故郷セイバートロン星に戻ったコンボイだったが、なぜか戦車軍団に追われてしまう。しかもロボット・モードには変身できず、なぜ追われているのか記憶もない。逃げ回るうちにコンボイは、ラットル、チータス、ブラックウィドーと合流。突然、コンボイの耳に謎の声が。コンボイはその声に導かれ、トランスフォーマーを作り出したオラクルというコンピュータに出会う。

新しいボディを得たサイバトロンは、変身の練習をする。が、ラットルだけなぜかうまく変身することができない。今回の変身はコツが必要なのだ。敵に居場所を突き止められたサイバトロンは、手分けして基地探しを始める。しかし、チータスとブラックウィドーはコンボイの命令に逆らい、サイバトロポリスへと行ってしまう。が、そこは無人の街だった。しかもなにがあったか調べようとしてもデータはすべて削除されていた。そこへ再び敵の攻撃が。コンボイ、ラットルがかけつけ、どうにか敵は撃破したが、なぜ誰もいないのか、なぜ敵に追われるのかという疑問は残ったままだ。その答えを探しにサイバトロンはセイバートロン議会へと向かう。

数も性能も勝るマシーン軍団(ドゥローンズ)を率いながらサイバトロンを倒せないメガトロンは、新たにスパークをもったジェットストーム、タンカー、スラストのビーコン軍団を作る。一方、指揮系統に乱れを感じたコンボイは、このままではメガトロンに負けてしまうと皆の前で怒りをあらわにする。戦闘中にシルバーボルトの記憶が頭をよぎったブラックウィドーは手がかりを探しにスペースポートへと向かう。後を追うラットル。と、そこへビーコン軍団が現れ、再び戦闘に。手がかりを求め宇宙船アークのコンピュータにアクセスしようとするブラックウィドー。が、メガトロンはこれを利用し、ブラックウィドーのメモリーからサイバトロンのアジトを突き止めようとしていた。

メガトロンはビーコンの3人にサイバトロンを倒した者には褒美をやると告げる。褒美もらいたさに功を焦るタンカー、ジェットストーム、スラスト。一方スパークを感じたコンボイは、サイバトロンを率いスパーク探しに倉庫へと向かう。ラットルらはスパーク探しの途中でメガトロンが作ったと思われる｢変身制御ウイルス｣とそのワクチンにあたる｢変身促進装置｣を見つける。変身できないラットルはチータスの制止も聞かずそのワクチンを使ってしまう。

コンボイが見つめる中、地下室で戦闘訓練をするチータスとブラックウィドー。かたや未だ変身できず悶々としているラットル。そんな彼らを、天井から見つめる一匹のコウモリが。コウモリは、コンボイたちにセイバートロン星で起こったこと、自分が生き残ったいきさつを話し、一同を果実のなった木のある部屋へ案内する。チータスを除いた一同は、コウモリのすすめのまま果実を頬張るが、そのせいで理性を失い野生に戻ってしまう。

コンボイの休養中、チータス、ラットル、ナイトスクリームの3人は情報収集のためロボット軍団の生産工場へ。ところがラットルの身勝手な行動により、敵と戦闘になってしまう。その最中、やっと変身出来るようになるラットル。しかし、ニュー・ボディにはなんの武器も付いていなかった。その場は辛くも逃げ出した3人だったが、トラブルメーカーのラットルは、みんなから役立たずのレッテルを貼られてしまう。

スラストのバイク軍団に追われ、地下トンネルを逃げ回るサイバトロンたち。一同はひとまず地上へと逃れるが、そこで目にしたのは、スパークを抜かれ無惨にも野ざらしとなった仲間たちの姿だった。そこへ再びビーコン軍団が襲来。サイバトロン一同は、散り散りになっての応戦を余儀なくされるが、その最中、なぜかスラストがブラックウィドーの危機を救う。

オラクルへアクセスし、なぜ自分たちがリフォーマットされたのかを探ろうとするコンボイ。サイバトロンたちは、もがき苦しむコンボイを止めに入るが、彼はほっといてくれと言い、ひとり去る。残ったサイバトロンたちは、ビーコン軍団にされた仲間たちを引き戻すべく、軍団を率いる3人の隊長に目を付け、まずはタンカーを捕らえようと作戦を開始。その最中、スラストと相対したウィドーは、彼にシルバーボルトだった頃の記憶を思い出させようと必死に訴えかける。

ナイトスクリームは、ブラックウィドーからスパークを奪ったジェットストームを追う。その隙に、スラストはウィドーの体を持ち去るのだった。一方、タンカーがライノックスだと知ったラットルとチータス。タンカーは過去を思い出す素振りを見せるものの、あえて背を向けるかのようにふたりを襲い始める。

