切札勝太のオデコの「V」マークには不思議な力が秘められている。クリーチャーと会話したり、超常現象を巻き起こしたり・・・。危険を感じた友人・ドラゴン龍は、かつてヴァンソーコを貼ることで勝太のその力を封印した。しかし、ひょんなことからヴァンソーコをうっかりはがしてしまった勝太。その時、周りでは不思議な事が起き始めたのだった・・・！？

転入生として、またもや意地悪（いじわる）がやって来た。その怪しい行動に警戒する勝太たちの前に、ヴァンソーコの異変を察知したドラゴン龍が現れる。しかし、見た目も中身もかつてのかっこいいドラゴン龍となにか違う！？一方でボスカツも勝太のために秘密兵器の開発を行っていた。夜なべをし、試行錯誤を重ねて完成した超絶かっこいい秘密兵器とは！？

話すことができるハムスターのハムカツとボスカツは人気者になり、世の中はまさにハムスターブーム！それに便乗してちゃっかり稼ぎまくる勝太。完全に調子に乗っている１人と２匹の前に、ルシファーが新たなパートナーと共に現れる。なんとルシファーもヴァンソーコの影響を受けたレアカードを手に入れていたのだった。ルシファーに嫉妬した勝太たちはデュエマで勝負を挑む。果たしてルシファーと新パートナーの新たな力とは！？

「ハラグロＸのエリカッチュに熱愛発覚！？」とのニュースを見てショックで灰になるぶっちゃけ。噂の相手はデスメタル界の帝王・カイザーさん！！ボロボロになったぶっちゃけだったが、心優しい青年・ロクローと出会い、元気を取り戻すのだった。ぶっちゃけは復讐のためカイザーさんに挑戦する。カイザーさんの正体は！？そしてカイザーさんが繰り出す新カードの能力とは・・・！？

かつてのライバル・百獣レオがアメリカから帰ってきた！！ レオは勝太より目立ちたい一心でハリウッド・セレブになっていたのだった！ しかしスルーし続ける勝太に痺れを切らし直接対決を挑む！その勝負は・・・何と生徒会長総選挙！！ 一騎打ちかと思われた矢先、学園のマドンナ・マリリンが立候補。 男子から激推し・マリリンVS女子から激推し・レオVSるるの激推し・勝太！世紀の三つ巴戦が開幕！

世界中のレアカードを手に入れようと刺客を放つレアキラーズ。 ルシファーはひそかにレアキラーズのボスがバサラであり、勝太がヴァンソーコを剥がしたことがバサラの「禁断」にも影響している可能性があることをつきとめる！！何故バサラはレアカードを集めるのか！？ 勝太はバサラとの決着をつけるため、そして止めるためデュエマーランド跡地で再び運命の決戦へ挑むことに。しかし、そこにいたバサラは新たな禁断の力を手に入れ更にパワーアップしていたのだった！！

バサラは『禁断』の力持ったＤ２フィールドカードを操り勝太に襲い掛かる。 勝太は『燃える革命ドギラゴン』で必死に抵抗するも、バサラのD2フィールドに隠された新たな能力でドキンダムXが解放され、絶体絶命のピンチに・・・！？ 『禁断』の更なる力に勝太は為すすべなく敗れるのか・・・！ そしてバサラが勝太を狙う本当の目的とは・・・！？

バサラ戦の敗北、そして『燃える革命ドギラゴン』を奪われたショックからすっかり老け込んでしまった勝太。ある日、デュエマウスが道に倒れていたハムスターを拾ってくる。何とそのハムスターはハムカツ達と同じくヴァンソーコの影響でしゃべることができる3匹目のハムスターだった！でも記憶を失っているらしく話が全然かみ合わない・・・。 そんな中、勝太への復讐を諦めてなかった意地悪が再び襲撃してきた、その手に握られていたカードは・・・！！そして3匹目のハムスター・カツえもんの記憶が蘇る・・・！！

カツえもんの力で新たな切り札『蒼き団長ドギラゴンバスター』を手にした勝太。一方ボスカツは団長とボスは果たしてどちらがエライのか、気になって仕方がない。ハムカツ団のボスとして威厳（いげん）と存在感をアピールする事が大切だと思い立ったボスカツは、ある作戦を決行する。そんなボスを意識したのか、レアキラーズから送り込まれた新たなる刺客はなんとマフィアのボス！マフィア式の決闘を受けて立つハムカツ団！果たしてボスカツは存在感を示すことができるのか！？

