マンダリンの命令によりヒプノシアは、乗り組員を乗せたままロシアの原子力潜水艦を沈めてしまう。１年後、潜水艦はスコットランド近郊の水面に浮かびあがり、乗組員は全員マンダリンに忠実なゾンビに変身していた。

マンダリン、モードック、ジャスティン・ハマーは、古い強力なロボット｢ウルティモ｣ を復活させた。彼らはウルティモをコントロールする装置を開発し、アイアンマンを捕らえるミッションに送り出す。

マンダリンとモードックは密かにスターク・エンタープライズのプログラムを書き換え、世界中の軍の防衛システムを混乱させ、株の大暴落を引き起こすことに成功する。世間の人々はトニー・スタークが仕組んだと思い込み、疑惑の目を向ける。一方でマンダリンたちはモードックの分身エルフを使って、トニーの腹心ジェームズ・“ローディ”・ローズを操りアイアンマンをやっつけようとする。

マンダリンはジュリアの娘レイチェルを使ってアイアンマンをおびき寄せ、罠にはめる。罠と知りつつレイチェルの救出に向かったアイアンマンだが、バッテリー消費が激しく、あと一歩のところでパワーダウンしてしまう。一方でスターク・エンタープライズは、開発した戦車ウォッチメンのテスト走行で大成功を収める。

スターク・エンタープライズは、政府に資金提供を受けて最新の戦闘機「グリムリーパー」を完成させる。しかしマンダリンとモードックの巧みな作戦でグリムリーパーを盗まれてしまう。はたしてアイアンマンはグリムリーパーを取り戻すことができるのだろうか？

マンダリンはスタークが開発したテスト走行中のウォーター・スライダーを奪おうとする。目的地の島ではモードックの最愛の女性、アラーナが人質になっていた。彼女を救うためモードックはアイアンマンに取り引きを持ち掛ける。

マンダリンがスターク・エンタープライズの油田採掘ロボを奪おうと攻撃をかけるが失敗し、現場でスパイダーウーマンがブラックボックスを発見する。封印を解くとそこにはマンダリンの生い立ちが記録されていた。

スターク・エンタープライズは政府との契約で液化アダマンチウム合金を陸上タンカーで輸送することになるが、マンダリンたちの攻撃を受ける。輸送ルートが知られていたことから、内部にスパイがいると疑うアイマンマンたち。大事な場面で姿を消したホークアイに疑惑の目が向けられる。

モードックはアイアンマンのコピー・ロボットを作り出して、本物のアイアンマンが生物テロを実行したかのようにみせかけようとする。

アイアンマンの仲間たちは、アイアンマンのコピーが黒水熱の病原菌をばらまくのを阻止しようとする。その一方で、本物のアイアンマンを見つけだそうとする。

マンダリンとフィン・ファン・フームの攻撃を受け、アイアンマンは氷の洞窟の中に閉じ込められてしまう。アーマーの自動回復中、トニーは暖をとりながら過去の記憶をたどる。

氷の洞窟の中で、トニーは自身の記憶をたどってきた。そして以前マンダリンに捕まっていた時に、初めてアーマーを完成させたときのことを思い出す。

トニーとジュリアは結婚する。一方、マンダリンは、トニー・スタークがアイアンマンであることを見抜いてしまったようだ。

マンダリンの次なる計略は、ジャスティン・ハマー＆フィン・ファン・フームと共にアイアンマン・スーツを盗み出し、世界を征服すること。しかしフィン・ファン・フームには別の考えがあった。

ウォーマシンが最新防衛システムのテスト中に負傷する。ファイアーブランドは、破壊工作は自分の手によるものだと告げる。

A.I.M.（高度知識技巧）が中国でテロ攻撃を敢行したと表明。アイアンマンは調査のため宇宙に向かう。そこで発見したのは、強大な力に守られた謎の宇宙ステーションだった。

アイアンマンの協力を得て、シールドはA.I.M.からの通信を追跡する。その結果、トニーの父親であるウォルター・スタークが生きていることが判明する。

ジュリアをはじめとするスターク・エンタープライズの社員が、エジプトでのトンネルの崩落事故により閉じ込められてしまった。トニーはマダム・マスクの仕業であることを突き止める。

ウルティモの襲撃を受けた後、アイアンマンは極小サイズに縮み、ホークアイの命を救いに行く。しかしハッカーの介入で任務は危機的状況に。H.O.M.E.R.を支配された上、ウルティモが後を追ってきて…。

アイアンマンは遠い惑星エリシアンに向かう。そこで強大な敵との戦いに手を貸すことに。

クーデターを阻止したトニーは、スターク・エンタープライズの極秘技術がクリムゾン・ダイナモに使われていたことを知る。自分の技術が悪用されたことに責任を感じたトニーは、世界中のアーマー戦士達の機能を停止させ滅ぼす決意をする。

アイアンマンは、次々にアーマー戦士たちの機能を停止させていく。仲間を裏切って攻撃しているとの噂が広まり、アイアンマンの評判はがた落ちになる。

モードックはマンダリンの失われた指輪を１つ発見。そのパワーを使い、他のリングを見つけようとする。マンダリンはモードックを追跡し、指輪を取り戻そうとして…。

マンダリンの指輪があれば過去に行くことができると知ったアイアンマンとバナー博士は、２人で協力して指輪を手にいれようとする。しかし、その話を陰で聞いていたリーダーが指輪を先に盗んでしまう。

10個の指輪を手にしたマンダリンは、世界を支配し、テクノロジーが存在する前の状態に戻すと宣言。アイアンマンはフォース・ワークスと再結束し、マンダリンを止めなければならない。

マンダリンはアイアンマンとフォース・ワークスを捕らえる。彼らの生命力を使い、宝珠ハート・オブ・ダークネスの魔力を解き放つ計画だ。そうすれば地球上の全テクノロジーがシャットダウン可能になる。