ボトルマン……それは今世界で最も熱いエンターテインメント！ スタジアムの建設中の橋を壊してしまった甲賀コータ。 多額の修理代のため、偶然手にしたボトルマンと共にバトルへ参加することに！？ 『紅蓮の猛牛』赤牛ツバサ、そして活動休止していたはずの『蒼龍の連射プリンス』帆狩リョウも参戦！ 大歓声の渦に包まれ、熱く燃え上がるスタジアム！ 期待の新人ボトルバトラーここに爆誕！

自分以外は全て敵！？ 大混戦のボトルロイヤル。 謎の新人ボトルバトラーとしてスタジアム中の注目をかっさらうコータは、持ち前のセンスとラッキーでなんとトップ10にランクイン！！ 多くのボトルバトラーたちがコータを狙う！ その中には宇佐美セイメイの姿もあって……。 思うような動きが取れず焦るコータの前には、立ちはだかるリョウの姿が！ 絶体絶命のコータは、一か八かの賭けに出る!

白熱のボトルロイヤルもクライマックス！！ コータの危機を救ってくれたボトルマンエンジニア葉加瀬カオリは、コーラマルDXを解析したいと興味津々。そんなカオリにドン引きながらも、勝利を狙うコータはカオリと協力することに！？ 一発逆転のために、目指すは大量ポイントが獲得できるDXターゲット！！！ 一方、リョウとセイメイの二人もコータを狙って動き出す。 勝利は一体誰の手に！？

コータの前から忽然と消えてしまったコーラマルDX。 相棒を失ったことで元気がなく、ボトルバトルにも身が入らない 絶対に取り戻すと決めたコータは、街中を必死に探し回るが……。 そのころコーラマルDXを手にしたカオリはワクワクしながら解析に全力を注ぐが、エラーと表示されるのみで何も解析できない。 果たしてコータは、相棒コーラマルDXと再会することができるのか！？

コーラマルDXの解析を諦めきれないカオリは、コータにボトルバトルを申し込む！ レアキャップにつられ、コータは勝負を受けて立つ。 バトルではコータとコーラマルDXの強力なパワーが炸裂！！ しかし、弱点も浮き彫りになってしまい……。 コーラマルDXのデータが手に入って、喜ぶカオリ。 コータは苦戦しながらも、ワクワクがとまらないっ！ 追いつめられたコータはシュワッと閃く！！

コータの前に再び姿を現したセイメイ、そしてリョウ。 コータとリョウはコーラマルDXをかけてボトルバトルをすることに！？ リョウが立て続けに三連射を繰り出す一方、焦りから空回りしてしまうコータ。 負けじと締め撃ちショットを繰り出すが……！ コータとリョウ、二人の技がぶつかり合う！！ パワーVSスピード！ 勝つのはどっち！？ コータは相棒のコーラマルDXを守れるのか！！！

コータ、リョウ、セイメイでチーム戦ボトルロイヤルに参戦！？ 優勝すると元ボトルキング帆狩イオとのバトル権！ そこにボトルスター三闘神、赤牛ツバサの参戦に盛り上がるスタジアム！ 楽観的なコータ、クールさを欠いたリョウ、なれ合いを好まないセイメイ。 3人のチームワークはバラバラ。 そんな様子をモニターから見つめる怪しげな女性・帆狩マチコ。 果たして勝負の行方は？！

ボトルロイヤル中盤戦。 チーム戦に単独出場ながらも、トップを走るのは三闘神のツバサ！！ 強烈なパワーショットで圧倒的な強さを見せつける！ チームワークが取れていないコータ、リョウ、セイメイの3人チームも、優勝を目指してボトルターゲットを次々と倒していくっ！ ツバサに追いつくため、3人は大量得点のチャンスターゲットに狙いを定める！！ キメるか!?スーパーショット！！！

チャンスターゲットを撃破したものの、引き換えにセイメイがリタイアしてしまう！ ようやく息のあってきたコータとリョウ、1位を独走するツバサを追いかける！ DXターゲットでツバサは2人を仁王立ちで待ち構える。 残り時間はあとわずか！ 最後のショットをコータに託すリョウの想い！！ 勝負はツバサとコータ＆リョウチームの接戦に……！ ボトルロイヤルを制するのは果たしてどちらだ！？

