アストラギウス暦7213年9月、百年戦争の終戦から二か月が過ぎた時期、惑星ミヨイテのザキ基地へ向かう軍用トレーラーが、機甲猟兵姿の男に襲撃された。その男…メロウリンク・アリティは、トレーラーの乗員に基地司令ドックマンへの伝言を託す。一枚の認識票とともに……。 その頃、ザキ基地では、終戦直前に起きた“プランバンドール・スキャンダル”を追う情報将校のキーク中尉と、流れ者のディーラーであるルルシーが、ドックマンとカードプレイに興じていた。そこへ、襲撃されたトレーラーの乗員が生還し、ドックマンに認識票を手渡した。するとドックマンは顔色を変え、敵の襲来を基地中に告げると警戒態勢を敷くのであった。 やがて、基地に潜入したメロウリンクは放送を通じて、基地中にドックマンの旧悪を暴きたて、スキャンダルの犠牲となったシュエップス小隊の生き残りとして復讐を宣言するが、兵士たちに追われる羽目になる。

惑星メルキア、タ・ビングの街にやってきたメロウリンクは、酒場でルルシーと再会する。、そこで、仇の一人であるフォックスがバトリングのスターとなっていることを知った。復讐の相手を見つけたメロウリンクは、偶然知り合いになったマッチメーカーのボルフにフォックスとのマッチメイクを依頼する。しかし、その試合は生身の人間対ATという異種格闘戦であった。 そして、ATの整備工場にいたフォックスのもとに、ファンを装ったルルシーが花束を届けていた。一通りの世辞を述べたルルシーがそそくさとその場を立ち去ると、花束の中から一枚の認識票が落ちる。その認識票を見たフォックスは対戦相手の正体を悟るのだった。 やがて、バトリングが始まった。

ジャングルに覆われたクメン王国のとある荘園でパーティーが開かれていた。プランバンドール・スキャンダルを追うキークは、荘園主であるスタブロスがスキャンダルに連座していたスヌーク少佐ではないかと探りを入れるのだが、本人はぬけぬけと否定する。だが、その様子を伺っていたメロウリンクは、スタブロスこそスヌークその人であることを確信していた。 ちょうどその時、荘園に対してビーラーゲリラの襲撃が始まった。旧来の農耕国家に立ち戻そうという神聖クメン王国の理念に燃えるビーラーゲリラにとって、クメン王国側に付く領主はそれだけで憎むべき存在だ。そして、スタブロスは日ごろから自分の荘園内でゲリラ狩りを行ない、激しい憎悪の対象となっていたのである。 部下とともにATで出撃したスタブロスは、いつものようにゲリラ狩りを開始した。スタブロスにとって、この人間狩りは最大の娯楽である。メロウリンクは、惨殺されたビーラーゲリラの少女の姿に、ATと生身で戦う自分の姿を重合わせる。

クメン王国首都ザイデン郊外へやってきたメロウリンクは、何者かに襲われ、リーニングタワーと呼ばれている、大戦中に墜落したケルビン級戦艦に追い込まれた。それは、実戦慣れした何者かが仕掛けた罠であった。姿を見せない敵と戦う中、タワーの中でメロウリンクはキークに再会した。意外にもキークは謝ってきた。敵の本当の標的は自分であり、メロウリンクは巻き込まれただけである、と。そして、敵の名をつぶやいた。ゴルフィの名を聞いたメロウリンクはキークの言葉を不審に思いながらも、彼もまた自分が復讐すべき相手であることを思い出す。

