双子の姉妹エレインとダイアナは、生まれながらにして生体エネルギー“ヴァジュラ”の力を秘めていた。2人の養父である科学者ケネスは、その未知なるパワーを利用した生体戦闘兵器の開発を進めていたが、エレインはそれを拒否して逃亡する。ダイアナはエレインを追跡し、激しいサイキックバトルを展開！ だが、未知なるパワーが対峠した時、彼女達は人類が予想もしなかった超生命体“ジェノサイバー”へと変身した!!

自らのパワーで香港島を消滅させてしまったジェノサイバー＝エレインは、爆発の衝撃により10年後の未来へとタイムスリップしていた。そこは容赦なき暴力に、非力な人間達が無残な死体をさらしていく戦場だった。一方、アメリカ国防総省は正体不明のジェノサイバーに対抗すべく“九竜グループ”に支援を依頼。彼らのテスト兵器“ヴァジュラノイド”は、ジェノサイバーを自らの敵と認め、戦いを挑む。巨大空母の艦上で、禁断の超生命体と超兵器の壮絶な死闘が開始された！

半世紀にわたったジェノサイバーとの戦いは、九竜グループの壊滅と共に人類側の敗北で終わった。沈黙の時代から100年が経過し、人類は新たな文明を再興させていた。集合都市国家アークド・グランは一見平和な街だったが、市長グリムソンによる独裁国家であった。希望を抱いて訪れたリュウとメルはいわれなき罪をかぶせられて地下街へと逃亡。だが、そこにはかつて地上を破壊した怪物－ジェノサイバーの魂が眠っていた。行き場を無くした2人の怒りがジェノサイバーを呼び覚ました!!