あと一歩！ 届かず逃した勝利に、浮かない様子のコータ。 一方、優勝者ツバサは、先代ボトルキング帆狩イオと熱いバトルを繰り広げる！！ パワー自慢のツバサと、スピード重視のイオ。 ふたりのボトルマンが激しくぶつかり合う！ その試合を見ていたコータは、なんだかじっとしていられなくなり、さらなる強さを求めてカオリと共に特訓を開始する。 高みに向かって、シュワッとはじけろっ！！！

なんだかコーラマルDXの調子がおかしい？ カオリのドクペピオンDXと一緒に、ボトルバトルの練習に取り組むコータ。 なぜかシュワッとせず絶不調のコータは、カオリとのバトルに苦戦を強いられる。 不安にゆれるコータは、戦う気持ちがしぼんでしまう……。 そこへ突如現れたツバサの言葉が、コータの闘志に再び火をつけるっ！ 迷いをふりきったコータのショットが、まっすぐに放たれた！！

失踪中のボトルキングの捜索を頼まれたリョウ。 路地裏でボトルスター亜末ローランドと出会うや否やいきなりボトルバトルが始まる！ リョウのバトルスタイルに憎しみを感じ取ったローランドは、「美しくない」と言い放つ。 ローランドの語るボトルバトルへの思いに全く共感できないリョウ。 ふたりの異なる信念がぶつかり合うっ！ 一方、コータはツバサとの熱い修業に打ち込んでいて……！？

俺たちはスエゾウ会長をはじめ帆狩家の護衛、 そしてBMAの運営任務を行っている黒服だ！ 期待の新人、甲賀コータが現れてからどうも忙しい！ 三闘神やボトルスター、個性豊かな実力者たちも勢ぞろい。 そんななか、今や注目度ナンバーワンラッキーボーイ……いったいどこまで駆け上がる！？ キャップが大好き！うちの会長にも困ったものだ。 仕事もどんどん増えるし、俺たちの苦難は続く！

「キミとコーラマルは、狙われている……！」 イオの忠告も耳に届かず、ボトルロイヤルへの出場を決めたコータ。 自分以外はすべて敵の、このバトル！ リョウ、セイメイ、カオリ。いつものメンバーに加え、ボトルスターのローランドも続々参戦！！ フィールド内では、謎の凄まじい連射攻撃により大量リタイアが発生して……！？ さっそく波乱の大予感、連射の主は一体だれだっ？？

三闘神が一人、金士師レオがサプライズ参戦！？ 『百獣の殲滅王』レオは、独特な戦闘スタイルで次々とボトルバトラーを喰らっていくっ！ 熱いバトルを繰り広げるリョウとカオリの元へもレオの連射が炸裂っ！！ ローランドとのバトルを楽しんでいたコータだったが、乱入してきたレオによってふたりのバトルは中断してしまう……。 逃げる獲物と追う獣、ボトルロイヤルは大荒れだっ！！！

絶好調のレオの勢いは、誰にも止められないっ！？ ツワモノボトルバトラ―たちも続々退場してしまう！ 一方コータの問いかけに答えないリョウ。 怒りのままにキャップを放つも、コータは笑顔がこぼれ出る。 「お前とバトルすると、すっごくシュワッと来るんだよ」 そんなふたりのバトルに飛び込んできたのは、またもやレオっ！！ コータとリョウはレオを倒すため、共闘することに……！！！

レオとのバトル中、感情を爆発させてとびっきりの気合いを込めた必殺技を放ったコータ！！ しかし直後に倒れてしまう！？ そんな超絶ピンチのコータを助け出したセイメイ。 「こいつが絶対必要になる」と、コアボトルをコータに託す。 レオの圧倒的な強さでボトルバトラーたちは次々とリタイア！！ フィールド上に残っているのはコータとレオのふたりだけっ！ 最後に勝つのはいったいどっち！？

