相棒学園に通う少年・未門牙王。そしてドラゴンワールドの武装騎竜ドラムバンカー・ドラゴン。異世界と繋がったカードゲーム｢バディファイト｣の力により両者は運命の出会いを果たす。たくさんの生徒が大騒ぎする中、バディポリス龍炎寺タスクが牙王のもとへやってくる。その手には、モンスターとバディを組んだ人間にだけ与えられるコ アデッキケースが握られていた。

牙王vsタスク。牙王は日本一のバディファイター龍炎寺タスクに、無謀にもバディファイトを申し込む。クラスメイトのデッキビルダー・大盛爆と、ライブラリ・宇木くぐるの協力により、牙王自身も戦えるデッキ｢爆ドラ｣を得た牙王。相棒学園が誇るファイティングステージにて、タスクとそのバディ、ジャックナイフ・ドラゴンへ挑む。

牙王vsテツヤ。バディファイトで強くなるためには、息の合った練習相手チューナーが必要だ。頭にバナナを生やしたダンサー&ファイター黒岳テツヤにバディファイトを挑む牙王。マジックワールドのモンスターを駆使するテツヤはどんな戦いを見せるのか。TVで人気の芸能モンスター、アスモダイまで現われ、会場は大盛りあがり。

キリvsキャッスル店長。牙王のクラスへ突如やってきた転校生、氷竜キリは、カードショップ｢キャッスル｣にて初めてのデッキを手に入れる。牙王と超商店街ファイティングステージに立ったキリは、デンジャーワールドのモンスターと共に、バディファイトのレクチャーを受ける。

コアデッキケースのもととなるフォトンメタル。その採掘場が、アーマーナイトケルベロスをバディに持つ仮面の男・ウルフの襲撃を受ける。偶然その場に居合わせた牙王は、ウルフが扱う謎の力を目撃し襲われるが、バディポリスの龍炎寺タスクがウルフと激突。超能力｢フューチャーフォース｣の発動を要請する。

牙王vsロウガ。相棒学園有数の実力者、荒神ロウガは、タスクにライバル認定されたという牙王に突然バディファイトを挑んでくる。強さと勝利だけを求めるロウガの姿勢に苛立った牙王は、｢本当のバディファイトを教えてやる!｣とロウガの勝負を受ける。そこにいつもの牙王の笑顔はなくて……

テツヤvsノボル。相棒学園の初等部と中等部の間で行われるバディファイト対抗戦、通称｢ABCカップ｣の開催が間近に迫る。牙王のクラスメイト虎堂ノボルは、大会前の景気づけにとテツヤにバディファイトを申し込む。デッキビルダー爆の協力で生まれ変わったテツヤのデッキは、ノボルの竜騎士デッキに対抗できるのか。

ABCカップ初等部予選が開幕。本戦出場をかけて、初等部の面々が相棒学園グラウンドステージにて一同に会する。牙王のチーム｢バルソレイユ｣。テツヤのチーム｢テツ&ダイ｣。ノボルのチーム｢ライジングタイガー｣。そして、初等部ランキング第1位・如月斬夜も姿を現し、白熱のバディファイトが展開される。

牙王vsジン。牙王のデッキ｢爆ドラ｣が何者かに盗まれる。疑わしいのは、報酬だけでバディファイトを請け負うとされる中等部1年、禍津ジン。犯人かと問い詰める牙王に｢戦えば分かる｣と意外にも勝負を挑んでくる。牙王と同じモンスター、同じフォーメーションで翻弄するジンの真意は一体？

牙王のクラスメイト、虎堂ノボルはバディファイトを｢運ゲー｣だと見下げ、バディファイトの卒業まで考えていた。そんな折、バディポリスが手配中のクリミナルバディファイター、貫目赤鬼が現れ、タスクとジャックの命を掛けたバディファイトを目撃する。自分のやりたかった事とは何か。竜騎士エルキホーテと共に、ノボルの目に再び闘士の火が宿る。

