未来のスーパーヒーローを育てるスーパーヒーローアカデミーに、入学案内を受け取った新入生がやってきた。みんな特別なパワーを持っていたが、ブレイズだけ何の力もなかった。校長先生に問いただされ、苦し紛れに「空を飛べる」と言ってしまう。／ツンドラ先生の厳しいテストをクリアできなければ学校を出て行かなければならないという。高いところが苦手なレイモンドは自信喪失。そこでブレイズがテストを手伝おうとするが…。

今回の授業は「自慢」について。スーパーヒーローは決して自慢しないのだ。だがなにかと自慢しがちなテレは授業に身が入らずやる気を失い、スーパーヴィランになることを考える。一方、サンダーボルト先生が作った雷の武器で学校中がとんでもないことに！／夜中に１人でトイレに行くのが怖いウノは部屋にあった自分の水筒におしっこをしてしまう。次の日の朝、トイレに捨てに行こうとするが、ツンドラ先生とぶつかってしまい…

明日はクラス写真の撮影日。自分たちで作ったスーパースーツを着て撮影するのをみんな楽しみにしているが、ブレイズのスーパースーツがなくなってしまう。管理員のジョーが怪しいが…。一方、風邪をひいたテレは、アルファに薬を発明してほしいと頼む。／何にでもはっきりした答えを求めるアルファは、みんながお世辞でつくウソが見抜けず困っていた。そこでウソ発見器を作って試したところ、小さなウソまですべて暴くことに…

レイモンドは成績が悪くて落ちこんでいる。自分のパワーである透視能力は地味だと思っているようだ。見かねたブレイズはテレに頼んで、テレキネシスでレイモンドが怪力を持っているように見せることを思いつく。／ブレイズはみんなを誘ってヒーローチームを結成。だがちょっと強引なリーダーシップにみんなは戸惑い気味。そんな中、有名ヒーローのスーパーデューパーの助手を選ぶオーディションが学校で行われることに。

ウノは自分にぴったりのスーパーヒーロー・ネームを思いつくが、すでにベッキーが登録していた。なんとか譲ってもらおうと、ベッキーのために代わりの名前を考えるが…。一方、いつも弱いと思われているレイモンドは、管理員のジョーに戦い方を教わることに。／人助けなど優れた功績をあげたものは「ヒーローの壁」に写真が飾られる。どうしても自分の写真を飾ってもらいたいブレイズは、とんでもない作戦を思いつく。

レイモンドは成績が悪くて落ちこんでいる。自分のパワーである透視能力は地味だと思っているようだ。見かねたブレイズはテレに頼んで、テレキネシスでレイモンドが怪力を持っているように見せることを思いつく。／ブレイズはみんなを誘ってヒーローチームを結成。だがちょっと強引なリーダーシップにみんなは戸惑い気味。そんな中、有名ヒーローのスーパーデューパーの助手を選ぶオーディションが学校で行われることに。

新学期の初日。ブレイズたちは進級し、１年生が入学してくる。アルファは透明になれるパワーを持つジェニーの指導係になるが、実はジェニーはヴィランの一族の出身だった！／エルゼブブ先生の「恐怖を克服する」という授業。「恐怖の部屋」に１人ずつ入ってカギを取ってこなければならないが、そこには自分が１番怖いと思っているものが待ち受けている。怖いものがたくさんあるレイモンドは不安でいっぱいになる。

サンダーボルト先生が教員資格を持っていないことがわかり、急きょ試験を受けることに。代わりの先生になった管理員のジョーの怖い授業がイヤになったレイモンドとテレは、サンダーボルト先生を合格させようとある作戦を思いつく。／多くの武器の中から自分の武器を見つける授業で、ウノは伝説の剣「アポカリプス」に一目ぼれ！でも選ぶのは人間ではなくて武器のほうだという。果たしてウノは剣に選んでもらえるのか？

