相棒学園初等部6年生・未門牙王がようやく引き当てたバディレアカード。だがそれはいつの間にか不思議なタマゴに変わってしまった！必死にタマゴをかえそうと温める牙王の前に、殻を割って現れたのは太陽竜バルドラゴン。牙王は「バル」と名づけバディにするが、そこへ臥炎キョウヤが現れ、バルを渡すよう迫ってくる。バルを懸けた牙王vsキョウヤの勝負。いざ、バディファイト！！

牙王の家で暮らすことになったバル。生まれたてのバルは、モンスターと戦ったつもりで牙王の部屋をめちゃくちゃにしてしまう。相棒学園についてきたバルは、ノボルにバディファイトを挑むがルールもわからず勝負にならない。教室を飛び出したバルは龍炎寺タスクのバディ、ジャックに出会う。ジャックがバルに教えた「誰からも文句をつけられない勝ち方」とは？そしてバルの初ファイトの相手とは……？

ピザの取り合いからケンカとなり、家出してしまうバル。強がる牙王だが出場をめざしていた「WBCカップ」にはバディが必要だ。一方、バルはひょんなことからモンスター、アビゲールとそのバディ、黒渦ガイトと出会う。負かした相手のカードを奪うガイトのことを許せない牙王は、ファイトを挑む。最強を自称する黒渦ガイトとアビゲールはどんなファイトをみせるのか！？

「強くなるにはバディに寄り添うことだ」とジャックに言われたバルは、牙王の傍を離れず相棒学園の授業に参加。バルに注目を奪われ得意の手品を台無しにされた影尾ワタルは、クラスみんなの弁当をばら撒きバルに罪を押し付ける。自分はやっていないと訴えるバルを信じるジャックと、相棒の気持ちを汲んだ龍炎寺タスクは、バルの無実を証明するためワタルにファイトを挑む！

WBCカップ開幕に向け気合が入る牙王とバル。ところが特訓の相手を頼んだタスクは忙しすぎ、如月斬夜は厳しすぎてバルは逃げ出してしまう。そんなバルが出会ったのは黒岳テツヤとバディの魔王アスモダイ。「バルは牙王と一緒にバディチャンピオンになる！」そう答えたバルの姿に何かを感じたアスモダイはコーチを買って出るが、それはまさに悪魔の特訓の始まりだった……。

ガイトとアビゲールを探しているというネコに出会った牙王とバル。ネコに代わって二人を探すうちに臥炎タワーにたどりついた牙王たちは、そこでガイトとキョウヤのファイトを観戦することになる。ガイトを呼び出し対戦に誘ったキョウヤは、その実力を試すように余裕のファイトを見せる。そしてアジ・ダハーカに対して、並々ならぬ闘志を燃やすアビゲール。その右目に秘められた過去とは？

ついに開幕したWBCカップ超東驚予選大会！牙王たちも次の試合に向けデッキ構築に余念がない。勝ち続けるために自分も何かしたいと思ったバルは、ノボルにアドバイスを聞き、「運がよくなる方法」を持ち帰る。だが幸運な名前をめぐって牙王とケンカしたバルは姿を消し、ノボルはその後を追うことに。牙王の対戦相手は強豪の霧雨正雪。ノボルにも黒渦ガイトとのファイトが迫っていた。試合前、ガイトはノボルに「次の試合、貴様は負ける」と言い放つ…。

ついにベスト8のファイターたちが出揃い、超東驚予選準々決勝が始まった！しかし試合の前日、タスクたちの前に現れた美少女ブレザーフリルは「明日の試合に勝てないと、私の両親が石にされてしまう」と訴える。フリルを可哀想に思ったバルは、わざと負けるようタスクとジャックに懇願するが、フリルの正体は対戦相手・増科レイドが放った刺客だった。果たしてタスクの決断は……？。

超東驚予選の準々決勝第二試合！試合直前に影尾ワタルのバディ、シルエット・ジョーにカードを奪われたガイト。バルと牙王の必死の努力にも関わらず、ガイトは必殺モンスターなしでワタルとのファイトに臨むことに。ワタルの操るシャドウシェイドの猛攻に苦戦を強いられるガイト。「バニシング・デスホール」を封じられたガイトに勝機はあるのか！？

タスクのファイトを観戦していた牙王の前に現れたのは、次の対戦相手となる烈風学園5年の風斬ダッシュ。「牙王先輩のファンなんです！」とサインをねだるダッシュに、照れながらも応える牙王だったが、くしゃみをした拍子に耳から鼻から、ワカメが生えてきてしまった！ダッシュのバディ、ウイニング・マキシマムの助けを借りて悪魔医師ブエルの病院に向かう牙王。あやしい治療法に効果はあるのか？開始時間が迫る牙王とダッシュのファイトの行方は？

