宇宙暦799年／新帝国暦1年。ラインハルト・フォン・ローエングラムは、遂に新銀河帝国ローエングラム王朝の初代皇帝として即位した。同じ頃、自由惑星同盟では、軍を退役したヤン・ウェンリーがフレデリカ・グリーンヒルと華燭の典を挙げ、新婚生活に入っていた。幸せな二人を見つつ、ユリアンは地球に向けて旅立つ。時代は安定期を迎えたように見えたが、それは新たな激動の時代の始まりに過ぎなかった。

ユリアンとマシュンゴ、それにダヤン・ハーン基地で合流したポプランを乗せた「親不孝号」は、地球へと向かっていた。地球に本拠地を置く地球教の実態を探ろうとするユリアンは、船内のライブラリを使って人類が地球から宇宙へ進出した歴史を振り返る。それは、地球と植民星の抗争の記録であり、その戦いの末、資源と人材を失った地球が、人類社会の中で忘れられた存在になるまでの物語であった。

新帝国の閣僚人事を発表したラインハルト。国務尚書にはヒルダの父、マリーンドルフ伯爵が任命された。ヒルダらの願いにより、ラインハルト最初の行幸はキュンメル男爵家と決まった。生まれつき病弱で明日をも知らぬ命の男爵は、名ばかりの貴族から皇帝へと自らの力で登り詰めたラインハルトと我が身を比べ、屈折した思いを抱いていた。その代償をラインハルトを屈服させることで得ようと、彼は爆弾の起爆スイッチを手に皇帝を脅迫するのだった。

キュンメル男爵による皇帝暗殺未遂事件は、地球教の陰謀であることが判明した。ただちに討伐軍が編成され、司令官に任ぜられたワーレン指揮の下、地球に向けて艦隊が進発する。マリーンドルフ親子の謹慎も解かれ、新王朝では一族が罪に連座することはないと示された。一方、帝国では不穏な噂が流れていた。同盟軍の捕虜が、メルカッツ提督は生きていると述べたというのだ。その噂が事実であれば、当然ヤンもそれを知っていることになる……。

ラインハルトは、前ゴールデンバウム王朝の全史を調査した報告書を読んでいた。始祖ルドルフ以降、歴代皇帝の様々な行跡を読みつつ、ラインハルトは己を振り返るのだった。一方、自由惑星同盟首都ハイネセンポリスで新婚生活を送るヤンは、年金削減の知らせに渋面を作っていた。その上、同盟駐在高等弁務官レンネンカンプは、ヤンを危険人物と見做し、監視を強化していた。ヤンは奇想天外な方法でキャゼルヌと連絡を取り、今後のことを考えるのだった。

帝国軍との和睦条項により廃棄処分となる戦艦や宇宙母艦が、何者かに強奪される事件が発生した。これはヤンの指示でメルカッツが起こしたものだが、レンネンカンプは確たる証拠もないまま、自由惑星同盟政府にヤンを反和平活動防止法違反により拘束するよう勧告する。尋問の中で、ヤンは自らの逮捕に法的根拠がないことを知る。一方でそれは同盟政府が自らの法を遵守する余裕がなくなったことを示していた。ヤンを救うべく、フレデリカたちは行動を起こす。

同盟最高評議会議長ジョアン・レベロは、拘置されているヤンに対し、国家の存続を図るため自己を犠牲にすべきと説く。一方、ヤンを救出するために薔薇の騎士連隊が動いていた。シェーンコップ指揮の下、オペラ観劇に向かう途中のレベロを拉致し、ヤンを無傷で解放するよう迫る。レベロが拉致されたことを知ったレンネンカンプは、装甲擲弾兵部隊に臨戦態勢を命じる。進退窮まった統合作戦本部長ロックウェルは、ヤンを暗殺して事態を収拾しようと図る。

無事に解放されたヤンは、レベロの前に姿を現す。言葉をなくすレベロに対し、ヤンは、帝国高等弁務官レンネンカンプを人質に取りハイネセンを離れるので、帝国軍に対しヤンたちを討伐するよう要請して欲しい、と告げる。そうすれば同盟政府の面目も保たれるとの言葉に、レベロはヤンと元部下たちの安全を保証する。薔薇の騎士連隊の活躍で拘禁されたレンネンカンプは、ヤンに捕らえられたばかりか、レベロにも裏切られたことを知り、深く絶望するのだった。

ワーレンは、地球教徒のテロで片腕を失う悲劇に見舞われつつも、遂に地球に到着。ヒマラヤ山中の地球教本部に総攻撃を開始する。同じ頃、ユリアンらも地球教本部に潜入していた。食事にサイオキシン麻薬が混入されていると看破した彼らは行動を開始、フェザーン商人と身分を偽りつつワーレンたちの攻撃部隊に協力する。教団の秘密資料を手にしたユリアン。帝国軍の猛攻にさらされた地球教徒たちは殉教の道を選び、自ら地底へと消えていった。

