我々の歴史とは異なった古代。耶麻台国に狗根国が侵略してきた。その強大な力の前になす術もない耶麻台国は、墨火を女王候補の六人に託して逃した…。時は現代、兄妹同然に育った九峪と日魅子は古代遺跡の発掘調査の現場にきていた。すると突然日魅子は炎に包まれ、九峪もろとも時空の歪みに飲み込まれてしまい…。
巫女である星華の、旧墨火の神殿に救世主が現れるという予言で、その救世主の救出に向かった伊雅と伊万里。そんな伊雅たちの前に突然九峪と日魅子が現れた。事態の把握が出来ない両者に、紫香楽の不死の軍団である傀儡兵が襲い掛かる。辛くも地下神殿から脱出した一行だが、九峪は日魅子と離れ離れになってしまい…。
枇杷島から脱出した伊万里と九峪は、原生林の中で魔物に取り囲まれてしまった。弱まりつつある墨火の力を訝しみながら魔物を切り捨てる伊万里の側で、何も出来ない九峪は河岸に倒れている日魅子を透視する。その瞬間墨火の力が強まり、魔物は森に退散するのだった。そんな九峪に墨火の力を見い出した伊万里だが…。
星華の待つ隠れ里に向かう間、互いの状況を理解しようとするが、どうもうまくいかない伊万里と九峪。一方、そんな中で徹底した包囲網にも相変わらず、いまだ誰一人として捕まらない状況に苛立つ紫香楽をほくそ笑む藤那。隠れ里に向かう途中で伊万里と九峪は伊雅と再会し、日魅子は敵の手中にあることを知るが…。
日魅子を紫香楽の命で征西都督府城に移送することが決まった。帆佐は自分が紫香楽に信用されていないことに疑念を抱くが逆らうことはできず、命に従うことにする。そのころ、征西都督府城に監禁されていた焔燬のもとに藤那が訪れた。藤那は、帆佐の砦にいる一人娘と墨火との関りを確かめてくれるように焔燬に依頼して…。
日魅子移送の前夜、焔燬は日魅子と再会した。彼女の中に感じとった墨火の力と“ヒミコ”という名前に、墨火とともに忽然と消え去った自分の娘と目の前の彼女の姿を重ね合わせるが、にわかには信じられなかった。日魅子の移送を待ち受けていた九峪たちは奇襲を加える。墨火の力を発露した九峪は日魅子奪還に成功して…。
紫香楽、四天王を以ってしても、遅々として進まない耶麻台国女王候補討伐。業を煮やした狗根国国王は、知将と恐れられる平八郎を召還した。平八郎は、襲撃を加えた耶麻台国残党の隠れ場所のどこにも死体がないことに気づき、内部に密告者がいると睨む。藤那を怪しむ平八郎は敢えて作戦の参謀の一人として迎え入れて…。
日魅子奪還の一戦で深手を負った焔燬のもとを伊万里が訪ねた。九峪と日魅子に宿る墨火のことを聞きただす伊万里だが、想像を超える墨火のパワーの話に愕然とする。狗根国との最後の戦いを前に鍛錬に励む耶麻台国残党の中に九峪や日魅子の姿もあった。しかし、彼らの隠し砦も平八郎の夜襲を受けてしまい…。
平八郎の罠に落ち、捕われの身となった伊万里、星華、そして耶麻台国の民。九峪と日魅子は、夜追いの邪鬼・清瑞の手引きで辛くも脱出するが、九峪は清瑞から平八郎の罠のことを聞き、墨火の力を暴走させてしまう。同じ頃、間者であることが発覚した藤那は、国王の怒りに触れ、見せしめに火焔城で処刑されることになり…。
墨火の力に護られ、溶岩の中から生還した九峪だったが、星華の祈祷も通じず意識が戻る気配がない。そんな中、傷の癒えた焔燬は日魅子と一緒に墨火の力で九峪の消耗した体を癒すのだった。一方、変わり果てた霄霏の姿にショックを受けた帆佐に紫香楽は、霄霏を開放することを条件に墨火の力を宿す九峪の殺害を命じるが…。
狗根国との決戦を前に、墨火を操る修行に励む九峪。だが、それは一人で制御できるものではなく、日魅子に秘められた制御能力と相まって発揮されるものであった。そんな中、九峪たちの前に傀儡兵軍団が現れ、その隙を突かれ日魅子を連れ去られてしまう。最終決戦を決意した九峪は耶麻台国残党と督府城に奇襲をかけて…。
無敵を誇った機動要塞枇杷島もついに大地に大激突した。日魅子を連れ脱出した紫香楽は、督府城地下神殿に逃げ込んだ。後を追って地下神殿に駆け込んだ九峪たちが見たものは、この世のものとは思えない凶々しいパワーを身につけた紫香楽の変貌した姿であった。墨火の聖剣“七支之御剣”を手に九峪は抗戦するが…。