ついに修理代を払い終えたコータっ！ 気持ちを新たに、ボトルバトルへの想いを熱く燃え上がらせる。 ファン感謝デーのイベント会場！ コータと開いていく差に悔しさをにじませていた宰田ミツヤは、最新式ボトルマンを手に入れるっ！ 喜びをかみしめるミツヤの前に現れたカオリが、勝負の相手を名乗り出て……！？ コントロール勝負のボトルバトル、勝利の女神はどちらに微笑む！？

コータVSミツヤ！！ 親友の水野イロハのジャッジのもと、ボトルバトルが始まったっ！ 高速連射のコーラマルDXスピードコアカスタムと正確無比なコントロールのアロサイダーＤＸ。 観客が注目する中、互いに笑顔で技をぶつけ合い、必ずコータに追いつくと誓うミツヤ！ そのバトルの様子を見ていたローランドとリョウ。 ここでもふたりの意見は食い違うが…。 果たして勝負のゆくえはっ！？

失踪中のボトルキングがこの街にいるっ！？ 突如飛び込んできたニュースをよそに、技の練習に熱中するコータ。 そこへ、ルールに厳しいミスターフェアプレーこと伊獣院シマンが現れる！！ 平和を愛し、力を持つ者としての義務を説くシマンに、コータは共感できない……。 ボトルバトルの平和を守れってなんだっ！？ 意見の食い違いから、またまたコーラマルＤＸをかけて勝負開始だっ！！

コーラマルDXのパワーショットが押し負ける！？ 先制点を奪われ、シマンの強さに圧倒されるコータ。 同時に二発のキャップを放つことが出来る、シマンのデュアルインパクトに苦戦する。 得意の締め撃ちショットを放つも、焦りからかミスショットを連発してしまう……。 パワーとコントロール力を兼ね備えた、強敵シマン！ 負けるとコーラマルDXを没収だなんてっ！ そんなことさせるかよ！！

シマンに敗北したコータの前に現れたのは、コーラマルDXとそっくりなボトルマン・アヤワシDXを持った江原田アヤタ少年。 アヤタはシマンにボトルバトルをふっかけるっ！ 弱点克服のパワーアップを果たしたコータと、暴れ足りないミツヤも加わって、シマン＆ミツヤVSコータ＆アヤタのタッグバトルの開戦だっ！！ コータはミスショット問題を解決できるのかっ！？ ボトルバトルGO！！

帆狩マチコと縁を切ることにした、セイメイの前に立ちふさがるリョウの姿。 ふたりはボトルバトルで激しくぶつかり合う。 磨きがかかりさらにスピードアップしたリョウの高速連射に翻弄されるセイメイ！ 負けじと抜群のコントロール力で確実にターゲットを狙っていくっ！！ でも、ボトルバトルへの憎しみを爆発させたリョウの様子は、まるで別人！ 一体どうなっちゃったの！？

『紅蓮の猛牛』赤牛ツバサと『百獣の殲滅王』金士師レオが出場するボトルロイヤル！！ 早くも始まるパワーとスピードの三闘神対決に、観客席は大盛り上がり！ 一方コータは、暴れたリョウが行方をくらましたと知らせを受ける。 必死にリョウを探すコータの前に、タンサターンDXを持つ斬サンタが立ちふさがる！！ バトルどころじゃないってのに、このサンタなんだかしつこいぞ……！？

またまたコータの前に立ちふさがるサンタ！ バトルしたいのは山々だけど、理由があって戦えないっ！！ 困るコータのところへミツヤが現れ、サンタの相手を買って出る！ 友情パワーに大感謝！！ ミツヤVSサンタ！！ 知恵と力を尽くしてぶつかり合うなか、互いに互いをリスペクト！！ ふたりの織りなす熱戦に、観客たちもしびれるっ！ そんな中コータは、黒いオーラをまとうリョウの姿を見る！！

バーストにより暴走中のリョウを見つけ出すイオとコータ！ さらにボトルバトルへの憎しみをイオにぶつけるリョウ！ コータは一生懸命ボトルバトルの楽しさを思い出させようとするが……。 その姿を見たイオは大事なことに気づくのだった！ すれ違い続けた父と息子に必要なのは向き合うこと！ 怒りと憎しみのため我を忘れていくリョウの憎悪の電撃が コータとコーラマルＤＸに襲い来るっ！！

