バイク便ライダー弓道伝馬は、謎の男・御園木篤からの依頼で、ある荷物を遺跡発掘現場に届ける。受取人は宇宙考古・堀口博士。天馬は堀口の助手・獅堂未加にキックを見舞われ気絶した。目を覚ました天馬は未加の弟・剣と出会った。天馬と剣は遺跡発掘の現場で、警備員たちを吹き飛ばす怪しい男を目撃する。そして男は「装着！」の叫びと共にセイザーレムルズに姿を変えた。その時、天馬の手の甲に射手座の紋章が浮かび上がった。それを見たセイザーレムルズは、天馬を連れ去った。

セイザーレムルズたち風のトライブは、セイザータリアスとして覚醒した天馬を仲間にひき入れようとする。それを断った天馬はセイザーヴェルソーに攻撃される。その危機から天馬を救ったのは未加がセイザースーツを装着したセイザーミトラスだった。ヴェルソーは撃退されるが、風のトライブは遺跡発掘現場に埋まっていた巨大ロボット・超星神ドルクルスを起動し、再び襲ってくる。

超星神ドルクルスの圧倒的な火力の前には、セイザータリアスも、セイザーミトラスもかなわなかった。堀口博士は3人目の炎のトライブのグランセイザーが覚醒すれば、超星神ガルーダを起動することができると言う。はたして3人目はどこにいるのか。天馬は、その居所を一所懸命に探した。しかし、剣は自分の拳に獅子座の紋章が浮かび上がることに気づいていた。

バイクで走行中の天馬の前に、大地のトライブのグランセイザーが突然現れた。彼は「最も強いのは誰か、教えてやる」と言い放ち、天馬を襲った。セイザータリアスを易々と倒した、そのグランセイザーの正体は格闘家・松坂直人だった。直人は最強の男になりたいと願っているのだ。風のトライブを率いる佐伯カリンは直人を自分たちの仲間にしようとする。

逃走中の強盗犯・淳也の友人ということで重要参考人としてパトカーで移送中の早乙女蘭。そのパトカーに隕石が衝突し爆発炎上。蘭は現場から姿を消した。これは蘭が大地のトライブのグランセイザーだと知ったカリンの仕業だった。カリンは蘭に仲間になれと迫る。一方、淳也を追っていた警官・神谷豪は、先輩が撃たれるのを目の当たりにし、その怒りからセイザートラゴスとして覚醒した。

強盗犯の淳也は、共犯者の竜二にだまされていたことに気づき警察に出頭しようとする。しかし竜二は蘭を人質にした。竜二の非道な行いに蘭の正義感が燃え上がった。遂に蘭はセイザーヴィジュエルとして覚醒するのだった。そして、大地のトライブの超星神ガンシーサーが見つかったという報せが堀口博士から届いた。駆つけた天馬たちに超星神ドルクルスが襲いかかってきた。そこに松坂直人が現れ、ガンシーサーが起動した。大地を揺るがす超星神の戦いが始まる。

天馬は勤め先のマキとデートをすることになった。しかし、そんなことはお構いなしにカリンが襲いかかってくる。容赦の無いカリンの攻撃に、天馬はセイザータリアスに装着する暇もない。巻き込まれたマキは大けがをおってしまう。天馬はマキを病院に運んだ。病院で天馬たちを待っていた医師は、セイザーレムルズこと伝通院洸だった。

堀口博士は謎の女・佐伯カリンの正体を探った。どうやら「佐伯カリン」という人物は20年前に亡くなっているらしい。驚く堀口博士をカリンが襲った。剣は堀口博士を守るため、セイザーリオンに装着した。しかし、逃走するカリンを深追いしたセイザーリオンはカリンにとらわれてしまう。そんなカリンのやり方が不満な雨宮涼子は、単身、未加に戦いを挑んだ。

涼子はカリンのやり方を受け入れられず、激しくにらみ合う。しかし、洸はカリンを支持し、風のトライブのチームワークは崩壊しそうになっていた。そこへマシンガンで武装した特殊部隊がなだれ込んできた。激しく飛び交う銃弾をくぐって、カリンと洸、涼子と秤谷仁の二手に分かれてアジトから逃げ出すのだった。特殊部隊を出動させたのは御園木だった。彼は国防省に属しており、風のトライブを国家の敵と認定したのだった。

