相棒学園初等部5年、未門牙王のもとにドラゴンワールドからの使者がやってくる。バディファイトのワールド対抗選手権「バディマスターズ」の代表に選ばれたという知らせに喜ぶ牙王だが、肝心の相棒（バディ）が不在……。バディ探しのためドラゴンワールドに導かれた牙王の前に、とんでもないモンスターとの出会いが待ち受けていた！

牙王と共に人間界へとやってきた魔王竜バッツ。だが、地球でのずんぐりむっくりなSD形態が気に入らず、強すぎる力をもて余しぎみ。街で暴れまわるバッツだったが、牙王だけは「こいつは悪いヤツじゃない」という確信を抱いていた。そんな中、牙王の元に黒渦ガイトからファイトの申し込みが届く。ガイトとバディのアビゲールの狙いとは？

ちびパンダの案内で相棒学園へとやってきたバッツ。暴れるバッツの前に立ちはだかったのは大宇宙カナタとバディの結晶竜アトラ。やがて少年バディポリスの龍炎寺タスクも駆けつける騒動となる。タスクは、「ノーダメージファイター」の異名をもつ天才カナタをスタードラゴンワールド代表に推すが、カナタは辞退するという。バディマスターズに出られないタスクの気持ちを知る牙王は、カナタにある提案をするのだった。

いよいよワールドバディマスターズが開幕！各ワールドの代表が超東驚バディサイトに集結する中、牙王の初戦はマジックワールド代表の黒岳テツヤと決まる。バッツはテツヤのバディ・アスモダイの挑発に乗り、魔王同士が激しい火花を散らせる。ファイトが始まっても勝手な攻撃を繰り返すバッツに連携もバラバラ。はたして牙王に勝機はあるのか！？

初戦を間近に控えたダンジョンワールド代表・虎堂ノボルのもとに、ノボルの大ファンを自称するカタナワールド代表の少年がやってくる。思わぬファンの登場に鼻高々のノボルだが、ダンジョンワールド代表として初戦を勝利で飾るため、入念に備えることも忘れてはいなかった。しかし、試合開始直後に思わぬアクシデントが……！

牙王たち未門家をバディポリス・帝都クウが急襲。巨大戦艦サツキをバディとするクウはバディマスターズのヒーローワールド代表、牙王の次の対戦相手だ。自分を子ども扱いする牙王を翌日のファイトで見返してやるとライバル意識むき出しのクウ。一方、風呂あがりのひと時を邪魔されたバッツも、サツキに対抗心を燃やす。新能力「着任」を使うクウとサツキはどんなファイトを繰り広げるのか！？

突然バッツが大会を辞退すると言い出し、困惑するばかりの牙王。そんなバッツに心づくしのごちそうを振る舞った海道は、自分とガイトのファイトを見るよう説得する。一方、ガイトもある決意を秘めて一枚のカードを見つめていた。ファイターを危険にさらす、禁断のカード……。海道とガイトに迫り来る「死の宣告」とは？

あらたなる戦術「奇襲」を使うファイター、鬼頭サカテとの試合を翌日に控えてデッキ構築に余念がない牙王と爆たち。そこへ訪ねてきた斬夜は、サカテの背後に世界的企業カオス・コントロール・カンパニーがいる事、その狙いがどうやら優勝者に贈られる「ミラージュカード」にあるという調査結果を告げる。情報に一同が驚く中、共に未門家を訪れていたノボルの様子が……？

ワールドバディマスターズBグループ。ノーダメージでの勝利を重ねるカナタに対し、「デスカウント・レクイエム」での必勝を期すガイト。試合前から闘志むきだしのガイトに、カナタも決勝にすすみ牙王とファイトする決意を見せる。そしてついにBグループ代表を決める一戦、ともにワールドの声援を背負ったカナタとガイトのファイトが始まる！

ワールドバディマスターズ、各グループの激戦を制し決勝へ進出したのは牙王とカナタ！決勝を控えて闘志充分のバッツと牙王に、爆は調整を重ねた超攻撃型デッキを渡す。一方カナタも、牙王とのファイトが待ちきれずワクワクが抑えきれない。ワールドナンバー1を決めるファイトが今、幕を開ける！