コータを守って派手に壊れ、ボロボロになってしまったコーラマルDX。 このままじゃ、機体丸ごと交換の危機！？ そんなのコーラマルDXじゃなくなっちゃう！ 相棒を抱え、どうすれば良いのか悩むコータ……。 そこへ、コーラマルDXのデータを手に入れたとカオリからの突然の連絡！ 頼む、相棒を助けてくれっ！！ 相棒を直してもらうため、望みをかけてカオリにたくす！！

パワーアップと共に復活を遂げたコーラマル・エナジーDX！！ そこへ現れたリョウと、コータはさっそくボトルバトル！ コーラマル・エナジーDXの強力ショットと、アクアスポーツDXの高速連射がバッチバチにボトルターゲットを狙いあうっ！！ シュワシュワ絶好調のコータと、妙な感じがしていまいち集中できないリョウ。 いったい、この違和感の正体はなんなんだっ！

俺たちは帆狩家、護衛の黒服。 ちょっぴり大人な株の話をしよう……って、ん？ な、なんと！？BMAの他に、まさかの新団体の設立だと！！ 三闘神、ボトルスター、新人や大人気のボトルバトラー達はどちらの団体に参戦するのか？ それに、コータが不参加？ 慌ただしくなってきた！！ さらに株の動きと会社の存亡っ？ いったい何が起きているのだーー！？ これ以上仕事を増やさないでくれ！！！

ついに始まった「BMA」対新団体「B-DACT」の天下分け目の三番勝負！ BMA側には三闘神・赤牛ツバサをはじめ、実力者たちがそろいぶみ！！ しかし、人数の少なさがちょっぴり不安だー！！ 開幕早々、B-DACT側の激しい攻撃で相次ぐリタイア！ そしてそして、コータはまさかの不参加！？ 圧倒的に不利な状況のBMAは勝利を狙い、ローランドの作戦が動き出すっ！

穏やかな様子から一変、豹変したハク。 それは噂の裏の顔！？ 味方のはずなのに、ポイントを「B-DACT」に入れて寝返った！？ ハクからの素早い連射に反撃の余裕もなく、防戦一方で追いつめられるリョウ。 「これまでか……」。 覚悟を決めた、その時。 颯爽と現れ、特殊ルールのひとつである決闘を申し込んだのはローランド！！ 他を圧倒するハクのバトルを、止めることはできるのかっ！？

突如、シトラス参戦表明の報せが入った！！ 失踪していたボトルキングが、ついに現る！？ 瞬きすら惜しい展開になってきたぁー！！ リョウの代わりにハクの前に立つアヤタだったが……。 そこへいきなり現れたのは、なんとコータだった！！ 戦う意思はなかったものの、成り行きでバトルをすることに！？ ハクの超速片手撃ち連射が炸裂するっ！ 決着はいかに？ 大注目、シトラスの正体とは……！？

シトラスの正体はなんとポンタ！？ まさかのボトルキングの復活に沸き立つ会場。 しかし、ちょっぴり間抜けなポンタを知るコータはジョーダンだと思ってしまう……。 そんな中、ハクの第三の性格が新たに現れる！！ それはシトラスを盲目的に信じるハクだった。 シトラスに認められるため、コータに決闘を挑むハク！ なんと、手にしたのは二体のボトルマンっ？？ そ、そんなんありかよ？？

ハクのボトルマンが合体した！！ 二体のボトルマンから、一体のクールなボトルマンにグレードアップ！ そんなんありかよ！？ コータのもとへシマンが助太刀参上し、三発同時発射で対抗だ！！ 互いに激しく撃ち合うなか、いつしかハクとシマンはコータの取り合いに話がヒートアップ？？ さらに、シトラスがボトルバトルを作り直そうと言う！ コータの選ぶボトルバトル道とはいったい……！