牙王vs鈴羽。ついに開幕が宣言されたABCカップ本戦。チーム｢バルソレイユ｣の初戦は、世界に冠たる大企業｢天野鈴コンツェルン｣のご令嬢、天野鈴鈴羽。マジックワールドの魔法騎士をコールし、新たな武器、新たな魔法を駆使する鈴羽とのバディファイトに牙王のワクワクは止まらない。中等部との戦いは、初戦から大波乱の予感。

斬夜vs土合。ABCカップ第二戦は、初等部最強の如月斬夜と、チーム｢清風会｣団員、モアイ顔の土合突男。デンジャーワールドのモンスターで力押しの土合に、カタナワールドで忍者のように忍び戦う斬夜。勝つのはパワーか忍法か。勝負は最後の一手で決まる。

ABCカップ真っ最中の相棒学園に、正体不明モンスターの反応が現れる。調査に向かった龍炎寺タスクは、突如現れた三つ首竜の影に、ジャックと共に吸い込まれる。謎の闘技場で待ち受けていたのは超武装騎竜のドラゴン。追い詰められたタスクに、ジャックとの絆が新たな奇跡を起こす。

ノボルvs祠堂。ABCカップの第三戦は初等部虎堂ノボルと、中等部生徒会長、祠堂孫六。去年のABCカップで祠堂に敗れているノボル。敗退の裏にはある因縁のカードがあった。いつもと戦術が違うノボルの新デッキは、因縁に敗北するのか、はたまた断ち切って勝利するのか。決意のカードがノボルに応える。

牙王vsノボル。ABCカップもついに準決勝。念願のノボルとの対決となった牙王だが、ノボルが海外留学することを自分に黙っていたことに怒り心頭。異例の口ゲンカバディファイトとなる。お互いが全ての力と言葉をぶつけあったとき、その後には何が残るのか。涙のファイナルフェイズが叫ばれる。

斬夜vsジン。ABCカップ準決勝2組目は如月斬夜と禍津ジン。ところが試合直前に斬夜の弟、暁が行方不明になってしまう。余裕の無い斬夜の精神を揺さぶり、攻め立てるジンの髑髏武者。予想のできないカタナワールド。勝利の布石は一体どこに?一方、暁を探す牙王たちは、生徒会の怪しい動きに気付き始める。

牙王vs斬夜。ABCカップ決勝前日、牙王を前にして斬夜は｢残念な決勝戦だ｣と言い捨てる。斬夜は、中等部最強の轟鬼ゲンマに昨年負けており、決勝で再度戦うことを目標にしていたのだ。斬夜の思いを知った牙王と仲間たちは、どこかに捕らわれているらしいゲンマを探す。なんと手がかかりは相棒学園の地下洞窟にあり……

ゲンマvs祠堂。そしてゲンマvs斬夜の2連戦。ABCカップ決勝戦の真っ最中に、嵐の如く姿を現した轟鬼ゲンマ。｢この決勝、断じて認めぬ!｣と、突如決勝バトルをゲンマ相手に行うという仰天の展開となる。ゲンマの扱うエンシェントワールド、そして彼のバディ・武神竜王 デュエルズィーガーが会場を破壊せんばかりに暴れだす。

牙王vsゲンマ。ついに最終決戦となるABCカップ。これまでバトルしてきた仲間、牙王の家族も観客席で見守る中、轟鬼ゲンマのバディであるデュエルズィーガーの進化形態、スパルタンドが牙王に襲い掛かる。しかしチームバルソレイユの面々はこれに対抗するため、あるカードをデッキに用意していた……

牙王vsゲンマの決着。ゲンマの咆哮に応え、強烈な光と風が巻き起こる。牙王は太陽番長となってこれに対抗するが、背中の太陽マークを見たゲンマにある記憶が蘇る。幼い頃の牙王とゲンマ、そして今はいない牙王の兄・陽太の3人の間にいったいどんな過去が。真の太陽番長が、このバトルの勝者だ。

