帝国領進攻作戦と救国軍事会議のクーデターで多くの熟練兵を喪った同盟軍。その穴は新兵によって埋めざるを得ず、ここイゼルローン要塞でも新兵を早く一人前にするための猛訓練が行われていた。そんな中、訓練に出ていたアッテンボロー分艦隊が帝国軍と遭遇、戦闘に入る。新兵も戦闘に加わるが、その中にはユリアンの姿もあった。戦闘艇スパルタニアンに乗り込み、初めての戦闘を経験するユリアン。戦闘は激しさを増し、いよいよ混迷の度合いを深めていく。

銀河帝国の実質的な支配者となったラインハルト。自らの半身ともいうべき友、キルヒアイスを喪って以来、有用な人材の登用には一層意欲を示していた。現在、彼が最も信頼を置くのは“帝国の双璧”との異名を持つミッターマイヤー、ロイエンタールの両名である。二人は全く違う性格でありながら、深い友情と信頼で結ばれていた。そんな中、ラインハルトはシャフト技術大将の示した作戦案を容れ、同盟への進攻を決定する。不審の念を禁じ得ない“双璧”とヒルダ。果たして……。

シャフト技術大将の作戦は、ガイエスブルク要塞にワープ装置を取り付け、イゼルローン要塞の至近に出現させるという前代未聞の奇策だった。ラインハルトはケンプを司令官に据え、ミュラーと共に作戦を進めるよう命じる。一方、フェザーンでは自治領主ルビンスキーが、これまで採ってきた「三国鼎立」策を改め、ラインハルトに同盟を支配させ、その後にフェザーンが帝国を経済面で支配するとの方針を示した。手始めとして、彼は部下であるケッセルリンクを通じ、同盟政府がヤンに不審を抱くように働きかける。

ケッセルリンクの工作は成功し、同盟政府はヤンを首都星ハイネセンまで召喚すると決めた。最前線であるイゼルローン要塞から引き離されるヤン。ちょうどその頃、帝国ではガイエスブルク要塞のワープ実験が成功し、ラインハルトは同盟領への進攻作戦を正式に決定する。また、ケッセルリンクはフェザーン領内に亡命していたシューマッハやランズベルク伯に接触し、ある計画へ参加するよう促す。様々な思惑が錯綜する中、銀河の歴史が動き出す。

ハイネセンに到着したヤンは、すぐさまフレデリカたちから引き離され、軟禁状態に置かれる。そもそも査問会自体が法的根拠のないもので、ヤンは彼を快く思わない政治家たちが行う“裁判ごっこ”に付き合わされることになったのだ。一方、同盟政府の対応に不審を抱くフレデリカたちは、ヤンを解放すべくあらゆる手を尽くす。その結果、現在のハイネセンが政府、軍、マスコミに至るまでトリューニヒト派に支配されているという恐るべき事実を知るのだった。

遂に帝国軍が、ガイエスブルク要塞を用いた進攻作戦を開始した。同盟の生命線に危機が迫る中、何も知らぬ同盟政府は悠長にヤンの査問会を続けていた。 その時、イゼルローン要塞から「帝国軍は移動式巨大要塞をもってイゼルローン回廊に侵攻せり」との緊急通信が届く。進退窮まった同盟政府はヤンを解放し、イゼルローン要塞に赴き敵を迎撃せよと命じる。果たして、ヤンの対応は。

ガイエスブルク要塞からの攻撃が始まった。要塞主砲「ガイエスハーケン」が、イゼルローン要塞の外壁を打ち砕く。対するイゼルローン要塞も「トールハンマー」で応戦する。続いて帝国軍は陸戦隊を送り込むが、薔薇の騎士連隊が迎え撃つ。敵にヤンの不在を知られてはならない同盟軍は、思い切った策が採れない。一方、陽動作戦が功を奏し、イゼルローン要塞の外壁爆破に成功したミュラー艦隊。その際、捕虜とした兵士が「ヤンは要塞にいない」と告げる。ミュラーの下した決断は。