自らバースト状態となり、狂気に呑まれたレオ！ ツバサを吹っ飛ばし勝利をおさめる！ そこへ現れたリョウ。 「ボクは君を止めに来た！」 ……だが乱入してきたハクによってバトル中断っ！ ハクとシトラスは、新たな三つ目のチーム起ち上げを宣言する！ 勝負はなんと三つ巴戦に！？ チームシトラスは圧倒的な強さを見せ、一気にトップへ躍り出る。 大混乱のボトルバトルは、第二試合へと突入だ！！

「オレは、ボトルバトルをやめる」 ツバサの衝撃的な引退宣言に、ショックを受けるコータ！ 静かに少年時代を語るツバサ……。 憧れたのは、帆狩イオのような強いボトルキングだった…。 信念がゆらぎ目標を失ったツバサに、もう一度ボトルバトルをやりたいと頼むコータ。 コーラマル・エナジーDXとレイドブレイブDXの正々堂々パワー勝負！ 師匠と弟子、夢のボトルバトルがいま始まるっ！

ボトルバトルの未来をかけた、最終試合がついにスタート！ ハクとシトラスの強さは圧倒的っ！ 「ボクたちのボトルバトルはボクたちが守る！」とリョウ。 ボトルキング・シトラスを倒すために、三闘神ツバサとレオが手を組んだ！？ チームの垣根を越えた最強タッグが大暴れ！ 必殺ショットが次々飛び交う熱いボトルバトルを見逃すな！ ついにシトラスの愛機ドラゴジーナDX長い時を越えて降臨！

ハクが選んだボトルバトルは、プッシュボトル！ しかもボトルターゲット特別仕様！ コータの軽いショットだとビクともしない！？ 嫉妬の炎を燃えあがらせるハクのロイヤルグリフォンDXが炸裂！！ けど、コータも押されてばかりじゃない反撃だ！！ 最強オブ最強のシトラスとドラゴジーナDX！の前に立ちふさがるリョウ。 全力全開スピード連射のアクアスポーツDXで喰らいつくっ！！

ボトルキング・シトラス、謎のダウン！？ 会場は騒然とするが、すぐに立ち上がったことでボトルバトル続行！ ドラゴジーナDXから次々と繰り出される攻撃は、冷静かつ正確無比。 縦回転の４発同時発射に激しく翻弄されるリョウ。 スキのないショットで追い立てられるっ！！ 紙一重の回避を続け、リョウは果敢に立ちむかう！ さらにコータの参戦！ ボトルバトルの未来は、どうなっちゃうの～！？

シトラスの意識は、AIにジャックされていた！？ 「なぜ？」、疑問をぶつけるリョウ。 シトラスの姿をしたAIはボトルバトルで説明しようと言う。 正確な読みから放たれるショットにリョウとマチコに焦りが生じる！ 人類のために作られたAIでありながら、人類が持つ感情を否定するAI。 語られる恐るべき計画にリョウたちは戦慄する！ ついに明かされる、バイタルシンクの真実とは！？

テンションアゲアゲのイロハはついに相棒を手に入れた！ その名もヴァルハスDX！！ 喜びマックスでコータとミツヤの前に現れる。 この町最強をうたうイロハにミツヤは黙っていられないぜ！ ボトルバトルで決めようヤー！！ イロハVSミツヤ！ 互いに刺激を受ける接戦に、ボトルバトルはヒートアップ！！ 人知れず特訓を重ねて来たイロハの実力、舐めてかかっちゃ勝てないぜっ！

今後のボトルバトルの命運をかけた、ボトルロイヤルが開戦！ プレジデント・シトラス陣営に挑むリョウやセイメイたち。 さらに、ツバサがチームリーダーにコータを指名！？ 驚くコータに、やりなよ！と背中を押す仲間たち。 正確無比に迫りくるシトラス陣営の軍団は手ごわい相手だ！！ 仲間たちと力を合わせて勝ち残れっ！ AIに乗っ取られてしまったシトラス・流行ポンタを取り戻すんだっ！！