佐伯カリンの正体は宇宙からやって来たアケロン人だった。いつの間にかカリンを愛していた洸は、アケロン人の醜い姿を見ても、彼女と離れることができなかった。涼子と仁は、これまでカリンにだまされていたことに気がつき、洸を説得する。しかし、その言葉は洸に届かなかった。一方、天馬たちは風のトライブに誘拐されたと思っていた堀口博士が、実は御園木に拉致されていたことを知る。

政府の研究機関に収容されていたアケロン人の死体が消えた。アケロン人は生き返ったのだ。アケロン人はグランセイザーを一人づつ抹殺しようと行動を開始した。最初に襲われたのは、単独行動をとっている直人だった。セイザータウロンに装着し、アケロン人に立ち向かう直人だったが、圧倒的なパワーの差で大けがをおってしまう。

アケロン人は巨大化し、アケロン大星獣となった。天馬たち炎のトライブは超星神ガルーダで戦いを挑むが、歯が立たない。そこへ風のトライブの超星神ドルクルスが加勢した。しかし、大星獣の前に敗北を喫してしまう。一旦姿を消した大星獣が再び出現する。天馬たちは、全員が心を一つにしなければ勝てないと悟るが、洸は大星獣の体内に囚われていた。

地球に向かって進む巨大な隕石。これがぶつかれば、大きな被害が出る。しかし、クラウドドラゴンがギャラクティカプロミネンス砲で隕石を破壊。地球を守った。この隕石はインパクター星人、ラディアとルシアが、神鯨島に眠る超星神リヴァイアサンを狙っての攻撃だった。影響で、リヴァイアサンは海に流れ出し、国防省に保護される。厳重な警備をくぐって、現れる異形の戦士・ギグファイター。天馬はタリアスとなって戦う。その姿を撮影するカメラマン・反町誠。彼こそが蠍座の戦士、セイザーゴルビオンだった。

インパクターラディアの攻撃をはね除けた、セイザータリアス、セイザーゴルビオン。しかし、誠は天馬と反目する。実は水のトライブの残り二人も誠の元に揃っていた。ルシアは魚座の戦士、セイザーパイシーズこと、京南大学病院の見習い看護師・魚住愛を襲った。愛の幼なじみ・三上辰平は愛を守ろうとするが、彼はまだ覚醒していなかった。愛を救ったのは、伝通院洸・セイザーレムルズであった。

インパクターラディアは、遂に巨大化し、超星神リヴァイアサンに襲いかかる。水のトライブは辰平が覚醒していないため、リヴァイアサンを動かすことができないのだ。助太刀しようとする天馬を止める未加。「彼らがグランセイザーならば、超星神は自分たちの力で守るらなけばならない」涼子はなかなか覚醒できない辰平に力を貸す。襲いかかるギグファイターを叩き伏せる辰平の手の甲に、ナックルライザーが出現する。蟹座の戦士、セイザーギャンズが覚醒したのだ。

リヴァイサンにラディアを倒され、失意のルシアの前に、司令官・ロギアが現れる。ロギアは、グランセイザーを狙うルシアに、今は大人しくしていろと告げる。国防省は警察を動員して、ルシアの行方を追っていた。神谷豪は、先輩の刑事・澤村の娘が超星神とアケロン大星獣の戦いに巻きこまれ重傷を負ったことを知り、グランセイザーの存在がインパクターを呼んでしまったのではと悩む。ルシアを追いつめ、ロギアが現れたとき、豪はインパクターの本当の狙いが人類抹殺であることを知った。

ガントローラーと呼ばれる超古代のオーパーツを復元しようとしていた和久井博士が誘拐された。和久井を探すグランセイザーたち。そんな中で愛は、父親がわりの援助をしてくれたいた、ドクターベアーに会いに行く。ドクターベアーとは和久井だった。和久井と愛は、ロギアに拉致されてしまう。そして救出に向かった天馬も捕まってしまうのだった。ロギアは超古代の巨大ロボット・ガントラスの操縦器・ガントローラーで、ガントラスを太陽に突入させ、太陽の異常燃焼によって人類を抹殺しようとしていた。

