人形遣いの橘左近は、大学生の船橋葉月の依頼で東北の山奥にある廃校を訪れる。そこには、8年前に起こったある事件に関係する元"人形劇クラブ"の6人が集められていた。再会の喜びもそこそこに集められた理由を探って険悪ムードになる中、スピーカーから子どもの声が流れ出し不安に駆られる一同。言い争いの末にメンバーの一人、北村浩二が帰ろうとするとバイクの上に首の取れた人形が置かれていて……。

北村の死とともに村と校舎をつなぐ唯一の吊り橋が落ち、廃校に閉じ込められてしまった左近と元"人形劇クラブ"の面々。教室に戻ると再びスピーカーからメッセージが流れ、左近たちは犯人を突き止めるため放送室へと向かう。だがその道中で丘洋子の姿が消えており、人形とともに階段から落下死しているのが見つかるのだった。殺戮の舞台となった廃校。果たして左近は生き残れるのか？

美術室で殺された佐伯のダイイングメッセージから葉月が犯人に疑われてしまう。パニック状態の斉藤健一は江田巡査の拳銃を奪って葉月に発砲、葉月を庇った江田巡査が倒れ、さらに2発目が暴発したことで健一自身も死亡する。葉月は美術室を飛び出した西原摩耶を追って調理室へと向かうが……。一方、ある違和感に気づいた左近は、独自の推理で真犯人を突き止めていた！ 廃校サバイバル衝撃の解決編。

二面鬼像を拝観するため、古今東西の人形を展示する伊豆の旅館"傀儡館"を訪れた左近。そこでは道中で知り合ったアイドルの河合舞が出演するバラエティ番組の収録が予定されており、舞の中学時代の同級生やスタッフらが集まっていた。左近の叔母で刑事の薫子も加わり、"人の心を狂わす"と言われる伝説の二面鬼像の御堂に行くと舞の様子がどこかおかしい。そしてその夜、事件が起こり……。

事故に見せかけた杉山の死の真相を探る薫子と左近・右近。杉山のシステム手帳から"ys"という文字を見つけた薫子は、そのイニシャルをもつ人物が杉山からゆすられていたのではないかと推理する。疑われたのは舞のスケート選手時代のコーチ八木沢悟と舞のマネージャー佐藤百合子。佐藤はアリバイを証明しようと事件当時に会っていたディレクターの高村のもとを訪れるが、そこで第二の事件が起きる。

ベッドの上で日本刀を突き立てられて死亡していたディレクターの高村、その犯行は密室で行われたことがわかった。左近は、一連の事件が高村の発案で急遽ロケ地を傀儡館に変更したことが関係するのではないかと予想する。そして旅館の過去の日誌から事件の背景や密室のトリックの謎を解明。全員を集めてトリックを披露するが、その時、八木沢が犯人を名乗り出て飛び降り自殺をしてしまう。

傀儡館に残された人々は八木沢の告白と死のショックから立ち直れぬまま朝を迎えようとしていた。左近はそこに佐藤の姿が見えないことに気づき、二面鬼像の御堂へ向かう。右近を通じて八木沢の想いを伝え、左近は自害しようとしていた佐藤を思いとどまらせるが……。明らかになる事件の真相、そこには16年前に旅館で起きたある殺人事件と舞の過去が関わっていたのだった。娘のために鬼になった母、その悲劇の結末は？

右近の不調を案じた左近は、祖父で文楽人形師の師匠である左衛門の薦めで人形細工師・深見潤一郎に修理を依頼する。その引き取りのために工房を訪れた左近は、潤一郎の秘書・青木に工房を案内されている最中に職人たちのゴタゴタに遭遇。さらに右近の修理が酒癖も態度も悪い職人・速見に任されたと聞かされる。右近の身を案じながら左近が潤一郎と面会していると、速見の仕事場でガス爆発が起こり……！

じつは右近は潤一郎の手元にあったため無事で、久々の再開を喜ぶ左近。一方、潤一郎の孫娘・小夜子が大切にしていた猫・リリスの遺体が爆発現場で見つかり、ガス栓を抜いた犯人扱いされていた。屋敷にいるのは死んだ速見と三角関係だった家政婦の白石恵子と潤一郎の末弟子・吉田、速見と不仲だった一番弟子の岸川など疑わしき人物ばかり。そして速見の通夜の準備中、吉田が自室で首を吊って死んでいるのが見つかり……。

