｢密かに流行ってる『死に顔サイト』らしいぜ｣｢コレ登録するとさ、友達が死ぬ時の光景が、見れるんだよ！｣。何気ない日常の何気ないやり取りをしていた響希と大地に突如訪れた地下鉄事故。そこに偶然居合わせた維緒と共に目の当たりにした惨状と人を食べている得体の知れない生き物・・。必死の思いで地上に逃げた3人だが今度は上空から降下してきた物体が無差別に人を襲っていく。そんなとき響希のケータイが反応し出現した魔法陣から現れたのは・・・。

「昨日までは普通だったのに！」「何でこんな事になっちまったんだよ！？」日本政府直属の機密機関、指定地磁気調査部ジプス東京支局局長の大和から知らされた現状と真実に困惑する響希に協力を促す大和。大和が選択を委ねる中、意思の固まらない響希だったが、悪魔に襲われそうな人を助ける為に戦っていく中で響希は自分の意思を固めていく。大地の悲痛な叫びに果たして響希の選び出した選択肢とは・・・。

「死に顔動画は回避できる・・・」「俺が・・・みんなを守らないと・・・俺が・・・勝たないと・・・」科学者の菅野史博士がセプテントリオンの出現と同時に消息を絶った為、その捜索で大阪へ向かう響希、大地、維緒。大阪のサマナーである緋那子、啓太と合流し早速捜索を開始するが、単独行動をしている啓太の『死に顔動画』が緋那子の携帯に届く。啓太の死を回避すべくサマナーが召集されるが果たしてその結末は・・。

「泣いて、喚いて、それで解決するならそうしている・・・」「何もしない人もいる中で、なぜ君はそう選択するんだろう？」突如出現した第２のセプテントリオン『メラク』の討伐指示に駆り出さられる響希たち。奮闘も空しく『メラク』の猛攻は止まらず多くの死者がでる現状に命令を無視して討伐に向かう響希。そんな響希の前に大和の古い友達と言う謎の男が話しかけてくる。自分の信念を貫こうとする響希の選択が生んだものは・・。

「ヒビキが、死ぬ……？」第2のセプテントリオン『メラク』討伐後、姿を消したヒビキを追って名古屋に向かうダイチとイオ。名古屋に到着するとジプスの名古屋支局を占領したという暴徒達に加え、悪魔と戦うヒビキの姿を発見する。一方、名古屋のサマナー、アイリとジュンゴは奪われた名古屋支局の奪還を計り暴徒のリーダー栗木ロナウドへの接触を試みる。そこでロナウドから告げられたヤマトの本当の思惑とは・・。

「大きな力は、人を巻き込む・・・。俺と一緒にいる事が何より危険なんだ」名古屋に辿り着いたダイチとイオは、もう誰も犠牲を出したくないと葛藤するヒビキと再び再開する。しかしそんな再会もつかの間、第３のセプテントリオンは名古屋に出現することに！暴徒やジプスと共闘するも、圧倒的な力を誇るセプテントリオンの前に次第に追い詰められていくヒビキたち。果たしてヒビキの死に顔動画は回避できるのか・・。

「お前の言う「正しい」とは何だ？」「俺はもう自分の力を、誰かにゆだねたりしない。」突如ジプス内に現れたアルコルが明かす衝撃の事実に、一同は驚愕する。さらに次のセプテントリオンは東京、大阪、名古屋の三か所に同時出現するという。手段は違えどヒビキたち、ジプス、暴徒は一時の共闘を決断。ヒビキ、ヤマト、ロナウド、それぞれの信念に基づいた戦いの結末は如何に・・。

「どうして、人間にこんな酷な試練が課せられなければならないのだ……」「何もかもが……無かった事にされていく……」」東京、大阪、名古屋の三か所に出現した第4のセプテントリオン。三体のコアを同時に破壊しなければ倒せないセプテントリオンに苦戦を強いられる。戦いは熾烈を極め、さらにヒビキ達は追いつめられることに！？そんなそれぞれの戦いの結末は…。そしてこの世界が行きつく先とは…？

「俺は、みんなの死の上に生きている……」「生き残るとは、背負い続けるという事だ。」多くの犠牲を伴った戦いを終え、ヒビキたちはそれぞれに戦いの意味を考える。そんな中、突然ヒビキの部屋に姿を現すアルコルに困惑するがそれもつかの間、第5のセプテントリオンが札幌上空の成層圏に出現。その戦いは最善で残酷な決断を迫る戦いだった。生き残ることの重さを噛みしめるヒビキたち。それぞれが選ぶ、人間が生き残るための最善策とは…。

「仕方ないから、死ぬの？　そんなの認めない」「心の通っていない、結果だけを求める未来なんてごめんだ」次なるセプテントリオンを倒すために、生贄となることを命じられたイオ。自分自身の過去と価値を見つめ直し、彼女は自ら生贄となる道を選ぶ。しかし、必要な犠牲など認めたくないヒビキは自らも戦場に赴く。絶対に仲間を守るという強い思いが引き起こしたものとは…。

「最後の……セプテントリオン……」「全力で相手をしてやる。神を……滅ぼすぞ」ルーグとの戦いを終え昏睡状態に陥ってしまったヒビキ。ダイチたちはヒビキだけに背負わせないように次の戦いへの決意を固める。そして遂に最後のセプテントリオンが出現！！ヒビキ不在の中、それぞれが自分の意思で出陣する。徐々に崩壊されていく世界の中で、「七日間の審判」最後の戦いが始まる…。

「私達が戦った７日間、無駄じゃなかったよね」「……始まるぞ。変革がな」多くの犠牲者を出し、神に挑む７日間は終わった。世界を変えるためポラリスに会おうとするヤマトだが、その前にアルコルが立ちはだかる。満身創痍のヒビキも二人の戦いを止めるため再び立ち上がる。正しい選択とは何なのか。ヒビキたちの戦いは、何を求め、何を得るための戦いだったのか。世界が崩壊する中、ヒビキの最後の戦いが始まる。

「生きるとは――？」ヤマトとの約束を果たすべくヒビキとヤマトの戦いが始まった。考え方は違えどより良い世界にしたいという信念は同じ二人・・・。ポラリスに謁見し世界を変革するのはどちらなのか。自分たちが守りたかった世界とは何なのか。そして“生きる”とは・・・？それぞれの想いが交錯し、行きついた世界の結末、その選択が創った未来とは・・・。