「要塞にヤンはいない」と信じたミュラーは、急ぎ帰還するであろうヤンを捉えるべく兵を動かすが、司令官のケンプはこれをヤンの策略と判断し、ミュラーに兵を戻すよう命じる。果たして、その時ヤンはイゼルローン回廊まで到達していた。要塞に残るユリアンは、鋭い洞察力でケンプの作戦を見抜き、ヤンの帰還を援護する。ヤンを取り逃がした上、その反撃で大きな損害を受けたケンプは、起死回生の手段として、ガイエスブルク要塞をイゼルローン要塞に激突させようとする！

苦戦するケンプへの援軍として、ミッターマイヤー、ロイエンタール艦隊が派遣される。回廊に急ぐ彼らの前に、敗走するケンプ艦隊と、これを追撃する同盟軍艦隊が現れた。同盟軍艦隊を殲滅した“双璧”は、ガイエスブルク要塞の喪失とケンプの死を知り、オーディンに帰還する。敗戦を知ったラインハルトは激怒し、ミュラーへの処分を考えるが、キルヒアイスの言葉を思い出し、これを赦す。ヒルダは、ラインハルトの苛烈さが、彼の心身そのものを損なっているのではと危惧し、自らに出来ることを模索するのだった。

ラインハルトのもとへ、「リップシュタット盟約」の残党が帝国に密入国したとの報告が届いた。ラインハルトは、彼らの目的が皇帝の誘拐にあると見抜く。一連の事態の裏にはフェザーンの暗躍があると考えたラインハルトはフェザーン高等弁務官ボルテックを召喚し、その思惑を問い質す。ボルテックは、フェザーンがラインハルトの覇権に協力する用意のあることを告げ、引き替えに彼が宇宙を掌中にした暁には、フェザーンが経済を掌握したいと語る。しかしラインハルトはフェザーンに対し、ボルテックが想像していた以上の要求を突きつけるのだった。

「奸臣のもとから幼い皇帝を救出する」ため、ランズベルクとシューマッハは新無憂宮に潜入し、見事に目的を果たす。しかしそれは、ラインハルトが彼らの目的を知りながら意図的に警備体制を緩めたことによる「成功」だった。ラインハルトは麾下の提督たちを参集、幼帝が誘拐されたと告げる。彼らは近い将来、自由惑星同盟に対しての大規模な出兵があることを予感するのだった。

「銀河帝国皇帝エルウィン・ヨーゼフⅡ世が自由惑星同盟に亡命」との報は、全宇宙に衝撃を与えた。イゼルローン要塞のヤンは、この事態がラインハルトの同盟侵攻に口実を与えるのでは、と危惧する。一方、ハイネセンでは同盟政府が後援する「銀河帝国正統政府」の樹立が宣言され、メルカッツが軍務尚書として指名を受ける。そして、遂にラインハルトが演説を行う。それは、銀河帝国正統政府並びに自由惑星同盟政府に向けた、厳しい弾劾であった。

帝国軍の侵攻が間近に迫る中、ユリアンに、フェザーンにある同盟高等弁務官事務所への転任を命じる辞令が届く。ユリアンは抵抗するが、ヤンは軍人になった以上、命令には従わねば、と説く。ヤンの真意を図りかねたユリアンだったが、改めてヤンから、帝国軍がフェザーン回廊から同盟領に攻め込んで来る可能性を示唆され、自らの役割を再認識する。ユリアンはイゼルローン要塞の仲間たちに見送られ、遠くハイネセンを目指すのであった。

ユリアンはハイネセンへ移動する時間を使って、改めて人類500年の歴史を振り返る。「遠く、もっと遠く」を合言葉に銀河系に進出した人類は、やがて中世的停滞に陥る。そして、その暗雲を吹き払う英雄として、ルドルフ・フォン・ゴールデンバウムが民衆の支持を集め、遂には銀河帝国皇帝となったのだ。反対勢力を徹底的に弾圧した彼だったが、アーレ・ハイネセンが率いる共和主義者たちの一団が脱出に成功。苦難の末に新たな天地を得た彼らは、自由惑星同盟を成立させたのだった。