リョウの前に立ちふさがったハク！ AIに操られていようと、ハクはシトラスの味方を貫き続ける。 そのわけは、シトラスの強さゆえの孤独を知るからだった。 余裕のハクは、ボトルバトルを申し出る！ 受けて立ったリョウは、ハクとの実力差をひしひしと感じとる。 自らの意志で、父との厳しい練習に取り組んできたことを思い出すリョウ。 ……その頃、冷静なシトラスと熱いコータが対峙する！

最高にシュワッとしたスペシャルショットを打ち込んだコータ！！ AIに乗っ取られたシトラスは、全てのギミックを撃ち落とす！？ 無表情なAIは「君はシュワッとを捨てなければならない」と言う。 シュワッとの源、「感情」の封印を迫られたコータは……！？ ……その頃、激しいボトルバトルを繰り広げていたリョウとハク！ リョウの決意と想いを乗せた、スーパーショットが炸裂するっ！！

「DXターゲット撃破をかけて、シュワッと勝負しろ！」 BMAとシトラス軍団の戦いに決着がつき、騒動が収まったかと思えたが……。 いきなりコータを指名したツバサ。 個人戦としてのボトルロイヤルは終わっていない！ ツバサとコータの最終決戦がいざ始まるっ！！ 一対一の決闘バトル！ 純粋なパワー勝負のこの試合、互いにレベルアップした姿を見せつける！！ 止まらぬ進化をとくと見よっ！

世間はBMAの今後の動向に興味津々！ BMAは会見で、事件はマザーコンピューターの暴走に原因があったと発表する。 一連の騒動の後、再会したコータとリョウ。 ふたりは自然とボトルバトルを始めていた。 コータの締め撃ちショットとリョウの高速連射！ 互いに鋭い攻撃を繰り出し続けるっ！！ 心の底からボトルバトルを楽しむふたり。 リョウの想いは叶い、次なる覚悟に迷いはなかった！！

シトラスがボトルキングのタイトル返上だって！？ AIの支配から抜け出し、ポンタとして帰ってきたシトラスが決めた驚きの宣言。 ボトルキングが空席となり、運営側から新たにコータが指名される！？ 慌てるコータのもとへポンタが現れ、笑顔でボトルバトル開始だ！ ポンタが語る、コータとコーラマルDXの出会いの秘密とは……？ 一方、知らせを受けて母エリのもとへリョウは駆け付ける……。

「ボトルキングに、オレはならない！」 コータの宣言に驚く一同！！ 一番強い者がバトルする前に決まってるなんてそんなの変だよっ！ ボトルキングには、このバトルで優勝した者がなる！！ なんとポンタに続き、イオやマチコも参戦だって！？ ボトルバトラーたち大大大集合っ！！ コータの前にはミツヤ、イロハ、サンタが立ちはだかる！ 息の合ったトリプル攻撃開始っ！ シュワッと面白いぜ！！

来た来たっ！白熱のボトルキング決定戦！ やる気に燃える豪華メンバーが続々参戦大乱戦！ ポンタのもとに現れた三闘神、ツバサ、レオ、ハク！ 究極メンバーの集結に、大興奮が止まらないっ！ コータの前には、お仕事を終えたカオリが立ちふさがる。 アヤタ、ローランド、シマンも派手に登場！ スペシャルな4人とのボトルバトルに突入だ！ このシュワシュワのビックウェーブ、乗るしかないっ！！

「決闘しようぜ、コータ！」 コータの前に現れたセイメイ！ 正確さとパワーが求められる新競技ゲート4で勝負だっ！ コータのドでかいシュワッとを目の当たりにし晴れやかなセイメイ！ 一方ポンタは、三闘神たちと大激突！熱き大技を放つっ！！ みんなありがとう、大切なものを取り戻したと思うポンタ。 夢の対戦「ポンタVSコータ」のボトルバトルはあるのか？！

生きていたAI、このままだと人類文明完全崩壊っ！？ 大ピンチの計画を止めるため、白羽の矢が立ったのはコータとリョウ！ タイムリミット10分間！ もしかしたら一緒にボトルバトルができたかもしれないし、 友だちにだってなれたかもしれないAIだけど……。 ふたりを待ち受ける様々なトラップ、息を合わせて協力バトル！ ヒットポイントをシュワッとねらえ！ 世界の命運はたくされたっ！！