男だけの国ジャポネス。そこに住む少年、間宮小樽はジャポネス歴史資料館で1体のマリオネット、ライムと出会う。ライムはマリオネットとは思えないような豊かな感情を持っていた…。

ライムと劇的に出会い、長屋で一緒に暮らし始めた小樽。しかし、ドジばかりで何かとお騒がせなライムに長屋の住人はカンカン。そんな中、花形の弟が泥棒に捕まり、火事の中に取り残されてしまい…。

年に一度のジャポネス城のお祭りに出かけた小樽とライム。そんな中、ファウストのセイバードールズ、パンターが家安暗殺に現れる。パンターに苦戦する小樽たちの前に新たなマリオネット、チェリーが目覚める…。

ライムに続いて、チェリーとも一緒に暮らし始めた小樽。ライムに邪魔されて、なかなか小樽とのロマンスができないチェリーは、ジャポネス地獄組にさらわれたことにして小樽を呼び出すが…。

将軍の家安に呼ばれて、ジャポネス城に赴いた小樽たち。そこで小樽はテラツーの歴史、ライムに搭載された「乙女回路」の話を聞く。そこに突然、ファウストがセイバードールズを連れて現れて…。

家安から預けられた新たなマリオネット、ブラッドベリー。ライム、チェリーをものともせず小樽に結婚を迫る。あげくには、無理やり人力飛行機で新婚旅行へ小樽を連れ出すが…。

小樽の稼ぎで4人が食べていたため、米が尽きてしまった。米を買いに行ったライムが富くじを買ってしまう。そして幸せをあなたに賞が当たるが、当たったくじがなくなってしまい…。

ライムが何者かにさらわれた。そんなライムを助けに行こうとする小樽に花形は、あのマリオネットたちを愛しているのかと言う。その言葉に悩む小樽は、ライムと出会ったジャポネス歴史資料館にある女性の肖像画に向かい…。

数日以内にジャポネスに侵攻するファウストを止めるため、ガルトラントに進入して、メインコンピュータを破壊するように頼まれた小樽。ライム、チェリー、ブラッドベリーを危険な目にあわせたくないと思う小樽は…。

ファウストの無意味な侵略を中止させるため、ガルトラントに潜入した小樽たち。メインコンピュータを破壊するため、チェリーのたてた陽動作戦を決行するが…。

ファウストはすでにガルトラントの部隊をジャポネスに向け侵攻を開始していた。一方、コンピュータ破壊を失敗した小樽たちは、ガルトラントの市民に救われる。そして再びコンピュータ破壊に向かうが…。

ガルトラントからの帰途の途中、15年前に建てられたジャポネスヘルスセンターを見つけた小樽たち。この立ち寄ることにするが、ライムたち3人が突然倒れてしまい…。

ファウストの野望を打ち砕き、ガルトラントから帰ってきた小樽たち3人は、ジャポネスの英雄になっていた。そんなある日、「芸能プロじょんぶる金子」から芸能人にならないか？という話が小樽にやってきて…。

新春マリオネットコンテストに参加することになったライムたち。そんな中、小樽のハートを掴んでガルトラント軍に引き込むため、ティーゲルたちセクサドールズもコンテストに参加してくるが…。

家安に呼び出され、ジャポネス歴史資料館へ向かう小樽とライムたち。そこで、肖像画に描かれている人間の女性の名が伝説のローレライであることを知らされる。また、ライムたち3人の乙女回路は成長途中であり、その成長は、人類の希望＝人間の女性復活が託されている、と告げられる…。

きこりを手伝っていたライムは、きこりからリスをもらってきた。ライムが世話をする条件でリスを飼うことになるが、いろいろとリスが悪さをしてしまう。捨ててくるようにいわれたライムは、リスを隠れて飼うが…。

幼いファウストとのことを思い出すティーゲル。そんな一方、謎の物体の正体を探りに行った小樽たち。その中でジャポネス城にいる家安にティーゲルたちが襲撃してきて…。

執拗なファウストの攻撃で将軍さまが死んでしまった…。将軍さまの死を悲しむ間もなく、ファウストの攻撃は続く。将軍さまの作ったこのジャポネスの町を守るため、小樽たちは再び立ち上がる…。

戦いによって傷ついたライムたちは小樽に修理してもらった。一方、ファウストに見限られて追放されたティーゲルたちセイバードールズは、ライムたちの乙女回路を奪うために傷ついた状態で現れて…。

ティーゲルたちセイバードールズとの戦いの後、ライムは乙女回路を奪われてしまった。そのため、ライムは心のないただのマリオネットになってしまった。ライムの乙女回路を奪った、その人間とは…。

ライムが元気になった祝いを長屋のみんなが開いてくれることになった。バーベキューの準備をする中、取り皿を借りに向かう小樽。だが、なかなか帰ってこない小樽にライムは怒ってしまい…。

家安と彦佐の記憶の宿った、玉三郎と梅幸に呼び出され、小樽たちはジャポネス城に向かった。そこには各国の首脳が極秘に集まり、ガルトラント侵略の話し合いがなされていた。そこで小樽たちはファウスト暗殺を依頼されるが…。

セイバービーストに襲われた小樽たち。そんな時、突如ジャポネスなどの国が宇宙から攻撃を受ける。そしてセイバービーストに苦戦するライムたち3人は、チェリーとブラッドベリーの乙女回路を奪われてしまい…。

メソポタミア号による激しい攻撃。このままではテラツーが滅亡してしまう。そのメソポタミア号には伝説の女性ローレライが眠り続けているらしい。テラツーを守り、ローレライの救出するにはライムたちを犠牲するしか方法はなく…。

小樽のため、また、テラツーのみんなを守るためにメソポタミア号と戦うライムたち。人のために戦うことで、生きていることの素晴らしさを今更のように実感する。ライムたちは乙女回路を犠牲にすることでローレライの救出に成功する。しかし、それは小樽との永遠の別れを意味して…。