ABCカップの激闘を終えた牙王たちは、タコヤキパーティを開催。ファイトしてきた友達やバディが集まって、未門家は大賑わい。タスクも誘いを受けていたが、突然やって来た調査官と名乗る二人に、バディカードの使用禁止を命じられる。一方、大会中に怪しい行動を見せていたソフィアは、その報告を影で行っており……

コアデッキケースの製造を一手に収め、バディファイトを世界に普及する臥炎財閥。その若き総師、臥炎キョウヤがバディファイトパーティに牙王たちを招待した。大海原を行く豪華客船でファイトの最中、景品となっていた究極レアカードが盗まれる。クリミナルファイターの存在が騒がれ始めたとき、突如船内に激震が走り……

己の成長のため、ドラゴンワールドの父のもとへ帰還したドラム。ところが父は｢お前に足りないのは強さではない｣と一喝。異世界へと送り込まれる。そこでは衣装も武器も大変身。お馴染みの面々まで変わった姿で現れた。ここは一体？ 一方、牙王は超商店街ファイティングステージで｢wind｣と呼ばれるバディファイターに出会う。

相棒学園ではランキング外なのに、超商店街のショップランキングでは第1位の女の子｢富士宮風音｣。彼女の使用するダンジョンワールドデッキは楽しいミニゲームの世界。クイズを出したり運試しをしたり、ファイト中に自然と笑顔になれるワクワクなデッキだ。遊んでいるようで、実はめっぽう強い？風音の実力や如何に。

超箱根の山奥に存在し、バディファイト絶対主義を掲げ、勝つことが正義とされる学校――その名も｢戦国学園｣。打倒相棒学園を目論むそんな危険な場所に、キリがさらわれた。牙王たちは鈴羽の天空ルームを使って乗り込むことに。そこで待っていたのは｢四鬼将｣と呼ばれるバディファイトの強者たちだった。

四鬼将・毛村vs轟鬼ゲンマ。実は両者は、幾度もファイトしあった仲だった。ゲンマは毛村の成長に感心し、ぜひ友にと手を差し伸べる。だが｢勝つ事が全て｣戦国学園の鉄の掟がそれを許さない。デュエルズィーガーに対抗するために用意された、レジェンドワールドの恐るべきカードとは……

四鬼将・毛村vs富士宮風音。戦国学園の鉄則に従い、勝ちに拘った毛村だったが、その心中は複雑だった。うなだれる毛村は、風音とのファイトに身が入らない。｢そうじゃねぇだろ！｣と叫ぶ牙王。それでも｢勝て！｣と叫ぶロウガ。悩める毛村に必要なものとは一体何か。風音とのファイトがきっと、大切な事を教えてくれる。

四鬼将・金蛇vs如月斬夜。奇しくも忍者を使用する者同士の対決となったが、金蛇には斬夜と深い因縁があった。それはお互いの夢に関わる重大な事件で……。金蛇の設置魔法｢血戦のゴジョー大橋｣によって空中に掛けられた橋を舞台に、いつも冷静な斬夜が熱く吠える。かつて憧れだった本物の忍者を前に。

四鬼将・手札の君レア麿vs未門牙王。レア麿は、かつてロウガが牙王に敗れた事を引き合いに出し、自分が牙王に勝てばすなわち一番であると主張する。レア麿は牙王がドラゴンワールド使いである事を勝算にほくそ笑むが、びっくり仰天、牙王はマジックワールドを宣言した。マジシャンドラムへと姿を変えた牙王のバディは、修行の成果を発揮できるのか。

ついに静寂を保っていた霧雨正雪が前に出る。対する相棒学園は富士宮風音が手を上げた。オープンザフラッグのあと、腰につけた剣を掲げる正雪。隣にはバディが見えないがいったい?円卓の騎士をコールし、さながら本物の武器のように剣を振るう正雪は、バディファイトに異様な気迫を漂わせていた……

皆のご飯を買いに出た牙王とドラム。その帰り道に、怪しい動きを繰り返してきたソフィアの姿を目撃する。その先で驚愕の光景に出くわした牙王は、ソフィアの闇の力により絶体絶命のピンチへ。大慌てのドラムだが、牙王は迷わない。この状況を打開する方法が、この二人にこそ存在する。