準々決勝第四試合は轟鬼ゲンマVS海道大の番長対決！病気が再発しないよう安静を命じられていた牙王だったが、ファイト見たさにいてもたってもいられず病院を抜け出してしまう。特設された海上ステージへ向かう途中、遭難しそうになった牙王とバルを救ったのは、海道大のバディ、デュエルイェーガー。番長と巨大なバディ同士の熱いぶつかり合いが、いま幕を開ける！

ガイトとの再戦を前に、牙王は「バディファイトは遊びじゃない」というガイトの言葉を思い出していた。バディファイトする理由を尋ねに来たバルに、ガイトは自分こそが最強だと証明するためだと告げるガイト。それでもファイトを通してガイトと友達になるという決意を新たにした牙王は、新たな「太陽」のカードとともにリベンジマッチに挑む。必殺モンスター同士の激しい攻防の結末は！？

轟鬼ゲンマに勝利した海道大と、増科レイドを下した龍炎寺タスクが対戦する準決勝第二試合！決勝戦で牙王とファイトすると心に誓ったタスクの怒涛の攻撃は、バディのデュエルイェーガーをコールした海道大をあっという間にピンチに追い詰める。しかし、イェーガーのソウルが尽きても海道大は余裕を見せたまま。大が繰り出す逆転の切り札とは！？

準決勝の激闘の末、壊れてしまったステージを修復するため、決勝まで1週間の猶予が与えられた。デュエルイェーガー“リボルテッド”の強大な力に衝撃を受けた牙王は、爆と入念なデッキ調整をすることに。一方バルも“リボルテッド”を倒すため、清風会の轟鬼ゲンマの元で特訓を行っていた。一週間後、爆が完成度100％と自負するデッキを手に、牙王とバルは海道大とのWBCカップ超東驚予選決勝戦に挑む！

牙王の速攻もむなしく、海道の場にデュエルイェーガー“リボルテッド”がコールされてしまった。立ちはだかる巨大な壁を前にして、手札も尽きて絶体絶命の牙王。誰もが牙王の敗北を覚悟したとき、観客席の轟鬼ゲンマから檄が飛ぶ。会場に轟く声援に奮い立った牙王は、一週間の過酷な特訓で得た、新たなる力を放つ。叫べ、必殺コール！

WBC超東驚大会優勝祝賀パーティーにやってきた、如月斬夜と弟の暁。剣道の大会で優勝しグランドチャンピオンとなった斬夜は牙王にバディファイトを挑む。今の牙王の強さをその身で確かめた斬夜は「もう悔いはない」と意味深な言葉を残して立ち去り、暁にバディファイトのデッキを譲る。斬夜の様子を心配した暁は、月影と白夜、そしてバルと共に斬夜を尾行することに。

クジラ船上学園の船に乗り、WBCカップ日本代表選抜大会の舞台となる超太陽島へと向かう超東驚代表の一向。その途上で開かれたパーティーで、海道大から必殺モンスターについて尋ねられた牙王は、バルと出会ってからのことを思い出していた。そのころ、目的地の超太陽島で、何者かの陰謀が動き始めているとは知る由もなく……。

超太陽島に到着した牙王たち。落ち着く間もなく開始された日本代表選抜大会は、100勝したファイターから勝ち抜けとなるガンスリンガー方式。初日から順調に勝ち星を増やすガイトとタスクに対して、牙王は大きく出遅れてしまう。そしてその夜、大会のルールで野宿することになった牙王とバルに、忍び寄る怪しい影が……！

ドクター・ガラの襲撃から一夜明け、警戒しながら超太陽島を探索する牙王とバル。その前に飛び出してきたのは、苦しげなオゾンBだった。偶然駆け付けた見習いモンスタードクター双星カケルの治療で、オゾンBは何とか元に戻る。その後、バディファイターとしても登録しているカケルと牙王はファイトすることに。ドクター・ガラと同じく星神竜 ゾディアックをバディとするカケルとのファイト。牙王とバルは勝利することができるのか！？

超仙台代表としてWBC日本大会に参加していた荒神ロウガ。バディのタイラント・ケルベロスと破竹の勢いで勝ち星を重ねる中、牙王とバルがドクター・ガラに襲われているところに遭遇する。お礼にバルからケルベロスに必殺モンスターが贈られる。だが、ロウガはWBCカップ優勝には興味がない様子。ロウガが超太陽島にやってきた真の目的とは？

