鉄鋼（てっこう）中学に通う白銀レッカ（しろがねれっか）は、ちょっと、おっちょこちょいだが、「ごはん大盛り！勇気爆盛り！！」誰よりも強い正義感を持つ熱血少年だ。 その日もレッカは親友のニッケル（本名、新田ケン）を助けるため、学校裏の竜神山（りゅうじんやま）で、ガキ大将の天然ガス（てんねんがす）と子分の油屋デン助（あぶらやでんすけ）と対決していた。 そんなレッカたちの前に、突如、脅威の金属生命体、ガイストが出現！慌てて逃げる途中でガスがケガをしてしまう。自ら囮になりガイストを引き寄せるレッカ。 超国家ガイスト対策組織、ガイスト・クラッシャー・ギャリソン、通称＝ＧＣＧの戦闘部隊が救援に現れるも、ガイスト、テッコウ・リュウジンを倒すことはできない。そのとき、レッカの耳に偶然手に入れたガイフォンから声が聞こえた。 「君に覚悟はあるか！？」と！

フレイム・フェンリルを身にまといガイストを倒した白銀レッカ。 憧れのガイストクラッシャーとして戦ったことを夢の中の出来事だと思っていたレッカの家に、桜さんご（さくらさんご）という少女が訪ねてきた。さんごはＧＣＧ（ガイスト・クラッシャー・ギャリソン）のボルカン所長の指示で、レッカにエントリーテストを受けるよう勧めにきたのだ。 迷うことなくテストを受けることにしたレッカだったが結果は散々だった。そして最後の身体能力テストでは、ガイストクラッシャーのひとり、金剛寺ハヤト（こんごうじはやと）と立会い叩きのめされ……。

ＧＣＧ（ガイスト・クラッシャー・ギャリソン）本部からの帰り道、レッカは偶然、ガイスト、オンミョウ・ヤタガラスに遭遇！ボルカン所長の強力な推薦のおかげでガイストクラッシャーになり倒したはずだった。が、ガイストは、クラッシュメタルという中枢部分を破壊しなければ何度でも復活するため、クラッシュチャンスと呼ばれる機会を見極めなければならないのだった。ハヤトのおかげでクラッシュは完了するが、レッカは、自分の力のなさを思い知り、猛勉強を始める。そしてガイスト出現の知らせが…！ 「照合完了！ガイスト名、エナジー・シーサー！」レッカは街に飛び出した！

レッカは、正式にＧＣＧ（ガイスト・クラッシャー・ギャリソン）の一員となる前に、何としてもテッコウ・リュウジンと決着をつけたかった。そこでレッカはさんごの協力を得て、テッコウ・リュウジンの出現予想ポイントを捜索する。そこにハヤトがやってきた。ハヤトはレッカのことが気になり、別行動でテッコウ・リュウジンを探していたのだ。そして、そのとき、三人のガイフォンが、ガイストの出現を知らせる！レッカはガイストギア、フレイム・フェンリルを、ハヤトはウインド・ガルーダを身にまとい出撃！現れたガイストは、バーン・サラマンダー。 「相手がどんなガイストだろうとクラッシュするのがガイストクラッシャーの使命だ！」 ふたりの必殺技が炸裂した！！

最近ひんぱんに出現するガイストの近くにいつも姿を現す謎の男――この人物こそ、ガイストをコントロールし、呼び出している張本人であることが判明した。彼が口にした「イレイザー」とは何なのか？ 緊迫するＧＣＧ本部に、ガイストギアの最終形態、エクストリームフォームを会得するための修業に出ていた第３のガイストクラッシャー、真銅クラマ（しんどう　くらま）が戻ってきた。クラマは、戦国時代からガイストと戦ってきた忍者、真銅一族の末裔だった。クラマは、新入りのガイストクラッシャーであるレッカの実力を見極めようとして……。 「お前にガイストクラッシャーの資格はない。」レッカ驚愕!！ そんな中、ガイスト、ジャングル・キジムナーが出現し……。

