閑静な住宅地でタクシー運転手が警察官に惨殺される事件が発生！犯人の警察官はまるで何者かに操られたかのように運転手を銃で発砲、警棒で殴打したのちに拘束。犯行後、自らの手で警察に通報し、事件に関する記憶は一切なかった。 小比類巻（ディーン・フジオカ）、最上（岸井ゆきの）、長谷部（ユースケ・サンタマリア）、奥田（吉本実憂）ら「科学犯罪対策室」は捜査を開始。小比類巻の警察学校時代の同期・橘（駿河太郎）の協力を得ながら事件の謎に迫っていくと、ほどなくして第二の事件が発生する。とある交通事故現場で警察官4名が同時に銃を発砲し、民間人を襲撃したのだ。事件を起こした警察官たちの近況を捜査すると、そこにはある共通点が…！？

事件を起こした警察官たちは、来る横浜G7サミットに向けた「VR訓練」を受け、マインドコントロール状態に陥っていた！捜査中に同じ訓練を受けた長谷部（ユースケ・サンタマリア）は、自宅に意味深なメッセージを残し、奥田（吉本実憂）の前から姿を消してしまう…。 一方、警察官たちの暴走を引き起こした「トリガー」の正体を探す小比類巻（ディーン・フジオカ）と最上（岸井ゆきの）。VRの開発に関与していたとされる脳科学者の雨宮を追うが、雨宮は11年前に表舞台から姿を消し、現在は行方不明となっていた。「トリガー」の正体が掴めない中、ついに小比類巻と最上の目の前で、警察官による第三の事件が起こる！

横浜G7サミットは予定通り開催され、会場には全国各地から多くの警察官が集められていた。一連の事件の関係者とされる橘（駿河太郎）を確保するため、小比類巻（ディーン・フジオカ）と奥田（吉本実憂）は会場内に潜伏。しかし、サミット会場には警察官の暴走を引き起こす「トリガー」が至る所に仕掛けられていて、いつ発動してもおかしくない状況であった。橘の真の狙いとはいったい何なのか…！？タイムリミットが迫る中、小比類巻は橘の行方を懸命に追う！ 一方、最上（岸井ゆきの）はマインドコントロールの解除方法を探るため、雨宮の研究を引き継いだ研究者・総曲輪の元を訪れる。しかし、そこで思わぬ危機が…！？

留置場内で、勾留された橘（駿河太郎）の変死体が発見される。体中からキノコのようなものが生え、まるでその姿は「冬虫夏草」のようだった！変わり果てた橘の姿にショックを受ける小比類巻（ディーン・フジオカ）は、「冬虫夏草」の謎、橘の死の真相を探るため、「キノコ博士」と呼ばれる天才菌学者・御門凛子（田中みな実）の元を訪れる。彼女はかつて、南極の氷床に眠る太古のキノコを復元させ、話題になった菌学者であった。しかし、御門は橘の遺体の写真を見るなり、ひどくうろたえた様子を見せ…。 橘の死が受け入れられず、とりつかれたように捜査を進める小比類巻。手詰まりになるなか、御門からある衝撃的な事実が明かされる！

橘（駿河太郎）の遺体から検出されたのは、御門（田中みな実）によって復元された「ヴィーザル」の菌糸であった！その菌糸を持ち出した助手の鈴原が、土砂崩れに巻き込まれ死亡。しかし、現場付近にあるはずの「ヴィーザル」の菌糸がどこにも見当たらない。最上（岸井ゆきの）は「ヴィーザル」を狙っていた人物が総曲輪を逃がした男であると気づき、VRと「ヴィーザル」、二つの事件に隠されたある共通点が浮かび上がる！ 橘の死の真相とは？御門がひた隠しにする秘密とは？「ヴィーザル」を狙う組織とは？はたして小比類巻（ディーン・フジオカ）ら科学犯罪対策室は、全ての真実を暴くことができるのか！？