１８７２年、南北戦争の終戦から７年後のテキサス。かつて奴隷だったジョンと、身寄りがなくジョンに育てられた白人女性サラが、誰もが平等で自由に暮らせる町“ニュー・バビロン”を開き、貧しくも協力し合って暮らしていた。ある日、そこにジャンゴと名乗る流れ者が現れ…。一方、隣町の有力者エリザベスは、全身黒ずくめのカウボーイの装いで、神の名のもとに娼館に火を放ち娼婦らを殺害していた。

町に石油が湧き出ていることを発見したサラは、ジョンと隣町の銀行に行き採掘事業のための融資を依頼する。ジョンに敵意を持つエリザベスはそれを知り憤慨し、ジョンの援護にきたジャンゴたちと銃撃戦を繰り広げる。その後ニュー・バビロンに戻ったジャンゴは、娘のサラに町から出て行けと言われるが、ジョンはジャンゴを信用し、住民として迎え入れる。

エリザベスは黒人の使用人をスパイとしてニュー・バビロンに送り込み、ジョンの動向を探る。石油採掘装置を買い付けるため旧友のいる町に向かうジョンたちに同行したジャンゴは、昔、家族のために強盗をして逃亡中に怪我を負った日のことを思い出す。その矢先、買い付け交渉中のジョンたちが後を追ってきたエリザベスたちに襲撃され…。

石油採掘が始まり、噴き出す石油に町民は歓喜する。エリザベスの妨害を受けずに石油を町外で売る方法を考えたジョンたちは、川を下って運ぼうとするが、彼女の部下たちに襲撃される。エリザベスは拘束したジョンの息子シーモアと引き換えに、土地を返すようジョンに迫る。一方、ジャンゴはサラが高熱を出し、家族を養うために従軍を決意した日のことを思い出す。その晩、ジョンたちはエリザベスの家に侵入し…。

エリザベスは息子アダムがピアノで弾いた曲を聴きジョンとの過去を思い出し、ひどく取り乱す。ジャンゴは、シーモアがエリザベスに情報を漏らしていたという疑惑を確かめるため、ジョンにある提案をする。一方、サラは裏切り者と誤解され家を出たシーモアに、真の裏切り者を見つけようと言って励ます。その矢先、ジョンがエリザベスの土地を不当に所有しているとして、隣町エルムデールの裁判所に召喚される。

出廷するジョンに同行し護衛するようサラに託されたジャンゴは、ジョンと共に弁護士との合流場所に向かうが、弁護士は現れず、ジョンは保安官に連行されてしまう。ジャンゴはかつて南軍で共に戦ったフーリエ大佐が裁判官を務めると聞いて彼の元を訪ね、ある衝撃の真実を知る。一方、父に絶望しエリザベスの味方についたシーモアは、ニュー・バビロンの石油採掘場に火をつけようとするが…。

ニュー・バビロンの安全を危惧したジョンは、武器を買うより町民の生活を守る方が大切だと主張するサラの反対を押し切り、町民を武装させ、武器を扱う訓練をさせる。そんな中ジャンゴは、戦地から帰った後、ジャイアントと名乗る大男らとコマンチ族狩りをしていた日々を回想する。一方、ニューバビロンの動向を聞いたエリザベスは、ジャイアントを雇うことに。その矢先、サラは薬を買うため町を出るが…。

サラたちは森の中でジャイアント一味に襲撃され、サラとケヴィンだけが生き残り身柄を拘束される。戻らない彼らを心配したジョンとジャンゴらは、捜索に出る。一方エリザベスは、サラをシーモアの妻として迎える準備をしていた。そんな中サラは、ジョンが彼の父親から土地を譲り受けた時のことを回想する。野営地を見つけ、サラたちを拘束しているのがジャイアントだと気付いたジャンゴは、ある策略に出る。

サラはジョンが家族の惨殺に関与しているのではないかと思わされる夢にうなされ、自分の記憶を疑い始める。一方ジョンは、サラとケヴィンの帰還を祝おうと、街を開放して盛大なカーニバルを催すことに。エリザベスは、仮面を装着する祭の場を利用してニュー・バビロンに侵入する。母の暴走を予感したエリザベスの息子アダムから状況を聞いたシーモアは、家族を守るためニュー・バビロンに戻るが…。

エリザベスに兄を殺され怒りに燃えたケヴィンは、夜中に仲間を率いてエルムデールの街を襲撃する。サラは、エリザベスのスパイをしていた青年に対してジョンが取った行動を見て、家族が惨殺された日の記憶を鮮明に思い出し、その一部始終をジャンゴに告げる。ジョンとジャンゴの一騎打ちになりかけた矢先、エリザベスの軍隊が大砲を携えニュー・バビロンに攻め入り…。