侵攻してきた隣国の兵を一網打尽にすべく、ネヴィリルとアムリアは最も難しいリ・マージョンに挑戦するが、失敗。敵を撃退するも、多くの犠牲者を出してしまう。この戦いで失われたコール・テンペストの補充人員の中に不思議な空気を漂わせた謎の少女、アーエルがいた。

アーエルはシムーンに乗って勝ち続けるために最も優秀なシヴュラ、ネヴィリルとパルになりたがる。しかしネヴィリルは心の整理がつかないまま、「泉」へ行くシヴュラに同伴するという。アーエルはその前に一度だけ、自分とシムーンに乗ろうとネヴィリルを誘う。

重要な任務を解かれたコール・テンペスト。レギーナであるネヴィリルが姿を現さないこともありコールはバラバラになっている。そんな状況を改善すべくマージュの訓練をしようと、パライエッタはコールの面々をマージュ・プールに集める。

いつまでも任務のない状態にしびれを切らしたアーエルは、パルを適当に見繕っては許可なくシムーンを乗り回していた。ある日、リモネに声をかけて無断飛行していると、眼下に敵に攻撃されたらしいシムーンを発見する。二人は何があったかを探ろうと近づくが……。

昼の任務に復帰したコール・テンペスト。生き生きするアーエルと対称的に、リモネは調子があがらない。自分が何をしたいのかが判らないというリモネに、アーエルは「自分で決めろ」と告げる。そんなとき、最年長シヴュラのドミヌーラがリモネにパルになろうと申し出る。

コール・テンペストが任務に復帰しても姿を現さないネヴィリル。幼馴染であり、ずっと側にいたパライエッタは戻ってきてほしいと話すが、ネヴィリルの真意を掴むことができないまま説得は失敗する。その夜、そんなパライエッタの目の前にパルであるカイムが現れる……。

任務に復帰はしたものの、周囲からお荷物扱いされているコール・テンペスト。あと2人の補充人員が必要となっているところへ、ネヴィリルの父、ハルコンフがマミーナとユンを連れてやってきた。彼はネヴィリルにマミーナとパルになれと言うが……。

戦争下にある隣国との和平交渉使節団を、会談場所である公海上空まで擁護する任務のさなかに解散を言い渡されたコール･テンペスト。彼らは、隣国の通訳としてやってきた巫女アングラスに船内を案内する。アングラスは全員の名を呼び挨拶を交わすが、なぜかアーエルの名だけは呼ばないのだった。

大破されたアルクス・プリーマを護送した後、コール・テンペストは審問会で解散について討議される。審問会に出席したネヴィリルはオナシアや司政官たちに自分達の存在について問いを投げかける。残ったコール･テンペストの面々は、犠牲になったシヴュラのための追悼儀式を始めるが……。

解散の危機を逃れたコール･テンペストは、大破されたアルクス･プリーマの修理期間中、老朽化した中型母艦「メッシス」に乗り込むことになる。そこで、それまで仲間の中にうまく馴染めなかったマミーナが、ねずみ退治で大活躍！　 料理の腕も披露して……?!

宮国の陸軍部隊を護送することになったコール・テンペスト。ずかずかとメッシスに乗り込んでくる兵士たちに戸惑う一同だが、フロエだけは楽しそうにしている。やがて一人の兵士とフロエの間に感情が芽生えはじめた……。

ドミヌーラの提案で、アルティとカイムがパルを組むことになる。アーエル・ネヴィリルと共に試験飛行中、2組のシムーンは偶然にも敵艦を発見する。カイムと共に成果を挙げたいアルティは、偵察しようと言いはじめるが……。

「メッシス」での暮らしにも慣れ、思い思いに過ごすテンペストの面々。そんな中、アーエルがネヴィリルに突然ある提案をする。かつてネヴィリルがアムリアと共に挑戦し、失敗してアムリアを失った「翠玉のリ・マージョン」をしよう、というものだった。

