オタクのニート、鑑純一郎は妹の純音から暇があるなら働けとたしなめられ、やりたい事しかできない“YD病”だから働けないと言い訳する。純音はそんな鑑に1枚の書類を突き出し、「明日から教師になりなさい」と言い放つ。書類は鑑の母校、東神鳴高校の非常勤講師の採用通知書だった。純音がダメもとで非常勤に応募したら受かっていたのだ。純音はYDを理由に断ろうとする鑑を強引に説得する。 翌朝、赴任した鑑は高校の校長から大歓迎を受ける。17歳にして科学雑誌「ネイチャー」「サイエンス」に論文を掲載された鑑を若き天才とベタ褒めした後、校長は世界中の研究所の誘いを断り、1年以上も何をしていたかと質問。鑑はアニメのブログを更新していたと答え、校長は困惑してしまう。その時、屋上からアニメ主題歌のアカペラの歌声が聞こえてきて、鑑は校長の話を遮って屋上へと向かう。 歌っていたのは生徒の叶美奈子だった。美奈子は歌を褒める鑑に声優になると打ち明ける。すると鑑は声優をなめるなと激怒し、声優になる難しさを延々と説き、逆ギレした美奈子は鑑の顔面にパンチする。この後、鑑は新任の物理教師として3年2組の教室へ。YDが発動する鑑だったが、すぐに授業をするための上手い方法を閃き、自己紹介を兼ねて全員でスマホゲームをプレイすると生徒たちに伝える。 パーティゲームは人生の縮図。鑑はキャラが反映されるプレイスタイルから、クラスのリーダーは鬼頭ミホ、顔面パンチとあだ名をつけた美奈子は孤立した存在と知る。昼休み、鑑はいじめられている理由を美奈子に訊ねる。美奈子をいじめているのはミホたち3人組だった。鑑がミホたちに反撃しない理由を聞くと、美奈子はヒーローになるからだと打ち明ける。美奈子はいじめを試練と捉えていた。 夜、鑑はチカン男に襲われそうになった美奈子を助ける。ミホたちが東神鳴高校分校という裏サイトに美奈子は元ヤン、男好きと書き込んだ事が襲われた原因だった。美奈子は数年前までグレていた事を鑑に打ち明ける。その頃に仲良くしていたのがミホたちだった。当時、自暴自棄になっていた美奈子が「辛い事があっても助けてくれるヒーローはいない」とチャットサイトに書き込むと「ヒーローがいなければヒーローになればいい」というレスがあったという。この言葉に救われた美奈子。後にそれはアニメのセリフはわかり、美奈子は声優になれば現実の人を救えるヒーローになれると考えたのだ。 後日、美奈子はミホにたちにチョーク入りジュースを無理やり飲まされて保健室に運ばれる。美奈子は自分の力だけで乗り越えると鑑に強がるが、1人になると泣き出してしまう。鑑は帰ったフリをして美奈子の泣き声を保健室の外で聞いていた。この後、鑑は美奈子をいじめるミホたちを呼び出して授業を開始。それは美奈子が受けたいじめの辛さをミホたちにわからせるための授業だった。

鑑は授業中にYDが発動してぼーっと教壇に立ち尽くし、クラス委員の栗林雪乃から注意を受ける。鑑は「教師を辞めたい」と心の中で呟きながら授業を行い、雪乃はそんな鑑に焦りと怒りの目を向ける。1ヶ月後の日曜日、鑑は妹の純音に連れ出され、秋葉原へ買い物にやってくる。純音は教師を1ヶ月続けたお祝いに何でも欲しい物を買ってあげると鑑に伝える。そして鑑は今期一押しのアニメの初回限定版DVDを買ってもらう。この時、鑑は雪乃が同じDVDを万引きする姿を目撃する。 鑑は雪乃の腕を掴んで万引きを注意し、DVDを棚に戻すために雪乃のコートのポケットに手を入れる。すると雪乃は「痴漢」と叫び、鑑を突き飛ばして逃げ出す。鑑は雪乃のポケットから抜き取ったDVDを店員に渡してあとを追う。カメラを手にした黒服の男は物陰からこの一部始終を撮影していた。 雪乃は鑑に追いつかれると、鑑がいけないんだと非難する。雪乃は鑑がまともな授業をしないために模擬テストの成績が落ちてしまったという。鑑は腹いせに万引きした雪乃に激怒し、万引きがアニメ関係者にどんなに迷惑をかけるかを説く。雪乃はYDの鑑に文句を言い、受験生の大変さを訴える。鑑は純音に買ってもらったDVDを雪乃にあげ、たまには息抜きも必要だと言って去っていく。 後日、鑑が昼休みに高校の屋上で叶美奈子、鬼頭ミホと話していると、大慌てのヨーコとケイコがやってくる。ヨーコによれば、鑑が背後から雪乃に抱きついた画像が痴漢教師というキャプション付きでネットに流れているという。それはDVD売り場で隠し撮りされた写真だった。この後、鑑はこの写真の件で校長室に呼び出される。鑑が受け持つクラスはこの話題で持ちきりになり、鑑が痴漢を自白して校長がクビにするという噂が流れる。雪乃は鑑がクビになると聞いて愕然となる。 放課後、帰宅中の鑑の前に待ち伏せしていた雪乃が現れる。雪乃は鑑が万引きした自分を庇って本当の事を言わなかったと考えていた。だが、鑑は教師を辞めたいと思っていたと関係ない事を伝える。後日、緊急朝礼が行われ、校長は鑑が一身上の都合で辞める事になったと生徒たちに報告。すると雪乃は「辞めないで下さい！」と大声で叫び、それを皮切りに他の生徒たちからも辞めてほしくないという声が続々と上がるが…。

クラス委員の雪乃を庇い、痴漢と誤解されて東神鳴高校をクビになった鑑。講堂での最後の授業を終えた鑑の前に美少女の柊暦が現れる。私立柊学園の理事長という暦は鑑をスカウトするためにやってきたのだ。暦は教育を通して日本を改造するという野望を持っていた。おもしろい国、日本を目指している暦はおもしろいからとスカウト理由を鑑に告げる。そして、暦は明朝に家まで返事をもらいに行くと鑑に告げて去っていく。 鑑は柊学園にスカウトされた事を妹の純音に報告。純音が通っている銀杏学園は柊学園の分校だった。純音によれば、柊学園は理事長の方針で一芸入試のみ。そのため、柊学園の生徒は得体の知れない危険人物ばかり。教師もすごいメンツだが、全然手に負えなく、ノーベル賞を獲った先生は3日もたなかったという。純音は鑑がニートに逆戻りしなくて済んだとホッとする。 翌朝、純音は鑑が姿を消してしまったと家に訪れた暦に謝罪する。だが、暦は動じる事なく、鑑を見つけ出して返事を聞くと純音に伝える。この後、大型ヘリが出現し、暦は純音と共にヘリに乗り込む。すでに暦は部下たちを使い、鑑の足取りを探索していた。間もなく鑑の居場所が特定される。鑑はオタクの聖地、秋葉原へ向かっていた。ヘリも鑑を追って秋葉原の高層ビルの屋上緊急ヘリポートに着陸。純音は鑑の携帯に電話をかけ、暦が迎えに来ている事を伝える。すると、鑑はスカウトされたが、教師をやるつもりはないと断言。鑑はYDの自分には教師より遥かに重要な用事があると言って電話を切る。 暦は交渉が決裂したと察し、自分の連絡先を渡して純音と別れる。だが、暦に鑑を諦める気など毛頭なく、大型トレーナー内の指揮所から鑑の行方を追う事に。電脳都市と言われる秋葉原。暦は政府や警察機関のコネを使い、衛星や監視カメラの映像を手に入れ、技術班が携帯電話の位置情報、監視カメラの映像をチェック。さらに暦は秋葉原エリアを封鎖して捜査員200人を動員する。間もなく、捜査員が移動中の鑑を見つけ、暦は鑑を追尾するように指示を出す。 鑑はすぐに追尾する捜査員に気付いて逃走する。その頃、純音も独自に鑑の行方を追っていた。鑑はパソコンで防犯カメラの映像をハッキングし、暦の手下が追っていると察する。この後、捜査員たちは秋葉原の様々なエリアで鑑を見つけて混乱。鑑が指揮所のコンピューターにハッキングしてカメラ映像をダミーとすり替えたのだ。さらに指揮所のコンピューターはシャットダウンし、暦は鑑との勝負に完敗したと認めるが…。この後、鑑は好きなアニメの声優サイン会に来た所で純音と暦に捕まる。純音は鑑がここに来ると踏んでいたのだ。鑑は教師になるつもりはないと暦のオファーを断るが…。

