退治屋を営む名橋ルチアと鷹花スミレの元に、今日も新たな依頼人がやって来た。 依頼人・理沙は、自分のまわりに、不気味な影が現れるようになったという。 影の正体を『ヴァイアラス』だと推理したルチアたちは、さっそく調査を開始する。 しかし、どこにもヴァイアラスの痕跡は発見できず、逆にスミレが謎の影に襲われてしまった。 窮地に立ったルチアは、敵の正体を掴むべく、自ら左目の眼帯を外すのだが……。

それは、スミレがルチアのもとで退治屋として働き始めたばかりの頃……。 まだバーサーク化した自分をコントロールできないスミレは、訓練に明け暮れていた。 だが、そんな自分に自己嫌悪に陥るスミレは、冷たい態度のルチアと衝突、 『ヴィーナスヴァンガード』を飛び出してしまう。 昔のように普通の生活に戻りたい……そう願うスミレに、ヴァイアラスの影は、すぐそこまで忍び寄っていた。

『ヴィーナス・ヴァンガード』に、月夜という少女が訪れる。数日前ヴァイアラスに襲われてから、 ずっと部屋に引きこもっている双子の兄・陽司を助けてほしいというのだ。 「お願い、陽ちゃんを助けて」 誰とも口を聞かなくなった兄を心配して心を痛める月夜に、同情するスミレ。しかしルチアは、この事件の裏に不吉な予感を感じていた。

ごく普通の中学生だったスミレは、街角で拾ったブローチの不思議な力のせいで、 闇に蠢くヴァイアラスが『視える』ようになってしまう。スミレを襲うヴァイアラスたち。 だが、その魔手からスミレを庇うように現れたのは、ヴァイアラスの駆除を仕事とする『退治屋』の美少女・ルチアだった。 「やさしく駆除してあげるわ」スミレとルチア、運命の出逢いだった。

いつものように公園で与識と顔を会わせるスミレは、彼の優しい眼差しに胸をときめかせていた。 淡い恋の芽生え……ささやかな日常の風景だが、それを妖しく見守る謎の少女・ルカの姿があった。 そんなある日、『ヴィーナス・ヴァンガード』に、スミレのクラスメートの京子が訪れた。 いつもの京子らしくない強引な来店に戸惑うスミレ。しかし、ルチアは、感じていた。 京子の向こうにいる『敵』の影を……！

ヴァイアラスとの戦いに与識を巻き込んでしまった！ 落ち込むスミレは、退治屋の仕事も休んで、塞ぎこんでいた。 名橋やローラは、スミレを心配するが、ルチアはいつものように冷たい態度だ。 ルチアとスミレ、二人の絆に亀裂が走る。 しかし、敵の攻撃は待ってくれない。 出没するヴァイアラスに備えてパトロールしていたルチアに、新たなヴァイアラス・ガイが、襲い掛かってきた！

ルチアは、解放された左目が見た謎のビジョンについて思い悩んでいた。 そんなルチアを見て、名橋は過去の日々を思い出していた。 師匠のもとで、『真なる世界』という理想郷を求めていたあの頃―――。 そこには、名橋と共に学んでいた青年リュシフ、そして師匠の義理の娘リリスがいた。 愛し合うリュシフとリリス。その二人こそ、若き日のルチアの両親だった。

自分の出生の秘密、そして父と母の悲劇を知ったルチアは、ヴァイアラス退治に明け暮れる。 その向こうに憎むべき父がいると信じて。しかしスミレは、危険をも省みないルチアが心配だった。 まるで自分自身を壊そうとしているかのようなルチアが。 そんな時、一人でヴァイアラスを追うルチアに、ガイとルカの魔手が迫っていた！

ヴァイアラスの騒動も一段落して、つかの間の休息を楽しむルチアとスミレ。 偶然にも二人の誕生日が同じ日だとわかり、誕生パーティーを開くことに。誰かに誕生日をお祝いされる。 初めてのことに、ルチアは戸惑いながらも、ささやかな幸せを感じていた。 スミレも、ルチアと二人でバースデーケーキを焼いたり、買い物に出かけたり、楽しい日々を送っていた。 だが、そんなスミレの前に、与識が現れて―――

与識との仲も何やら進展気味のスミレは、心ウキウキ。 だが、スミレを微笑ましく見守るルチアに、なぜか与識が接触してくる。 スミレの知る与識とはまるで別人のような、怪しく危険な雰囲気を漂わせて。 彼の目的は一体？ 「何者なの？　あの男……」 一方、リュシフの存在を近くに感じる名橋とローラは、懸命にリュシフを探す。 そして……ついに、あの男が姿を現した。

与識を巡って、心ならずも反目しあうスミレとルチア。 誕生パーティーも間近に迫っているのに、お互いを気遣いながらも、心はすれ違う二人……。 そんなある日、ルチアの元に、リュシフとの戦いに敗れた名橋が戻ってくる。 驚くルチアに、名橋は今まで黙っていた『ある事実』を告げる。 それは、スミレとルチア、さらには世界そのものに関わる、重大な秘密だった……。

ついに対峙するスミレとルチア。怒りと悲しみに我を忘れるスミレに、 ルチアの叫びは届かない。さらに、リュシフはルチアに告げる。 『真なる世界』を開けば、母・リリスを蘇らせることができる、と。 「母様を……？」父の誘い（いざない）に心が揺れるルチア。 だが……その時、ルチアの左目が光を放つ！ その光が照らす真実とは……！？　スミレとルチア、二人の少女の運命は……！？