果たして吉田は自殺だったのか？ 疑惑を深める左近は右近とともに現場の検証に勤しんでいた。そして吉田が左利きの人間に殺されたのではないかと予想するが、潤一郎に「この屋敷に左利きの人間はいない」と一蹴されてしまう。諦めきれない左近は鋭い洞察力で速見と吉田を殺害した真犯人を見抜き、右近の腹話術ともに犯人を追い詰めていくーー。10年前の事件によって絶望の淵に立たされた男の復讐劇。その真相が明らかに。

人形浄瑠璃を披露するため、信州の旧家・秋月家に招かれた左近と右近。秋月邸には当主の宗史郎と3人の娘、長女の婚約者が集まっていた。演目のあと宗史郎自慢の古美術コレクションを案内されているとそこに辻斬りが起きたという一報が。動揺を隠せない秋月家の面々。じつは1年前、秋月家の長男・恭一が妖刀"百狐"を持ち出し辻斬り事件を起こして失踪していたのだった。そして、宗史郎を斬ったという恭一からの電話が……。

屋敷から5キロ以上離れた七曲がり沢で見つかった宗史郎の遺体、死因は鋭利な刃物で斬られたものだという。現場に違和感を感じる左近は、人形浄瑠璃を撮影するため秋月邸を訪れていた友人のカメラマン藤田善吉に情報収集を依頼。そして七曲がり沢に向かう途中で、事件当夜はその道を誰も通って居ないことを知り……。犯人は本当に恭一なのか？ 左近は百狐神社の伝説から、事件の真相を突き止める。

犯人の目星はつけたが確たる証拠が見つけらない左近は、降霊術をすると伝え神社に関係者全員を呼び集める。右近を使って恭一の霊を演じると、真犯人はまんまと罠に嵌ってくれたようだった。左近と右近の推理によって宗史郎殺害のトリックは次々暴かれ、そして1年前の恭一失踪の真実も明らかに。果たして真犯人とは？ 真実が明らかになったその時、妖刀"百狐"の呪いが左近たちを襲う！

小学校時代の恩師で今は博物館の事務長を務める如月一徹を訪ね、蘭王博物館にやってきた左近・右近。一方薫子もまた、とある脅迫状の捜査のために博物館を訪れていた。博物館はエジプト展の内覧会を控えながら館長・結城麻里の姿が見当たらず混乱真っ只中。その時、館長の姿を探しに行った秘書の高橋佳絵の悲鳴が聞こえ、ファラオの剣が展示されていた特別展示室で宙吊りにされた館長の遺体が見つかるが？

殺害された館長・結城麻里はアメジストをデザインしたイヤリングを握っていた。アメジストは2月の誕生石であることから、如月が犯人と疑われてしまう！ 左近は特別展示室の密室トリックを暴き、落ち込む如月をかつて如月から貰った言葉を用いて励ます。しかし翌日、現場に館長の血がついた如月の指紋が見つかってしまい、さらにロッカーからさまざまな証拠が出てきて……。窮地に立たされた左近は？

逮捕されそうになる如月をかばい、24時間以内に如月の無実を証明しなければならなくなった左近。改めて事件を振り返るが、犯行時間にアリバイが証明できない人物は如月だけだった。左近は副館長の一色星治が怪しいと睨み、証拠探しに奔走。ついに手がかりを見つけるが、確信できないままタイムリミットは残りわずかにーー。その翌日、秘書の高橋が展示物に潰され亡くなっているのが見つかる。

ついにタイムリミットの時。犯行推定時刻に現場から1時間半も離れた自宅で電話を受けたという一色のアリバイを崩すため、当日の朝を再現する薫子たち。左近は一色に一計を案じ、電話のトリックと高橋殺害の真相を次々と暴いていく。だが、追い詰められた一色は左近を人質にとって逃亡を図ろうとして……。万事休すのその時、右近が一色の恋人でもあった高橋の心を代弁、動揺した一色を如月が投げ飛ばすのだった。