エクストリームフォームを使った戦いでムリをしたクラマに、数日間、静養するようにとの命令が出た。エクストリームフォームにチェンジすると、戦闘力は高まるがコントロールが難しく、からだに大きな負担がかかるのだ。それでも今後の戦いに備え、レッカは、エクストリームフォームを会得しようと厳しい訓練にはげむ。 一方、謎の男の拠点を探っていたさんごと金剛寺コハク（こんごうじ　こはく）は、映し出されたデータの中に奇妙な反応があることに気づく。そして調査に出掛けたレッカたちの前に３体のガイスト、アーク・フェニックス、ロード・バロン、ミリオン・マンネンが現れた！

イレイザー――それはガイメタルからガイストを出現させる謎の組織。イレイザーを率いるのはΩ（オメガ）、そして四人の幹部、サイファ、マンガン、アルーミ、ラウンダが今、そろっていた。 ＧＣＧとの戦いで、ガイストをコントロールする腕輪、サモンブレスを破壊されたサイファにオメガは新しいサモンブレスを与える。オメガから、「鉄鋼町（てっこうちょう）は実験場だ」と言われたサイファは、ＧＣＧの上空で、ガイストのドリーム・バックを呼び出し、ＧＣＧ壊滅を試みる。ドリーム・バックはほかのガイストとは異なる能力を持つ特別なガイストなのだ。ＧＣＧを最大の危機が襲う！！

鉄鋼町で、珍しい皆既日食が見られることになった。日食を前にＧＣＧは警戒態勢を強化。日食時にはガイメタルが活性化し、ガイストが出現しやすくなるのだ。ところが中学生のレッカにはどうしても欠席できない学校行事、皆既日食観測会があった。そこでボルカン所長は、観測会に出席しながらパトロールもするようにレッカに指示を出す。 皆既日食当日、日食によるガイメタルの活性化を利用しようと、イレイザーのサイファが動き出す。そして、海から現れたガイスト、ヴァイス・リヴァイアサンが鉄鋼町へと迫る！

ハヤトは、エクストリームフォーム会得のための訓練にはげんでいた。だがなぜかあと一歩というところでためらってしまい完成させられない。訓練を見守っていたドクター・マグネスからそのことを聞いたハヤトの妹、コハクは、幼い頃に起きたあるできごとを思い出し心を痛める。 そんな中、２体のガイスト、フォーチュン・アルテミス、ハッピー・サンタクロースが出現。クラマの活躍で１体をクラッシュチャンスに追い込むが、弱体化したはずのガイストがなぜか復活し、レッカとクラマが窮地に立たされてしまう。

大量のガイメタルが一気に地上に隆起する現象「ルイン」。これまでの経緯から、ＧＣＧでは、イレイザーの目的がこの現象を人工的に発生させることではないかと推測。ルインの発生に備えて調査を開始する。 そんな中レッカは、鉄鋼中学校の生徒会長、知丹崎優（ちたんざき　ゆう）とともに竜神山に来ていた。レッカがガイストクラッシャーであることを知っている知丹崎は、奇妙な飛行物体が竜神山に着陸したのを目撃し、相談を持ちかけたのだ。レッカたちはそこでイレイザーのサイファと鉢合わせ。作戦の途中で入ったジャマ者にいらだつサイファが呼び出したガイスト、ブラッディー・オーガがレッカたちに襲い掛かる！

イレイザーのサイファが発生させた、特殊なドーム状のエネルギーの中に閉じ込められてしまったレッカや鉄鋼中学校の仲間たち。ドームは外からの攻撃をうけつけず、援護も望めないため、ドーム内で暴れる２体のガイスト、カゼマスター・フウジン、ライマスター・ライジンにレッカがひとりで立ち向かわなければならなくなる。そんなレッカを助けるため、ニッケル、知丹崎、ガス、デン助の四人が奮闘。ニッケルたちは何とかしてドーム外にいるハヤトとクラマに助けを求めようとする。

鉄鋼町にルインが現れた！ルインには強力なガイメタル反応があり、それが最も凶暴なガイストのひとつ、アヤカシ・ナインテールのものであることが判明。さらに、小型ガイストが大量に生まれる前兆も確認され、ＧＣＧに緊張が走る。ボルカン所長は、ルインの中心部が地上に現れ、ガイストが地上に出現する前にクラッシュするようレッカたちガイストクラッシャーに命令を出す。 一方、イレイザーの基地では、イレイザーの首領、Ω（オメガ）が、ラウンダたち三人の部下に、次の実験の準備を進めるよう指示を出していた――。