ラインハルトのもとに、地球教本部掃討作戦が完了したとの報告が届く。一方、ハイネセンからはヤンが脱出するに至った経緯が伝えられた。帝国軍最高幹部会議ではレンネンカンプの軽挙を咎める意見が続く中、ハイドリッヒ・ラングはレンネンカンプを非難することは皇帝を非難することと主張、ロイエンタールに皇帝の威を借りる者として厳しく弾劾される。ラインハルトは同盟を併呑する理由を得たことになるが、その心は冷めていた。

ハイネセンを脱出したヤンは、ダヤン・ハーン基地でメルカッツと合流を果たす。シェーンコップたちはヤンにエル・ファシルに向かうよう促すが、同盟政府との関係修復を望んでいた彼は、行動を控え同盟からの連絡を待つ。一方、一連の事件の究明を命じられたシュタインメッツは、ヤンからの情報をもとにレンネンカンプの遺体を収容し、事態の全容を把握した。報告書を受け取ったラインハルトは、帝国三長官を招集した。再戦か、現状維持か。全宇宙が彼の決断を見守っていた。

帝国三長官を招集したラインハルトだったが、その日は明確な方針を示さぬまま散会となった。ラインハルトの覇気に衰えを感じるロイエンタール。しかし、レンネンカンプの葬儀の後に行われた会議で、ビッテンフェルトは主戦論を主張し、ラインハルトに熱い心を呼び戻す。ラインハルトは同盟領への進攻作戦を決定し、ビッテンフェルトに先鋒を命じる。ふたたび帝国軍が動き出す。

ラインハルトは、全宇宙に向けて一連の騒動の真相を語った。レンネンカンプの非については率直に謝罪した上で、自由惑星同盟政府の不誠実さを弾劾し、改めて同盟への宣戦を布告する。同盟への復帰の途が完全に絶たれたと悟ったヤンは、エル・ファシルに向かうことを決める。そこには「真の民主主義」を掲げるエル・ファシル独立政府があるのだった。一方、ビュコックは現役への復帰を決め、宇宙艦隊司令部に向かう。

帝国首都オーディンでラインハルトの演説を聞いたユリアンは、ヤンは遠からずエル・ファシルに姿を現すと予想、帝国を脱出してエル・ファシルに向かう。同じ頃、ハイネセンの宇宙艦隊司令部には、かつてのヤン艦隊の幕僚であるムライ、フィッシャー、パトリチェフが呼ばれていた。艦隊参謀長のチュンは、彼らに5500隻の艦艇を預け、乗員と共にヤンに届けるよう依頼する。また、惑星ルジアーナの同盟軍工廠はミッターマイヤーの攻撃を受けつつも、新造艦を揃えヤンのもとに送り出す。ヤンの手元に戦力が集まりつつあった。

「ヤンとの直接対決は避け、エル・ファシルを孤立させて自然瓦解を図る」というヒルダの献策をラインハルトは受け容れなかった。ヤンとの再戦が彼の望みだったのである。一方、ユリアンたちはヤンと再会を果たしていた。機は熟したと見たヤンは、イゼルローン再奪取計画を進めるが、エル・ファシル独立政府はヤンに残留を指示、作戦行動はメルカッツとシェーンコップに委ねられた。「不正規隊」がイゼルローンに向けて進発するちょうどその頃、ビュコックも最後の戦いに臨もうとしていた。

イゼルローン要塞を守るルッツのもとに、出撃を命じる電文と待機を命じる電文が相前後して届く。ルッツは、これをヤンの謀略と見抜き、逆に罠にかけようと全艦隊を率いて出撃する。案の定、要塞に接近する不正規隊。要塞主砲で殲滅しようとする帝国軍だったが、ヤンの仕掛けた細工で要塞主砲は封印されていた。急ぎ要塞に帰還するルッツ。一方、ユリアンたちは激しい白兵戦の末、要塞予備制御室を占拠。主砲の封印を解き、ルッツ艦隊を迎撃する。戦意を喪失した帝国軍は降伏し、ヤン艦隊は要塞への帰還を果たす。

自由惑星同盟軍は、ビュコック指揮の下、マル・アデッタ星域にある細い回廊状の宙域に布陣、帝国軍の侵攻を待つ。圧倒的な兵力を揃えた帝国軍だったが、狭隘な宙域ではその利を生かすことも出来ない。かえってビュコックの老練な策に翻弄され、大きな損害を出してしまう。双方の激闘が続く中、同盟軍の艦隊は帝国軍総旗艦ブリュンヒルトに迫りつつあった。