すっかり切札家の一員となって過ごしているデュエマウスだが、ひょんな事からデュエマウスの着ぐるみが脱げてしまう。中から出てきたのは忠次郎ではなく、なんと女の子！？何が起きたか分からない勝太は、混乱しつつもその女の子に恋心を抱いてしまう。猛烈なアプローチを開始した勝太だが、どうもデュエマウスの行動は怪しい。勝太の目を覚まそうと立ち上がったるるが目撃したデュエマウスの真実とは！？

ハムスターが一世を風靡（ふうび）したのも今は昔、あっという間に人気者から転落したハムさんズの面々の前に現れたのはレジェンド一発屋・ゴンザブロー！ゴンザブローの生き様に感動する勝太たちだったが、レオからは思いきり馬鹿にされてしまう。嫉妬にかられたゴンザブローはレオに本当のスターを決める闘いを挑むのだった。しかしこの闘いにはゴンザブローのあるたくらみが・・・！？

かつて勝太が恋心をいだいたデュエマウスの中の女の子。なんとあの女の子が勝太たちの中学校に転入してきた。名前はうつぼみかづら！あっという間に全男子生徒のハートをキャッチしたかづらだったが、なぜか勝太にぐいぐいアプローチしてくる。面白くないるるの怒りが頂点に達し、ついに直接対決！ヒロインの座をかけた女の闘いの勝敗は・・・！？

勝太のかつてのライバル、コジローはレアキラーズとして活動していた。一方、久し振りに会ったコジローの弟たちはなぜかセレブ生活を満喫中！コジローのレアキラーズ加入後、実はベンちゃんが弟たちの能力を開花させ、お金持ちにしていたのだった。納得のいかないコジローはベンちゃんにデュエマを挑む。レアキラーズのメンバーとして手に入れたコジローの新たなる力が明らかに・・・！？

突如、るるをさらったコジローは勝太に勝負を迫る。コジローの目的は！？コジローは本当に勝太たちの敵になってしまったのか・・・！？一方、ボスカツは自分の力不足を感じ、ひそかに特訓に励んでいた。ボスとして、いやハムカツ団としてパワーアップできるのか？そんな中、デュエマにかける勝太とコジローの熱い想いがぶつかり合う。

突如、開催されることになった「デュエマＶＳ感謝祭」！デュエマを愛するVSシリーズキャラほぼ総出演のお祭りだ。しかしその真の姿は「感謝祭」とは名ばかりの主役の座をかけたバトルロワイヤルだった！様々なメンバーからボコボコに攻撃される現主役の勝太。果たして勝太は最後まで生き残り、主役の座を守ることができるのか！？

デュエマＶＳ感謝祭で優勝したのはなんと、でんぢゃらすじーさんだった！予告通り、まさかの「でんぢゃらすじーさん邪VSRF」が始まる。主役だからとやりたい放題のじーさん。勝太たちは反旗をひるがえし主役の座をかけたデュエマの勝負を挑む。しかし一筋縄ではいかないじーさんに勝太たちは振り回されっぱなし！？最強お年寄りでんぢゃらすじーさんと勝太の主人公の座をかけた勝負の行方は・・・？

「ハムカツ団」・「ドレミ団」・「ダママ団」・「アクミ団」・「テック団」ナンバーワンはどの団だ！？ということでナンバーワンを決める天下一クリーチャー武道会が開催される。必勝を誓うハムカツ団のボス・ボスカツが考えた作戦は、開幕前にほかのチームをつぶし不戦勝で優勝しようというクズ作戦だった！そんなキング・オブ・クズ「ハムカツ団」の前にキング・オブ・ワルの「アクミ団」が立ちはだかる。

デジタル機器に弱いはずの勝太がいつの間にか人気急上昇中のデューチューバーに！その背後にはカリスマデューチューバー・ノゾキンの存在があった。そんなある日、勝太たちは不まじめ動画を目のカタキにする「まじめ所ちょー」に捕まってしまう。動画の取り直しをさせられ、さらに謎のPTAまで現れてガマンも限界の勝太とノゾキン。まじめのゴリ押しに勝太がとった行動は・・・！？