超太陽島に眠ると言われる究極の竜の力「ドラゴンフォース」。その秘密を探るべくファイトを続けていたガイトの前に謎の老婆・五剣小百合が現れる。ガイトがドラゴンフォースに相応しいかどうか見極めるため、野良ファイトを仕掛ける小百合に対し、ライフを1点も失うことなく完全勝利すると宣言するガイト。そしてそのファイトを見守るバルに、危機が迫っていた…！

一晩経ってもバルは戻らず行方不明のまま。一刻も早く探しに行きたい牙王だったが、バルのためにも勝ち星を増やすべきだと爆たちに諭される。バディ不在で連戦を強いられる牙王だが、超太陽島の森の中で再会したロウガに、バルを連れ去った犯人がドクター・ガラだと知らされる。牙王たちはバルを取り戻すべく、ガラの潜む研究施設へと突入する！

ドクター・ガラの実験材料にされそうになり大ピンチのバル。牙王も心配のあまりいてもたってもいられない状況。タスクは、急いで合流すべく牙王の元へと向かうが、超名古屋代表の楽園天国フラッグ使い、極楽アゲハに待ち伏せされてしまう。大会のルールによりファイトを避けられないタスクに、「この対戦はアタシの狙い通り」と不敵な笑みを浮かべる極楽アゲハ。その目的とは？

世界大会進出を決めたタスクに続き、ガイトも残すはあと1勝。自分が最強だと証明するために100勝を急ぐガイトの前に立ちはだかったのは、ガイトのせいで最愛の人を失ったという超大阪代表ファイターの獄門シュラ。ガイトとシュラの過去とは？新たなフラッグ「灼熱地獄」とバディモンスター、ヘルゲパルトを操るシュラとの、避けられぬ宿命のファイトが始まる！

バルを捜索するタスクのもとに、ドクター・ガラの居場所について匿名の情報がもたらされる。その情報をもとに、ひそかに超太陽島とは別の無人島「三日月島」に向かったタスクと牙王だったがドクター・ガラの反撃を受けてしまう。謎の力によってガラを退けた牙王は超太陽島に戻ったものの、バルの体調を案じて棄権を勧めるカケルを説得するため、ファイトすることに。

WBCカップ日本大会も残すところ数時間。世界大会出場の残る一枠を賭けて、熾烈なファイトを重ねるファイターたち。牙王もバルの新必殺モンスターで順調に勝ち星を増やし、海道大と99勝で並ぶ。対戦相手を探す牙王の前に双星カケルが現れ、二人は牙王の100勝を懸けたファイトをすることになるが、そこへタスクから緊急の連絡が入る。牙王は100勝を達成できるのか。そしてタスクが告げる衝撃の事実とは！？

ドクター・ガラの卑劣な罠によって異常に闘志を高められ、理性を失ってしまったバル。必殺モンスター封じ「グラビティ・レスト」の力をふるう星神竜 ゾディアックの前に、切り札のファイナルフェイズも封じられてしまう牙王。呼びかけ続ける牙王の声は、バルの心に届くのか。

ロサンゼルスで遂に開幕するWBCカップ世界大会！開会式で各国代表が顔をそろえる中に、日本大会を勝ち上がった牙王、タスク、ガイトもいた。主催者である臥炎財閥の現総帥J・ジェネシスのほか招待選手として臥炎キョウヤの出場も明らかになり、会場の興奮は最高潮に。そして世界大会初戦、エジプト代表アメンクラーに対するは臥炎キョウヤ！しかしキョウヤのデッキは今までと様子が違っていて……？

前夜、出現した謎のドラゴンについてのニュースが騒がれるなか、ジャックが突然、バディポリスに逮捕されてしまう。大会出場者を襲った容疑に問われたジャックだが、前夜の記憶がなく、反論することもできない。臥炎キョウヤの計らいでなんとかワナスキー戦に出場することになったが、試合が終わればジャックは逮捕、タスクとのバディも解消させられてしまう！無実の証拠を探すため、牙王とバルは街へと走る。ワナスキー戦がタスクとジャックのラストファイトになってしまうのか！？

世界大会での初戦に備えて、レストランで英気を養う牙王たち。そんな牙王とバルを挑発してきたのが、次の対戦相手デビル・デストロイ・ビッグマシーン。牛一頭を食らうというデビルのマッチョボディに対抗すべく、牙王たちはアスモダイのジムに入門する。特訓を終えた牙王たちに続いて出てきたのは、何故か女性になってしまったノボル。しかもデビルがそのノボルに一目惚れしてしまい、牙王にノボルとの結婚を賭けたファイトを挑んでくる。牙王は新デッキで勝てるのか。そしてノボルの運命やいかに！？