カールセン提督指揮の同盟軍分艦隊はブリュンヒルトに迫るが、ミュラーらの反攻により決定打は得られず。一方ビュコック率いる本隊は、折から吹き荒れた恒星風を利用して敵陣を突破した。しかし、ここで帝国軍は総反攻を開始、ビッテンフェルト指揮の黒色槍騎兵艦隊も加わり、同盟軍を崩壊させる。敗戦を悟ったビュコックは、ラインハルトからの降伏勧告を感謝と共に断り、民主主義に杯を掲げて別れを告げた。こうして、自由惑星同盟の最後の戦いが終わった。

イゼルローン要塞に入ったヤンのもとには同盟軍の残存兵力が集まりつつあった。そんなイゼルローンにビュコック戦死の凶報が届く。自らの考えの甘さを責めるヤン。ヤンの部下たちも、彼らなりの方法で宿将の死を悼んだ。同じ頃、統合作戦本部長ロックウェルはレベロを暗殺、帝国軍に全面降伏の意を伝えた。宇宙暦800年／新帝国暦2年2月9日。ラインハルトは、遂にハイネセンの地に降り立つ。同月20日、同盟の終焉を告げる「冬バラ園の勅令」が公布され、同盟は273年の歴史に幕を下ろしたのであった。

ラインハルトは自ら艦隊を率いてイゼルローン回廊へ赴き、ヤンと雌雄を決することを望むが、ヒルダやロイエンタールに諫められ、これを断念する。一方、イゼルローン要塞では、ようやく時間の取れたヤンたちが、ユリアンが持ち帰った地球教の資料を検証していた。地球教とフェザーンの強い結びつきに驚きを隠せない一同。ヤンは、自らが激動の時代のただ中にいることを実感していた。同じ頃、ラインハルトのもとに1通の報告が届いた。曰く、「ロイエンタール元帥に不穏の気配あり」と。

公明正大で知られる司法尚書ブルックドルフ。ロイエンタールに叛意あり、との報告書に彼の署名があったことから、その信憑性はいや増した。ロイエンタールが旧門閥貴族リヒテンラーデ公爵に連なる女性を私邸に匿い、あまつさえ彼女はロイエンタールの子を宿しているとの疑惑に、ロイエンタールは彼女の存在を認めた上で、懐妊については知らなかったと述べる。ラインハルトは彼に、彼らが初めて会った5年前のことを覚えているかと問うのであった。

ハイネセンポリスで突如大爆発が起こり、激しい火災が発生。炎は市街地を焼き尽くすが、ロイエンタールが用意していた危機管理マニュアルにより被害は最小限にとどまった。リヒテンラーデ公爵に連なる者を匿った罪に問われていたロイエンタールだったが、この功績を考慮に入れ、統帥本部長は解任したものの、旧自由惑星同盟領を統治する新領土提督に任ずるという決定が下された。ただ、この人事はヤンらを討ち、完全なる銀河統一がなされた後に発効するとあり、諸将は新たな戦いを予感する。

ラインハルトと諸将は、イゼルローン要塞に拠るヤン一党を討伐するため、ハイネセンを進発した。その10日後、フェザーンにて爆破テロが発生、工部尚書シルヴァーベルヒが死亡、ルッツらも負傷する。同じ頃、ハイネセンでも郊外の病院で火災が起こり、その混乱の中、入院患者のアンドリュー・フォークが行方不明となった。これら一連の事件の裏には地球教の残党、ド・ヴィリエの影があった。一方、イゼルローンに向け進撃を続けるビッテンフェルトは、ヤンに対し降伏を呼びかけるが……。

ビッテンフェルトからの通信は、降伏勧告とは名ばかりのヤンたちを挑発するものだった。圧倒的不利な戦いを目前にしつつも、ヤン不正規隊の仲間たちは全く変わらぬ日常を送る。そんな中、ふとしたきっかけでカリンと口論してしまったユリアンは、己の未熟さを責める。ヤンはユリアンと共にブランデーを傾け、夜明けまで語り合うのだった。翌日、イゼルローンからビッテンフェルトへ返電が送られる。そこに秘められたメルカッツの策謀とは。

イゼルローン要塞からの無礼な返電にいきり立つビッテンフェルトだが、幕僚らはメルカッツからの内応を申し出る通信に注目していた。ファーレンハイトは罠だと断言するも、これを逆用しようと、彼らは敢えて艦隊を進める。果たして回廊入り口でアッテンボロー艦隊を発見、猛攻を加える黒色槍騎兵艦隊。ファーレンハイト艦隊も後続するが、これこそがヤンの策略だった。ヤン艦隊は帝国軍を容赦なく打ちのめす。アースグリムの捨て身の砲撃で、帝国軍はかろうじて全滅を免れた。