鑑は柊学園の前に分校の銀杏学園の教師になってほしいと柊学園の理事長、柊暦から言われる。鑑と暦が銀杏学園の校門にやってくると、そこでは生徒会長の桃園マキナがを待っていた。鑑は教師になるつもりがないと意思表示。そこに今日学校を退学になった式島切子が通りかかる。切子はメイドカフェで隠れてバイトをして退学になったという。切子の事を聞いた鑑は彼女の退学を取り消せと訴える。マキナがそんな事を言う権利はないと言い放つと、鑑は今からこの学園の教師だと権利を主張する。 鑑はメイドの品格がわからないマキナに切子を退学にする権利はないと訴え、最初の授業としてメイドの品格を教える事に。この後、鑑は切子のバイト先である秋葉原のメイドカフェに暦、マキナ、純音を連れて行く。鑑は一ヶ月で50回も“帰宅”した記録を持つこのカフェのプラチナ会員だった。鑑は馴染みの店長、北山みなみにマキナを1日バイトさせて欲しいと頼み、マキナは純音と共にメイドとして働く事に。 鑑は普通にポテトを運んでくるマキナに美味しくなる魔法がかかってないとダメ出し。切子が手本を見せるが、マキナは恥ずかしがって同じ事ができない。鑑はそんなマキナに対し、自分ができない事をできる人間を退学処分にするのはどんな気分だと問いかける。切子はいつまでも緊張が解けないマキナにリラックスしてとアドバイス。そして切子はこのお店にはルールがなく、ご主人様に喜んでもらうためなら何をやってもイイと教える。 この後、マキナは徐々に仕事に慣れてくるが、鑑はわかったような気になるなと釘を刺す。ご主人様は十人十色。鑑はそれぞれのご主人様が求める接客をしなければならないと説く。メイドの仕事は奥が深く、鑑はお前にどこまでやれるんだとマキナを挑発。マキナはとことんやってやるとムキになる。お店の営業終了後、鑑はメイドの品格についてマキナに質問。この日学んだ事を答えるマキナだったが、鑑はまだその答えでは50点と厳しく言い放つ。 体験してメイドの良さは理解したが、世間の認識は低いのが現実と考えるマキナ。学園のイメージと秩序を守るため、マキナは切子の退学を撤回する気が全くなかった。すると、鑑はまだ授業が終わっていない事を伝え、世間の認識を変えてやると宣言。鑑は切子とマキナをある場所へと案内する。最初に会った時から切子の別の顔に気付いていた鑑。これから始まる授業は自分の正体を隠している切子にとっても大事な授業だった…。

理事長の柊暦は式島切子の退学を取り消し、鑑を銀杏学園の非常勤講師として正式に採用。晴れて銀杏の教師になった鑑は生徒である妹の純音と一緒に学校にやってくる。すると切子が退学しなくて済んだと鑑にお礼を言いに来る。前日、カッター少女としてライブをやった切子。すでに生徒たちは切子がカッター少女だと気付いていた。鑑が切子と話していると、目の前に車が吹っ飛んでくる。巨漢の男子生徒、七海征十郎が違法駐車の車を蹴り上げたのだ。七海は札付きのワルだった。 この後、七海は目の前に立った事に腹を立てて男子生徒に乱暴。鑑は咄嗟に男子生徒を庇った鑑にも怒って蹴り飛ばそうとする。純音は鑑を助けて七海と一触即発の状態に。そこに現れた暦は純音と七海のケンカの仲裁に入る。野次馬が集まる中、暦は新任の鑑が純音と七海のクラスの担任になる事を発表。さらに暦は鑑が七海と勝負したがっていると勝手に言い出し、七海は勝負を受けて立つ。勝負は3日後。暦はどちらかが負けを認めるまで、一切のルールなしと決める。 切子は七海にビビリまくる鑑に荒っぽいトラブルの時に頼りになる先輩を紹介すると伝える。鑑は切子がSNSで知り合った先輩と会って驚く。それは東神鳴高校で鑑の教え子だった叶美奈子だった。しかも七海は美奈子の中学の後輩と判明。美奈子は七海がワルになりたての頃に面倒を見てあげたという。七海の父親はプロ野球選手。七海は子供の頃から野球の英才教育を受けていたという。目の前の障害は全て排除して前へ進めという信念を持つ父親はどんどん孤立して引退後に失意のまま病に倒れて他界。気が付けば七海も父親と同じように孤立し、トラブルを起こして中学野球界から永久追放されたという。 鑑はそんな問題児の七海がエリート校の銀杏学園に入学した事を不思議に思うが、すぐに暦が入学できるように計らったと察する。そして、問題児同士の鑑と七海を戦わせようとしている暦。鑑は暦が何を企んでいるのかが理解できない。翌朝、鑑は午前10時に七海を校門前に呼び出し、七海は鑑と共に美奈子が現れた事に驚く。鑑は2日後の勝負の内容を決めた事を七海に伝える。 鑑はサッカーゲームのソフトを七海に渡し、ゲームで勝負すると言い放つ。ケンカするつもりだった七海は拍子抜け。鑑は断ったら大事な先輩の美奈子の恥ずかしい画像をネットに流出させると脅す。七海は汚いぞと激怒するが、鑑は暴力という自分の得意分野で相手を屈服させるのはお前がいつもやっている事と言い返す。七海は覚悟を決めてこの勝負を受け入れる。美奈子は自分の画像の流出を恐れ、七海の家に泊まり込んでゲームの特訓に付き合う。七海は寝ずにゲームを猛特訓してメキメキと腕を上げる。何もせずに呑気にメイドカフェに通う鑑。余裕の鑑はすでに自分の勝利を確信していた…。

銀杏学園に赴任した鑑は理事長の暦の企みにより、銀杏の怪物、七海と勝負する事に。鑑はサッカーゲームのソフトを七海に渡し、ゲームで勝負すると伝える。七海は2日間一睡もせずにゲームを特訓し、ゲーム1回分の体力しか残していなかった。鑑はフラフラの七海にこれからサッカーの試合で勝負すると告げる。鑑は最初からサッカーのゲーム（試合）で勝負するつもりだったのだ。騙された七海は汚いと鑑に激怒する。しかも鑑のチームは県大会ベスト4の実績を持つ銀杏のサッカー部。七海のチームは東神鳴高校の女子サッカー部だった。 審判の暦は勝負の敗者は勝者の言う事を一生聞かなければならないというルールを確認後、試合開始のホイッスルを鳴らす。七海はいきなり強烈なタックルを鑑に食らわせ、鑑は吹っ飛ばされるが、鑑チームはルーズボールを拾うとパスを回し、あっという間に先制点を決める。この後も鑑は七海からショルダータックルを受けて吹き飛ばされるが、その隙に鑑チームは2点目を奪う。七海はチームメイトの女子たちから試合に参加してと注意される。鑑チームはもう1点加点し、前半は3対0で終了。ハーフタイム中、鑑は不貞腐れて試合放棄しようとする七海に気付き、更生させるための授業を開始する。 鑑は七海の先輩である東神鳴高校の美奈子に七海が試合放棄しようとしているとメールを送信。そして鑑は途中でゲームを投げ出そうとする七海を挑発し、七海は挑発にのって後半にも出場すると決意する。後半が始まると、七海はゲームに参加しようとするが、サッカー初心者のために上手くボールを扱う事ができない。鑑チームは七海からボールを奪って立て続けにシュートを決め、5対0とリードを広げる。鑑は悔しさに顔を歪める七海を見て、そろそろ変身してみろと活躍する事を期待する。 その時、授業を抜け出した美奈子が銀杏のグラウンドにやってくる。鑑は最高のタイミングで助っ人キャラの美奈子が登場した事にほくそ笑む。美奈子は普通にサッカーをやろうとするなと檄を飛ばし、特訓していたものは何だと問いかける。七海は徹夜してサッカーゲームをやり込んだ時の記憶が蘇ると、何かに閃いて不敵な笑みを浮かべる。そして、七海は「あとは全部、俺に任せろ！俺が逆転してやる！」とチームの女子たちに宣言。この後、七海チームの女子たちはDFラインでパスを回し出して…。