激闘のため昏睡状態にあったレッカ、ハヤト、クラマが目覚めた。ひと安心するＧＣＧのメンバーだが、レッカに大問題が発生!?戦いに明け暮れて期末試験を受け損ねていたのだ。このままでは留年してしまうレッカ。それを免れるための条件は、学年10位以内の成績をとること！レッカが爆盛りの覚悟で試験にのぞむ！ 一方、雪と氷の国アイスガルドでは、イレイザーの幹部マンガンが、ガイスト、ツンドラ・アスタルテを呼び出し行動を開始していた。しかも、ＧＣＧのアイスガルド支部は、一年前のある事件で壊滅状態のままになっていた。戦えるのはたったひとり生き残ったガイストクラッシャー、シレン・クオーツハートのみ。 「凍てつくせ、極寒の一角獣！ブリザード・ユニコーン、ガイスト・オン!!」シレンの孤独な戦いは続いていた。

イレイザーとの次なる戦いに備え、ＧＣＧのメンバーはアイスガルドへと向かう。現地に到着したレッカたちは、首都、スノーブルグに出かけるが、なぜか人々の態度は冷たい。 実は、アイスガルドにいるガイストクラッシャー、シレン・クオーツハートには不吉なウワサがあったのだ。ガイストが現れるとき、必ずシレンのピッコロの笛の音が聞こえていると……!? そんな中、ガイスト、ギガント・ベヒーモスが出現。レッカたちは出現場所に急行するが、そこではすでにシレンがガイストと対峙していた。 「何か聞こえるぞ、笛の音か……」 レッカが攻撃を仕掛けようとしたとき、シレンがレッカに向けて攻撃をしかけてきた!?

ガイストの出現と関係がある「Ｇ波」を測定し、ルインの出現地点を特定するため、ＧＣＧ本部はアイスガルド各地に「Ｇ波測定装置」を設置することを計画。さんごとメカニック班の亜藤ジン太（あとう　じんた）がその作業を担当し、護衛役にはレッカ、案内役にシレンが選ばれ、早速、作業に取りかかった……が、レッカたちは途中でシレンとはぐれてしまう。シレンは、雪に覆われた丘から落ちた少女に気づき、彼女を助けて安全な場所に避難させていたのだ。その少女セリサにせがまれ、シレンがピッコロを吹き始めたとき、ふいにガイフォンが反応！ガイスト、ビート・フラウロスが現れた。 レッカは、迫り来るガイストに立ち向かうがそのスピードに苦戦する。 「ラビ、このまま突っ込むわよ！」 レッカのピンチにさんごの操縦するメカ、アリスがガイストに体当たりを……！

降り続く雪の中、ガイスト、ヘイル・フロストと戦うレッカとハヤトのもとにクラマがかけつけた。だが、氷属性のガイスト、ヘイル・フロストは猛烈な吹雪に力をもらい、逆に三人は追い詰められてしまう。しかも、地属性を持つクラマのガイア・オロチは、氷属性と相性が悪く、クラマは瀕死の重傷を負ってしまい、レッカとハヤトも負傷。三人はシレンの援護で、一旦、ＧＣＧ本部に戻るが、さんごとジン太は吹雪の中にとり残されてしまった。 この状況にボルカン所長は、氷属性のガイストに有効な炎属性の新たなガイストギアで対抗することを提案する。 「ガイア・オロチには、オレの血と汗と涙がしみこんでいるんだ。こいつとオレは一心同体だっつーの！」 ためらうクラマを本部に残し、レッカはアーク・フェニックス、ハヤトはエナジー・シーサーを装着し、さんご達の救出に向かう！