牙王とタスクのドラゴンフォース解放を目の当たりにし、自分がドラゴンフォースを手に入れられないことに焦るガイト。彼を心配するアビゲールの計らいで一時の休息を得たガイトだったが、次のファイトの時が迫る。自ら造り出したというモンスター、ジェムクローンをバディとする臥炎財閥の現総帥J・ジェネシス。ジェネシスのおそるべき新戦術「ハードインパクト・タクティクス」がガイトを襲う！

開会式にも姿を見せなかった謎のファイター、シー・エー・ティー代表。初戦はメキシコ代表アミーゴ☆タカタが棄権して不戦勝となり、ついに牙王との対戦が迫る。アミーゴが戦えなくなったのは「デッキからモンスターのカードが消えた」からだという。警戒しながらファイトにのぞむ牙王だが、今度はバルに異変が……！はたしてシー・エー・ティー代表とそのバディの正体とは！？

先の試合で必殺変身した姿「機甲戦鬼ゼータ」と新戦術ハードインパクト・タクティクスを披露し、黒渦ガイトをワンターンキルしたJ・ジェネシス。そのジェネシスとの対戦を前に、タスクとジャックはある疑惑の調査に乗り出していた。ジェネシスのバディ、複製模倣兵器ジェムクローン。その恐るべき秘密をタスクが暴く！

超東驚予選で守れなかった牙王との約束を果たすべく、アメリカ西地区代表となってWBC世界大会を準決勝まで勝ち上がった虎堂ノボル。Bブロックを勝ち進む牙王との対戦まであと一歩というところで、ノボルの前に最大の壁が立ちはだかる。アジ・ダハーカ、そして臥炎キョウヤ。友から得た新たな切り札を手に、虎が再び吠える！

J・ジェネシスに敗北して以来、姿を消してしまったアビゲールを探すガイト。牙王やタスクも協力して探す中、ガイトはホテルを騒がせる謎のモンスターがアビゲールだと直感する。デビル・D・ビッグマシーンがアビゲールを捕獲しようと襲い掛かるところに駆けつけたガイトは、アビゲールを懸けたファイトを受けて立つ。再びバディを組んで意気込むガイトをよそに、アビゲールはこれがラストファイトだと心に誓うのだった……。

ドラゴンフォースに目覚めたガイトを勝手に祝う一同。ニュースではインタビューに応えるJ・ジェネシスが、ジェムクローンの新たな姿オリジン・ブレイカーを披露する。その姿と能力に驚く牙王たち。そして、牙王をデッキビルダーとして支えてきた爆は、オリジン・ブレイカーを打ち破るデッキを構築できず、苦悩していた。その頃、バルは謎の声によって導かれた研究室で、オリジン・ブレイカーと対面する。

J・ジェネシスとの準決勝。早々に機甲戦鬼ゼータへ変身してハードインパクト・タクティクスを繰り出すジェネシスに、徐々に追い込まれていく牙王。そんな中、牙王のバディとして互いを信じて戦うバルに、オリジン・ブレイカーは疑問を投げかける。モンスターとは、そしてバディとは。道具として生み出されたオリジン・ブレイカーの心に触れたバルと牙王は、ジェネシスの野望を打ち砕くことができるのか！？

J・ジェネシスとの準決勝の直後、またも暴走し、飛び去ってしまったバルソレイユ。牙王たちは手分けして探すが見つからない。やっとのことでバルを見つけたガイトとアビゲールだったが、そこにキョウヤとアジ・ダハーカが現れる。無防備なバルを守るため、そしてアジ・ダハーカを倒すというアビゲールの宿願を果たすため、ガイトはキョウヤとファイトする。

WBCカップ決勝戦を前に海道大が激励に駆けつけた。さらに成長した牙王とバルの強さに感じ入る海道。大宴会の後、みんなが寝静まった夜、釣りをしていた海道の前に現れるキョウヤとアジ・ダハーカ。“ダ・エーワ”に究極進化したことでバルソレイユとの戦いをより強く望むようになったアジ・ダハーカの奇襲に、仲間のため、海の番長が立ち上がる！

ついにたどり着いた、WBCカップ世界大会決勝！……しかしバルは、太古の記憶を徐々に思い出し、決勝戦に集中できずにいた。バルソレイユとアジ・ダハーカの因縁の戦いに、牙王たちを巻き込みたくない。心配するバルに、ノボルは「余計なことを考えず、自分がバディチャンピオンにふさわしいことを証明してこい」と励ます。その頃、タスクはJ・ジェネシスに面会し、キョウヤの計画を探ろうとしていた……。