銀杏学園の教師になった鑑が授業を終えて一息ついていると、受け持つクラスの生徒でもある妹の純音がクラスメイトの千波花音を連れてやってくる。純音は花音が苦手な物理を教えて欲しがっていると鑑に伝える。どうしても大好きな歌手、ユー・レッドポンドのコンサートに行きたい花音。花音の家は厳しく、今度の物理のテストで学年10位以内に入らないとコンサートに行かせてもらえないという。 鑑がわからない箇所を渋々訊ねると、花音はスマホでメールを打って送信。花音がメールを送ったのは純音だった。純音は花音が送ったメールの内容を鑑に伝え、鑑は2人のやりとりをおかしいと感じる。帰宅後、純音は花音が一切喋らない事を鑑に打ち明ける。中学時代からクラスメイトだった2人。花音は中学の時に声をからかわれ、それ以来、会話はメールを使うようになったという。花音が喋らない事は有名になり、何人もの猛者たちがあの手この手で喋らせようとしたが成功した者は1人もいなかった。 鑑は純音から花音がどんな声をしているか聞くと俄然やる気になる。後日、花音は鑑に呼び出された理科準備室に入って驚愕。そこはアフレコスタジオに変貌していた。実は花音はアニメ声だったのだ。鑑はどうしても声が聞きたくてスタジオに改造したと説明。花音はどうしてそんな事をするのかとメールで抗議するが、鑑はプロの声優でも生まれながらのアニメ声は10人もいないと花音の声がいかに貴重かをレクチャー。そして、鑑はアフレコを始めようとするが、花音は鑑の腹にパンチをして去っていく。 鑑はそう簡単に花音の声を聞く事はできないと実感しつつも、すでに花音を喋らせるための授業の準備を進めていた。後日、花音は図書室で物理を勉強するが、なかなかはかどらない。そこに鑑がやってくる。テストまでは一週間で、鑑は目標には程遠い状況に見えると言って花音の気持ちを逆撫でする。花音は怒って図書室から出ていこうとするがドアが開かない。鑑が図書室のドアを音声入力方式に改造していたのだ。だが、花音は怒りにまかせてドアを破壊して図書室を出て行く。 放課後、帰宅した花音は居間を見て絶句する。そこでは鑑と純音が花音の両親と楽しそうに話していた。花音は勉強の邪魔だから帰ってほしいと嫌悪感を露わに。鑑は言いたい事を言えと花音に伝え、純音が通訳をやる事に。花音は家にまで押しかけてきた理由を訊ね、鑑はお前の物理の成績を学年10位以内に上げるためと答える。鑑は10位以内になった時の報酬は花音の声と勝手に決めるが、花音は二度と喋る気はないと拒否。鑑はユーのコンサートに行きたいのに本当にそれでいいのかと花音を問い質す。心が揺れ動く花音は本当に1週間で10位以内になれるのかと確認。鑑は半信半疑の花音に10位以内に入れなかったら教師を辞めると断言する。鑑は花音の物理の成績を上げるための秘策を用意していた…。

鑑は生徒会長の桃園マキナからクラスの不登校児の家へ家庭訪問に行き、明日から登校するように指導してほしいと頼まれる。だが、鑑は漫画「終末学園」第3巻を秋葉原に買いに行くから無理だと断る。夕方、鑑は「終末学園」作者の天上院騎咲先生のサイン会の整理券が配布される秋葉原のお店へ。ギリギリで整理券をゲットした鑑は店内で「終末学園」の購入者を数えるゴスロリ少女と出会う。 自分がこの漫画の最大の理解者で一番のファンだと自負する少女はお店に一番に来て、第3巻を100冊も購入していた。少女はこの作品を世に広める事が自分の使命だと訴え、315冊目を購入した鑑の作品に対する思いをからかう。すると鑑はお前より深くこの漫画を読み込んでいると対抗心をむき出しに。2人は「終末学園」のトリビア対決をし、少女は善戦するものの鑑が勝利を手にする。 だが、少女はまだ勝負はついていないと訴え、自分が一番と認めさせるために鑑を自宅へと連れて行く。少女は騎咲先生の生原画やキャラの初期設定イラストなど、ファンには入手困難なものばかりを所有。実は少女は騎咲本人だったのだ。鑑が衝撃の事実に驚いていると、スマホにマキナから不登校児のデータが送られてくる。鑑は不登校児の田中さち子の画像を確認して困惑。さち子は騎咲にそっくりだった。その時、騎咲に電話がかかってくる。それは新連載の予告漫画の締め切りの連絡だった。騎咲は3日後と思っていたが、連絡ミスがあり、本当の締め切りは明日の朝と判明する。 騎咲は翌朝までに予告漫画8ページを書き上げてみせると気合を入れる。鑑は兄妹モノという次回作の構想を聞き、目を輝かせながら手伝わせてほしいと騎咲に志願する。鑑は純音を騎咲のマンションに呼び出し、純音も一緒に騎咲の作業を手伝う事に。作業中、鑑は背景の資料を探すために騎咲のパソコンを操作し、何気なく入学式というフォルダを開く。そこには銀杏学園の入学式の騎咲とマキナのツーショット写真が入っていた。 翌朝、鑑は原稿を完成させて一息つく騎咲に不登校児のさち子かと確認し、自分が担任教師だと教える。すると騎咲（さち子）は学校に行くつもりないと意思表示。学校生活を楽しむ時間があるなら、その時間を作品に捧げて読者を増やしたいという。鑑は学校の事はいいから読者を大事にしろと伝えて去っていく。騎咲は登校しろと説得されずに拍子抜けしつつも安堵する。帰宅した鑑が学校に行く準備をしていると、マキナから電話がかかってくる。マキナはどんな手段を使ってでもさち子（騎咲）を登校させてと伝える。マキナは学業よりくだらない漫画を優先させている事が許せないという。鑑はそんなマキナにお前はあいつの漫画の何を知っていると言い放ち、騎咲を登校させるための授業を開始する…。

人気オンラインPCゲーム「UROBOROS」内でファーストというアバターを操る鑑。ファースト（鑑）は1年前からルーチェというアバターとパートナーを組んでいた。神速の赤騎士、ファーストと鉄壁のシスター、ルーチェはたった2人でエンシェントドラゴンを倒し、最強難度のクエストをクリア。ゲーマーの中で最強コンビと話題になる。ゲーム内でやる事がほぼなくなった2人は明日開催されるイベントクエスト「バトルオブURO」への参戦を決める。だが、これは35人いないと参加できない特殊な多人数合戦クエスト。鑑は受け持つクラスの生徒33人全員を仲間にしてイベントに参加しようと考える。 鑑は始業時間になると、担当の物理ではない戦史の授業を始める。鑑は人生とは闘いだと唱え、先人たちの刻んだ闘いの知識はお前たちの助けになると力説する。そして鑑はノートPCを起動するように促し、生徒たちに「UROBOROS」を始めさせる。鑑は事前に生徒たちのアバターを作成してログインするだけの状態にしていた。そして、純音は戦士、花音は獣使い、切子は踊り娘、七海は狂戦士、騎咲は黒魔術師としてゲームに参加。鑑は明日行われる「バトルオブURO」で優勝する事が目的だと伝え、この合戦に勝利できれば、人生の闘いでも必ず勝利できると生徒たちを鼓舞する。 この後、鑑（ファースト）は生徒たちのアバターをゲーム内のトレーニング部屋へと案内し、そこで待っていたルーチェを紹介する。ルーチェは素人ばかりだが、信用できるのかと確認。ファースト（鑑）は高校の教師をやっていて、全員生徒だから大丈夫と伝える。そして、鑑とルーチェはゲームの基本的な部分をレクチャー後、実践で生徒たちを鍛える事に。鑑は自分とルーチェのどちらかに1ポイントでもダメージを与えたら1ヶ月全教科宿題免除権を与えると約束して生徒たちのやる気に火をつける。 生徒たちは必死に攻撃するが、2人にダメージを与える事ができず、協力して攻撃を仕掛ける事に。実践を続けていくと、生徒たちの動きは最初に比べて格段に良くなっていく。さらに生徒たちはコンピューターを相手に明日のイベントの予行演習を行う。生徒たちの戦況を見守る鑑だったが、途中で1人足りない事に気付く。鑑のクラスの生徒は33人いるはずだが、32人しかいないのだ。騎咲は自分以外にも不登校児がもう1人いたはずと鑑に教える。明日のイベントの参加人数の規定は35人。鑑とルーチェを足しても1人足りなかった。鑑はイベントに参加するため、不登校児の荒木光太郎の自宅を訪ねて登校するように説得を試みるが…。