アイスガルドにある巨大な氷の裂け目、グラン・クレバス。そこは一年前、ガイメタル反応の異常に気づいた当時のアイスガルド支部長トーマスをはじめ、多数の隊員たちが犠牲になった場所だ。レッカたちＧ波測定装置設置班は、この事件の区切りの日、現地に近づけない犠牲者の家族に代わり花を手向けにむかうことになる。そんな中、トーマスの息子、トウヤが行方不明になっているとの連絡が！どうしても自分自身の手で父親に花を手向けたかったトウヤは、密かに一行に紛れ込み、ひとりでグラン・クレバスの深層部に向かっていたのだ。急いでトウヤのもとに向かうレッカたちだが、ガイストが出現した衝撃でクレバスが崩れ始める。 「レジェンドガイストの中でもヤマトガイストに分類されている、ムーンライト・ツクヨミ！」 現れたのは測定不能なほど強大な力を持つといわれる伝説的ガイストだった。

ライジング・アマテラス、ファントム・イザナミ、エンシェント・イザナギ、ブルータル・スサノオ、そして、ムーンライト・ツクヨミ――　いにしえの大国、ヤマトの神話で伝えられる５体のヤマトガイスト。その中の１体、ムーンライト・ツクヨミがヤマトから遠く離れたアイスガルドの地に現れた。強大な力を持つムーンライト・ツクヨミをクラッシュすることはほぼ不可能と判断したＧＣＧは、グラン・クレバス内にいるレッカたちの救出を最優先に、ハヤトとクラマを増援に送る。だがシレンは、何としてもムーンライト・ツクヨミを倒す覚悟を決め、レッカと協力して秘策に出る。 「シレンさんのＧ波が急上昇しています！十万ガイボルト突破!」 シレンの放つ渾身の一撃はムーンライト・ツクヨミに届くか!?

世界中から観光客が集まる「ノザンの雪祭り」。ガイストの伝承に由来する祭りということで、調査を兼ねた蛍ルミネラ（ほたる　るみねら）博士とともに雪祭りを訪れたレッカたちは、以前シレンが助けた少女、セリサと出会う。そのセリサの命をイレイザーのマンガンが狙っていた。マンガンはセリサにガイストを呼び出す現場を目撃されていたのだ。レッカたちは、祭りの人ごみの中に見たイレイザーのゴリマッチョ（マンガン）を捕らえようとするが、突如、ゴリマッチョが４人に増えた!?それは、ガイスト、キングダム・ナイトメアの能力によるものだったが、すべて実体を持つ分身にレッカたちは混乱してしまう。 「感謝するがいい！大勢のオレ様の手であの世に行けることを！」 無数に増えるゴリマッチョとキングダム・ナイトメアにレッカたちは追い詰められる！

ジーク・バナ隊長率いるGCGの戦闘班が、ガイスト、アイス・ゴリライに遭遇。激闘の末、そのクラッシュに成功した。そんな中、GCGベースから戦闘班に連絡が入り、部隊はストーンサークルと呼ばれる遺跡に向かうことになる。それと同時に、バナ隊長に衝撃的な情報が!?それは、GCGの前身、ガイメタル研究所が多数のガイストに襲われた事件に研究所内部の人間が関わっていたというのだ。 ショックを受けつつも部下たちとともにストーンサークルに到着したバナ隊長は、ルインを呼び起こそうとしていたイレイザーのゴリマッチョ（マンガン）との対決に突入するが…… 「ストーンサークル付近に強烈なガイメタル反応！ただの超活性化ではありません！」 突如、彼らの目の前に、謎のガイスト、スパーク・洸（こう）・キリンが現れ……！

ストーンサークルでの戦闘中に何かのアクシデントに巻き込まれたGCG戦闘班が、バナ隊長を残して姿を消した。瀕死の重傷を負ったバナ隊長のために、ストーンサークルで緊急手術が行われるが、その最中に何と、ガイスト、モラモラ・ウンディーネが現れる。 同じ頃、GCG本部では、現場に残された監視カメラの映像と通信データを解析し、ストーンサークルが太古につくられたG共鳴増幅装置ではないかと推測。さらにやっかいなことに、それが何らかの異常により、G波を際限なく増大させ続けているらしいことがわかる。　戦闘班は膨大なエネルギーの集中によって生じた時空の穴――　タイムゲートにのみ込まれてしまったのだ！ 「バナ隊長は戻って来たんだ！　当たって砕けろだ！」 時空間をさまよう戦闘班を救うため、レッカたちガイストクラッシャーは、決死の覚悟でタイムゲートに飛び込んだ！