旅の途中、乗っていたサイドカーが故障したため、やむなく野営するメロウリンク。しかし、たき火の薪に使っていたチェコブの木のトゲを、誤って指に刺してしまう。チェコブのトゲには毒性があり、刺された者に幻覚を見せる性質がある。それも忌まわしい過去の記憶の幻覚を。折しも降り始めた酸の雨の中、メロウリンクは忘れることのできない過去を思い出す……。 アストラギウス銀河を二つに分けたギルガメス連合とバララント同盟による百年戦争末期、メロウリンクが所属するシュエップス小隊は惑星ミヨイテの最前線に配備されていた。だが、危険な作戦にシュエップス小隊長が抗告したため、小隊は懲罰として機甲猟兵部隊に再編されてしまった。圧倒的な敵に対して、ATを取り上げられた彼らに残されたのは、旧式の対ATライフルと僅かな武器だけである。小隊はバララント軍のAT部隊の前に壊滅し、メロウリンク以外の隊員は全員戦死した。 一人生き残ったメロウリンクは過酷な旅の末、味方基地へ帰還して、仲間の奮戦ぶりを伝えようとする。だが、彼を待っていたのは偽りに満ちた軍法会議であった。

脱獄不可能と噂されるドッパー軍刑務所に囚人として紛れ込んだメロウリンクは、到着早々に所長のバンス少佐に見とがめられてしまう。だが、このバンス少佐こそプランバンドール大隊の一員であり、シュエップス小隊を罠に陥れた一人であった。メロウリンクの復讐に裏の意図を勘繰るバンスは、背後で糸を操っている人物を聞き出そうと拷問する。しかし、メロウリンクに答えられるはずもなく、気絶してしまう。 その頃、刑務所に慰問団がやってきた。その中にいたルルシーは、慰問会の壇上でマジックショーに出演する。囚人たちの野次の中、壇上で取り出した対ATライフルを頭上に掲げた瞬間、爆発音が鳴り響いた。囚人が脱走を計ったのである。 バンスはATライアットドッグに乗り込み、逃げる囚人を射殺していくが、その中にメロウリンクの姿はなかった。

次なる仇を求めて、メロウリンクはバラシュトラ山脈を通過する大陸横断鉄道に潜り込んでいた。大陸横断鉄道はこの山脈地帯で頻繁に山賊バンデットに襲われるらしい。その首領がプランバンドール大隊に所属していた、ガナード少尉であると聞きつけたのだ。ところが、その列車には偶然、ルルシーとキークも乗り合わせていた。 やがて、列車には装甲車両が増結された。メロウリンクには知る由もなかったが、それは要人と軍需物資を護衛するためのものであり、バンデットを警戒したものである。そして、バンデットの襲撃が始まった。メロウリンクはダングを奪い、ガナードのATに襲いかかる。だが、ATに取り付いたものの、スピードに翻弄され、かえって列車に叩きつけられてしまった。バイザーを開けて止めを刺そうとしたガナードは、目の前にぶらさげられていた認識票を見つけ、相手が誰であるかを悟る。

メロウリンクの存在を知ったヘルメシオンは、ボイル少佐の特殊部隊に討伐とルルシーの確保を命じた。ヘルメシオンがルルシーを殺害しようと考えていることを知らないボイル少佐は、純粋に保護を目的としていると考え、出撃する。 一方、軍の検問から逃げ出したメロウリンクとルルシーは、廃墟となっている階層都市・ケラマの街に身を隠した。そこへ現れたボイル隊からの銃撃によって、街の最下層まで落下したメロウリンクは、ポリマーリンゲル液の製造工場を発見する。一計を思いつき、貯蔵タンク内のポリマーリンゲル液を放出するメロウリンク。気化性と引火性の強いポリマーリンゲル液が充満すれば、敵も銃火器の使用を制限せざるを得ないからだ。訪れた静けさの中で、自分は貴族の出であり、両親の死後、ヘルメシオン准将に家名を奪われたことを語り出すルルシー。そこへボイル少佐が現われる。彼もまた、メロウリンクが復讐すべき敵の一人だ。しかし、軍命によって陰謀に加担したとはいえ、ボイル自身はメロウリンクに敵意は抱いていない。ATを降りたボイル少佐は、あえて生身でメロウリンクと対決する。