ラインハルトは、「銀河帝国正統政府」を、門閥貴族を中心とした「歴史を逆流させようとし、ひとたび確立した人民の権利を強奪しようとする」者どもであると弾劾し、これに与する自由惑星同盟政府も同罪だと切り捨てた。帝国民衆はラインハルトの演説に歓呼で応じ、ラインハルトは自由惑星同盟への大攻勢を発令する。作戦名は「神々の黄昏」。それは、2世紀にわたる自由惑星同盟政府の歴史に終止符を打つものであった。

フェザーンに到着したユリアンは、フェザーンの豊かな経済力と安定した社会システムに目をみはる。ユリアンは、イゼルローン出立前にヤンが語った「帝国軍がフェザーン回廊を通過して同盟領に侵攻して来る可能性」をフェザーンの要人に示唆するが、絵空事と苦笑される。そんな中、遂にロイエンタール率いる大艦隊がイゼルローン回廊に姿を見せた。同盟軍の関心はイゼルローン回廊に集まり、迎撃のための準備が始まった。しかし……。

ロイエンタール艦隊によるイゼルローン要塞攻略が始まった。接近する艦隊を迎撃すべくイゼルローン要塞駐留艦隊が出撃するも、乱戦に持ち込まれ要塞主砲を封じられる。優位に戦いを進め、余裕を見せるロイエンタールだったが、要塞からヤンの乗艦、ヒューベリオンが出撃するのを見て平静さを失う。突進するロイエンタール旗艦に、次の瞬間、同盟軍の強襲揚陸艦が食らいついた。白兵戦が展開される艦内で、ロイエンタールとシェーンコップは一騎討ちを演じる。ひとしきりの激しい戦闘の後、双方兵を引き、体勢を立て直す。膠着した戦線を打破すべく、ミッターマイヤー艦隊が進発したが……。

イゼルローン回廊に向かうはずだったミッターマイヤー艦隊だが、その進路はフェザーン回廊に向いていた。帝国軍大挙襲来という誰も予想出来なかった事態に、フェザーンは大混乱に陥る。この機に乗じ、ケッセルリンクは自治領主ルビンスキーの暗殺を謀るが、ルビンスキーは彼の行動を読んでおり、返り討ちにする。12月30日、ラインハルトは遂にフェザーンの地を踏む。期せずして沸き上がった「ジーク・カイザー！」の歓声に手を振るラインハルト。そのままフェザーン航路局に向かった彼は、手中に入った同盟領の航路図を前に、亡き友に語りかけていた。「行こう。宇宙を手に入れるために」

「フェザーン、帝国軍により占領さる」の報は、同盟政府を震撼させた。元首として責任を負うべきトリューニヒトは雲隠れしたが、これまで“二流利権屋”と蔑まれてきたアイランズ国防委員長が、別人のように精力的に活動、事態の収拾に乗り出す。アイランズはビュコックに同盟軍の再編と指揮を一任、ビュコックは新たに参謀長となったチュン少将と共に難題に立ち向かう。そして、この同盟の危機を乗り越えるには、遠くイゼルローン要塞でロイエンタール艦隊と対峙している、ヤンの知略が不可欠であった。

ビュコックはヤンに、「自らの最善と信じる行動を取るように」と命令する。これを受け、ヤンはイゼルローン要塞の放棄を決める。驚く幕僚たちにヤンは、もはやイゼルローン要塞は戦略的価値を失ったと語り、駐留艦隊を含めた戦力は同盟防衛のために集中すべきと説く。果たして要塞放棄の方針は定まった。ロイエンタール艦隊の攻勢にさらされる中、大船団を組んでの撤退は困難を極めたが、キャゼルヌらの尽力で無事に成功。ロイエンタールはおよそ2年半ぶりに元の持ち主の手に戻った要塞に入場する。

ラインハルトのもとに、ヤンがイゼルローン要塞を放棄したとの知らせが届く。彼は、ヤンが戦場で自らを倒そうとしていることを見抜くが、それでも彼は「双頭の蛇」の先陣に立つと宣言する。一方、ユリアンは地球教徒の巡礼団に紛れてフェザーンを脱出、ヤンのもとへ帰ろうとしていた。だが、帝国軍の駆逐艦が行く手を塞ぎ、船内を臨検するという。果たしてユリアンの運命は……。