ボルカン所長の制止を振り切りタイムゲートに飛び込んだレッカたち。そのタイムゲート付近で、次々とガイストの姿が確認された。実体がないことから、過去に存在したものが何かの作用で現代に映し出されたものだと推測されたが、それは、スパーク・洸・キリンとともに「聖獣」と呼ばれた特別なレジェンドガイストたち、グレイス・凍（とう）・ビャッコ、アース・魁（かい）・ゲンブ、マッハ・迅（じん）・セイリュウ、コロナ・焔（えん）・スザクだった。 「聖獣が……幻影とはいえ、５体そろって姿を現した……。もしかしたら……レッカたちが向かった時代にいるのかもしれない」 その頃レッカたちは、タイムゲートを通って恐竜が闊歩する時代にたどり着いていた。そんなレッカたちの前に戦闘班のひとりが現れる。ところが、彼が突然、攻撃を仕掛けてきた!?戦闘班に一体、何があったのか？

ストーンサークル付近の時空間の歪みは、自然発生したタイムゲートではなく、ヤマトガイストによって意図的につくられたタイムトンネルだった!? 残された伝承と目を覚ましたバナ隊長の話から、聖獣たちとヤマトガイストの因縁が明らかになる中、ドクター・マグネスがついにレッカたちのいる時代を導き出した。それは、遠い昔、恐竜たちを絶滅させたといわれる巨大隕石落下の時期と重なるという。このままではレッカたちが巻き込まれる可能性がある！ この緊急事態を伝えるため、さんごのナビロボット、ラビが、再び開いたタイムトンネルを通りレッカたちのところに向かう。 「ストーンサークル……それを活用させてもらう……」 これまでの状況とラビから得たストーンサークルに関する情報をもとにハヤトが考え出した、聖獣を退け、もとの世界に戻る秘策とは!?

アイスガルド山脈の地底湖で、ルインが出現しようとしていた。だが、レッカたちガイストクラッシャーは、激戦のダメージが残っておりすぐに出動することができない。唯一、出動できるのはハヤトのみ。そこでボルカン所長は、少しでもルインの出現を遅らせようとひとつの作戦を考える。 「あのとき……ゼウス事件のときもそうだった……。君は……君たち５人は……」 ひとりで危険な任務を行おうとするボルカン所長だったが、その覚悟を知ったＧＣＧの隊員たちが彼に協力することを願い出る。現地に急行した一行は、行く手を阻むガイスト、ジャスティス・スプリガンのクラッシュをハヤトに任せ、地底湖へと急ぐ。その前に今度は、ガイスト、バイト・アシペンサーが出現！さらにはルインの主であるエターナル・オーディーンまでが現れ……。

苦戦するボルカン所長たちのもとに、レッカ、クラマ、シレンが駆けつけた。ハヤトと合流したレッカたちは、Ｇ波を追尾する能力を持つエターナル・オーディーンに対抗するため、Ｇ波を抑制する機能があるステルス・アプリを使いガイストの目から逃れる。だが、音を立てたり激しく動けば、たとえ姿は見えなくても居場所を知られてしまう。 そんな中、ルミネラ博士が助手のコハクに現場を任せ、イレイザー捜索のために出動する。 徐々に姿を現してゆくルインとガイストを前に、うかつに動くこともできないレッカたち。そんなレッカたちにコハクから有力な情報が伝えられた。 「これより、エターナル・オーディーン、クラッシュ作戦を開始する！」 レッカたちの反撃が始まった頃、ルミネラ博士もついに、イレイザーのマンガンのもとにたどり着いていた。

ボルカン所長が何者かに襲撃されて数日後、世界中に「ＧＣＧ解散！」という衝撃ニュースが駆け巡った。そのことを証明するように、レッカは鉄鋼町に戻り、ハヤト、クラマ、シレンもまた戦いから離れ、静かな日々を送っていた。 このＧＣＧの解散騒動の中、イレイザーの幹部、アルーミが、新たにイレイザーに加わった黒曜イズナ（こくよう　いずな）を伴って、砂漠の国デザドラドに現れた。そして４体のガイスト、スカル・バーゲスト、ウォー・ヨルムンガルド、ハングオン・ケートス、ミスト・クー・シーを呼び出し人々を恐怖に陥れようとする。そこに立ちはだかったのは、何とレッカたちガイストクラッシャーだった。　アルーミ、イズナと対峙するレッカたち。だが、ふいにイズナがガイフォンとガイメタルを取り出した。 「轟け、雷鳴の黒竜！　ライトニングドラグーン、ガイスト・オン！」 ガイストギア、ライトニングドラグーンを身にまとったイズナは――!?