鑑はオンラインPCゲーム「UROBOROS」のイベントに参加する人数が足りないため、不登校児の荒木光太郎の自宅を訪ねるが…。光太郎は鑑がゲーム内でずっとパートナーを組んでいたアバターのルーチェだった。鑑と光太郎はお互いの正体を知って驚く。結局、35人参加のイベントに出場するにはもう1人の確保が必要。鑑は他の生徒たちにゲームを指導してくれと光太郎に頼み、もう1人の参加者を探しに行く。鑑は誰に頼むか目星をつけていた。 ルーチェ（光太郎）はオンラインの練習用フィールドに戻り、改めて純音たちのアバターをクラスメイトとして見る。そしてルーチェはクラスメイトたちにゲームのテクニックを伝授。純音はゲームが上手なルーチェに感心し、普段は何をやっていて、兄の鑑とどうやって知り合ったのかを訊ねる。騎咲はネットゲームで現実の話をするのはエチケット違反と注意。だが、注意したそばから切子はゲーム内の服がかわいいとルーチェを褒め、現実ではどんな女性ブランドが好きかを訊ねて騎咲は呆れる。 ルーチェは正体を明かさないまま純音たちを指導。皆は指導してくれたルーチェに感謝し、ルーチェも楽しかったと皆に伝える。この後、下校した純音たちは校門前で鑑とばったり会う。鑑は追加メンバーを確保したと皆に報告。皆は光太郎が追加メンバーと思い込み、誰も会った事がない光太郎の話題に。すると、切子は光太郎と同じ中学だった事を打ち明ける。切子は同じクラスになった事はないが、光太郎は中学を卒業した春休みにクラスメイトと問題を起こし、それ以来、不登校になってしまったという。 翌日、戦闘モードの鑑が教室に行くと、すでに生徒たちは気合を入れて準備を整えていた。鑑たちは「UROBOROS」にログインし、イベントクエスト「バトルオブURO」への参加手続きを完了させる。その時、ゲーム内の鑑（ファースト）たちの前に追加メンバーの生徒会長、マキナが現れる。マキナは不登校児と話せるチャンスと鑑に言われてイベント参加を決めたのだ。この後、イベントには2チームしか登録していない事が判明。切子、花音は1回勝てば優勝できると喜ぶが、鑑はモンスターズファクトリーが参加すると知って皆が逃げたと推測する。 対戦するモンスターズファクトリーはゲーム運用開始当時からある老舗チーム。多人数での合戦イベントではここ数年負けなしのチームだという。この後、鑑たちの前にルーチェが現れるが…。ルーチェはログインだけして「やっぱり僕は皆と関わらない方がいいと思う」と鑑にメッセージを送って不参加を表明。光太郎（ルーチェ）はログインだけして現実ではPCから離れているのだ。鑑はしばらくの間、お前たちだけで持ち堪えてくれと皆に言い残し、ルーチェをゲーム内に連れ戻しに向かうが…。

鑑（ファースト）と生徒たちのチームは光太郎（ルーチェ）の活躍もあり、PCゲーム「UROBOROS」のイベントクエスト「バトルオブURO」で優勝する。ゲーム内では女性の光太郎はクラスメイトと仲良くなるが、本当は男性である事、クラスの不登校児である事は打ち明けられなかった。光太郎は中学時代に女装した姿をコースケ、サトシ、マモルにからかわれた事が未だに引っかかっているのだ。 翌日、鑑はルーチェに子供扱いされた事を気にする七海を煽り、ゲームにログインするように誘導する。その頃、ルーチェはゲーム内の町を歩いていた。ルーチェは2人組のナンパ男に連絡先を交換しようと声をかけられる。ルーチェがしつこいナンパ男たちに困っていると、七海が現れ、ナンパ男たちをぶん殴ってルーチェを救出。七海は戦闘訓練であしらわれた借りを返しに来たという。 だが、自治ルールで町の中は非戦闘エリア。七海は取り締まりに来た自警団リーダー相手にも大暴れし、24時間の戦闘禁止を命じられる。ルーチェは助けてくれた七海に感謝。七海は一目置く鑑が認めるルーチェに舐められたままでは終われないという。ルーチェは正直な七海を羨ましいと思い、嘘をつく自分の事を反省。そして、ルーチェは七海なら秘密を黙ってくれそうと感じ、自分が同じクラスの不登校児の光太郎だと打ち明ける。騎咲はそんな2人のやりとりを路地裏の陰から聞いていた。 騎咲はルーチェの正体が光太郎だと知った事を鑑に伝える。鑑は光太郎が自分から正体を明かしたと知ってニヤリと微笑む。鑑は何か企んでいたが、前に進むかどうか決めるのは光太郎自身と考えていた。この後、騎咲はゲーム内でルーチェに声をかけ、正体を知ってしまった事を告白。そして騎咲はリアルで話さないかと提案する。実は騎咲は光太郎の家の前まで来ていた。この後、玄関からジャージ姿の光太郎が現れ、騎咲は女の子っぽい光太郎に気分が高揚する。騎咲は有無を言わせず、強引に光太郎をブティックへと連れて行く。そして、光太郎はいろんなタイプの女性モノの洋服を試着する。 この後、騎咲と光太郎が同じ服に着替えて店を出ると、2人組の男たちにナンパされる。騎咲と光太郎が困っていると、竹刀を持った生徒会長のマキナが現れてナンパ男を撃退。マキナは震える光太郎にやさしく声をかけ、自宅マンションへと案内する。マキナは手料理を作り、光太郎は騎咲、マキナの弟の一也と一緒に夕食を食べる。いつも自分の部屋で食事を摂る光太郎にとっては皆と食べる久々の夕食だった。その頃、鑑は光太郎と同じ中学だった切子がバイトしているメイド喫茶へ。鑑はあるお願いをするために切子を訪ねたのだ。鑑は光太郎が現実世界に帰ってくるための特別な授業を考えていた…。

光太郎は女の子の格好をする自分でも騎咲やマキナが普通に接してくれる事に感動し、学校に行ったら幸せになれるかもしれないと考える。その頃、鑑は光太郎が現実世界に帰ってくるための授業の準備を進めていた。そして、鑑はPCゲーム「UROBOROS」の「バトルオブURO」の優勝祝賀パーティーに光太郎（ルーチェ）とクラスの生徒全員を招待。現実世界で明日行う予定のパーティーにはサプライズゲストも参加するという。光太郎は現実世界でクラスの皆と会う事になって不安を募らせる。 翌日、光太郎は自らを奮い立たせ、鑑と共に優勝祝賀パーティーの会場に入っていく。会場には250人くらいの高校生ゲーマーたちが集まっていた。高校生たちはルーチェのアバターソックリな光太郎に気付いてざわつき始める。この後、光太郎が意を決してルーチェだと自己紹介すると、会場にどよめきが巻き起こる。皆に声をかけられて戸惑う光太郎だったが、次第に緊張がほぐれて笑顔になっていく。 鑑の授業はここからが本番だった。鑑はサプライズゲストを会場に招き入れる。会場に現れたゲストは西神鳴高校のウエスタントリオ、マモル、サトシ、コースケ。3人はかつて女装した光太郎をからかった中学時代の同級生だった。光太郎は3人を見て顔面蒼白になる。光太郎は男性である事は黙っていてほしいと3人に懇願。会場の皆は光太郎が男性と気付いていなかった。3人は性別を偽って、みっともないと光太郎に呆れつつも黙っていると約束するが…。鑑はそれではダメだと光太郎に言い放つ。 この後、鑑は本日のメインイベントを行うと皆に伝える。「バトルオブURO」の優勝チームは1回だけ自分の好きに設定した合戦イベントを実行できる権限があり、鑑は優勝チームのリーダーとして、今回は自分が仕切らせてもらうと宣言。鑑が設定したのはファースト（鑑）とルーチェ（光太郎）の対戦だった。鑑はこのバトルに勝利したらルーチェの重大な秘密を暴露すると付け加え、それを聞いた光太郎は動揺して言葉を失う。 鑑は参加人数制限、魔力制限を解除すると、ルーチェの秘密を知りたい者は俺に味方しろと呼びかける。どよめきが巻き起こる中、鑑は「UROBOROS」にログインし、皆もパソコンやスマホを起動。光太郎も顔を歪めながらゲームにログインする。ファースト（鑑）の背後には大勢の軍勢が集まるが、ルーチェ（光太郎）の後ろには誰も集まらない。落胆するルーチェは肩を叩かれて後ろを振り向く。そこにはマキナ、騎咲、純音、七海、花音、切子らクラスメイト33人が集まっていた。この後、鑑は光太郎ら生徒たちと壮絶なバトルを繰り広げて…。