今回のデュエマは3本立て！そして主役はドキンダムX！？ 『ドキンダム母さん 禁断の家族計画』ちょっとおっちょこちょいだが平凡な主婦のドキンダム母さんと家族のドタバタ日常を描くホームドラマ！／『さようならカツえもん』いじめられっこの小学生の勝太は居候（いそうろう）しているカツえもんに助けてもらう毎日。ところがある日カツえもんが自分の時代に帰ると言い出して・・・。／『ハムスターのマンガ道』ハムカツとボスカツはマンガ家を目指し、出版社に原稿を持ち込むがうまくいかず、互いを補いあうために2匹で組んでマンガを描くことに！？

朝、目が覚めると、勝太達の姿がおかしなことに・・・！？それはアニメ業界用語で言う作画崩壊だった！勝太たちはスタッフにカツを入れるため「デュエル・マスターズVSRF」のアニメスタジオへ向かう。監督から聞かされた今後のシナリオが気に食わない勝太。そこで力ずくで監督の座を奪い、自らが監督になることに。勝太が監督を務める「デュエル・マスターズVSRF」とは・・・！？

レアキラーズが総力をあげて勝太たちの通うV中学に乗りこんできた！大混乱かと思いきや、意外にも冷静にレアキラーズを迎え撃つ面々。いまだかつてない大デュエル合戦が始まる！そんな中、ふいにルシファーが転校生として現れた。並々ならぬ決意を瞳に宿したルシファーはバサラに勝負を申し込む！ルシファーとバサラの因縁（いんねん）が三度（みたび）激突する！！

ドキンダムＸが解放され、圧倒的ピンチに追い込まれたルシファーは、ファイナルタイムストップデュエルを発動して反撃を開始する。ルシファーとバサラの命をかけた闘いの行方は・・・？死闘の中で、バサラとナンバーツーが過去に交わした約束、そして未知なる禁断の存在が明らかになる！？

元５年２組の同窓会の招待状が届き、準備にいそしむ勝太。なつかしい仲間たちと再会する中、勝太VSレオ・・・目立ちたがり屋同士のプライドを賭けた闘いが始まった！一方、バサラとナンバーツーにも動きが・・・！？新たな力を手に入れたレアキラーズが再び動き出す。

突然連絡が取れなくなったレオを探し、ないくんは勝太たちの元へ現れた。その頃、レアキラーズを倒すべく、レオはバサラたちのいるアジトへ向かっていたのだ！「禁断の星」の邪悪なオーラが放出されるアジトの中からその様子をうかがうバサラ。大切な仲間を守るため立ち向かうレオと、世界を塗り替えようとするバサラの対決が始まる！！

アジトを崩壊させ、勝太たちの前から姿を消したバサラたち。ナンバーツーは、新たなアジトでルシファー打倒を計画していた。その頃、レアキラーズの情報を調査したルシファーは勝太たちを屋敷へ招いて話し始める。そこへ忍び寄る人影・・・！ルシファーによって明かされたレアキラーズの秘密とは！？

ルシファーの屋敷へ乗り込んできたナンバーツーはルシファーのミラダンテを狙い、デュエマ対決を挑む。そこでナンバーツーの秘められた禁断の力、禁断機関VV-８が発動！！ルシファーのファイナルタイムストップデュエルで、ナンバーツーの野望は止められるのか！？

ナンバーツーとの対決に敗れ、ルシファーはカードを奪われてしまった。手を緩めないレアキラーズは新たなる刺客、ミルクボーイたーくんを送り込む。ミルクボーイたーくんの人気に嫉妬した勝太は、おむつボーイかっちゃんとして真っ向勝負を挑む。そして、決戦の場は全世界赤ちゃんバトルロワイヤルへ！！

ある日、勝太が学校へ行くと、教壇にはまじめ所チョーが立っていた。まじめ所チョーはホカベンやぶっちゃけたちの野球道具やハラグログッズを取り上げ、彼らをまじめな四角い人間に変身させる。まじめ所チョーの好き放題を止めるために、勝太はある最強の助っ人を呼びに行った。「一髪屋」にいた助っ人とは・・・！？まじめ所チョーに乗っ取られた学校は取り戻せるのか！？

