釜谷市にある「天万神社」で、巫女のアルバイトをしていた少女・皇まとい。彼女と、友人である神主一族の末裔・草薙ゆまは、かつて天万神社が悪霊を払う退魔行を行っていたことを知り、興味を抱く。ほどなくして、暴徒が天万神社を襲撃する事件が発生。ゆまは退魔行を調べる中で発見した「神懸りの儀」によって暴徒を抑えようとするも、神との統合＝纏創（ルビ：てんそう）に成功したのはまといの方だった。まといは戸惑いながらも、神の力で暴徒を操っていた悪霊を退治する。

まといは、纏創を経たことで守護霊のように神が憑いた状態となる。それを知ったゆまは、神と同化している以上は退魔活動＝タイカツに乗り出すべきとして、退魔少女というSNSアカウントまで作成する始末。タイカツの一環として、早速立てこもり事件の現場に向かったまとい。だが、その場に姿を表した悪霊の力は想像以上だった。窮地に陥ったまといだが、悪魔祓いを実践する「アンチ・クリード」、クラルス・トニトルスに命を救われる。

纏創した姿が謎の半裸少女として世間に知れ渡り、身バレの恐怖に震えるまとい。ゆまの家庭教師として再び現れたルシエラからも、退魔少女ではないかという疑惑を突きつけられ……。

クラルスを救うため、まといはナイツが取り憑いた霊媒師との戦闘に介入する。そこにはクラルスと因縁を持つフェゴルも現れた。彼との接触で、まといは別次元へと飛ばされる。

フェゴルとの戦いを終えたまといには、その能力を危険視したクラルスが監視に付く。まといは、彼女に“普通”を体験させようと、ゆまと共に原宿へと連れ出す。

2体の神を宿していることが発覚し、浮かれるゆま。退魔活動にも積極的に乗り出す中、地元商店街の着ぐるみ「カマ吉」に霊が取り憑いたとの連絡が。現れたのは一見カワイイ着ぐるみナイツで……。

夏休みに入り、まといたちは海と温泉が楽しめる天海神社へと旅行に出かける。まといはそこで、天海神社の巫女である雨音弥生と出会い、母しおりの過去について聞かされる。

弥生は強力な力を持つ退魔少女だったが、既に神の力は尽きかけていた。まといは、それでも戦おうとする彼女やゆまの覚悟を知り、自身の「願い」のために戦う意思を固める。

退魔少女としての活動も板についてきたまといとゆま。だが、まといは、伸吾と食事中に新たな敵・サフィラスに狙われる。氷の結界に包囲されたふたりは果たして脱出できるのか？

度重なるナイツとの戦闘の影響か、空には次元の裂け目が現れる。これを危惧したゆまの祖父・草薙清玄に呼び出されたまといは、母・しおりが行方不明になったある事件の詳細に触れる。

伸吾は、まといを付け狙う意外な人物を突き止める。その人物が語るまといの役割に動揺する伸吾。一方でまといも、すべての真相が隠された〈頂次元〉に向かうことを決断する。

まとい、ゆま、クラルスの3人は<頂次元>を目指す。だが、その道程は一筋縄ではいかなかった。まとい積年の願いである“普通”を取り戻すための、最後の戦いがはじまる。