バディマスターズ決勝戦！牙王とカナタの対戦は、バディのバッツとアトラが激突する白熱の展開に。カナタに今大会初のダメージを与えた牙王だが、自身も残りライフ1の絶体絶命のピンチ。この死闘を制して、ミラージュカードを手にするのは一体どちらなのか！？

バディマスターズに優勝した牙王の前に現れた、カオスカンパニーの社長ウィズダムとバディモンスターのギアゴッドVII。ミラージュカードはウィズダムによって奪われた！己が力を示すためウィズダムはバディファイトを要求するが、すでにバッツはバディ解消を告げ飛び去ってしまっている……。牙王たちがバッツを探す時間を稼ぐため、カナタがファイトに名乗りを上げる。

ウィズダムのフラッグ「the Chaos」と超強力モンスターたちの前に、大敗を喫したカナタ。バッツを連れ戻した牙王は、ウィズダムとギアゴッドVIIにファイトを挑む。自らの「世界をアップグレードする」という野望を明かすウィズダム。ウィズダムはバッツの過去の秘密に触れ、最強を目指すなら自分に従うように命じる。そしてギアゴッドVIIと対峙したバッツは、額の古傷が疼くのを感じていた……。

斬夜とテツヤによってウィズダムの暴挙が伝えられ、緊急出動するバディポリス。だがタスクとクウの前に、カオスカンパニーの幹部を名乗る新たな敵、剣技のケイセツ、闘技のブルータルが立ちはだかる。一方、ウィズダムは「全モンスターをカオス化し人間によって支配する」世界こそ完璧な社会だと断言する。怒りに燃える牙王は渾身の必殺技、雷槍×天バスターを放つが……！

幽霊になってしまった牙王。元の体に戻るには、3日以内にバッツが人助けをしてミラクルライフを貯めるしかない！？謎の老人の助言を得たバッツは人助けに奔走するが、全て裏目に出てしまう……。そんな時、相棒学園を騒がせているオバケのうわさが舞い込んでくる。それならばとオバケ退治に乗り出すバッツたちだったが、そのオバケがなかなか曲者で……？

いまだに元の体に戻れない幽体牙王だが、他人の体には憑依できることが発覚。試しにノボルや爆に憑りついてみるが、なぜかタスクの体から出られなくなってしまう。一方そのころ、バディマスターズ出場者の人気を羨んで、生徒会長・祠堂孫六がしかけた陰謀がガイトとカナタを襲う。孫六の野望を阻止すべく、牙王inタスクが立ち上がる！

謎の老人が言い残したタイムリミットまであとわずか。ミラクルライフが足りないまま、牙王の幽体にも消滅の危機が迫る！思い通りにならないもどかしさを一同が抱える中、牙王のデッキから×天バスターのカードが無くなっていることに気付く爆。×天バスターは一体どこへ？そして、牙王の運命は……！？

無事に元の体へと戻った牙王は、復活のための助言をくれた老人を訪ねる。とんでもない倹約生活をしているかと思えば、ミラクルライフのことを知っていたり、武術家の牙王の母が認めるほどの達人でもある「ぶんぶく師匠」。その謎は深まるばかり。師匠は牙王に、自分の正体を知りたければファイトするように告げる。はたして、ぶんぶく師匠の実力やいかに！？

「今のオマエに×天バスターは撃てん！」ぶんぶく師匠から告げられた衝撃の事実。牙王と仲間たちは、師匠の下で特訓を開始する。ところがその最中、師匠とクウたちが謎のモンスターによって連れ去られてしまう！モンスターたちが出現するゲートを閉じる力をもつ必殺技はたった一つ。牙王は×天バスターを再び放つことができるのか！？

合宿を続ける一同のもとに、氷竜キリがやってきた。かつて牙王たちのクラスメイトだったキリは、ペンションのオーナーで、ぶんぶく師匠の友人でもあるらしい。一方、修行にのぞむガイトとアビゲールは師匠の言葉、「己の役目を考えろ」が理解できず、強豪ファイターでもあるキリとのファイトも却下されてしまう。そんな思い悩む2人の前に、「死神」を名乗る仮面のファイターが現れた！