ガントローラーはロギアの手に落ちてしまった。しかし、和久井は機転を利かせ、大事なコンピューターチップを偽物とすり替えていた。本物のチップを狙って、ルシアは入院中の和久井を襲う。和久井を守ろうとした愛は、和久井が生き別れた父であることを知った。結局、チップはロギアの手に落ち、ガントラスが動き出す。タリアスとゴルビオンは超星神を呼んだ。しかし、強力なガントラスの前に、ガルーダ、リヴァイサンは敗れ去った。

ガントラスはエネルギー補充のため、グランセイザーの目を盗み、地上に留まっていた。蘭は大地のトライブを出撃させようと、石動山でトレーニング中の直人のもとを訪れた。直人は孤独な少年との約束を守り、山を降りることができないと告げた。蘭を追って天馬と涼子も石動山へ。少年を一人にはできないと言い張る直人だったが、ルシアに襲撃され、事態の重さに気づく。遂に始動し、天高く飛び上がったガントラスに戦いを挑む、ドルクルス、ガンシーサー。しかし、ガントラスは圧倒的なパワーを持っていた。

すべての超星神を失ったグランセイザー。ロギアの太陽破壊計画を阻止するには、ガントラスの操縦器・ガントローラーを奪うしかない。父親である和久井を傷つけられた愛は、必死にルシアの行方を捜す。意地になった愛は蘭に暴言を吐き、彼女を傷つけてしまう。孤立した愛は、なんとかルシアを発見し戦いを挑むが、形勢が悪い。そこへ蘭と未加が助太刀に現れる。ルシア対ミトラス、ヴィジュエル、パイシーズの壮絶な戦いが始まる！

大気圏外に出たガントラスは太陽黒点の異常現象が収まるのをじっと待っていた。一方グランセイザーたちは、捕えたルシアの扱いに苦慮していた。伝通院洸の能力をもってしても、傷ついた彼女を直すことができなかったのである。天馬は国防省のスタッフが開発したガントローラー探知機で、ロギアを追う。しかし蘭は、ロギアにルシアを返そうとしていた･･･

ガントローラを破壊され、ガントラスを失ったロギアは作戦失敗の汚名を返上するため、ダイロギアンを呼ぶ。それを知らないルシアは、ロギアの為に、命を引き換えにして、強化装置を使って巨大化し、グランセイザーたちに戦いを挑む。一度は助けたルシアとは戦いたくないグランセイザーたち。しかし、なぜかクラウドドラゴンに回収されたガントラスをコアに、４体の超星神が合体。圧倒的なパワーでルシアを倒してしまう。

作戦失敗のロギアにインパクター星より帰還命令が下った。しかし、グランセイザーたちへの復讐に燃えるロギアは命令を無視。一方、超星神合体時に『大いなる力ダイセイザー』声を聞いた蘭は水晶板に触れ、超古代の戦争の背景と、超星神の中心はクラウドドラゴンであることを知った。ロギアは、セイザータウロン、レムルズを襲い傷を負わせる。ロギアは天馬の怒りをかきたてて、ミスを誘おうとしているようなのだ！

ロギアは神鯨島に天馬たち炎のトライブを呼び出し、対決を迫る。遂に神鯨島でダイロギアンと対決する超星神ガルーダ。しかし、相手の攻撃を吸収し反射するダイロギアンの特殊能力にガルーダは危機に陥った。クラウドドラゴンはガルーダの援護に現れる。それを察知した蘭は全員を招集。ダイセイザーとダイロギアンの最後の決戦が始まる！