学校で行われるスーパーテクノロジー・コンテストのために、アルファが作ったのはサンダーボルト先生のコピーロボット。でも、ひょんなことからロボットと本人が入れ代わってしまい…／スペインからやってきたという留学生のフアン。すっかりクラスの女子たちの心をつかむが、実はエイリアンだった！ウノだけがその正体に気づく。

クリスマスで子どもたちも先生も家に帰る中、行く場所がないジェニーはひとりで学校に残ることに。誰もいない学校でやりたい放題にしていたジェニーだったが、監視モニターにサンタクロース姿の怪しい侵入者が映る。／１００歳になったスーパー・モルモットのグスタフが学校にやってきた。休み時間の間、ソーニャが世話係になるが、目を離したすきにケージからいなくなってしまった！ソーニャは実はモルモットが苦手で…

新しい炎の技を覚えたブレイズ。みんなにほめてもらいたいが、レイモンドたちは見慣れているため相手にしてくれない。そんな中、アルファがポーシャのパワーを強化するマシンを作る。それがあれば別の次元に行けるポータルを作れるようになるのだ。自分のパワーをほめてくれる次元があるかもしれないと期待したブレイズは、開いたポータルに飛び込んでしまう。

学校に侵入したモンスターを１人で退治したジェニー。みんなに自慢したいが、ちょうど「謙虚になろう」ウイークの真っ最中。するとジョーが意地悪で「フレディがモンスターを倒した」とみんなの前でウソをつく。／発表会を前に緊張しているテレは、寝ている間にテレキネシスで部屋をメチャクチャにしてしまう。そのせいで眠れないレイモンドとウノは、テレがぐっすり眠れるようエルゼブブ先生の黒魔術を使うことにする。

アルファは空気をきれいにする「ターボエア」を開発。でも学校に導入するにはお金が必要なため、児童代表が集まって予算の使い道を決められる「ジュニア・トリビューナル」のメンバーに立候補する。だがブレイズも立候補することになり…／校内で「人気者」のウィンディとワンダは何をやっても許されるとばかりにやりたい放題。２人を不満に思うジェニーは、心優しいポーシャを人気者にしようと作戦を練る。

スーパーヒーローの卵たちが繰り広げるドタバタ学園コメディー！学校最大のイベント、ヒーロー記念日にとんでもないことが！？／女子が男子にサッカーで勝つための秘策は？ ヒーロー記念日のパレードの旗手を務めることになったテレは、自分の立場を自慢したいために学校のお宝である角笛を持ち出してみんなに見せびらかす。だがツンドラ先生に見つかりそうになり、うっかり壊してしまう！／サッカーで男子チームにボロ負けした女子チーム。ジェニーが「本気を出せば勝てる」と言ってしまい、次の試合で負けた方が召し使いにならなければいけないことに。勝つ自信がない女子はある作戦を決行する。

スーパーヒーローの卵たちが繰り広げるドタバタ学園コメディー！バラバラになった校長先生を元に戻そう！／アルファの恋は発明品を使えば１００％成功する？ テレとウノがいたずらをしてツンドラ先生に怒られる。そのことで校長室に行くと、ポピー校長が首だけの姿になっていた！考え事をしながら瞬間移動をしたので、体がバラバラに移動してしまったという。一方、いつもツイてるヤッツィーは、１３日の金曜日だけは運が悪く…／ダンスパーティーでアルファは、オーロラを誘いたいけど自信がない。そこで相手の心の声が聞こえるデバイスを発明して、オーロラの心を読んでみる。

ソーニャは自分の望む仮想現実が体験できるという「ハッピー・サングラス」をツンドラ先生に勧められる。だが先生に名前を間違われたことに違和感を覚え、それを断る。その後、ツンドラ先生が別の姿に変身するのを目撃したソーニャは、みんなに異変を訴えるが、学校中がサングラスに夢中になっていて、誰も話を聞いてくれない。そこでソーニャは、まだサングラスをもらっていないジェニーと一緒に、真相を突きとめようとする。