無明領域の発生から10年の月日が流れ、拡大の不安から過疎化が進む都市、九字町。 九久ノ智学園に通う優等生の鷺沼アカシは、人当たりの良い性格の友人・波戸イワトとともに教師に呼び出される。 そして、彼らは優秀な生徒のみが選ばれる「パイロット養成コース」への編入を通達される。

“躯の歌を聞いた者は九日以内に謎の死を遂げる”。 その噂が真実となったかのように、アカシ達の前で事件が起こった。エミルとマアムは躯を倒すことが出来る“死神”が眠っているというもう一つの噂の真相を確かめるため、廃病院に向かい、同じくパイロット養成コースに選ばれた伊削ヘイトに出会う。

“死神”、それは躯を倒すために作られしもの。アカシは “死神”のパイロットとしての訓練を開始するが、過度のストレスに苛立ちを隠せない。そのころ、パイロット候補生の最後のひとり、出羽ササメがようやく編入してきた。アカシはササメのことがなぜか気になり、話しかけようとするのだが……。

アカシたちパイロット候補生は、未開領域における模擬調査訓練として無人島へ降下した。 「チーム全員の合流」が訓練のクリア条件となる中、イワトとライカは先行して無人島を訪れているヘイトの危険性を危惧する。 言い知れぬ不安と恐怖に候補生たちが苛まれる中、アカシたちを導いたのはササメの歌声だった。

マヴェスを操縦するために必要なのは、操縦者同士の思考の同調……。高い同調率を示したヘイトとエミルは、意図せずに無明領域付近での実地訓練へペアで参加することに。だがエミルが心の奥底に抱える恐怖に呼応するかのように、周囲は異常な空気に包まれる。やがてヘイトの狂気はエミルを追いつめ、取り返しのつかない事態へと陥っていく。

エミルを襲った最悪の事態に、アカシたちは深い悲しみに包まれていた。そんなパイロット候補生たちの気持ちを無視するかのように、24時間の警戒待機が命じられる。待機命令を破ったミナシ、そしてエミルに固執するヘイトが研究所へと向かう中、予期せぬ敵が学園を襲う。アカシはエミルの願いに突き動かされ、“死神”を駆って出撃する。

“躯”が無明領域の外に出現したという事実は、学園を恐怖に陥れた。“死神”をベースとした試作機の実戦投入も急がれる中、パイロットの選考が開始され、夏入はある手段を企てる。ある夜、アカシはカサネの呼び出しで廃墟へと訪れるが、そこへ待っていたのはヘイトだった。エミルの件で憎悪をむき出しにするヘイトは、アカシを執拗に挑発し……。

無明領域に飲み込まれた地区で、10年前に調査機が残したレコーダーからの信号が受信された。それはかつて、アオシの機体が残したものだった。複雑な気持ちのまま、アカシはヘイトとともにレコーダーの回収任務へと赴く。無明領域へと侵入したのも束の間、2人はお互いを見失ってしまう。異常な緊張感の中、やがてアカシとヘイトはそれぞれの過去と遭遇する。

無明領域から逃げ出たアカシ。しかしヘイトと二番機“セーヴル”は、安否も分からぬまま無明領域に置き去りとなっていた。“死神”にはもう乗らないとイクスを出ようとするアカシだが、ふと訪れた格納庫で夏入に呼び止められる。二番機の回収にこだわる夏入は、マヴェスに搭載されているあるシステムについて語りだす。

自らが操る“死神”、ヘイトが操る二番機の秘密を知ったアカシは、静かに無明領域への再突入を決意する。精神侵食、そしてアオシとの記憶の混在に苛まれながら懸命に捜索を続けるアカシに、またしても襲い来るイマシメ。やっとの思いで二番機を発見したアカシだったが……。