四鬼将・霧雨正雪vs未門牙王。ファイトの最中、正雪は力を求めすぎるあまりダークコアの闇の力に取り込まれてしまう。バディポリスがその反応をキャッチすると、かつてのウルフの脅威を察した龍炎寺タスクは、急きょ戦国学園へ出動する。カードの力を現実にして暴れだす正雪。なすすべがない牙王たち。この勝負の行方は一体……

荒神ロウガvs未門牙王。ついに迎えた大将対決。牙王に負けた雪辱を果たさんといきり立つロウガに対し、牙王は｢荒神先輩とダチになりたいんだ!｣と笑顔で返した。相手にしないロウガだが、牙王はこのために秘策のデッキを用意しており……。さぁ出番だ、勇者ドラム。

キリと一緒に無事未門家へと帰ってきた牙王たち。戦国学園の経験で少し強くなったキリは、その力をさっそく試すべく牙王にバディファイトを挑む。一方、不審な行動を続けていた臥炎キョウヤの元へ、祠堂やソフィアをはじめとする怪しきメンバーが集う。世界を変える力を持った彼ら、その名も｢ディザスター｣が、ついに行動を開始する。

クリミナルバディファイター・魔人インザイディが刑務所から脱走した。バディポリス滝原剣は、ヒーローワールドからやってきたカードバーンと共にインザイディ逮捕に立ち向かう。しかしステラを人質にとられバディポリスが窮地に立たされたその時、正義のために答える男、キャプテン・アンサーがついに姿を現す。

相棒学園に新しくやってきた花薔薇エルフ先生は、バディファイトに興味津々。怒野アイアンクロー校長の計らいで、秘密のファイティングステージへと連れてこられたエルフとクラスメイト一行。なんと怒野にバディファイトで勝たない限り、外へ出してくれないらしい。魔王ガーグナーをバディに従えた怒野と、ダンジョンデッキ対決だ。

ディザスターの一人、朽縄てる美。相棒学園の生徒である彼女は、キョウヤの要望により牙王に接触してきた。しかし牙王の友達である黒岳テツヤの歌とダンスになぜか計画が阻まれてしまう。怒ったてる美はテツヤを先に排除しようと、闇の力・ディザスターフォースを発動するのだった。

バディファイターとして着実に成長してきたキリ。レジェンドワールドを使用して巧みなデッキを組んだキリは、その力を試すべくさっそくキャッスルへ。そんなキリに１本の電話がかかる。動揺するキリは、意を決して風音に勝負を依頼する。何かに焦るキリの心中はいったい……

キリから突然手紙が届いた。元気にしていることを知った牙王は嬉しくなり、放課後さっそくキリの元へ。しかし、牙王の喜びは無残に打ち砕かれる。待ち受けていたキリは雰囲気が豹変し、その手には黒いコアデッキケースが握られていた。

相棒学園に毛村を招いた轟鬼ゲンマ。それを待ち受けていたのは、実はディザスターの一員であった祠堂孫六。「ダークネスドラゴンワールド」という未知のワールドを宣言する祠堂は、かつてコテンパンにやられたデュエルズィーガーを前にしても不敵に笑うのみ。その余裕のわけとは。

ディザスターの山崎ダビデは、イカサマを犯しても悪びれる様子を一切見せない厄介者だ。バディフェスタで盛り上がるキャッスルにて、ダビデに勝負をけしかけられる牙王。再び卑怯な手を使ってくるダビデに、牙王は怒りの鉄槌を叩き出す。

子供たちの間で恐れられている正体不明の存在「死神」。彼は夕暮れ時、人気のない場所でバディファイターに勝負を挑み、叩きのめしたあと、バディを奪って去って行くのだという。訪れた公園で死神に出くわした斬夜は、彼を捕らえるため、バディをかけた真剣勝負を開始する。

