今日から新学期という朝も、直樹は相変わらず幼なじみの保奈美に起こされて朝を迎えた。いつもの学園生活、いつもの屋上で昼寝をしていた直樹だったが、そこに突如舞い降りてきた一人の少女!? 直樹を誰かと勘違いしたまま気を失ってしまったその少女は、帰りのホームルーム時に転校生の天ヶ崎美琴として紹介されて…。

恭子先生に捕まった直樹は荒れ放題の温室を掃除させられる。渋々ながらも掃除をしていると、園芸部に入り花を育ててみたいというちひろがやって来た。園芸部には部員が誰も居なかったので、ちひろは部長として活動することとなった。天文部も部活らしい活動をしていなかったのだが、美琴の入部により次第に活気立ち…。

身体検査が行なわれる日、朝ごはんを抜いて学校に向かう茉理と美琴はいつもの元気がない。しかし二人が乗った体重計は、その努力が報われなかったことを示していた。放課後に再び恭子先生に捕まった直樹は、ちひろが一人でやっていた温室の掃除を手伝うことになったが、その途中で何者かの人影に気づき…。

みんなでお泊り会をしようという提案が美琴から出た。 だが直樹はお泊り会と同じ日に、恭子先生と結先生からもドライブの誘いを受ける。日帰りであれば夜のお泊り会にも間に合うので、誘いを受ける直樹。そして日も暮れた頃にお泊り会のことを知った恭子先生は、直樹を送るため猛スピードで車『まるぴん』を走らせて…。

みんなで蓮華寮に集まって中間試験の勉強会。真面目に勉強に取り組む中、保奈美の焼いたクッキーの差し入れもあって和気藹々と進む。実は中間試験の最終日は美琴の誕生日でもあったが、美琴は遠慮をしてみんなには話していなかった。そのことに気づいた直樹と保奈美の二人は美琴に内緒で誕生日会を企画して…。

自転車の練習中に、ちひろが直樹に対し特別な感情を抱いていると確信した茉理。二人の関係に気を遣うように何かと遠慮する茉理。それに気づいたちひろが茉理を追いかけてた時に自転車で転んでしまい、救急車で運ばれてしまった。ちひろは病室で直樹のことをお兄さんみたいに思っていると茉理に話し、二人は打ち解けて…。

直樹が家では実にしまりがないのは心を許しているからだと、ちひろから言われてドキドキする茉理。そんな中、茉理は突如プールで足を吊り、おぼれてしまう。すぐに助け出し、躊躇せず人工呼吸をしたのは直樹であった。気を遣って遠慮をするなんて本当の家族じゃないと言う直樹の言葉を、茉理は病室で聞いてしまうが…。

期末テストも終わった七月。天文部では蓮美祭に向けて流星群観測の練習をすることになった。観測日の夜、美琴が空から落ちてきたことを思い出した直樹は、出会った時に勘違いされた祐介のことを聞き、美琴が日本に来た理由を悟る。翌日、茉理の誕生日に備え、プレゼントを買いに出かけた直樹と保奈美は美琴と会うが…。

珍しく保奈美が起こしに来ない…。保奈美に電話をしてみる直樹だが、留守だった。何となくひっかかり、直樹は外へと向かった。入れ違いで、直樹の家を訪れる保奈美は浴衣姿だった。近づきたいけど、今の関係が壊れるのは恐い…幼なじみの直樹と保奈美。そして美琴に誘われるまま、直樹は蓮華寮の屋上へと向かい…。

あの悪夢を頻繁に見るようになった直樹。翌朝登校した直樹は嫌な噂を耳にする。昨夜、温室のガラスが割られる事件が起きてそこには直樹の姿があった、と言う話だった。それは、直樹が見た夢と酷似した内容だった。一方、深刻な表情で恭子が玲に報告していた。ある被検体が見る夢が、直樹のそれと酷似していた…。

屋上から飛び降りた祐介を間一髪のところで助けた美琴。保奈美は倒れた直樹を見守り統け、同じように祐介を美琴が見守っていた。結に直樹と祐介のことを尋ねる保奈美。それに応えた理事長である玲は、祐介がマルバスという致死性の高い病気にかかっていること、そして自分たち百年後の未来から来たことなどを話し出し…。

直梅と祐介の融合が始まる。五年前、記憶を失った直樹を笑顔で迎えてくれた渋垣夫妻と保奈美…。記憶を失った祐介の姉となった美琴。蓮美台学園でのいつもの授業風景…。直樹は祐介の、祐介は直樹の五年間を知る。そして直樹は祐介の意識の中に溶け込もうとしていた。祐介もまた直樹の意識の中に溶け込もうとしていた…。