忍者は、存在しない。…と、我々は思っている。仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に晒すことはない。だからこそ、忍者は「表向きには」存在しないのだ。主人公、櫻羽一時は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。彼には普通の、幸せで輝かしい日々が約束されている…はずだった。ある日、一時は命を狙われ、それが甲賀忍者の仕業であると聞かされる。なぜ一時は命を狙われたのか？それは…彼が由緒正しき、伊賀忍者第19代正当後継者だったからだ！伊賀と甲賀は長年対立しており、甲賀は伊賀を侵略しようとしている。一時が生きるためには…自らも忍者になるしかない！こうして、誰も知らない忍者の世界に身を投じる一時。一人前の忍者となるべく学び、戦い、苦難に立ち向かう。だがそれは、一時が辿る過酷な運命の、ほんの序章でしかなかった…。