ヤンは回廊に大量の機雷を敷設し、帝国軍の侵入を阻むが、ロイエンタールは指向性ゼッフル粒子で一気に機雷原に穴を開け、進撃路を作る。機雷原を突破してきた帝国軍に砲撃を集中させるヤン。しかし、帝国軍の物量は圧倒的な圧力となってヤンたちを襲う。激しい砲火の応酬に、宙域にはエネルギー流が吹き荒れ、戦場は万華鏡の様相を呈する。メルカッツの献策に従い、ヤンは膠着状態を打破、ブリュンヒルトに迫るが、シュタインメッツ艦隊により阻止される。

「ミッターマイヤー提督戦死」の報がブリュンヒルトに届く。それは誤報であったが、ラインハルトに全面攻勢を決意させるきっかけとなった。帝国軍の艦隊が強大な圧力となって不正規隊を襲う。ヤンはイゼルローン要塞への撤退を試みるが、ミュラーらの帝国軍艦隊に隙はない。さらに凶報がヤンを愕然とさせる。「生きた航路図」ことフィッシャー提督が戦死したのだ。敗北を覚悟するヤン。だが、なぜか帝国軍は進撃を停止し、ラインハルトの名で停戦と会談を求める電文が届いた。

ラインハルトからの会談の申し出に、ヤンは巡航艦レダⅡでブリュンヒルトに向かう。入れ違いにイゼルローンに到着したボリス・コーネフは、ヤンを暗殺する計画があると告げる。ヤンを保護するため、急ぎ出港するユリアンたち。しかし、既に暗殺者の魔手はヤンに迫っていた。レダⅡの中で激烈な戦闘が繰り広げられ、パトリチェフも戦死する。そして、遂にヤンも兇弾に倒れた。薄れゆく意識の中で、フレデリカ、ユリアン、そして大勢の友や仲間たち、脳裏に浮かぶ彼らに別れを告げ、ヤン・ウェンリーの時は33歳で止まった。

ヤンを救うため、必死にレダⅡを捜索するユリアン。しかし、彼が見つけたのは永遠の眠りについたヤンの姿だった。悲しみと憤りに我を忘れるユリアン。シェーンコップはユリアンに、ヤンを暗殺したのは地球教徒だと告げる。イゼルローンに帰還したユリアンは、フレデリカにヤンの死を告げる。愛する夫を想い、涙するフレデリカ。一方、イゼルローンの上層部は今後の方策について討議、軍事指導者としてユリアンを選ぶ。政治指導者にはフレデリカが就き、ヤンの遺志を継いで共和制の芽を守っていこう、と決意するのだった。

ヤンの突然の死は、味方のみならず帝国軍の将帥にも衝撃を与えた。ラインハルトは、ヤンの死に大きな喪失感を覚える。イゼルローンの人々も深い悲しみと失意に沈んでいた。ポプランも大量の酒瓶と共に自室にこもっていたが、ユリアンの司令官就任を知り、過去より未来に身を置くべく、気力を取り戻す。帝国軍を代表して弔問に訪れたミュラーは、短いながらも誠意の込もった弔辞を述べ、ヤンの死を悼んだ。一方、ロイエンタールは新領土総督として赴任すべくハイネセンへと向かう。宇宙暦800年／新帝国暦2年6月、時代は大きな節目を迎えていた。

フェザーンに降り立ったラインハルト。ファーレンハイト、シュタインメッツ、そしてヤンへ、弔いの杯を掲げる将帥たち。テロ爆破犯を操作するラングは、地下アジトでルビンスキーと接触。ロイエンタールを陥れるため、彼らと手を結ぶ。新帝国暦2年7月29日、ラインハルトはフェザーンへの遷都を正式に発表した。そんな中、仕官を求めてきたトリューニヒト。ラインハルトは皮肉を込め、新領土総督府高等参事官を提示したが、彼は平然とそれを受け容れた。ミッターマイヤーらは、この人事が将来どのような影響を与えるか思案するのだった。

ユリアンは、フェザーンに遷都することでイゼルローン要塞の価値をなくすというラインハルトの構想を見抜いていた。民主共和制の砦を守るため、彼は生前のヤンの行動を思い出しつつ、精力的な活動を続ける。そんな彼の心身を気遣うカリン。ハイネセンに潜入したボリス・コーネフが、地球教の怪しげな動きを報告する中、「イゼルローン共和政府」が樹立された。創立記念式典では「くたばれ、カイザー・ラインハルト！」の声と共に無数のベレー帽が宙に舞い、旧同盟国歌が歌われる。ヤンの遺した理想は、確実に次の世代に受け継がれていた。