GCGの緊急記者会見で「イレイザー」の存在が全世界に知れ渡った。この記者会見を見たアルーミは、新たに計画を立て直すため、GCGの現在の様子を探る作戦を考える。 その頃レッカは、アルーミとともにいたイレイザーの黒曜イズナが、かつてはGCGの一員であり、ヒノモトに現れたガイスト、ロック・アビスをクラッシュするときに無茶をし、人々を危険にさらしたことがあるという話を聞いていた。 そんな中、ガイスト、エアロ・グリフォンが出現。ハヤト、クラマ、シレンが迎撃に向かう。 「ガイメタル反応急接近！　ガイストクラッシャーです！」 ルミネラ博士の指示で本部に残ったレッカが立ち向かうが……!?

密かにアルーミが呼び出したガイスト、ハリケーン・ジン。ところが、ハリケーン・ジンがアルーミのサモンブレスを巻き込み、自らが起こした竜巻とともに姿を消した。焦って捜索するアルーミだったがサモンブレスは見つからない。実はサモンブレスは、それを価値ある骨董品と勘違いした地元ナイールの観光協会の人々が拾い、別の場所に移動させていたのだ。 あらゆる手段を使い、やっとのことでサモンブレスを見つけたアルーミは、観光ガイドの少年、ジプからサモンブレスを奪い返すと、ハリケーン・ジンを操り攻撃を開始。 「オレたちは……どんなことがあっても街を守る！それがガイストクラッシャーだ！」 ナイールの街と人々を守るために、レッカたちガイストクラッシャーが立ちふさがる！

重傷のボルカン所長が、万病に効く水が湧き出ているというオアシスで療養することになった。しかし、まだ自由に動くことができないため、ルミネラ博士やヒスイたちがつきそい、レッカが護衛につくことになった。 オアシスに到着したボルカン所長は、医師でもあるヒスイの指示に従い全力で療養に専念するが、そんな中、ロック・アビスの進化型ガイスト、ギザ・アビオスが出現。本部に残ったハヤトたちが迎え撃つ。そして、療養中のボルカン所長の前にはイズナが！ライトニング・ドラグーンをまとい、ボルカン所長に襲いかかるイズナ。それをレッカが止める。 「……たとえどんな理由があろうと……人を傷つけるガイストクラッシャーを……俺は絶対認めない！」 ガイストクラッシャー同士の攻撃が激しくぶつかり合う！

突如ナイールの水源、アズワンダムの水がなくなった。それはガイスト、グラトニー・セベクの仕業だったが、一気にガイストをクラッシュすれば、膨大な量の水が放出されダムが崩壊してしまう。ドクター・マグネスとジン太の調査で、特定の高周波をガイストにあてればその危険を避けられることがわかるが、肝心の周波数がわからず必死の実験が続く。 一方、深刻な水不足に見まわれたナイールでは、少ない飲み水を奪う者が現れ、ジプが狙われる。それを助けたのは、何とイズナだった。そんなイズナの前に「謎の人物」が現れる。 「お前が救わねばならないのは、あの子ひとりではないはず。違うか？」 イズナの目的とは何なのか？

レッカたちガイストクラッシャーは、２体のガイスト、ルナティック・ザントマンとコマンダー・ラタトスクの連携攻撃に苦戦していた。しかし、クラマの機転で形勢は逆転。クラッシュに成功する。 一方、GCG本部では、デザドラド全域のガイメタル反応の異常を確認。その原因究明を急いでいたが、その頃イレイザーは、新たな作戦に取りかかろうとしていた。 「もはや敵対組織は不要だ。GCG及びすべてのガイストクラッシャーを消去せよ！」 イレイザーが、古代コロシアムに出現させたガイスト、マキシマム・タウロスをクラッシュするため駆けつけたガイストクラッシャーたちだったが、彼らをさらなるガイスト、ストーン・ゴリライの群れが取り囲む！