プランバンドール・スキャンダル。それは、メルキア軍のバッテンタイン中将が推進するパーフェクトソルジャー計画に不可欠な軍需物資・ヂヂリウムを確保するために仕組まれた陰謀であった。かつて、ヘルメシオン家の財産を独占するために実の兄を殺害したヘルメシオン准将は、己の栄達のためにこの陰謀を企てたのである。それは、メロウリンクとルルシーの仇が、奇しくも同一人物であったことをも意味していた。 ボイル少佐によってケラマの街からヘルメシオン城へと連れてこられたルルシーは、財産の譲渡をヘルメシオンに迫られる。だが、叔父の行動に不審を抱いていたルルシーは、それを頑に拒んで城を飛び出し、森に逃げ込んだ。その後を追ったヘルメシオンの部下・ヌメリコフが、ルルシーを追いつめる。ルルシーの首を絞めあげながら、彼女の父親を殺害したのも、ヘルメシオンに命じられて自分がやったことだと告げるヌメリコフ。 その時、メロウリンクが森の中から現われた。

ヘルメシオン准将を連れて脱出したボイル少佐は必ず戻ってくる、そう確信しているメロウリンクは闘いの準備に余念がない。ルルシーに城をくれと言ったメロウリンクは城内に次々とトラップを仕掛けていく。 一方、ボイル少佐はヘルメシオンと訣別し、武人としての誇りをかけて単身、ヘルメシオン城へと戻ってきた。ともに戦うと言って聞かないルルシーを気絶させたメロウリンクは、彼女をヘリの中に隠し、ボイル少佐との闘いを開始する。城内のトラップにてこずりながらも、次第にメロウリンクを追いつめていくボイル少佐。だが、一足先に屋上に着いたメロウリンクはポリマーリンゲル液の罠に火を放った。

ヘルメシオン城を後にしたメロウリンクは、ルルシー、ボイル少佐とともにヘルメシオン准将がいるコーザシティ基地へ向かう。途上、臨検にあうものの、少佐が自分の認識コードで照会をすませたため、突破することに成功する。やがて、基地へ到着したメロウリンクとルルシーは、重傷を負っているボイル少佐をヘリに残し、潜入を開始する。二人を発見した兵士たちが激しい銃撃を加えてくる中、ヘルメシオン准将がいる建物へと走り込む。 その頃、バッテンタインの特命を担ったキークがヘルメシオン准将のもとを訪れていた。バッテンタインの息がかかっているということは、自分の共謀者であると安心するヘルメシオン准将。だが、キークは突然、ヘルメシオン准将に銃を突きつけて、メロウリンクに対する攻撃を停止させ、この部屋まで辿りつかせるように強要する。 攻撃が止んだことを不審に思いながらも、ボイル少佐に教えられた参謀室へと飛び込むメロウリンク。そしてキークが見守るなか、メロウリンクによってプランバンドール・スキャンダルの全容が語られ始めた。

キークによってヘルメシオン准将殺害の汚名を着せられたメロウリンクとルルシーは、コーザシティ基地からの脱出を計る。だが、その途中でメロウリンクは基地のAT乗りから罵られる。「仲間の仇」と。自分の行為もまた、誰かの仇となっていたことに気づかされ、呆然とするメロウリンク。 そこへキークからの通信が入る。キークはシュエップス少尉の裏切り行為を語った。シュエップス少尉は上層部との取引に応じて小隊を犠牲にし、成功の暁にはシルバースター勲章を約束されていたというのだ。そして、メロウリンクの復讐をチャチで鼻持ちならない自己満足だとあざ笑う。ルルシーが通信機を壊したことにより、キークの言葉は中断された。だが、メロウリンクは動揺せずにいられなかった。もちろん、キークの言葉が真実であるという証拠はなにもない。しかし、あの時ミヨイテでシュエップスが見せたささいな表情を思い出したメロウリンクには、自信を持って否定することもできなかったのだ。兵士たちの銃撃で我に返ったメロウリンクは、ルルシーとともに基地から脱出する。 その頃、惑星メルキアの衛星軌道上には、バララント軍の艦隊が迫っていた。基地から離れたところに落ち着いたルルシーは、メロウリンクにともに逃げることを提案する。だが、メロウリンクは彼女に街へ向かうよう伝え、自分は基地に戻ることを告げた。