有機体の除去が上手くいかず、苛つくメガトロン。彼は、ナイトスクリームの体内機能を応用すれば、純粋なロボットになれる方法が分かるかもしれないというフライ(解析ロボ)の提案を受け入れ、ビーコン軍団と一緒にナイトスクリームを拉致してくるように命じる。かたや、オラクルが暗示した｢未来の種｣を手に入れたコンボイ。だがその種を植えようとした矢先、ビーコン軍団の襲撃によってスクリームを連れて行かれてしまう。

オラクルを発見したタンカーは、フライを使い、有機物を金属体に変えてしまう｢ベクターシグマのキー｣を手に入れる。その頃、地底にいたコンボイたちは、有機物を甦らせる液体を地中から掘り出すことに成功。湧きだした液体により、地底には瞬く間に木々が生い茂る。しかし喜んだのも束の間、そこへタンカーが襲来。ベクターシグマのパワーにより、ナイトスクリームは金属体の体にされ瀕死の状態になってしまう。

ベクターシグマのキーを利用し、メガトロンの抹殺を図ろうとするタンカー。彼はそのためメガトロンの元へフライを差し向けるが、事は思うように運ばない。逆にメガトロンは、キーをマシーン軍団に装備させ、その威力をサイバトロンで実験するよう命じる。その頃、ラットルは有機エネルギーの泉について研究中。そこへブラックウィドーがやって来て、その液体を持ち去ろうとする。スラストからシルバーボルトを甦らせるためだと、ラットルに懇願するウィドー。彼女は液体を貰い受けると、ひとりサイバトロポリスへと向かう。間もなく、ラットルは植物の成長力を高める促進プログラムの開発に成功。だがそれは、あまりに急激に発育を促すモノだった。

メガトロン宮殿に忍び込んだラットルとチータス。ふたりはそこで、メガトロンがタンク軍団のすべてに、キープログラムをダウンロードしていたことを知る。一方、オラクルから最終決戦の時が来たとの啓示を受けたコンボイは、サイバトロン一同を連れ、地下奥深くへと向かう。だがオラクルのそれは、タンカーとフライによってねつ造された偽の啓示だった。

プラズマエネルギーとキーのパワーがぶつかった結果、セイバートロンは破壊されてしまう。自分を責め、嘆き悲しむコンボイ。そんな時｢自分のスパークの本質を受け入れろ｣というライノックスの声が聞こえてくる。宮殿へ戻ったコンボイ。彼は荒れ狂うキーのパワーとプラズマ・エネルギーを地中へと導こうとする。これにより金属化したサイバトロンたちは次々と生き返る。だがコンボイはオラクルに吸収されて地中深く消えてしまう。生き返ったサイバトロンたちは荒れ果てた町に唖然、そして像となったメガトロンを発見する。メガトロンやその手下はいなくなったが、コンボイという犠牲を払ったことに心を痛めるのだった。一同はコンボイの遺志に報いるためにもセイバートロンに有機体をよみがえらせることを決意する。こうして一同はオラクルから啓示を受けるべくオラクルの部屋へ。だがそこには……。

突如現れたメガトロンの頭。だが浮かんでるだけで何の反応もない。そこでコンボイはメガトロンのスパークにコンタクトを取ろうとするが、見つけ出すことができなかった。メガトロンは死んでしまったのだろうか?一方、コンボイ以外のサイバトロンたちはビーコンを捜しに峡谷へ出かける。だがそこで巨大なトカゲのような怪物に襲われる。相手の正体が分からない限り、攻撃に出るわけにはいかない。とりあえず追跡を始める。そんな中、メガトロンたちはノーブルと出会う。聞けば彼はメガトロンのウィルスに姿を変えられたらしい。そのうえ例の怪物に追われてひどくおびえていた。ナイトスクリームは自分と同じ境遇のノーブルを他人事とは思えず、親身になって心配する。だが次の瞬間、ビーコンが襲ってくる。そして気がつくとノーブルは消えていた。ノーブルを捜すサイバトロンたち。だがそこへ例の怪物が現れ、すごい勢いで星を破壊する。サイバトロンたちはノーブルより怪物捜しに専念することに。そして再び怪物が現れた。だがサイバトロンたちを襲おうとしない。