イレイザーの首領、Ω（オメガ）の命令に従い、すべてのガイストクラッシャーを抹殺しようとするアルーミは、さきに呼び出したガイスト、マキシマム・タウロス、ストーン・ゴリライのほかに、マジカル・ケット・シー、アラナミ・アカメザメ、ダーク・デュラハン、イビル・イフリートまでもを呼び出した。それぞれが苦手とする属性を持つガイストと戦わなくてはならなくなったレッカたちは追い詰められるが、そんなレッカたちを、先日、アズワンダムで出会った「謎の人物」が助ける。 一旦、ガイストとアルーミの目を逃れたレッカたちは、この窮地を脱するための作戦を計画。 「敵は……こちらの苦手な属性のガイストをぶつけてくるはず。それを逆手に取る」 ガイストクラッシャーたちの反撃が始まる！

ボルカン所長に強い憎しみを抱くイズナ。それは幼い頃、故郷、オブサイドでガイストの襲撃に遭い、姉を亡くした過去と関係があった。イズナはいまだに、そのとき負った心のキズが癒えず苦しみ続けていたのだ。そのイズナをしばらくの間、GCGのデザドラド支部が預かることになった。イズナのことが気になるレッカは、彼のために「レッカ特製爆盛り弁当」を作るとデザドラド支部に向かう。 一方、ガイストクラッシャーの抹殺に失敗したアルーミだが、いよいよルインを呼び起こすための行動を開始。 「私の華麗な計画の、これが最後の仕上げよ」 ガイスト、セイント・エレオレスを同時に４体、呼び出したアルーミは……。

ルインが出現し騒然とするGCG本部に、レッカが、イズナとともにやってきた。イレイザーに加担していたイズナとチームを組むことに不満顔のクラマとシレンだが、ルインの中にはどんなガイストがいるかわからず、しぶしぶ５人で出動することに。ところが、何故かイズナだけがガイストオンできない!? イズナを本部に残し、ルインへと急行するレッカたち。そんなレッカたちの前にルインの門番、グランド・スフィンクスとジャッジメント・アヌビスが立ちふさがる！ 一方、さんごとともにルインへと向かうことにしたイズナは、その途中で小型ガイストに襲われる観光客の一行と遭遇。戦おうとするがやはりガイストオンできない。 「ガイストオンに必要なもの――おそらくそれは、ガイメタルとの適合だけじゃない」 イズナは再びガイストクラッシャーとして戦うことができるのか!?

ルインへと突入したレッカたちガイストクラッシャーの前に、小型ガイストの大群に続いて、ガイスト、サイクロン・グリフォロスとデス・ルシファーが現れた。厳しい戦いの中、レッカたちの必殺技が炸裂する――！ ルイン内で激闘を繰り広げるレッカたちだが、そんなレッカたちにGCG本部から強力な補給物資が届けられた。それは、風属性を持つルインの主、プロミネンス・ラーに対抗するために用意された雷属性のガイストギア、ライマスター・ライジン、グラトニー・セベク、アドミラル・エーギル、ポップン・アルミラージだった。 一方、その頃、オリンポリスにある火山の地下深くでは、ある異変が起きていた――。 「地球人類よ。我らイレイザーの前に跪け！」

首領であるΩ（オメガ）自らが指揮を執り、イレイザーが全世界に宣戦を布告した。イレイザーは、反撃を試みた国を、ガイスト、サイコ・ヴァサーゴの圧倒的な力でねじ伏せると世界中に降伏を要求する。 この事態に、すぐの出撃を申し出るガイストクラッシャーたち。しかし、ルインでの戦いのダメージが抜けていない彼らでは、万全の状態で戦うことができない。 そんな中、ドクター・マグネスとジン太が、イレイザーの指定するタイムリミットを引き伸ばす方法を考え出す。早速、GCGの隊員全員で作戦を開始するが、彼らの前に突如、ガイスト、パラディン・ヘラクレスが立ちふさがり…… 「やめろーっ！それは……人類の希望なんだ！」 ジン太の叫びがデザドラドに響き渡る――！