も特訓の成果を発揮しつつあり、練習に熱が入る剣道部一同、紀梨乃は勝利を祈り、お手製のマスコットを一人一人部員に配る。 やがて始まる関東大会、会場では石橋率いる町戸の部員達とも出合い、再戦を誓う一方、珠姫は凛と再会する、そして第一回戦の対戦校にキャリー西川の姿があった…

関東大会の結果に意気消沈し、いつもと同じようでどこか違う剣道部の空気、そのわずかな違和感はそれぞれの部員に影を落とし、次第に大きな溝になっていく。 さらに外山と岩佐が起こした事件がきっかけで、剣道部の今後について虎侍、そして紀梨乃は大きな選択を迫られることになる…

気持ちがバラバラになっていく剣道部、剣道を続ける意味を見失い部活に出なくなってしまった都にダンは自分では力になれないのかと気落ちする、そんな都に街で偶然出合った東は… 一方、休部の危機に選択を迫られた紀梨乃も学校を休み、心配した鞘子は…

決意も新たな室江高剣道部は、昇龍旗大会に出場することになる。 虎侍と石橋が１０年程前に大会で対戦したことを思い返す中、個人戦にエントリーする部員一同、そして会場で、都はキャリーを、珠姫は凛を見つけそれぞれの想いで闘志を燃やす。 一方、男子の部に参加した勇次とダンは、それぞれ勝ち進み…

そして時は流れ、別れと出会いの季節、珠姫は凛と再会し一緒に街に出かける。 数日後の放課後、一見、いつもと同じようだが、何かが変わり、何かが足りない剣道部の風景、そんな剣道場に見知らぬ二人の訪問者が現れるのだが…