仲間に加わったノーブル。だが彼は毎晩のようにメガトロンの要塞へ行っては変身し、コンボイたちを困らせていた。彼自身なぜ要塞に来てしまうのか分からない。そこで理由を探るべく、行方不明のスパークの手がかりを捜しに要塞へ侵入するというコンボイたちに同行させてほしいと頼む。だが突然怪物になるノーブルを連れていくのはあまりにも危険だ。コンボイはノーブルの申し出を拒否、するとノーブルに親身なナイトスクリームは反発し、ノーブルを連れて立ち去ってしまう。要塞の中へ踏み込んだコンボイたち。するとノーブルが後から滑り込んできた。そして司令室めざして単独行動に出る。だがワナを踏んで地雷が作動、その拍子にノーブルは怪物に変身してしまう。ノーブルを見失ったコンボイたちは手分けして捜すことに。ノーブルに暴れられれば要塞は壊滅、スパークを捜す手がかりもなくなるからだ。その頃ノーブルは司令室にたどり着いていた。だが足場の崩れるワナにかかり地中へと落下する。その後ラットルのチームも司令室へ到着。メインフレームに侵入するが情報が記号化されていてチンプンカンプン。そんな時コンボイに助けられたノーブルが現れた。ノーブルは司令装置に収まっているラットルを見ると自分の意志で怪物に変身、ラットルを投げ飛ばす。そしてその後に収まるのだった。だが有機体の身では装置を作動させることができない。ノーブルはスパーク摘出機を自分に押し当てた

メガトロンのスパークが抜け、ただのケモノとなったノーブル。そんな彼をナイトスクリームは捜しに出かける。だがそこへスラストとジェットストームが登場、さらにはコンボイたちがアシストに現れていつもの戦いが繰り広げられる。そんな中、ブラックウィドーはジェットストームにこっそりとある装置を取り付ける。スパークをトランスフォーマーのボディーに戻すという装置だ。だがブラックウィドーがそのことに気を取られている間、コンボイとチータスはメガヘッドの中に吸い込まれてしまう。シルバーボルトを地下へおびき寄せたブラックウィドー。そこで装置が作動し、ジェットストームはシルバーボルトへと戻る。一方メガヘッドに幽閉されたコンボイとチータス。メガトロンはコンボイからオラクルのデータをダウンロードしようとしていた。そこへブラックウィドーとシルバーボルトが潜入。シルバーボルトはメガトロンの誘惑を断ち切りメガヘッドを攻撃、機能を麻痺させてコンボイとチータスを自由の身にする。こうして一同は無事メガヘッドから脱出する。その頃、スラストの攻撃で気を失ったナイトスクリームはノーブルにかくまわれていた。だがノーブルに連れ去られたと勘違いしたラットルは……。

シルバーボルトが仲間に戻り喜ぶサイバトロンたち。だがそれも束の間、地下基地へホースのような物体が次々と突き刺さってきた。その正体を探るべく地上へ向かう途中、ホースから送られてくる光を踏み、シルバーボルトがナゾのウイルスに冒されてしまう。そのウイルスの感染力はすさまじく、コンボイ以外のサイバトロンたちに次々と感染する。実はこれは憎しみを生むウイルスで、サイバトロンたちはさっそく内輪モメを始める。一方、唯一感染していないコンボイは独りメガトロンのもとへ向かった。そんなコンボイにメガトロンは言う。｢自分たちはともに調和を欲している。真の調和を実現するためには唯一絶対の存在が必要｣と。同じ頃、感染したサイバトロンたちは、スラストに地下基地を発見されるのを食い止めるため洞窟の中にいた。だがここでも相変わらず内輪モメばかり。そこへコンボイが現れた。だが誰も彼の説得に耳を貸さない。そしてついにコンボイまでもが感染。

メガトロンの攻撃で、ナゾの宇宙船がセイバートロン星に不時着した。トランスフォーマーの生き残りが乗っているか確かめるために、コンボイたちとスラストは先を争って宇宙船にたどり着こうとする。不時着現場。コンボイたちはなんとかスラストより先に宇宙船内に入ることができた。だが中には誰の姿もなく、植物のツルだらけで荒れ放題。そこへ突然植物もどきが襲いかかってきた。慌てるコンボイたち。ヨソの星の生命体とみたコンボイは、星をその植物もどきに破壊される前に捕まえようと指示を出す。手分けして船内を捜索するコンボイたち。ようやく地下の果樹園で植物もどきを発見した。有機エネルギーの泉に向かおうとしていたのだ。チータスは攻撃しようとするがコンボイは制止、植物もどきをリフォーマットする。彼のにらんだとおり植物もどきはトランスフォーマーだった。

スラストとの戦いで勝利続きのサイバトロンたち。だが得意げに基地に戻った彼らにボタニカは｢参戦拒否｣を宣言する。コンボイは彼女の意志を尊重し、有機エネルギーの成分分析に専念してもらうことに。一方メガトロンは、誘拐したスパークを使ってオブシディアンとタナンカを作り出した。2人はさっそくナイトスクリームとシルバーボルトを不意打ちする。あまりのパワーにSOSを発信するナイトスクリーム。だがコンボイたちが来てみると、敵はあっさりしっぽを巻いて逃げていく。2人を捕まえてメモリーチップを分析すれば誘拐されたスパークのいどころがつかめるかもしれないと、コンボイたちは後を追う。だが追いつめたと思った瞬間、無数の軍団が現れた。