お笑い芸人になる夢を叶えるためにレアキラーズを辞めることを決意した、まじめ所ちょー。その頃、カレーパン屋台の店長をオーディションで決めるために、アメリカからカレーパン王・ノリマキが来日していた。それをテレビで見ていたドラゴン龍は霊子と屋台をやっていた頃を思い出し、オーディションで屋台を手に入れることを決意！共に夢を叶えるため、まじめ所ちょーとドラゴンは意気投合するが、そこにレアキラーズが立ちはだかる！！

禁断の星の幻想空間に飲み込まれたコジローたち。そこで見たものは、ビルや建物が破壊され、都市が廃墟と化した世界だった。そして空に浮かび上がった巨大な星の中心には「Ｘ」の文字が・・・！！世界を破壊し、新たな世界を創り出そうというバサラの企みを阻むために、コジローはバサラとの戦いに挑んだ！！

バサラとの戦いに敗れたコジローは、禁断の星に飲み込まれてしまった。その頃、ポエムを読み始めたるるのもとに、かづらが姿を現す。かづらはるるの勝太への恋心を応援すると言って『ときメモでリアル告白大作戦！』を提案するが、作戦は失敗に次ぐ失敗で、どうも様子がおかしい。かづらの目的とは一体・・・！？

るるが、うつぼみかづらにズタズタにされたことを知らぬまま、勝太はある日夢の中でドギラゴンガチャと出会う。それは、出た表示が必ず実現する魔法のガチャだった。面白がってガチャを回し続ける勝太の前にハカセとランボーが登場！！彼らから告げられた衝撃の真実とは・・・！？

勝太たちがテレビで新惑星を見ていると、そこに意地悪が現れ、コジローが禁断の力に飲み込まれて消滅したことを告げる。勝太は「自分には関係ないことだ」とその場を立ち去るが、ドラゴン龍だけは、勝太が一人でバサラのもとへ向かおうとしていることに気付くのだった。

禁断の封印がすべて解け、勝太は禁断の星に吸い込まれてしまう。死に直面した勝太は恐怖にかられ、助けを求めて大声を上げた。すると、そこに現れたのは禁断によって消滅したはずのコジローだった。勝太は禁断の星から脱出することができるのか・・・！？

バサラに勝つためにパワーアップしようと、勝太はハムカツたちと共にハムスターのユートピア「ハムトピア」へ向かう。しかし、ハムトピアでは何故かハムカツがハムトピアを創造したハム神様の生まれ変わりだと勘違いされ、王様・ハムハム14世によって、パワーアップのための神の試練を受けることになる。果たして力を手に入れることはできるのか！？

パワーアップアイテムを手に入れた勝太たちだったが、ハムトピアの王様・ハムハム14世に気に入られて地上に戻れなくなってしまう。地上への出口を知っているというハムスターを訪ねた勝太たちが出会ったのは、なんと勝太そっくりのハムスター・切札ハム勝太だった！ハム勝太から出口の場所を聞き出そうとするものの、ハム勝太はハムバサラの手下になっており、勝太はハム勝太とのデュエマ対決に挑むことになる。

勝太たちは打倒バサラの特訓をするため、レオたちと共に滝川へ向かった。店内に入ると、うす暗いカウンターの上に捨てられたテックの姿が！？るるのおじいちゃんから事情を聞くと、べんちゃんは昔からの夢を叶えるためにデュエマ引退を決意したという。怒った勝太は、べんちゃんのもとへ向かった！

うつぼみかづらからラブレターをもらい、すっかり心を奪われてしまった勝太だが、どうも様子がおかしい・・・。そして傷心のるるに近づいたかづらは、言葉たくみにるるを連れ去ってしまうのだった。かづらの目的は、いったい・・・！？ルシファーと勝太は、るるを取り戻すことができるのか！？

ドルマゲドンXが地球に迫る中、勝太は祖父・勝造に連れられ切札の里へ向かう。切札の里で勝太を待っていたのは、ひいじいちゃんの勝Zだった。勝ZからドルマゲドンXの正体や地球が狙われている理由を聞かされる勝太。切札家に伝わる最後の切り札をかけて、勝Zとの世代を超えたデュエルが始まる！