地上に係留し整備を行うこととなった「メッシス」。久しぶりに地上で骨休めをするシヴュラたちをよそに、ドミヌーラはワポーリフに内密の依頼をする。それは神の乗機への侮辱であり、タブーとされている行為だった。苦悩するワポーリフだったが、それにはもう一つの理由があった。

アムリアの乗っていたシムーンを観て以来、ドミヌーラは沈黙してしまう。何とかコールをまとめようとやっきになるパライエッタをよそに、皆の気持ちはバラバラなまま。そんな中、アーエルはネヴィリルが自分のせいでふさぎこんでいることに気づく。

偵察に向かうメンバーを見送り、艦内で待機任務についていたアーエルたち。そのとき、彼女たちは礁国の本当の狙いがメッシスへの攻撃だと気がつく。それを聴いて焦るパライエッタをアーエルは諭し、ドミヌーラとリモネはメッシスを守るべくある決断をする。

アルクスプリーマに戻ったコール・テンペスト。他のコールは皆泉へ行き、残された彼女たちは遺跡へ行くよう「命令」される。礁国と嶺国が連合軍となり、宮国の遺跡から「ヘリカルモートリス」を持ち出そうとしていたのだ。その場所で彼女たちは次々と信じられないものを目の当たりにする……。

遺跡で見つかった嶺国の巫女・アングラスの死体は宮国で埋葬されることになるが、アーエルとマミーナは参列を許されない。遺跡での出来事と「じいちゃんの言っていたこと」との関連を感じたアーエルとネヴィリルは、それを二人だけの秘密にしようと誓う。

礁国空中母艦の偵察任務の為メッシスへと向かったコール・テンペストだったが、なぜかアーエルとユンは出動を禁じられる。残る仲間は二手に分かれて偵察をはじめるが、ネヴィリル・マミーナ、アルティ・フロエは敵国が奪った古代シムーンに遭遇、意図せぬ攻撃に巻き込まれてしまい……。

大切な仲間を失ったコール・テンペスト。アーエルやネヴィリルは自責の念に駆られ、皆が悲しみに嘆き、シヴュラとは何なのか悩む。戦況が悪化し続ける中、司兵院は依然シヴュラたちが戦士として戦いを続けることを要求し、欠員補充としてヴューラを配属する。

何かを企んでいる様子の宮守は、召還したオナシアをメッシスで送り届ける際、アーエルとネヴィリルにシムーンで同行するよう促す。ユンも自ら望んでその航程を共にすることになる。一方、消えたはずのドミヌーラとリモネは……。

敵国の連合軍によってアルクスニゲルが落とされ、攻撃の魔の手は市街地にも及んでいた。戦いではなく祈りこそシヴュラとしての使命だと気づいたコール・テンペストは、その心と裏腹に、シヴュラとして出撃を余儀なくされていた。攻撃が一段落した頃、連合軍から和平の提案がなされたが……。

連合軍の和平条件を受け入れる形で、宮国に終戦が訪れた。その条件とはシムーンの封鎖と、シムーン･シヴュラの解散だった。その通達を聞き、コール･テンペストの面々は自分たちが不要の存在になったことを知る。一方ユンは一人泉へ向かい、遺跡にいたはずのオナシアと逢っていた。

宮国のシヴュラたちはすぐに泉へ行くことを強制され、ワポーリフら整備員たちも嶺国へ行くように命令される。そんな中、ユンが失踪。戸惑う少女たちに、パライエッタはアーエルとネヴィリルが向かおうとしている「違う世界」について話すのだった。

泉に向かった少女たちの前にユンが現れる。少女たちは手に手を取って泉に浸り、アルクス・プリーマへと戻ってくる。嶺国側にアーエルとネヴィリルがまだ泉へ向かっていないことが判明したことで、アルクス・プリーマは騒然となるが、二人にどうしても「違う世界」へ行って欲しいと願うアルクス・プリーマの仲間たちは……。

アーエルとネヴィリルは旅立った。時は過ぎ、少女だった彼らは大人になり、それぞれの人生を営んでいる。同じように、リモネとドミヌーラも……。アルクス・プリーマは湖に沈み、湖畔にはかつての仲間がひとり、見守るように暮らしていた。