薫子の見合い話が浮上する。相手は能楽の九条流家元・秀明の内弟子で人格・才能ともに優れた九条直人。プロフィールを聞いて俄然乗り気になった薫子は、左近と右近を連れて九条家へと向かう。良い雰囲気になる直人と薫子だったが、その夜能面が血を流す現場に遭遇する。伝承により何か良くないことが起きると動揺する九条家の人々。そして翌日、家元・秀明が薪能の最中にボウガンで射られ殺されてしまう。

左近がボウガンのタイマーの仕掛けを見破り、舞台上にいた者も含め屋敷の全員が容疑者に。さらに舞台は何者かの仕業で床が滑りやすくなっていたために進行が遅れていたことも判明し、薫子たちは本当に狙われていたのは直人かもしれないと予想する。その夜、直人に脅迫状が届き心配した薫子は刑事として能楽堂に向かうが、そこには鬼の面をつけて舞う謎の人物と、直人の元婚約者・明紀の刺殺体が！

犯人と目星をつけた九条家長男・孝栄が車で崖下に転落して事故死しているのが見つかった。容疑者死亡で一件落着と見られたが、納得のいかない左近は事件を調べ続けていた。そして執事の坪田から家督を継いだ英名の過去を聞かされ、英名には犯行の動機が充分にあったことを知った左近たち。その時、直人の悲鳴に駆けつけると英名が崖から転落死していて……。真犯人はいったい誰なのか？ 最後の薪能の舞台ですべてが解決する！

善吉とともに飛騨高山を訪れた左近・右近は幽霊騒ぎに遭遇。町の人々が"月子の幽霊"だと噂するなか、左近たちは月子の妹・西村星江と出会い、そこに月子の恋人だった沼田満も金の無心に現れた。月子は有能な看護師だったが、看護ミスで沼田の姉を死なせてしまい責任をとって谷川に投身自殺したのだという。そしてその夜、星江に呼ばれ"血の池地獄"に向かった左近たちは、崖上から月子に突き落とされる沼田の姿を目撃する。

自殺の直前に月子は結婚式場を予約していたことがわかり、これから自殺する人間が結婚式を考えるかと不審に思う左近たち。さらに亡くなった沼田の姉・洋子は、月子が務めていた病院の医師・小林利夫と親しかったことも判明する。左近は小林を問い詰めるが埒が明かない。だがその夜、からくり山車の蔵で小林が殺されているのが見つかり……。騒ぎのなか、左近たちは町を彷徨っていた月子を保護するが。

左近たちの前に現れた月子は、自殺したと思われていた半年よりも以前の記憶をすべて失っていた。さらに月子が道で拾ったというビデオテープには、小林が殺される際の様子が収められていて……。医療ミスの陰謀を暴いた左近たちは、次は病院の院長・寺尾が危ないとふむが直後、水車小屋の粉塵爆発で寺尾は亡くなってしまう。再び訪れた"血の池地獄"、左近によると真犯人は"もうひとりの幽霊"だというが？

祖父で人間国宝の文楽人形師・橘左衛門が舞台公演の最中に倒れてしまう。これを機に引退し左近にあとを継がせるというが、自身の息子を後継者としたい左衛門の弟・二衛門との間で後継者問題が勃発する。さらに後継者として初めての舞台演目は、左近の父・流が公演直前に亡くなったという曰く付きの「恋花時雨咲乱舞」。冷静になった二衛門は左近に稽古をつけると申し出るが、稽古中に舞台で倒れ亡くなってしまう。

二衛門の死は人形に仕込まれていた青酸カリによる毒殺だった。目撃証言から左衛門の弟子で左近が兄のように慕う篠崎が連行されるが証拠不十分で釈放。事件にはかつて左衛門とライバル関係にあった人形浄瑠璃の周防家が関わっているのではないかと気づいた左近は、善吉に周防家についての調査を依頼する。その翌日、舞台で稽古をしていた左近の頭上めがけて照明機材が落下する事件が起きて……。

周防家の跡地で綾乃の姿を目撃した善吉だったが、帰り道のバイク運転中に襲われ大怪我してしまう。しかも襲った犯人は綾乃の婚約者・篠崎だった。一方、左近は劇場に綾乃を呼び出し舞を見せるが、綾乃は「兄の舞には到底及ばない」と言い放つ。左近の父・流と綾乃は周防家没落のきっかけを作った橘家に復讐を誓った周防家の兄妹だったのだ！ 大好きだった父の過去、そして本当の想いを知った左近は……。