バディポリスとしての力を制限されている龍炎寺タスクは、自分の正義を行えず悩んでいた。タスクはディザスターの脅威を放っておけず一人で立ち向かおうとするが、牙王はそれを許さなかった。牙王、ドラム、タスクの3人で富士の樹海の奥に潜む、敵のアジト「ディザスターパレス」へと乗り込む。

祠堂孫六&山崎ダビデvs龍炎寺タスク。ディザスターパレスでタスクを待ち受けていたのは2対1の特設ステージだった。さらにタスクは、自分のデッキに身に覚えのないカードを発見するが、その用意された力に手を伸ばしてしまう。一方、再び死神と相対した牙王は、仮面の奥にいるキリに向かって語りかけるが……

花薔薇エルフvs未門牙王。花薔薇は、ダークコアの力を使ってモンスターを操るディザスターの科学者。かつて死神が奪ったモンスター達を研究に利用している花薔薇は、斬夜のバディ、月影を従えて牙王の前に現れた。爆が組んだ新デッキ｢爆竜牙｣で、奪われた月影を取り戻せ!

臥炎キョウヤが主催する、選りすぐりの8チームによるバディファイト トーナメント戦、｢臥炎カップ｣の開催が発表された。招待された牙王はディザスターの危険を心配し参加を迷うが、仲間達はだからこそ共に戦おうと集まった。だが斬夜はテツヤに｢君は勝利への執念が足りない｣と厳しい言葉を告げ……

全世界待望、世紀の祭典｢臥炎カップ｣がついに幕を開けた。相棒学園ファイティングステージは臥炎カップ用に改築され、参加する8チームと24名のファイターが集まった。最高潮に沸く会場で記念すべき初戦はチームゴッデスの天野鈴鈴羽。バルソレイユ先鋒、如月斬夜は女性ファイター相手にどう戦う!?

バルソレイユvsゴッデスの次峰戦はなんと、メデューサをバディに持つ朽縄てる美であった。以前てる美に「二度と姿を見せるな」と一喝されたテツヤだったが、バディファイトが楽しいゲームであることを伝えるため、そして、てる美に自分を知ってもらい、自分もてる美のことを知るため、歌って踊ってステージに立つ。

バルソレイユvsゴッデスの大将戦。誰もが予想しなかった驚きの相手は、ななななんと奈々菜パル子！？実はヒーローワールド使いのバディファイターであった彼女は、毎度の実況で牙王の手を知りつくした難敵であった。パル子が実況するのは自分の勝利か、はたまた轟斬の実体験か。牙王のドローの一枚は。

臥炎カップ第一回戦の第3試合、チーム戦国学園の霧雨正雪vsチーム煉獄の荒神ロウガ。ロウガは、友であるキョウヤの不可解な行動に疑問を感じ始めていた。心中を正雪に見抜かれイラ立つロウガは、突発的なディザスターフォースの暴走により、ファイト中にカードの力を現実にしてしまう。騒然とする会場、その時キョウヤは……

チーム清風会vsチームデスティニー。轟鬼ゲンマの対戦相手は、アメリカから帰ってきた虎シャツの男、虎堂ノボルであった。竜騎士デッキを進化させたノボルは、己が竜にまたがり空を飛ぶ。しかしゲンマもまた、修行によって新たな力をつけていた。一方、目を覚ましたキリは、花薔薇の研究所へ向かい……

無事に臥炎カップの一回戦を突破したチームバルソレイユは、未門家で祝勝会を開いた。そこへ突然現れた訪問者、それはドラムの父であった。牙王の父、隆と意外にも馬が合った父ドラムは、なんとバディを組んで、牙王とドラムに稽古をつける事に。それぞれの父親が息子に伝えたい思いとは。

臥炎カップ準決勝、第一試合はチームデスティニーの虎堂ノボルvsチーム煉獄の煉獄騎士。ダークネスドラゴンワールドのディミオスソード・ドラゴンをバディに据え、冷酷無比にノボルに迫る煉獄。しかし斬夜は、その鎧の奥に、ある人物の面影を見る。ついに明かされる煉獄騎士の正体とは。