鑑の家にスイス・ジュネーブからティム・バーナーズ・リン博士が突然押し掛けてくる。彼女は人類最高の頭脳が集まるスイスの素粒子物理学研究所、CERMの所長だった。純音は鑑との関係をティムに訊ねる。事の発端は鑑が高校生の時に雑誌「ネイチャー」に発表した論文「どこでもドア設計論」だった。あまりにも革新的で、世界中で物議を巻き起こした鑑の論文。素粒子物理学の最先端を担っているCERMのプライドは大いに傷つけられ、ティムは研究員を総動員してこの論文を検証する事に。 当時、高校生の鑑を日本から呼び、CERMで行われた論文の反証実験に立ち合わせたティム。だが、ティムたちが用意した反論は全て跳ね返され、論文は正しいと認める結果に。そしてティムの神経を逆なでしたのは鑑の態度。実験中、鑑はずっと携帯電話でゲームをやっていたという。ティムは怒りを堪えながら、CERMの所長として迎えると鑑に正式に要請したが、鑑は深夜アニメが見たいと誘いを断って帰国。その後もティムは何度も電話やメールなどでCERMへの参加を鑑に呼びかけ続けているという。 今回、ティムはCERMへの参加を改めて鑑に要請するために来日したのだ。鑑はこの誘いを断るが、ティムは引き下がるつもりがなく、良い返事をもらうまで鑑の家に居座り続けると表明する。翌朝、鑑は純音と共に銀杏学園へ出勤。ティムは引きこもりだったYD病の鑑が教師になっている事に驚く。ティムは学校までついてこようとするが、鑑は関係者以外立ち入り禁止だと念を押して学校に入っていく。 この後、鑑は授業を始めようとして困惑。目の前には制服を着たティムが生徒の1人として座っていた。暦はティムから事情を聞き、体験留学生としてティムを学校に迎え入れたのだ。暦はティムが鑑の家にホームステイしている事を教え、女子生徒たちに緊張が走る。ティムは限定150体のフィギュアや豪華な食事など、あの手この手を使って鑑の気持ちを変えようとする。だが、鑑は誘惑に負けず、CERM参加の話を断り続ける。花音たちは鑑とティムの関係を純音に訊ねる。事情を聞いた花音たちは鑑が教師を辞めてしまうかもしれないと大慌てになり、阻止するために行動に出る。 七海たちは鑑から手を引いてほしいとティムに直談判。花音は自分たちが鑑を必要としていると訴える。騎咲はCERMがあるジュネーブへ行くか行かないかはっきりさせようと提案。ティムはその提案に乗り、勝負しようと鑑に持ちかける。ティムは鑑が勝ったら引き下がるが、負けたら一緒にジュネーブに来て欲しいと鑑に伝える。そして、ティムは「物体の瞬間移動の問題点とその解決法を公式にせよ」という問題を出題。鑑は勝負を断ろうとするが、ティムにうまく丸め込まれて受ける事に。タイムリミットは日没の6時28分。だが、これは鑑が解こうとしても1週間はかかるであろう難問だった…。

鑑は人気ゲーム「バトルワールド3」を買うため、昼食を我慢して昼食代を浮かせていた。鑑が3週間分の昼食代を浮かせ、目標額に達した事を喜んでいると、蔵持円とマッスル探検部の部員たちが言い争う声が聞こえてくる。円は探検部の部費を減らしたのだ。円は見ただけでモノの価値を金額に査定できる能力の持ち主。その能力を買われ、1年ながら生徒会の会計係に抜擢されたのだ。円はいずれ実家の会社を継ぐ事になっているという。円は飯をおごってとマキナに頼む鑑に気付いて目の色を変える。 鑑は秋葉原で「バトルワールド3」を購入。その帰り道、鑑はフリーマーケットに立ち寄り、500円と破格で売られる限定フィギュアを発見。そこに現れた円はそのフィギュアに20円の値札を付ける。実はこのフィギュアは服を脱がすと胴体に穴が開いたキズモノだった。この後、鑑は円と一緒にフリマを見て回る。鑑は適正価格を見極め、値切りしてくれた円に感謝。この日は円の16歳の誕生日で、鑑はお礼として購入したモノの中から好きな物を上げると伝える。すると、円は鑑自身が欲しいと言い出す。 鑑は適当に聞き流し、追いかけてくる円を振り切る。この後、鑑は探検部の部員たちに囲まれた円を発見。部員たちは部費をカットされた仕返しに来たのだ。鑑はコスプレイヤーのゲリラ撮影会があるとウソのツイートをして、カメラを手にしたオタクたちをその場に集める。鑑はこの混乱の隙に円を連れて逃げる。だが、この混乱で購入したばかりの「バトルワールド3」は粉々に。鑑がショックを受けて泣いていると、円は新品の「バトルワールド3」を鑑に差し出す。実はこのソフトを販売する日本で1番勢いのあるソフトメーカーKMCは円の実家だった。 円は16歳になると、人生のパートナーを決めるのが実家のしきたりだと打ち明ける。円は鑑と結婚し、KMCを世界一のソフトメーカーにしたいと考えていた。だが、鑑は全く取り合わずに帰っていく。夕方、円は自分の事をよく知ってほしいと鑑の家に泊まりに来る。純音は現実を知れば目が覚めると判断し、円を一泊だけさせる事に。円は家事を全て任せてと言って晩御飯を作る。円はアスリートの純音のために高タンパク質、低脂質の料理を作り、鑑には色々なアニメに登場する料理を用意。鑑は円の手料理を食べ、見た目だけでなく味も気に入る。円はいつの間にか部屋もきれいに掃除していた。 純音は円の家事スキルに驚くが、円は実家の都合で色々と仕込まれたが、大した事ないと謙遜する。この後、鑑は風呂に入りながら円の事を考える。鑑はソフトメーカーの娘の円があれだけの料理や家事を叩き込まれている事を疑問に思っていた。風呂から上がった鑑は円が結婚を焦る理由を調べるため、KMCのサーバーをハッキング。鑑は機密文書を見つけ、円が結婚を急ぐ理由を知って…。

鑑は見ただけでモノの価値を金額に査定できる生徒会の会計係、蔵持円から結婚を申し込まれる。円の実家は日本で1番勢いのあるソフトメーカーKMCだった。鑑は円が結婚を焦る理由を調べて驚きの事実を突き止める。KMCは世界最大のゲーム会社、アクティヴィションフリーゲートから買収を仕掛けられていた。KMCの社員を残す条件は円が向こうの会社のCEO、ヘル・ゲイツと結婚する事だった。結婚を断ればKMCの従業員は全員クビ。円は結婚を受け入れるしか選択肢はないのだ。 マクロソフトグループ創始者の息子であるゲイツは若き天才プログラマー。ゲイツはゲーマーとしての腕前もすごく、FPSゲーム「キングヘイロー」シリーズ公式世界大会3連覇中の猛者だった。事情を知った鑑は何かを企んでいた。翌朝、鑑の自宅にゲイツがやってくる。結婚できる16歳になった円を迎えに来たのだ。ゲイツは円を外に連れ出し、覚悟できているかと確認する。そこに鑑がやってきて、自分が円の本当のフィアンセだと名乗る。鑑は自分もゲーマーで、その腕に惚れ込んだ円にプロポーズされたとゲイツに伝える。好きな女性と一緒になるために欲しくもない会社を買収しようとするゲイツ。鑑はそんな男性と一緒になるくらいなら円は俺と一緒に駆け落ちすると言っていたとゲイツに教える。 ゲイツは嫌悪感を露わにして鑑に決闘を申し込む。鑑は俺が勝ったら円の事を諦め、買収話も白紙にしろと条件を出す。鑑はその代わり対戦にはゲイツが作っている来月発売予定の「キングヘイロー3」を使うと伝える。このシリーズの公式世界大会で3連覇しているゲイツが圧倒的に有利なゲームだった。ゲイツも自分が勝ったら円を諦め、今後ゲームに指一本触れない事を誓えと条件を出す。続けて、ゲイツは負けたら、鑑をアメリカへ連れて行き、24時間監視体制の下、残りの人生を過ごさせると言い放つ。 2人はお互いに条件を受け入れ、ゲイツは夕刻にゲームセンターで勝負すると鑑に伝える。この後、鑑は学校の資料室で「キングヘイロー2」の特訓をする。鑑は練習相手にド素人の切子と花音を指名。鑑は切子、花音と2対1の変則マッチを行うが、切子と花音はヨタヨタしながらビームガンを打ち合い、鑑の方に向かう事もできない。このゲームが得意な騎咲はこれで練習になるのかと心配。だが、鑑が見たかったのはド素人の2人がする動きだった。そして夕方、2人の対決の噂を聞きつけた野次馬たちがゲームセンターに集まる。皆はこのゲームセンターの殿堂入り王者の鑑と世界王者のゲイツの対決に注目していた。この後、鑑とゲイツが発売前の「キングヘイロー3」で対決。開発したゲイツが圧倒的に有利だったが、このゲームを初めてプレイする鑑は秘策を用意していた…。