「自分の弱さ、バディとの関係について考えろ」ぶんぶく師匠の助言を受けて、考え込むカナタ。自分たちの強さを確信するアトラは、反発するばかり。師匠はそんなカナタたちに牙王と組ませ、斬夜とテツヤとのタッグマッチを命じる。すれ違ったままのカナタとアトラは、この変則ファイトを制することができるのか！？

合宿もついに最終日。自慢の剣が折れてしまって落ち込むちびパンダを、不器用に励ますバッツ。ぶんぶく師匠は、全力の×天バスターを出せないバッツには、牙王を傷つけまいとする優しさがあることを指摘する。素直になれず反発するバッツだったが、星空の下でふと、昔の自分や仲間たちのことに思いをはせるのだった……。

ぶんぶく師匠との合宿を終えた牙王たち。だが、カナタはまだ師匠の助言への答えが見つけられずにいた。サッカーも勉強にも気が入らないカナタを見かねた牙王たちは、再び師匠の元を訪れるが、提案されたのは、なんと牙王と師匠のファイト！牙王は雪辱を果たせるのか！？そして、カナタとアトラは答えを見つけ出せるのか！？

ミセリア（氷竜キリ）は、レジェンドWの古城に閉じ込められていたモンスターたちを救出する。モンスターを捕獲しカオス化していたのが、カオススリーの1人「闘技のブルータル」。ウィズダムからモンスター奪還の命を受けたブルータルは、人間界へと戻ったキリを追い詰めてゆく。元傭兵という戦闘のプロ、ブルータルの実力やいかに！？

ブルータルの繰り出した「逆天殺」の威力を目の当たりにして、もはや猶予はないと覚悟を決めたぶんぶく師匠。ウィズダムの「the chaos」に対抗すべく、新たなミラージュカードを作り出すための準備を始める。一方、アビゲールは、ガイトのために進化を望むものの結果が出ないことに焦っていた。バッツのような「逆天」の力が欲しい、というアビゲールに牙王はある意外な答えをする……。

ぶんぶく師匠のミラージュカード作りを阻止すべく、異次元の森へとやってきたカオススリーのサカテとケイセツ。同じくミラージュ神殿をめざす牙王たちも、森を包む霧に行く手を阻まれる。やがて師匠の怪しげな儀式が頂点をむかえ、ミラージュカードが完成した時、神殿はウィズダムとギアゴッドの襲撃を受ける。「本気モード」で迎え撃つ師匠は、ウィズダムを退けることができるのか！？

師匠から渡されたミラージュカード。牙王とバッツが手にした時それは最強のフラッグ『竜牙雷帝』へと変化した！バッツの呼びかけに応え、各ワールドから「雷帝軍」の仲間となるモンスターたちが集結。新たなデッキにふさわしい力を身につけるため特訓を開始する牙王だったが、すでにその時、ウィズダムの命を受けたサカテが刺客として送り出されていた──！

『竜牙雷帝』のフラッグカードを狙うサカテは、得意の奇襲戦法で牙王を追い詰める。サカテが繰り出す“酒天魔神”伊吹童子の逆天殺を前に、雷帝フォーメーションの超攻撃力も次々弾き返されてしまう。サカテのライフ20に対して牙王のライフはたったの2……この圧倒的大差をひっくり返す逆転の一手はあるのか！？

ファイティングステージで遊ぼうと商店街を歩く牙王たち。その後をつける怪しい影がひとつ。その正体は、ちびパンダの父、セイントグローリーソードドラゴンだった！ちびパンダをドラゴンワールドに連れ帰ろうとする「パパパンダ」を思い止まらせるため、牙王と家族、そしてバッツも一芝居打つことにするが──。

新たにオープンしたテーマパーク「グリモパーク」にやってきた牙王たち。パークの責任者グリモに頼まれセレモニーファイトに出場する牙王だったが、対戦相手として現れたのは、あのカオスカンパニーのケイセツだった！グリモパークとウィズダムの関係とは？そしてケイセツのファイトの実力は如何に！？

ショップ大会「あそバディカップ」に出場するため、キャッスルを訪れる牙王たち。そこへ現れたのは、相棒学園中等部の気毒スルー！彼と同様に影が薄いバディモンスター、シャドードラゴンでファイトを挑んでくるスルー。カオスカンパニーの名にかけて牙王を倒すという彼の正体と目的とは一体！？