帝国軍を迎え撃つため、ランテマリオ星域に布陣した同盟軍。しかし、その戦力比は3対1と、圧倒的に不利な状況に置かれていた。同盟軍は地の利を活かして善戦するものの、帝国軍は「双頭の蛇」の陣で同盟艦隊を翻弄し、同盟軍の艦艇は次々と撃破されていく。敗戦を悟ったビュコックは自決を試みるが、参謀長のチュンに説得される。その時、ヤン艦隊の援軍が敵後方に出現したことで、帝国軍は混乱。その隙を突いてビュコック艦隊は撤退に成功する。ラインハルトは、またしてもヤンによって完全なる勝利を妨げられたのだった。

からくも同盟軍の完全崩壊を防いだヤンは、ハイネセンに帰還した。そこには策略によって帝国軍の駆逐艦を奪取し、脱出に成功したユリアンの姿もあった。久しぶりにヤンのもとに戻ったユリアンは、フェザーンと地球教の関係を語る。その内容にヤンは驚きを隠せないが、今は帝国軍の侵攻作戦への対応策を考えねばならなかった。一方、帝国軍本営では、ラインハルトが過労から発熱していた。病床の彼の脳裏に浮かぶものとは……。

ラインハルトを戦場で倒せば、帝国軍は求心力を失って崩壊する。こう考えたヤンは、同盟領内で神出鬼没のゲリラ戦を行い、ラインハルト麾下の諸将を次々と撃破する。苛つくラインハルト。彼は、ヤンが自分との戦いを望んでいることを推察していた。遂にラインハルトは我が身を囮として用い、ヤン艦隊をおびき寄せる策に出る。ヤンは、ラインハルトの罠に気付くのか。両者の決戦の時が迫っていた！

ラインハルトとヤン――両者の激突の時が間近に迫っていた。そんな中、ヤンは勇気を振り絞ってフレデリカに求婚をする。フレデリカがヤンを知ってから11年、遂にその恋が実る時が来たのだった。一方、ラインハルトは麾下の提督たちを本営から離し、自らを囮としてヤン艦隊を誘う。ヤンは、それを罠と承知した上で、ラインハルト個人を葬るべく敵陣の深部へと艦隊を進める。後世の歴史家が「死闘」と称したバーミリオン星域会戦が始まったのだ。

ヤンとの決戦に際してラインハルトが採った作戦は、ヤン艦隊の進路上に艦列を幾重にも敷き並べ、これを突破させることでヤン艦隊の損害を累積させ、消耗戦を強いるものであった。このラインハルトの作戦をユリアンが見破った。ユリアンの考えを聞いたヤンは策を講じ、自ら率いる艦隊でラインハルトの乗艦、ブリュンヒルトに急迫する。各地に分散した提督たちのうち、かろうじてミュラーが援軍に駆けつけるが、その勇戦も虚しく、遂にヤンはブリュンヒルトを射程内に捉える。

ヤンの乗るヒューベリオンは、遂にブリュンヒルトを射程内に捉えた。まさに砲撃命令が下されようとした瞬間、自由惑星同盟政府からヤンのもとに「無条件停戦命令」が届く。ヤンは、勝利を目前にしながら、命令に従い攻撃を中止する。突然の停戦の裏には、ヒルダの活躍があった。バーミリオン星域での戦況を知った彼女はミッターマイヤーに、ハイネセンの同盟政府を屈服させ、彼らからヤンに停戦命令を出させるよう進言したのだ。停戦に応じたヤンは、メルカッツに小艦隊を預け、一旦姿を隠すよう依頼する。これは将来を見据えたヤンの布石だった。

ラインハルトに招かれたヤンはブリュンヒルトを訪れ、ここに初めて両雄の対面が実現した。ラインハルトは、ヤンを帝国元帥に任じた上で麾下に加えたいと望むが、ヤンはこれを固辞する。彼は、専制君主であるラインハルトに敢えて民主主義の理想を語り、ラインハルトはさして興味は抱かないものの、ヤンの立場には理解を示す。その後、ハイネセンに降り立ったラインハルトは、同盟政府と「バーラトの和約」を締結する。事実上、全宇宙の統治者となったラインハルトは、正式に銀河帝国皇帝への即位を宣言。遂にローエングラム王朝が誕生した。