鑑は訳あって1年閉鎖されている合宿所をクラスの生徒全員と泊まり込みで掃除してきて欲しいと暦から頼まれる。一度は断った鑑だったが、合宿所にある大きな漫画図書館の所蔵の所有権を上げると暦に言われて引き受ける事に。この後、鏡はクラスの生徒たちを連れて合宿所へやってくる。鑑は漫画図書館の大量の漫画に興奮し、七海たちは鑑が掃除を引き受けた理由を察する。 鑑は図書館の掃除は自分1人でやると言って生徒たちを追い出す。鑑は掃除中に背後から視線を感じるが、後ろには誰もいなかった。その頃、純音たちが教室を掃除していると、突然、窓ガラスが割れ、他にも不思議な現象が立て続けに起こる。夜、純音たちが女湯に行くと、誰もいないのにシャワーの音が聞こえてくる。この後、浴室の床に水の足跡ができ、純音はたまらず悲鳴を上げる。 鑑は図書室でパッと目を覚ます。漫画を読みながら眠ってしまったのだ。その時、女の子のすすり泣く声が聞こえてくる。鑑が電気を点けると、銀杏学園の制服を着た幽霊少女が怖い漫画を読んで泣いていた。鑑が声をかけると、幽霊少女は困惑。幽霊少女は1年前に幽霊になって誰とも話していなかったと明かし、鑑は幽霊と聞いて驚く。その頃、純音は1年前にここで不慮の事故があり、亡くなった生徒がいると花音、切子、騎咲、七海に打ち明ける。純音は不思議な現象はその幽霊の仕業と考えていた。 幽霊少女は成仏させてほしいと鑑に懇願。暦は最初から鑑に幽霊を成仏させようと企んでいたのだ。幽霊少女は漫画好きでこの場所から離れられず、地縛霊として住み着いてしまったという。幽霊少女は特に好きな漫画は「週末学園」と告白。鑑は天上院騎咲先生に会わせると幽霊少女に伝える。幽霊少女は自分と同じ女子高生が作者と鑑から聞いて驚く。幽霊少女は天上院先生に会えれば成仏できると喜ぶ。 鑑は幽霊少女を連れて騎咲たちの部屋を訪ねる。幽霊少女は騎咲に大ファンと明かし、初連載作品「ハナウタ」の結末が知りたいとお願いする。その漫画は連載していた雑誌が休刊になり、最終話が描かれなかった作品だった。それを聞いた騎咲は何も言わずに部屋を飛び出していく。幽霊少女は無理なお願いをして怒らせてしまったと反省。だが、騎咲はすぐに原稿サイズの封筒を持って部屋に戻ってくる。 騎咲が手に持っていたのは世に出ないと知りつつ自分のためだけに描いた「ハナウタ」の最終話だった。騎咲は人に見せるつもりはなかったが、お前は人じゃないから読ませてあげると幽霊少女に原稿を手渡す。原稿を読み終えた幽霊少女はこれで思い残す事なく成仏できると満足げに微笑む。だが、なかなか成仏する事ができない幽霊少女。鑑はそんな幽霊少女を見て彼女の言動を思い返す。そして、鑑は幽霊少女が成仏できない理由に気付き、幽霊少女のための授業を開始する…。

光太郎（ルーチェ）はPCゲーム「UROBOROS」内で鑑（ファースト）を見つけて声をかけるが、よく見るとそれは別人だった。ファーストは合戦イベントで負けたペナルティでアカウントごと強制消去され、二度とログインできなくなってしまったのだ。この後、光太郎（ルーチェ）はアバター姿の純音、切子、花音を見つけ、鑑は元気かと訊ねる。純音は気になるなら学校に確かめに来たらと提案。光太郎は鑑に会うため、登校しようかと悩む。別れ際、光太郎は花音が付けているアクセサリーに目を留める。 翌朝、登校中の花音は男子生徒たちの熱い視線を感じる。学園一の美少女を自負する花音が悦に入っていると、花音に熱い視線を向けていた男子たちが一斉にいなくなる。男子たちが向かったのは女子の制服を着て初登校する光太郎の所だった。光太郎が教室に行くとクラスメイトたちは大歓迎。その時、噂を聞きつけた鑑が教室に飛び込んでくる。鑑は女子の制服が似合っていると光太郎に声をかける。男子が女子の制服を着るのは校則違反だったが、暦は特例として女子の制服の着用を認める。 噂を聞きつけた男子生徒たちは一目光太郎を見ようと集まってくる。花音は光太郎が皆からチヤホヤされる光景を見て、学園一の美少女のポジションを奪われてしまうと不安に。花音は男子の気を引こうとワザと転ぶが、男子たちは相手にしない。すると花音は机の上の椅子からジャンプし、光太郎は落ちてくる花音を間一髪キャッチする。花音が不貞腐れていると、光太郎は「UROBOROS」で身に付けていたオリジナルのアクセサリーを絶賛。光太郎は美的センスを学ばせて欲しいと花音に頼む。すると花音は自信を取り戻し、お姉様と呼びなさいと得意げになる。 花音は最初に光太郎の美的センスをテストする事に。花音は別々に町に出て、かわいいと思うモノを3つの写真を撮って見せ合おうと提案。2人は30分後に集合する事にして写真を撮りに行く。そして、光太郎はかわいいモノを探し歩き、あるモノに目を奪われる。30分後に合流した2人はお互いに撮影した写真を見せ合う。光太郎が撮ったのは夏祭りのポスターに載っている巫女の写真だった。光太郎は前から巫女の格好がかわいいと思っていたという。今夜の夏祭りで巫女の1日体験アルバイトを募集しているらしく、光太郎は一緒に巫女のバイトをやろうと花音を誘う。 光太郎は1人だと不安だが、お姉様が一緒だと心強いと訴える。しかし、校則ではバイトが禁止。生徒会長のマキナがバイトを許可するはずがなかった。その時、タイミング良く下校中のマキナが通りかかる。光太郎は勇気を出して巫女のバイトをさせてほしいとマキナに頼み、花音も一緒に頭を下げる。マキナは個人的に応援したいが、バイト禁止という校則を無視できないと巫女のバイトを認めずに…。

鑑はカードゲームの大会で優勝し、レアカードの伝説のグロリアス・ドラゴンを手に入れる。鑑はこのレアカードを学校に持って行ってマキナに没収される。帰宅したマキナは元気がない弟の一也を心配。一也はクラスメイトのケンジにカードゲームで完敗して元気がないのだ。夕食後、マキナは没収したカードを持ち帰ってしまった事に気付く。一也はそのカードに目を輝かせ、それがあればケンジに勝てると考える。一也はそのカードが欲しいと頼むが、マキナは明日返すから無理だと断る。 翌朝、マキナはカードがない事に気付き、一也がカードを持って登校したと察する。この後、鑑は生徒会室を訪ね、カードを返して欲しいと頭を下げる。だが、マキナは返す事ができないと鑑を追い返す。怒りが収まらない鑑は隣のクラスの男子生徒、小田原から恋のキュービッドになって欲しいと声をかけられる。女子と話すと頭に血が上ってしまう小田原は自分の代わりに好きな女子に告白して欲しいと鑑に頼む。鑑は断ろうとするが、小田原の好きな女子がマキナと知って引き受ける事に。 鑑は自分が告白して付き合えるようになっても問題は解決しないと力説。そして鑑は女子と話しても大丈夫な耐性をつけろと小田原を教え、女子の格好をした光太郎を紹介する。鑑は光太郎の髪型をマキナと同じ変則ツインテールに変えると、バーチャル・マキナとして光太郎とデートしろと小田原に命じる。鑑は昼休みにマキナ言動予測ソフト、シム・マキナをプログラムしていた。鑑はこのソフトが予測したマキナの言動を光太郎に指示。光太郎は指示通りに動いてマキナを演じる事に。 一也はもう一度バトルして欲しいとケンジに頼み、秘策があると言ってレアカードを見せる。すると、ケンジは負けたらカードを取られる真剣勝負ならバトルすると条件を出す。一也は引っ込みがつかなくなって条件を飲むが…。高圧的な態度をとるバーチャル・マキナの光太郎とデートをする小田原は最後に告白のシミュレーションをする事に。鑑が告白の瞬間を見守っていると背後から声をかけられる。背後にいたのはマキナだった。デートのシミュレーションがバレた鑑は怒られると思ってビビるが、マキナは今日のところはお願いを聞いてくれたら許してあげると意外な態度をとる。 この後、マキナは鑑、一也と喫茶店へ移動する。マキナはレアカードの伝説のグロリアス・ドラゴンを取られた事を打ち明け、一也は泣きながら鑑に謝罪する。マキナはケンジとバトルして、一也が取り上げられたレアカードを取り返して欲しいと仇討ちを鑑にお願いする。だが、鑑ははっきりと断り、人に頼らず、自分でカードを取り返せと一也に言い放つ。そして、鑑はゲームで負けた借りはゲームで返すのがゲーマーのプライドだと諭し、一也を強くするため、特訓の授業を開始する…。