カナタと斬夜からの情報で、ケイセツとウィズダムの関係を疑う牙王たちは、変装してグリモパークに乗り込んだ。グリモは一同に、グリモパークが「モンスターの神秘を解明し、人類の幸福に役立てるために作られた」と言い張る。一方、敷地を捜索していたカナタたちの前に、ケイセツが現れ、ウィズダムの行方を知りたければ自分とファイトしろ、と迫った──！

超東驚のあちこちでモンスターたちが苦しみ暴れる事件が相次ぐ。カナタは必死の説得も、ファイトの結果でもケイセツを変えることができなかった事で自分を責めていた。ケイセツとカナタの過去に一体何があったのか……。牙王に励まされケイセツとの再戦のためグリモパークに乗り込んだカナタの前に、意外なファイターが立ちふさがった。

マスコミの前に姿を現したウィズダムは、モンスター暴走の原因がバディチェッカーの不具合だとして、グリモの謹慎とパークの買収、ワクチンアプリの開発着手を発表する。敵の周到な計画の前に手も足も出ない牙王たち。だがガイトは、カオスカンパニーが進める「クローン技術によるモンスター生体電池」に激しい怒りを燃やし、一人、ウィズダムの野望を潰すために動き出していた…。

逃げるサカテを追って、遂にウィズダムのアジト、カオスカンパニー本社へ突入する牙王たち。それを待ち受けていたウィズダムはケイセツを差し向け、牙王とのファイトを世界中へ中継しようとするが、名乗りを上げたのはカナタとアトラだった。逆天の力、そして新たな必殺技を得たカナタたちは、ケイセツにリベンジを果たすことができるのか！？

カオスカンパニー本社の奥へと進む牙王たち。何も知らない社員たちが島から帰宅する裏で、連れ去られたモンスター達がカオス化され貯蔵されている様子に牙王は怒りをつのらせる。そしてついに直接対決を迎える牙王とウィズダム。意見は平行線のまま、ファイトで決着をつけることに。全ワールド支配という一族の悲願達成のため、ウィズダムは秘策を用意していた！

ついに究極進化した姿を見せたギアゴッドver.Ø99！そのサイズはなんと90！巨体から繰り出される圧倒的な力に牙王は苦戦を強いられる。牙王が必勝を期して放つ逆天に、ウィズダムも逆天殺を打ち返す。そして激戦に決着がついた時、突然ギアゴッドに異変が起きた──！

ウィズダムとのファイトから一夜明け、圧倒されたまま退いてしまった事に怒りが収まらないバッツ。牙王は、自分たちがいくら強くなってもウィズダムに追いつけない不安を、ぶんぶく師匠に打ち明ける。一方、ギアゴッド暴走の原因を探っていたウィズダムは、グリモの提案によりカオススリーに強制ファイトの相手を命じるのだった。

ウィズダムに勝つためには、師匠が言う「逆天を超える力」を手に入れるしかない。悩み続ける牙王の前にキリが現れる。キリは牙王に、新たなパークの主となり世間をも味方につけてゆくウィズダムの姿を見せ、彼に対抗する答えはバディファイトで見つけるしかないと励ます。一方のウィズダムも、ギアゴッドの暴走を抑え込めずにいた。

牙王とのファイトのデータをもとに、理想のバディ「カオス牙王」を自ら作り出してしまったギアゴッドは、カオス牙王を牙王により近い存在へと成長させるべく、未門家や相棒学園へデータ収集に向かわせる。牙王そっくりのカオス牙王は行く先々で騒ぎを引き起こし、周囲は大混乱に！

相棒学園から逃げたカオス牙王を追った一同は、海上で待ち受けていたギアゴッドに遭遇する。収集したデータをもとに、ギアゴッドが望む最強バディとして目覚めたカオス牙王は、カオス雷帝軍とも言うべき「機神軍」デッキで牙王とバッツにファイトを挑む。それは牙王の過去のファイトを調べ尽くしてギアゴッドが作り上げた最強デッキだった──！

パトロール中のクウが、ギアゴッドとグリモの姿を発見。独断をいさめるサツキの言葉もきかず、クウはグリモパークへと誘い込まれファイトを挑むことに。一方、バッツの様子がいつもと違うと心配するちびパンダに、牙王はいっしょに修行することで励まそうとするが気持ちはすれ違うばかり。そしてついにバッツの本心が牙王に告げられる……。