バサラを止めるべく、レオが最終決戦に向けた準備を進める中、ハカセとランボーがバサラとNo.2の前に現れる。二人は友達として、クリーチャー化するバサラを止めるためにやってきたのだった。友のため命がけのデュエルが始まる！

レオとNo.2のデュエマは大詰めを迎えていた！一進一退の攻防の中、D2フィールドを封じられたNo.2は、封印の中に忍ばせていたあるカードで勝負に出る。一方、レオはバサラと禁断の星の一体化を止めるため、戦いの最中にバサラの父から預かったトロフィーを取り出し、バサラに父の思いを伝えようとするのだった。

禁断の星は、世界をゼロにしたいというバサラの意思を受け、地球に衝突しようと動き出した。バサラを止めるため、おでこのヴァンソーコをはがした勝太は光に包まれ・・・！？地球の運命をかけた勝太とバサラの最終決戦がスタートする！！

バサラの猛攻にシールドをすべて失った勝太。絶体絶命かと思われたその時、ハムカツたちの言葉に起死回生の一手を見出すのだった。死闘が続く中、バサラの耳にレアキラーズのメンバーたちの声が聞こえてくる。勝太VSバサラ！最終決着の行方は！？

バサラとの激しい戦いからおよそ７年の月日がたった。かつての仲間、ライバルはみんな大人になってそれぞれの人生を歩んでいる。そんな中、突然るるから結婚式の招待状がホカベンとぶっちゃけに届く。結婚相手は何と勝太！！だがそこには思わぬ落とし穴があるようで・・・！？

衝撃の勝太とるるの結婚式から、だいたい5年の月日がたった。2人の子どもである切札ジョーは小学2年生。西部劇のガンマンに憧れる少年に成長していた。幼なじみのキラとの初デュエマにボロ負けしたジョーは、勝太に稽古をつけてもらうことに。しかし約束の日、勝太はこつぜんと姿を消してしまう。ジョーは昔勝太から聞いた仲間たちの話を手がかりに、ベンちゃんの家へ向かうのだった。

ベンちゃんの所へ行ってみたものの勝太の行方はわからず、次の手がかりを探すジョー。そこへ百獣レオと南藻ないが現れた。スパイとして活躍するレオは、勝太の失踪（しっそう）に「DM組」という悪の組織が関わっているかもしれないと告げる。

レオから「佐々木コジローなら勝太の行方を知っているかもしれない」とアドバイスされたジョー。コジローはハリウッドで俳優として成功し、セレブ生活を送っているという。そんな中、東京湾に謎の巨大生物が出現したとのニュースが飛び込んでくる。しかし、その巨大生物の姿をよく見てみると、なんと、すっかり変わり果てたコジローだった！？

突然いなくなった勝太の行方を追うジョーは、コジローからルシファーを訪ねるように言われる。世界的指揮者として多忙な日々を送るルシファーは、甥（おい）であるジョーとの久々の再会にメロメロで甘やかし放題。しかし、ジョーからデュエマの勝負を挑まれると、その表情は一変する。デュエマ界最強の貴公子ルシファーは、伯父としてある想いを胸に、ジョーとの勝負に挑むのだった。

勝太を探しながら、様々な相手とデュエマの対戦を重ねていくジョーだったが、キラにはなかなか勝つことができない。そんな中、ジョーは無敵のバイクレーサーとなっている赤城山バサラのもとへ向かうのだった。バサラのクールさに憧れるジョーは、突然、弟子になりたいと言い出して・・・！？

バサラに勝太からの手紙を渡されたジョー。そこには「まずは、キラに勝て」というメッセージが書かれていた。自分の成長に自信を持つジョーは今度こそキラに勝つと、意気揚々とキラのもとへ向かうのだが・・・！？

キラに勝利したジョーの前に、ようやく現れた勝太。これまでのデュエルで強くなったジョーは、ついに父親に勝負を挑む。「負けた方は、なんでも言うことを聞く」と条件を付けた勝太の狙いは・・・？そして波乱の親子対決の行方は！？