チームデスティニーvsチーム煉獄との次峰戦は、禍津ジンvs荒神ロウガ。立場は違えど友のために戦う両者の思いが激突する。一方、煉獄騎士となったタスクと対峙した牙王は、タスクが自らの意思でディザスターとなった事に驚愕する。語られるタスクの過去と決意、それを知った時、牙王は……

臥炎カップ準決勝、第二試合。チームバルソレイユvsチームダークドミネイターズ。煉獄騎士となったタスクの真意に直面し、動揺する牙王と斬夜。次第に雰囲気が悪くなるバルソレイユのチーム内で、先鋒戦に手を上げたのは黒岳テツヤだった。今まで最も派手に歌って踊るテツヤ。テツヤなりのメッセージは仲間へ届くのか。

ディザスターのデッキビルダーであり、爆のデッキビルドの師匠でもあるグレムリンとの大将戦。｢ファイターはデッキビルドの添え物｣と断言するグレムリンのデッキは、爆も舌を巻く完成度であった。二人を分かつデッキビルドの信念は勝負をどちらへ導くか。デスタリカの壁をぶち破れ!

臥炎カップで世界が沸く中、滝原、ステラ、コマンダーIは、落ちぶれたバディポリス復権の為についに行動を起こす。させまいと妨害するノバリンと祠堂親子。孫六のディザスターフォース発動により屋上に追い詰められ、ここまでかと思われたその時、正義のヒーロー、キャプテン・アンサーが現れる!?

臥炎カップ決勝戦、チームバルソレイユvsチーム煉獄。テツヤの対戦相手であるソフィアが決戦前に交渉に来た。彼女は朽縄てる美の記憶を奪った張本人であり、もし試合を棄権すればてる美の情報を与えるというのだ。悩みつつも試合に臨んだテツヤに、これまで隠されていたソフィアのバディファイトがベールを脱ぐ。

臥炎カップ決勝戦の次峰戦は、如月斬夜vs荒神ロウガ。斬夜はタスクのために、ロウガはキョウヤのために、この試合に勝って伝えるべきことがあった。両者の信じる正義がここに激突する。友に伝えたいこととは一体何か。そして、それを知ったとき友がとった行動とは。

臥炎カップ決勝戦の大将戦。未門牙王vs龍炎寺タスク。牙王の初めての対戦相手であったタスクとの、運命の再戦。牙王は太陽番長となり、タスクの目を覚まさんと全力で挑む。一方、バディポリス滝原たちは、臥炎カップの裏で進行するキョウヤの計画を突き止めるため、花薔薇の研究所へ進入する。

臥炎キョウヤの計画が、臥炎カップの最中ついに始動する。ファイティングステージ上空に現れたダークネスドラゴンワールドのゲートから現れる巨大モンスター。騒然とする会場、その時、タスクと牙王は……。ついに明らかになるキョウヤの野望。ダークコアの力は世界に何を招くのか。

臥炎キョウヤにバディファイトを挑んだ未門牙王。今や救世主と呼ばれるキョウヤに勝負を挑むことは、世界を敵にまわすことと同じだった。次第に高まっていく世の中の悪意。そしてついに勝負の前日となった夜、タスクが牙王の元を訪れた……

世界の命運を賭けたバディファイトがついに始まる。キョウヤは特別なフラッグ｢ドラゴン・アイン｣を掲げ、ついに終焉魔竜アジ・ダハーカがその力の全貌を現す。かつてない強敵に牙王はどう戦うか。また、そのファイトの裏ではタスクとキリが敵のアジトへ乗り込み、キョウヤの陰謀を阻止しようとしていた。

キョウヤの圧倒的な力に世界が沸き、ダークコアの力が強まった。牙王がキョウヤに負ければ、ダークネスドラゴンワールドのゲートが完全に開き、世界は終わってしまう。追い詰められた牙王は、それでも未来を信じられるか。バディと共に切り開け!｢放て!フューチャーカード!!｣