堀口の後輩・里子が、７年ぶりに堀口研究室にやってきた。里子は、堀口が超古代文明の真実を私物化しているとなじる。さらに、宇宙の平和のために、グランセイザーを放棄せよと迫ってきた。里子はどうやって、グランセイザーのことを知ったのか？堀口は、逆に里子を問い詰める。里子はカプセルを宙に投げ、ギグファイターを出現させた。里子はシェオール星人に肉体を乗っ取られていたのだ。そして、正体をあらわしたシェオール星人は、堀口の肉体を乗っ取り、グランセイザーを崩壊させようとする！

相次ぐ人間蒸発事件。それは、異形の異星人の仕業だった。異星人に狙われた少女・麻美を守るため、未加は麻美になりすまして異星人をおびき出そうとする。変装した未加の前に、異星人が現れた。未加と、彼女を守ろうとした天馬は蒸発させられてしまう！ 天馬と未加は異次元世界に飛ばされてしまった。そこでは時の流れが通常の世界とは異なり、人間はすぐに朽ち果て、消滅してしまう。そして、天馬たちの前に、ビズル星人が姿を現わす。ビズル星人は、地球人を異次元に送り込み、消滅させようとしていたのだ！

ビズル星人は、地球攻撃の第一歩として、次元転送システムで東京を消滅させようとしていた。その装置はどこにあるのか？天馬、未加、件、豪、涼子は必死に捜索する。そんな中で、孤独だった麻美に剣に近づいてゆく。しかし、蘭は麻美に不審なものを感じていた。麻美の身辺を調べていた豪は、本物の麻美は既に亡くなっていたのだ。麻美の正体は、ビズル星人のスパイなのか？事実をどう伝えようかと悩む蘭。だが、ビズル星人の次元転送システムはその作動を始めんとしていた。天馬たちはビズル星人の陰謀を打ち砕けるのだろうか？！

ある夜、天馬は怪しい人影に襲われていた女性・栞を助ける。彼女を襲ったのはアケロン人。栞の保護を、御園木に頼もうとした天馬たちだったが、栞は逃げ出してしまう。後を追う天馬。やっと追いつき、なぜ逃げたのかを問いただすと、栞は「私は国防省から逃げてきたの！」と叫んだ。国防省はアケロン人のクローンを作り出し、それを軍事利用するつもりなのだ。衝撃を受ける天馬。そこへクローンアケロン人が襲いかかってくる。装着する天馬。しかし、クローンアケロン人は手ごわい。なんとか倒したものの、その時、栞は攫われていた！

クローンアケロン人を作り出したのは御園木の同期・椿だった。椿は栞が持ち出した、アケロン人のエネルギー源となっている結晶体を奪い返し、さらに強力なクローンを作り出す。しかし、そのクローンは椿のコントロールを振り切り、暴れ出した。研究所から逃げ出し、遂には巨大怪獣化するクローンアケロン人。御園木は超星神の支援用に開発していた巨大ロボット・五式支援機士ユウヒを出動させた。特殊部隊隊長・沖田が操縦するユウヒは、ロケットランチャー攻撃でクローンアケロン大星獣を追いつめる。しかし、大星獣の強力なビーム攻撃に形勢は逆転した！！

涼子の大学時代の友人・巧。涼子は３年ぶりの再会を楽しみにしていた。ボランティア活動の為、巧たちと海外に旅立つはずだった涼子。しかし、涼子はグランセイザーとして覚醒し、その旅立ちを諦めた。それ以来巧たちと会っていなかったのだ。しかし、巧の操縦する軽飛行機が墜落し、死亡したとのニュースが飛び込んでくる。衝撃を受ける涼子。そして更なる衝撃が。死んだはずの巧が現れたのだ。しかも彼は、涼子に超古代のオーパーツを盗めと命じた！

堀口の持つ水晶板。そのカケラらしき物を持っていたのは、１８歳でノーベル物理学賞を受賞した、天才物理学者・アヤだった。御園木は水晶板のカケラの解析のため、アヤを日本に呼び寄せた。しかし、キラード星人がアヤを襲撃する。アヤはキラード星人の魔手を逃れたものの、これまでの生活にはなかった自由を求めて、ただ一人姿を消してしまう。国防省は大騒ぎだ。休暇中の豪は、偶然アヤと出会う。家出娘かと思い、親身になろうとする豪。その真面目なひたむきさに、アヤも心を開いてゆく。しかし、キラード星人は再びアヤに襲いかかってきた！