鑑はマキナに連れられ、嫌々ながら町内の見回りをする。最近、この辺りにカラーギャングが出現。マキナはトラブルを未然に防ぐため、学生とわかる子たちに声をかけて帰宅させようとしていた。そして、鑑とマキナはゲームセンター前にいる女の子、小宮滝に声をかける。マキナが帰宅するように15歳の滝を促すと、滝は気の合う仲間と楽しくワイワイやるために行くのが学校ならゲーセンが私の学校だと主張。鑑はおもしろいと滝の意見に賛同する。この後、滝は路地へ逃げて姿を消す。 マキナが去った後、鑑はもう大丈夫だと滝に声をかける。鑑は滝が隠れている事に気付いていた。鑑は滝とすぐに打ち解け、滝は鑑の見回りについてくる事に。見回りの後、ゲーセンに戻ると滝は兄弟戦隊ファミリンジャーのクレーンゲームに挑戦。滝は鑑もファミリンジャーが好きと知って喜ぶ。その時、ガラの悪い連中が鑑たちの周りに集まってくる。滝は怖がる鑑を連れて外へと逃げるが、外で別のガラの悪い男に絡まれる。すると滝は蹴りを入れて男を一撃で倒してしまう。 そこにゲーセンのガラの悪い連中もやってくる。実はガラの悪い連中は滝の仲間だった。滝はビビる鑑を面白がってドッキリを仕掛けたのだ。滝は家にも学校にも居場所がない若者たちが集まるブラックオラクルネオというチームのリーダーだった。鑑は滝からチームに入らないかと誘われる。鑑はすぐに断るが、滝とは友達になる。この後、鑑たちの前に美奈子が現れる。滝は美奈子が率いていた前チーム、ブラックオラクルのメンバーだった。チームを拡大する滝を注意しにきた美奈子だったが、滝は話を聞かずに去っていく。美奈子は前チームのメンバーだった滝の姉からも注意してほしいと頼まれていた。 後日、鑑宛の手紙が自宅に届く。それは人気の中学生アイドルユニット、フィフスクイーンのミニライブの招待状だった。招待される心当たりがない鑑だったが、大ファンの純音と共にライブ会場にやってくる。大盛り上がりのライブ後、鑑の携帯に滝の双子の姉、小宮流から着信が入る。なんと、流はフィフスクイーンのセンター、コミリューだった。美奈子から鑑の話を聞いたという流は妹の滝をチームから抜けさせて下さいと鑑に頼む。その時、鑑たちの前に滝が現れる。滝は流の居場所は芸能界と思ったから応援したのに、なぜ私の居場所を奪おうとするのかと訴える。 鑑はチームへの思いを熱く語る滝にしびれ、お前のチームに入ると約束。鑑は滝とチームの仲間とつるむようになる。そんな折、いつも行っているゲームセンターが閉店。鑑たちは滝たちチームの仲間と廃ビルにゲームセンターを作る事に。一方、流はゴールデンタイムの連続ドラマのヒロイン役に大抜擢される。全国区になるチャンスを得た流だったが、生放送の番組をすっぽかして姿を消してしまう…。

流は生放送の番組をすっぽかして鑑の家を訪ねる。流が出演するはずの生放送番組の舞台裏は大騒ぎになっていた。流は妹の滝をブラックオラクルネオから辞めさせて欲しいと鑑に頼みに来たのだ。妹の居場所を正すためなら何でもするという強い意思を持ってやってきた流。鑑は話を聞くと約束するが、その前に生放送に穴を開けた問題を解決する事に。鑑は生徒たちに電話した後、流を神鳴小学校へ連れて行く。ここは流の母校だった。鑑はここを借り、自分の学校の生徒や放送部員に集合をかけていた。 鑑は流を体育館のステージで歌わせ、それをネット配信しようと考えていた。そして、流は母校からの中継という形で生放送番組に出演。鑑はアイドルが母校でネットライブというシチュエーションに大満足する。この後、流は滝をブラックオラクルネオから抜けさせたい本当の理由を鑑に打ち明ける。事の発端はアイドル事務所のオーディションだった。当日の朝、流は急性盲腸炎になって手術する事に。結局、流はオーディションを受けられなかったが、翌日、事務所から合格の連絡がきたという。 流が不思議がっていると、滝は流の替え玉になってオーディションを受けたと告白。滝は自分が受かるくらいなら流も当然受かるから問題はないと考えていたが、流は辞退しようと事務所に連絡。すでに社長は替え玉の件を知っていた。滝はオーディションで圧倒的パフォーマンスを披露するが、替え玉だと社長に気付かれたのだ。滝は流の方が自分よりすごい事を保証すると説得し、社長は流の合格を決めたという。その時、滝はケジメとして、自分は二度とこの業界に近づかないと社長に約束したのだ。 流は滝の気持ちに応えるために人一倍レッスンに励み、その甲斐あってフィフスクイーンのセンターとしてデビューを果たせたという。そして、初ライブの後、流を祝福し、自分も流のように居場所を見つけると話した滝。自分の居場所となるブラックオラクルネオを滝が作ったのはそれから間もなくだった。流はアイドルの資質がある滝のいるべき場所を奪ってしまったと罪悪感を抱いていた。 数日後、鑑は思い込みをぶっ壊すため、廃工場のイベントに流を呼び、滝の替え玉としてパフォーマンスしてもらうと伝える。この廃工場はオフ会の場所として大人気。新しいオフ会をやるにはパフォーマンスバトルでステージの枠を勝ち取るというルールがあった。滝は2年間、1人で兄弟戦隊ファミリンジャーのオフ会のステージ枠を守ってきたという。この日は獣音戦隊ロックンジャーオフ会という強敵が出現。助っ人として芸能事務所の研究生を呼び、140点満点を叩き出す。ファミリンジャーオフ会が防衛するには同じ140点満点を出すしかなかった。このオフ会は滝の大事な居場所の1つ。流はそれを自分が守れるのかと不安になるが、鑑の言葉に励まされ、並々ならぬ決意を胸にステージに立つ…。

滝の替え玉として廃工場で行われたパフォーマンスバトルに参加した流は140点満点を叩き出し、兄弟戦隊ファミリンジャーのオフ会のステージ枠を守る事に成功する。流は滝の代役を見事に果たし、これを機にちゃんと滝と向き合えると鑑に感謝して更衣室へ向かう。だが、流はなかなか更衣室から戻ってこない。そこにブラックオラクルネオの会合に出ていた滝が廃工場にやってくる。会合では前に絡んできた連中が滝に逆恨みしてチームのメンバーを狙っているという噂について話し合ったという。 それを聞いた鑑はハッとなり、更衣室へと走り出す。鑑の予想通り、前に絡んできた武田と不良たちは滝と間違えて流を連れ去ろうとしていた。鑑は助けようとするが呆気なくやられてしまう。この後、鑑は流が替え玉としてパフォーマンスバトルに参加した事、滝と間違われて武田たちにさらわれた事を滝に明かす。警察沙汰になれば、スキャンダルになって流の芸能生命は終わってしまう状況。鑑は警察に通報せず、自分の手で武田たちにお仕置きをすると意気込む。 その頃、武田たちは流を乗せた車で繁華街を走っていた。すると、オタクたちが流に気付いて車を撮影。実は鑑がファミレンジャーのコミュニティーBBSや街BBSに書き込んだり、知人にツイートしたりして流の情報を拡散しているのだ。鑑は次々と書き込まれる目撃情報から武田と流がいる場所を特定しようと考えていた。そして、鑑と滝は建設中のビル前にやってくる。鑑は目撃情報から流がこのビルにいると突き止めたのだ。滝はここから先は自分1人で行くと伝え、鑑は前チーム、ブラックオラクルの美奈子たちにも黙っていくのかと確認。滝は仲間だったが、今は別の場所にいると無関係を強調する。 この後、滝はビルの中に乗り込み、武田に飛び蹴りをする。だが、滝は流に気を取られている隙に背後から来た武田の部下たちに地面に倒されてしまう。この後、武田の部下たちはビデオカメラを三脚にセットする。武田たちは滝と流の恥ずかしい姿を撮影しようとしていた。その時、すごい音と共に扉が吹っ飛び、鑑が美奈子、七海と共に助けにやってくる。鑑が美奈子と七海に連絡したのだ。 鑑たちは兄弟戦隊ファミリンジャーのお面を被り、決め台詞と決めポーズをする。美奈子と七海は武田の部下たちを蹴散らし、鑑も催涙スプレーで殴りかかってきた部下たちを撃退する。鑑たちの圧勝かと思えたが、そこに武田の増援が大量にやってくる。武田は流を連れて奥の部屋に逃げ、鑑と滝が追いかける。追い詰められた武田はナイフを取り出し、流の頬にナイフを突きつける。武田は滝に殴りかかるが、鑑は催涙スプレーで応戦しようとする。だが、スプレーはガス切れ。武田は鑑にナイフを振り上げる。絶体絶命のピンチを迎えた鑑たちは…。