牙王にバディ解散を宣言したバッツは、故郷であるドラゴンワールドへ戻っていた。雷帝軍を率いてきた最強の自分が、ギアゴッドに一度も勝てなかったことに憤慨したバッツは、パパパンダの力を借りて自らを神殿に封印させてしまう。一向に帰ってこないバッツを心配した牙王とちびパンダは、ぶんぶく師匠に連れられ、再び神殿の前に立つ。

ちびパンダや雷帝軍の仲間たちと心を通わせ、新たな力「大逆天」を手に入れたバッツと牙王。真のバディとなった二人にウィズダム打倒の希望を見出すぶんぶく師匠だったが、その時ギアゴッドとカオス牙王がドラゴンワールドを襲い、モンスターをカオス化し始めたとの知らせが！牙王とバッツはワールドを守るため、必勝を期してリベンジマッチに挑む！

「大逆天」の力を手に入れてから、ファイトがしたくてたまらないバッツ。授業が終わるまで未門家の手伝いで時間を潰すものの、落ち着かない。一方、牙王たちは学園を騒がせているウワサ、男子トイレで起きる怪異について首をひねっていた。トイレの華子さんならレジェンドワールドに帰ったはず。しびれを切らしたバッツは、騒動の元凶にファイトを挑もうとするが……。

牙王とバッツに敗れ、砂丘に墜落したギアゴッド。ウィズダムの悪事の証拠としてそのギアゴッドを確保したいタスクだったが、行く手をグリモに妨害されファイトとなる。一方、タスクに同行してきた牙王たちは、「真のバディとは何か？」の答えを求め続けるギアゴッドと話し合うことに。その頃ウィズダムは、再びギアゴッドを支配するためにハッキングを仕掛けていた──。

グリモの時間稼ぎが成功し、ギアゴッドは再びウィズダムの支配下に戻ってしまった。あと一歩のところでギアゴッドと心を通わせられなかった牙王たちは、失意の中戻った超東驚で師匠から衝撃の事実を告げられる。そしてその秘密を知るグリモはウィズダムの冷酷な言葉に、ある決意を固めていた。ギアゴッドに宿る意思の正体、そしてウィズダム一族の過去とは！？

各ワールドのカオス化を推し進めるウィズダムの計画は、次なるステージへと移行しようとしていた。地球そのもののカオス化……。その障害となる未門牙王の排除をウィズダムから命じられ、動き出すカオススリー。超東驚バディサイトへと牙王を誘いこんだケイセツは、新たなアイテム「無銘鉄刀・レプリカ」で必勝を期し、ファイトに臨む！

超東驚でモンスターたちが一斉に暴走し始めた！そこへギアゴッドを伴ったウィズダムが現れ、カオス化の力を使い、モンスターを鎮静化。カオスの力と、みずからの正当性を高らかに宣言したウィズダムは、市民から信頼をよせられる。ウィズダムの野望を止めるには直接対決しかないと確信した牙王はパークに乗り込むが、その前にブルータルが立ちはだかる！

ウィズダムの計画も最終段階に突入。次々とワールドがカオス化されていく中、師匠に続いてキリやノボルたちファイターや雷帝軍モンスターが抵抗に立ち上がった。さらわれたちびパンダの匂いをたどって、再びウィズダムパークにたどり着いた牙王たちをサカテが待ち構えていた。はたして牙王たちはウィズダムの元へたどり着けるのか！？

ちびパンダの痕跡を追う牙王たちは、ようやく強制捜査の許可が下りて駆けつけたタスクの協力で、異世界につながるゲートへと進む。たどり着いた先はあのミラージュ神殿。だがそこはウィズダムによって異様な空間へと変えられていた。ほぼ全ワールドのカオス化を終え、残った地球とドラゴンワールドの完全制覇を狙うウィズダムを止めるため、牙王とバッツはファイトを挑む！

遂に最終決戦！世界中の人々が見守る中、牙王とウィズダムは熾烈なファイトを繰り広げていく。雷帝軍全員の力を集め猛攻を見せる牙王だったが、ウィズダムとギアゴッドの新たな力によってピンチに陥ってしまう。牙王は奇跡を起こすことが出来るのか！？