ショッピングセンターで異星人に襲われた父娘は、スペースシャトル船長・ヘンリー若杉と娘のリサだった。偶然居合わせた天馬が、二人を救う。しかし、怪しい影が父娘につきまとう。天馬は不審者を捕える。だが、彼はヘンリー若杉を追ってきた、エージェントだった。ヘンリーは宇宙での作業中に異星人に身体を乗っ取られた。地球の安全のために彼を捕獲し、処分する必要があるというのだ。天馬はその冷徹な結論に異を唱え、リサに「お父さんは無事元に戻る」と約束する。しかし、ヘンリーに乗り移っていたのはウオフ・マナフの兵士の亡霊だった！

国防省の研究所が襲撃された！神鯨島で敗れ、自爆したはずのロギアが、再びタリアスに挑戦してきたのだ！ロギアはダイロギアンを出現させないため、グランセイザーたちを一人一人襲う。涼子と蘭が捕らわれ、更に救出に駆けつけた辰平にも危機が迫る。果たして、ロギアの卑劣な作戦に、グランセイザーは敗れ去るのか？その時、超古代の記憶が蘭に呼びかけた。グランセイザーたちの新兵器・グランビークルを使う時が来たのだ！

グランビークルの活躍によって、ロギアは退却した。しかし、復讐の鬼と化したロギアは、誠の先輩・加賀と特殊部隊隊長・沖田を襲い、グランセイザーたちへの新たな罠を仕掛けた。突如出現したダイロギアンと戦うため、五式支援機士ユウヒが出撃する。それを追うように天馬たちもダイセイザーで出動する。しかし、沖田はロギアのコントロール下にあり、ユウヒでダイセイザーに襲いかかる！しかも、誠は加賀に「戦うな！」と呼びかけられ苦悩する！！

蘭の親友・ユーコの夢はニューヨークの舞台に立つこと。もちろん、蘭や仲間たちと一緒にだ。グランセイザーとして、戦いのさなかにある蘭は、ユーコと一緒に踊れないと悩んでいた。しかし、地球人の肉体を改造し兵士として売り捌くことを目論む、ガダル星人が蘭の仲間たちに目をつけていた。ガダル星人に襲撃され、懸命に反撃する蘭。ユーコは戦いに巻きこまれ、再起不能の傷を負ってしまう。彼女のダンサーとしての夢は、かなわないのだろうか？

友人の真司を乗せてドライブ中の仁。突如、車の前に降り立つ異星人・クミミネル。ウオフ・マナフの新たな攻撃か？クリミネルの狙いは、別の異星人だった。クリミネルのブラスターの直撃を受け消滅する異星人。しかし、彼は真司の肉体を乗っ取り、クリミネルを追おうとする。彼は宇宙の犯罪者クリミネルを追跡中の刑事だったのだ。地球人の肉体の限界を知らず、無理に戦おうとする宇宙刑事・フリード。真司を守るため、仁はフリードと共にクリミネルを追う！

辰平の勤務する水族館の人気者は、白イルカのミック。ミックのショーを楽しみにしている少女・マユは、イルカと話ができると信じている娘だった。ある日、イルカたちは一斉に超音波を発し、人間を襲い始める。国防省はその原因を調べる。どうやら、超音波を発し、イルカたちを挑発しているのは、水族館にいるミックらしいのだ。御園木は水族館を封鎖し、天馬たちに事態解決の協力を要請する。しかし、水族館にマユが取り残されていることが判明し、辰平が救出に向かう！

超古代文明の物と思われる、金色のアンドロイドが発掘された。調査する堀口の目の前で、アンドロイドは目覚めた。彼の名はオメガ、自立思考型コンピューターを搭載し、自分の意思を持っていた。オメガは人間に姿を変え、現代社会のいろいろな情報を吸収しようとする。なぜか未加をパートナーに選んだオメガは、未加との奇妙なデートを始める。しかし、オメガの体内にはグランセイザーと出会うたびに起動するプログラムが仕込まれていた。彼の目的は何なのか？