アジ・ダハーカ“ダ・エーワ”がコールされ、エンドレス・ディザスターによる熾烈な攻撃が牙王を襲う！ライフを払えば何度でも攻撃できるというその能力に対抗するため爆がデッキに組み込んだ切り札は、意外なカードだった！？WBC世界大会決勝戦、ついに決着！

氷竜キリが住むダンジョンワールドに異変が。その原因がドラゴンドライだと知ったキリは人間界へとやってくる。牙王は再会を喜び、相棒学園で行われる凱旋エキシビジョン・マッチの相手にキリを指名する。だが臥炎タワーへの侵入をロウガに阻まれたキリは、せめてドラゴンドライとバルソレイユの接触を阻止すべく、バルを連れ去ろうと密かに決意していた──。

決勝戦でキョウヤが垣間見せた、ドラゴンを操る力。ガイトとアビゲールは、元凶となっているフラッグ「ドラゴンドライ」を破壊するため臥炎タワーへと向かうが、その途中タスクとジャックに行く手を阻まれる。キョウヤの野望を止めるのはバディポリスの仕事というタスクだが、ガイトも退かない。互いに譲らないまま奇しくも初ファイトとなった二人、一体どちらが勝利するのか！？

ガイトの後を追おうとするタスクの前に、バディポリス刑務所にいるはずのドクター・ガラが現れる。自分を逮捕したタスクへの復讐に燃えるガラだったが、タスクは動じる様子もない。だが牙王とバルに危害を加えると脅し、ガラはタスクをファイトへと追い込むのだった。一方、牙王は爆たちと決定戦にむけてデッキの調整に知恵を絞っていた──。

臥炎タワーでガイトを待ち受けていたのは、以前の冷静さとは真逆の、狂気に満ちたJ・ジェネシスだった！臥炎タワー内でファイトすることになったガイトとジェネシスだったが、ファイト中、ガイトの耳に聞こえたのは、オリジン・ブレイカーの悲痛な叫びだった。ジェネシスの身に一体何が起こったのか。そして、ガイトは世界大会初戦敗退の雪辱を果たせるのか！？

WBCカップ優勝決定戦に向け張り切る牙王とバルのもとに突然、荒神ロウガが現れファイトを挑む。仮面の男「ウルフ」としてキョウヤのために働くロウガの真意を問い詰める牙王だが、「すべてはもう手遅れ」と拒絶される。ロウガの圧倒的な攻撃にさらされる牙王とバルだが、それでも楽しげにファイトする二人。その様子を見たケルベロスの言葉が、ロウガの胸に突き刺さる──。

臥炎キョウヤの企みを止めようと、ひそかに臥炎タワーに侵入したタスクとガイトだったが、それは罠だった。二人を待ちかまえていたキョウヤは2対1のファイトとしてTV中継させ、この場を特別試合に変えてしまう。バディファイトの歴史を変えるカード「ドラゴン・ドライ」の実力とは？世界中の人々が見守る中、タスクとガイトは、ドラゴン・ドライの発動を防ぐことができるのか！？

バディチャンピオン決定戦に向けて決意を新たにする牙王。3つのドラゴンフォースが完全に目覚めたことで、すべての記憶を取り戻したバルも、牙王に「ある事実」を隠したまま特訓を続けていた。ドラゴン・ドライとの実戦を経験したタスクとガイトを相手に特訓の総仕上げを行う牙王とバル。一方、プロジェクトDDDの終着点を自分ひとりの秘密とするキョウヤは、バディのアジ・ダハーカにさえ、その本当の狙いを明かしてはいなかった──。

世紀の一戦の開幕を今や遅しと待ちうける世界中の人々をよそに、牙王とバルは穏やかな朝を迎えていた。最も強く、そして最もバディファイトを楽しんだ者が手に入れる栄冠。「WBCカップ優勝決定戦」──正真正銘、バディチャンピオンを決めるファイトがいま始まる！

アジ・ダハーカを取り込み、臥炎キョウヤは黒き太陽の魔竜神 ガエンへと変身を遂げた。ドラゴンドライの力が世界を覆い尽くそうとするなか、タスクとガイトに背中を押されてファイト続行を決意した牙王とバルは、切り札となる新たな必殺モンスターをコールする！勝負の、そして世界の行方は……。

バディチャンピオン決定戦から数日。相棒学園で、牙王とバルを祝う祝賀パーティーが開かれる。超東驚予選から激闘を繰り広げたライバルたちが駆け付け、パーティーは当然のようにバディファイト大会と化す。牙王たちもエキシビションマッチを行うなか、牙王との別れが迫っているのを感じていたバルは、残された時間を惜しむようにファイトする。