早朝、鑑は電話の着信で目が覚める。かけてきたのは人類最高の頭脳が集まるスイス・ジュネーブにある素粒子物理学研究所、CERMの所長、ティム・バーナーズ・リン博士だった。ティムはYDなのに教師をやっている理由を鑑に訊ね、お前が本当にやりたいのは教師じゃないはずだと言い放つ。そして、ティムは日本時間の今夜、それを思い知る事になると鑑に伝えて電話を切る。この後、鑑は部屋を見渡し、自分のやりたい事がおろそかになっている事に気付く。 鑑が元気なく銀杏学園にやってくると、校門前ではマキナが竹刀を持ちながら生徒たちの服装チェック。グラウンドではサッカー部の朝練に参加する七海が強烈なシュートを決めていた。放送室では花音が楽しく放送をしていて、中庭では切子がチア部の部員たちにダンスを熱心に指導。教室では騎咲がアシスタントの光太郎とマンガの原稿を描いていた。鑑は生き生きとしている生徒たちも元気なく見ていく。鑑はお前が本当にやりたいのは教師じゃないはずだというティムの言葉を思い出していた。 この後、鑑は屋上で暦に声をかけられる。暦は鑑と関わった生徒たちは自分の本質に気付いてどんどん面白くなったと喜ぶ。面白さは影響を受けた他の生徒たちにも広がり、暦はこれが日本全体に広がる事に期待していた。暦の計画は全て順調だったが、鑑は１つだけ致命的な欠陥があると本音を吐露。そして、鑑は俺がやりたい事は教師じゃないと言い捨てて去っていく。夜、ティムの緊急記者会見が生中継される。ティムは質量を持つ物体の瞬間移動の実証実験に入ると発表。CERMの最終目的は簡易型空間歪曲転移ゲート発生装置、通称“どこでもドア”を製造する事だった。 ただ作りたいモノを作るのがCERMの行動理念だと胸を張るティム。鑑は駅前の巨大モニターで放送を偶然見かけ、自分のやりたい事が教師じゃない事を思い知る。この後、鑑がメイド喫茶でジュースをやけ飲みしていると、高校の同級生だった刀祢大和がやってくる。2人は卒業以来、6年ぶりの再会だった。鑑は科学同好会で大和と一緒に“どこでもドア”を作ろうとした事を思い出す。 新日本総合研究大学院大学、KEC所属の大和はスカウトに来た事を鑑に告げる。“どこでもドア”の開発が国家プロジェクトとして認可されたらしく、大和はそのプロジェクトのリーダーとして、このドアの開発を指揮して欲しいと鑑に頼む。そして、大和は鑑クンのお城と言って、広大な敷地にある研究施設へ鑑を案内。鑑はこのドアの理論はすでに完成させているが、大和は理論だけで満足して高校教師になった事を残念に思っていた。この後、鑑は施設を見て回り、楽しそうな所員たちに大いに刺激を受ける。鑑は大和から教師を辞めてウチに来ればと改めて誘われるが、生徒たちとの事を思い出して…。

鑑は“どこでもドア”を開発するプロジェクトのリーダーになってほしいと高校の同級生だった新日本総合研究大学院大学、KECの刀祢大和に誘われる。鑑が悩んでいると、そこに暦が突然現れる。暦は鑑がKECに誘われたが、乗りきれない事を知っていた。暦は鑑がもう“どこでもドア”を必要としていないと考えていた。この後、暦は授業を開始すると言って、教師をクビにすると鑑に言い放つ。 鑑はプロジェクトに参加する事を大和に伝え、参加を知った所員たちは歓喜の声を上げる。大和は今夜中に神の粒子と言われるヒッグス粒子を発見し、ドア開発で世界のトップに出ると宣言。ムチャな目標だったが、鑑も所員たちも張り切って研究に取り掛かる。翌朝、大和は徹夜明けの鑑に一日体験入所者の無響零子を紹介。鑑は極秘の研究施設に零子が一日体験入所してきた事には何か裏があると疑う。 零子は所員たちから研究に使う機械LHCを駆動する行程の説明を受けるが、すぐに飽きたと言い出す。鑑が注意すると、零子はヨミという人に言われて来ただけと興味がない事を訴える。零子は“どこでもドア”だけでなく、あのマンガさえも知らなかった。鑑は教育し直してやると言って、零子を別室に連れて行く。そして、鑑はあのマンガ全45巻を零子に渡し、全巻読むまで部屋から出るなと命じる。 鑑が気付くと、マンガを読破した零子がLHCを操作していた。零子は一度見た事は何でもできる特殊能力を持っていた。零子はドアに興味が沸いたと興奮気味に鑑に伝える。零子は柊学園の1年生で、ヨミと呼んでいたのは暦だった。鑑は暦が何か企んでいると察する。零子は鑑と会ってワクワクする面白いという感覚が初めてわかったと明かす。この時、零子は難しいヒッグス粒子を検出する事に成功する。 零子は面白い事をもっと教えて欲しいと頼み、鑑は敷地内にあるマンガやフィギュアを扱う専門店に連れて行く。これは大和が鑑のために用意したものだった。鑑はこのお店の楽しみ方を零子に教え、2人の間に師弟関係ができる。この後、鑑はこれまでの生活を訊ね、零子は山奥の療養所で特殊能力の検査を受けていたと明かす。同じ事を繰り返す検査は退屈だったという。暦はそんな零子の前に現れ、面白いという感覚を教えてくれる人に会わせると約束。零子は暦に誘われ、柊学園の生徒になったという。 そして昨日、零子はこの施設に来いと暦に言われたのだ。零子は鑑の言う事を聞いていれば、毎日面白くなると期待していた。だが、話を聞いた鑑は部屋に戻れと零子に命じ、零子は鑑を怒らせたとショックを受ける。鑑は怒ったのではなく、零子が面白いという感覚を履き違えている事に呆れたのだ。この後、非常警報が館内に鳴り響く。研究室のメインサーバーがサイバー攻撃を受けているのだ。何者かがヒッグス粒子のデータを根こそぎ奪おうとしていた。鑑と大和は急いで研究室へと戻るが…。

KECの研究所がCERMのティムからサイバー攻撃を受け、ヒッグス粒子のデータが奪われそうになる。だが、鑑たちは一日体験入所者の無響零子の協力もあってサイバー攻撃を阻止する。零子は誰かのマネじゃなく、自分の意思で行動した時に面白いと感じる事に気付く。暦は一日体験入所が終わる頃に零子を研究所まで迎えに行くが…。研究所では鑑と一緒にいたい零子が立てこもる事件が起きていた。 1時間前、研究所から帰りたくないと駄々を捏ね出した零子。ずっと山奥に隔離されていた零子は高一でも中身は子供だった。大和がたしなめると、零子は怒って部屋を飛び出していく。それから間もなく、館内に非常警報が再び鳴り響く。今度は重大事故発生レベルであるレベル5の緊急事態だった。何が起きたのかを調べると、電力供給システムの各数値があり得ない事になっていた。 所員は機械の誤作動と疑って電力室を調べに行ったが、なぜかドアはロックされて開かなかったと大和に報告。機械の誤作動でなければ、この研究所全体は数分で吹き飛ぶ危険な状況だった。所員たちは次々に屋外へと飛び出していく。この時、大和は零子がいない事に気付き、引き返そうとするが、鑑は零子なら多分大丈夫だと大和を制止。次の瞬間、巨大モニターに零子の姿が映し出される。 零子はこの研究所を占拠したと宣言し、正式な所員と認めて欲しいと要求する。電力システムの暴走は零子が仕組んだウソだった。鑑は零子が研究所を占拠したと薄々勘付いていた。暦は大和から事情を聞いて思わず面白がってしまう。この後、鑑はノートPCを使って管理者アカウントを零子から奪い、セキュリティを解除していく。鑑は研究所の入口のシャッターを開けて中へ入る。大和たちも中に入ろうとするが、鑑はすぐにシャッターを閉めてしまう。零子は鑑が連れ戻しに来たと思って警戒するが…。 この後、巨大モニターに零子が鑑の頭を踏みつける姿が映し出され、鑑は謎の殺人拳を使う零子に返り討ちにあったとカメラに叫ぶ。そこで映像は途絶えるが、これは鑑が考えた芝居だった。鑑は研究所に立てこもる方が面白いと思って零子側についたのだ。鑑は研究所でやりたい事があるなら学校に行かなくても良いと零子を応援する。だが、零子は自分がやりたい事を考え、自ら研究所の外へと出ていく。 鑑は零子の行動が理解できないが、零子はYDの鑑みたいに生きるため、学校に行く事に決めたという。零子は学校で面白いと思う事を見つけるつもりだった。暦は鑑にもついて来て欲しいかと零子に確認。零子は鑑が面白いと思う事は研究所にあるから1人で大丈夫と答え、鑑はその言葉を聞いてハッとなる。この後、暦はそれで良いのかと鑑に最終確認。鑑は自分が面白いと思う事が研究所にあるのかと自問自答する。そして、鑑は身震いする程の圧倒的な面白さを感じる場所がどこなのかに気付いて…。