ウオフ・マナフの戦闘ロボットだった、オメガ。しかし彼は、未加と戦うことを拒み、姿を消す。オメガは地球がウオフ・マナフによって滅ぼされなければならない、とは思えなくなっていたのだ。しばらくしてオメガは未加に連絡してくる。ウオフ・マナフ最高会議と話がついた、グランセイザー全員と会いたいと。しかし、彼の体内にはグランセイザー全員と会った時に実行される、攻撃プログラムが仕込まれていた。オメガを信じて良いのか？悩む未加。そして彼女の決断は？！

宇宙空間を幽霊船のように漂う、傷ついたダイロギアン。その内部には、瀕死のロギアが横たわっていた。そのロギアに呼びかける、声。ウオフ・マナフ最高会議幹部・ベルゼウスだ。ベルゼウスは、堀口の持つ水晶板の破壊をロギアに命じる。その見返りは、ロギア自身の修復とダイロギアンのパワーアップ。ロギアは堀口と未加を誘拐し、水晶板との交換を持ちかけてくる。天馬は、国防省に保管された水晶板を強奪し、ロギアとの対決に向かった！

ベルゼウスの裏切りにあい、傷つき、ダイロギアンを失ったロギアは未加を人質に逃走した。天馬への復讐にこだわり、それだけを支えにしていたロギアだったが、未加に手当てをされるうちに、そのこわばった気持ちにも変化が現れていた。一方、天馬の暴走で水晶板を失ったかに思えた堀口たちだったが、洸の機転で、ホンモノの水晶板は無事だった。まだ明かされぬ超古代の記録が水晶板に残されているらしい。その頃、ロギアは天馬との決戦を準備していた！！

水晶板に残されたまだ呼び起こされぬ情報の手がかりを求めて、堀口は再び兜山遺跡を発掘。現場に埋もれていたカプセルから、異形の者が出現する。しかし、それがギグファイターと戦っているのを見た天馬は、助太刀に入る。しかし、異形の者はすべての生命を食う、絶滅者・ボスキートであった。そうと知らない天馬はボスキートの攻撃を受け、倒されてしまう。その天馬を救ったのはマリウス星人・ルカだった。ルカはウオフ・マナフの指令で、中身がボスキートとは知らずに、その超能力でカプセルを開け、ボスキートを復活させてしまったのだ！

ボスキートはグランセイザーに似た技を使う、手ごわい相手だった。しかし、洸たち風のトライブは苦戦の末、ボスキートを追いつめる。が、ウオフ・マナフの命令でルカが乱入、ボスキートを逃がした。なぜ、絶滅者と名づけられた、忌まわしいボスキートを復活させたのか？天馬はルカに尋ねる。地球人はボスキートの子孫、それを先祖の唯一の生き残りに滅ぼさせようというのが作戦なのだ。4億年前の地球人は、そんな恐ろしい存在だったのだろうか？天馬との交流で、ウオフ・マナフの作戦に疑問を抱くルビー。そして天馬たちとボスキートの決戦のときが迫っていた！

ボスキートが封印されていた超古代のカプセルと水晶板に、蘭が反応し、新たな事実がわかった。ボスキートは4億年前に地球を襲った侵略者だったのだ。地球人はボスキートに対抗するため、グランセイザーシステムを作り上げたのだ。つまり、ボスキートは地球人の祖先ではなかったのだ。そして、ウオフ・マナフの攻撃は、ボスキートに侵略された地球を救うための攻撃だったのである。だが、ボスキートは死んではいなかった。分裂し、増殖していたボスキートが人間を襲い始める。遂に、ボスキートは超星神ガルーダを奪って、グランセイザーに挑んできた！！

