入院患者に筋弛緩剤を点滴投与して殺害した容疑で捕まった看護師・船津（池谷のぶえ）に、無罪判決が下った。無罪が確定した事件を再捜査するクセモノ刑事・儀藤（田中圭）は、被害者の司法解剖を担当した監察医・灰田（吉田鋼太郎）を相棒に任命し、共にこの事件を洗い直す。被害者・三谷仁之助（品川徹）は資産家で、家族には多額の遺産が残されていた。そこで二人は、遺族の元へ向かった。すると、三谷家は家庭崩壊を起こしている事が判明する。息子・徹（宮川一朗太）はアルコール中毒な上に、妻の舞樹（片岡礼子）とは別居中、孫の仁（荒木飛羽）はひきこもりだった。家族全員が怪しく見える中、新たにアシスタント＝パシリに就任した小刀祢（山本舞香）が現れる。小刀祢は、自らを、不幸を呼ぶ女と自己紹介する、超ネガティブ志向の女子だった…。

３カ月前に起きたひったくり事件の聞き込み捜査を手伝っていた小石川署地域課の刑事・藤代（奈緒）の前に、儀藤が現れた。実はこの事件、盗まれた財布を質屋に持ち込んだキャバクラ嬢・大久保（ヒコロヒー）が逮捕されるも、このたび冤罪が確定。儀藤は再捜査のため、藤代を相棒に指名したのだ。２人はさっそく大久保や、ひったくり被害者の兼田（橋本マナミ）から話を聞くことに。すると、兼田は元警察官で、１年前まで木場署地域課に所属していたことが判明。しかも藤代は、兼田の証言内容がなぜか事件当時から変化していることに気づき…！ 証言を吟味した儀藤は、この事件は兼田の自作自演だと推理。だが、どうにも釈然としない儀藤は木場署へ。兼田の辞職理由を聞き出そうとするが、地域課の課長・百瀬（原田龍二）を筆頭に署の人間たちは口を濁し…!?

何者かが和菓子店に放火した事件から１カ月――。上野北署の一日警察署長としてイベントに参加した人気声優・香川（小関裕太）に向かって、熱狂的な女性ファン・下鳥（村岡希美）が放火は自分の仕業だと自白。香川の手柄として大々的に報じられるも、７カ月後には一転、下鳥の無罪が確定した。儀藤は香川を相棒に指名し、再捜査を開始。下鳥は儀藤らに対し、香川が話題になれば…と思い、やってもいない放火を自白したと打ち明ける。そんな中、下鳥のアリバイを証明した防犯カメラ映像は、“別件”捜査に従事していた刑事が偶然発見したことが判明。儀藤は改めて下鳥に、事件発生時に何をしていたか尋ねると…。

元質店経営者の老女を撲殺し、自宅金庫から500万円を盗んだ容疑で捕まった空き巣常習犯・座間（今野浩喜）の無罪が確定した。凶器のブロンズ像に謎の手袋痕や目に見えない付着物が残されていたり、防犯カメラには自宅に出入りした人間が一切映っていないなど、もともと不可解な点が多かったこの事件。そんな中、無罪判決の決め手となったのは捜査本部でただ一人、座間の無罪を確信していた宇佐美（松本若菜）の証言だった。実のところ500万円は事件直前、被害者本人がもぐりの雀荘で使っていたのだ。儀藤は、警視庁会計課へ左遷され辞表を出そうとしていた宇佐美を相棒に任命し、同事件を再捜査。さっそく第一発見者の家政婦・田所（西慶子）から“有意義な証言”を得た２人は、続いて座間のもとを訪れる。だが、座間は頑として聴取に応じようとせず…。

15年前の一家３人殺害事件で逮捕された大殿（栗原卓也）の死刑が、２日後に執行されることが決定。死刑判決を下した元最高裁判事・磯谷（浜田晃）が、儀藤に「あの判決は間違いだった」と打ち明け、再捜査を依頼してきた。再捜査に使える時間はたった１日…。しかも、通常は冤罪が確定した事件しか再捜査しない儀藤だが、磯谷の“ある言葉”に突き動かされることに。15年前に捜査を指揮した副総監・亀島（大友康平）を相棒に指名し、事件を洗い直す。当時、物的証拠は皆無だったが、状況証拠はすべて大殿が犯人だと示していたと言う亀島。かたや儀藤は、被害者一家で唯一命拾いした長男・昭平（齋藤優聖）の「音楽が聴こえた」という証言が引っかかり、隣人夫婦にも改めて話を聞こうとする。しかし、隣人夫婦は事件後に家を売却。転居先は不明で…!?

７年前に連続通り魔事件が発生した際、最後の被害者・弓倉（池田直人）の殺害現場付近で保護された小刀祢。彼女は直近９カ月の記憶を喪失していたが、最近になって断片的な記憶がよみがえり、弓倉を殺したのは自分では…と怯えていた。そんな中、すでに逮捕された犯人には、アリバイがあったことが発覚する！ 儀藤は再捜査のため、小刀祢を相棒に任命。儀藤の“何気ない一言”がトリガーとなり、小刀祢は弓倉にストーキングされて心を病み、心療内科に通っていたこと、さらに担当医師・中村の助言で事件当日に弓倉と会ったことを思い出す。だが、すべての鍵を握るであろう中村は消息を断っていて…。やがて、誰もが予想し得なかった“真犯人”の正体と、身の毛もよだつ事件の真相に近づいていく儀藤。だが、その先には絶体絶命の危機が待ち受けていた！