コンボイは突然スパークのビジョンを見た。メガトロンがスパークを移動させたと感じたコンボイは、ビジョンで見た場所をみんなで手分けして捜すことに。そんな中、ラットルがある装置を発明。身につけていればロボットモードに変身しても敵に察知されないという優れモノだ。こうして一同は3チームに分かれて捜索に出かける。アイオコン・シティへ向かったコンボイとナイトスクリーム。そんな2人の前に元祖コンボイのホログラムが現れる。そしてコンボイに向かって｢自分の中のオラクルを呼び出せば勝つためのビジョンが与えられるはず｣と語りかける。だが元祖コンボイの正体はメガトロンだった。すべてはオラクルの情報をコンボイからダウンロードするためのトリックだったのだ。

いよいよスパーク救出の時がやって来た。地上班が地上でベヒコンの気をそらしている間、救出班がメガヘッドに忍び込みスパークを救出するという作戦をたてる。こうして一同はラットルが改良した装置を身に付けて出動する。当初は装置が快調でビーコンはキリキリ舞い。その隙に救出班はメガヘッドへの潜入に成功する。だがすぐにタナンカに装置を見破られて地上班は猛反撃を受け、救出班もスラストに追われることに。逃げる救出班がある部屋へとたどり着くと、そこではメガトロンが待ち受けていた。

勝利に浮かれるコンボイたち。いよいよセイバートロンの建て直しに乗り出す。まずはビーコンを仲間に引き入れること、スパークを戻せそうなトランスフォーマーのボディを確認することから始めることに。チームに分かれて任務に当たる中、シルバーボルトとブラックウィドーが墓地で突然ロボゾンビに襲われる。苦戦しつつもなんとかゾンビを倒すと、ゾンビから赤い玉が飛び去っていった。これと同じ事件が果樹園でも、そしてビーコンを説得していたチータスたちの身にも起きる。発生場所から判断するに赤い玉はメガヘッドを目指しているようだ。とにかくコンボイたちはビーコンを仲間に迎え、共同戦線を張る。

メガヘッドをコンボイたちに乗っ取られたメガトロン。取り戻すべくさっそく総攻撃に乗り出す。一方のコンボイたちは、メガヘッドの中の武器を作動できずに困っていた。これで襲撃を受ければスパークを守ることができない。そこでシルバーボルト、ブラックウィドー、ナイトスクリームがラットルの発明した最新装置を持って地上へ時間稼ぎに出かける。最新装置はスクランブル・ジェネレーターにホロチップを組み合わせたスグレもの。見事ビーコンたちを惑わし、混乱させる。だが優勢なのも束の間、敵ロボが大挙して押し寄せてきた。そんな中、メガヘッドはスパークを守るためバリアを張ることに。地上班もバリアもなんとか持ちこたえる中、ボタニカに異変が起こる。バリアによって大地と遮断されたため体が弱ってきたのだ。このままでは死んでしまうが、バリアを解除したらメガヘッドは一巻の終わり。どうしてもボタニカを救いたいラットルはある賭けに出る。

メガトロンは新しいボディを製作中。パワーを使い果たし機能不全になったメガヘッドでも、やがて始まる戦闘に向けてコンボイたちがエネルゴンの補給や船内の修理に励んでいた。そんな中コンボイは勝つための知恵をオラクルに乞う。そして決意を新たにしたコンボイは、仲間たちとともにアップグレードするのだった。ついに敵が攻めてきた。コンボイたちは再びバリアを張ってスパークたちを守ろうとする。だがすぐにバリアは破られ、ピンチに。そんな時ボタニカが急に苦しみ出した。どうやら果樹園も襲われているらしい。ボタニカ、ラットル、ナイトスクリームが果樹園へと向かう。こうして地上で、地下で激しい戦闘が始まった。だがアップグレードした一同はパワーを発揮。次々と敵を破壊していく。その頃、メガトロンの新しいボディが完成した。驚いたことにそれは昔のコンボイのボディそのものだった。

今や地上に残ったのはコンボイとメガトロンの2人。メガトロンの狙いはスパークもマトリックスも手に入れて、トランスフォーマーのすべてを支配することだった。そしてこれを阻止しようとするコンボイとの間に激しい戦いが始まる。メガトロンの追跡を逃れて果樹園へたどり着いたコンボイ。だがそこで見たのは荒らされた果樹園とスパークを抜かれたラットルとボタニカの姿だった。そんな中メガトロンはいよいよ容器のシールドを開け、自分の中にスパークたちを吸収してしまう。チータスたちのスパークも一緒に。ついに進化を遂げたメガトロン。ベクターシグマのキーを作動させて、セイバートロンから有機物を排除しようとする。