4億年前の戦いでも、ボスキートは超星神や、戦闘用ロボットを我が物にして、ウオフ・マナフと戦った。そしてウオフ・マナフの激しい反撃。つまり、絶滅者・ボスキートと共に地球人類は滅んでしまったのだ。剣の機転で、天馬たちはガルーダからボスキートを放り出した。しかし、逃げ足の速いボスキートは姿を消した。4億年前の戦いを再現しないため、ボスキートを倒すのだ。天馬たちは結集し、ボスキートとの最終決戦に挑む。ボスキートを倒し、我々地球人がその子孫でないことが判ればウオフ・マナフとの戦いは終わるはずだ。ボスキートとの決戦が始まる！！

御園木のもとに現れた異星人・ブライトン。彼はウオフ・マナフの総攻撃が迫っている。その攻撃を止めるためにやって来たと言う。確かに、宇宙船団が地球に向かってくるのが観測されている。ブライトンはグランセイザーの中にいる、ボスキートの子孫を引き渡せば、ウオフ・マナフとは和平できると言い出した。そして、ブライトンが見つけたボスキートの子孫は、蘭だった。自分が犠牲になってこの戦いが終わるのなら、それで構わないと決意する蘭。しかし、ブライトンを信じてよいのか？さらに、蘭を狙ってガルバ星人・アルゴウルが襲ってきた！

絶体絶命の蘭を救ったのは、アケロン人・ルビーだった。ルビーもまた、ウオフ・マナフからの使命を受けて、地球に潜入していたのだ。その使命は蘭を守ること。だが、蘭は自分が犠牲になればという想いに執りつかれていた。直人、豪は蘭を軟禁する。しかし、この間にもウオフ・マナフの宇宙船団は地球に迫っていた。そして、東京郊外に大怪獣・トロイアスが出現する。果たして、ブライトンの目的は、ほんとうにウオフ・マナフと地球の和平なのだろうか？

ブライトンに騙され、結束力を失ったグランセイザーたち。トロイアスに対してダイセイザーへ合神できず、五式支援機士ユウヒは大破し、グランビークルを撃墜された辰平は重傷を負う。もはやトロイアスの脅威を防ぎきれないかと思われたとき、ガントラスが出現し、トロイアスを倒した。そして、疲弊したグランセイザーたちにクラウドドラゴンが呼びかけてくる。そして天馬たちは、クラウドドラゴンに内蔵された「意思」に会う。クラウドドラゴンは4億年前からの記憶を天馬たちに伝えた。グランセイザーは単なる武器ではなく、宇宙の調和の為のシステムなのだ！

宇宙船団の攻撃を止めるには、蘭がウオフ・マナフと直接交信すること。ルビーはそう告げたが、いったいどうやったら、蘭の交信能力が目覚めるのか？様々な方法を試すが、能力は一向に目覚めようとしない。痺れを切らせた天馬は宇宙船団に乗り込んでの直談判を目論む。しかし、傷ついた身体を地球で休めていたルビーは、天馬の焦りを諌める。そんな時に、ベルゼウスはルビー抹殺のために、ゴーギャンを送り込んでくる。ベルゼウスは地球攻撃を強行することによって、ウオフ・マナフ内で大きな権力を握ろうとしていたのだ！

ゴーギャンを一度は退けた天馬たち。ベルゼウスは巨大怪獣・キャブレオンを送り込んできた。キャブレオンは合体直前のガントラスを襲い、倒してしまう。合神できず、それぞれの超星神で戦うグランセイザーたち。さらにその隙をついて、ゴーギャンがルビーを襲い、遂にルビーと共に自爆してしまう。蘭の交信能力は未だに目覚めない！天馬はウオフ・マナフに乗り込もうとグランビークルを宇宙に向ける。しかし、キャブレオンが天馬の乗ったグランビークルに光線を放った！！

キャブレオンに苦戦し、次々と倒れてゆく超星神。死んだかと思われた天馬は、ウオフ・マナフ宇宙船団にテレポートさせられていた。そこには、ルビーもいた。天馬はウオフ・マナフの意志と直接話をすることになるが、蘭からの交信が届かない限り、攻撃をやめることはできないと言われてしまう。その間にも、仲間たちは倒れてゆく。遂にはベルゼウスが地上に降り立ち、蘭を襲う。ベルゼウスの野望のままに地球は滅んでしまうのだろうか？！