シンスケはクラスメートのクミコへの失恋の悲しみを捨てるため、海へ来ていた。自分の最低さを嘆くシンスケ。と、海で謎の爆発が起こり、不思議な入れ物がシンスケのところへ流れ着いた。入れ物を家へ持って帰り、お湯を注いでみるシンスケ。すると中から「カミタマン」と名乗る謎の生物が現れた。カミタマンって、何者？

シンスケの家で居候することになったカミタマン。だが朝から「納豆をかき混ぜろ」とか「燃えないゴミを出せ」とか、シンスケのママは神様であるカミタマンに対して全く遠慮がない。挙句の果てには間違えてゴミ箱に捨てられる始末。このままでは神様のプライドが許さないと、カミタマンは人間に尊敬される方法を考え始めた。

シンスケやマリと一緒に、スーパーマーケットに来たカミタマン。なんでもタダだと勘違いしていたカミタマンはマリにたしなめられ、超能力で品物を棚に戻す。だが、ちょうどその日からガードマンとして店で働いていた「とらばる聖子」がそれを見つけ、怪しいカミタマンを捕まえようとする。これが、長い戦いの始まりだった。

愛しのクミコがいじめられている!?　シンスケはカミタマンに相談したが、カミタマンはすぐにシンスケをネモトマンに変身させる。ネモトマンは現場に駆けつけたが、すでにクミコは逆襲に成功し、いじめっ子たちを追い払った後だった。あらためて自分が正義の味方に不向きであることをカミタマンに訴えるシンスケだったが......。

カミタマンはシンスケのパパが務める「読フジ旅行社」にお弁当を届けに行ったが、そこでパパが上司から怒られているところを見てしまう。パパの提案した「町内ご隠居銭湯ツアー」という企画が通らなかったのだ。当たり前だ、と感じつつパパを慰めるカミタマン。するとパパは、カミタマンの故郷の島へのツアーを思いついた。

横山がシンスケの前で、とらばる聖子のスカートをめくった。逃げる横山と、追うとらばる聖子。だが、そんなふたりを尻目に、シンスケは深く悩んでいた。自分はまだスカートめくりをしたことが一度もないのだ。横山に出来て自分に出来ないなんて......。それを知ったカミタマンは、シンスケにスカートめくりをさせようとする。

シンスケのパパと将棋をしていたカミタマンはママにカレーの材料を買ってきてほしいと頼まれた。そこでカミタマンはシンスケをネモトマンに変身させ、「正義のため」と言い聞かせて代わりに買い物に行かせる。豚肉やじゃがいもを買いながら「正義」に疑問を持ったシンスケは帰宅するなり、ネモトマンを辞めると言い出した。

野球の試合に行くため、シンスケを迎えに来た横山がカミタマンの朝ご飯を食べてしまった。カミタマンが騒いでいるとシンスケのママが代わりの朝ご飯を用意したが、なんとそれは３ヶ月前のもの。カミタマンはトイレを求めて公園へ行くが、そこにはタタリが。だがタタリはちょうどやって来たマリの笑顔に惹かれてしまい......。

カミタマンが公園で神様としての仕事をこなしていたところ、不審な青年が近寄ってきた。警戒したカミタマンだったが、実はその青年も神様。「山田神様」という名刺も持っていた。山田神様に連れられて回転寿司店へ行ったカミタマンは彼から悩みを打ち明けられる。自分は「気休めの言葉」を使えないダメな神様だというのだ。

横山に見捨てられる夢を見たシンスケ。カミタマンに起こされたシンスケは慌てて学校へ行くが、誰も登校していない。今日は日曜日だったのだ。家へ帰ってみると、すでに家族は出かけた後。ひとり残されたシンスケはご飯を食べまくる。そのころマリは横山から、しつこく追い回されていた。横山はマリのことが好きなのだ。

カミタマンは横山から電話で呼び出された。横山はカミタマンに、ネモトマンの正体がシンスケではないかと言う。カミタマンは慌てて否定するが、横山の疑念は消えず、この話を広めようと動き出した。一方、カミタマンはシンスケと対策を練ろうとするが、シンスケは「いつかバレると思っていた」と、達観している様子で......。

シンスケの両親は、朝早くからシンスケとマリには内緒で、筑波の科学万博へ行ってしまった。口止めされているため、シンスケたちに本当のことを言えず、困るカミタマン。そのころ、タタリの兄・ノロイが、田舎から東京へ出てきたついでに弟に会おうと電話してきた。東京で成功していると兄に嘘をついていたタタリは......。

マリの友達・ユーコがカミタマンを紹介してほしいとマリに頼んだ。寝不足のカミタマンは気が乗らなかったが、ユーコが可愛かったのですぐにＯＫする。ユーコの願いは町内のソフトボール大会で母親にホームランを打たせたいというもの。カミタマンはその願いをすぐに実現させたが、「決定的瞬間」を横山が撮影していて......。

横山が、ローラースケートをしつこくシンスケに自慢してきた。横山によれば「親孝行」をしたので買ってもらえたのだという。「親孝行なんて、法律で禁止されているんじゃないの？」と、何かを激しく勘違いしているシンスケを見て、カミタマンは「親孝行」を現代の子どもたちに教えてやろうと、珍しく神様っぽい行動に出る。

暑い夏がやって来た。根本家の面々はもちろん町の子どもたちもヘトヘト。カミタマンが挨拶しても、文句を言ったり舌打ちしたりと、神様への尊敬の念が全く感じられない。ところが、これに目をつけたタタリが、カミタマンに冷たい態度をとった子どもたちに対して、次々と嫌がらせを始める。そこへネモトマンが現れるが......。

カミタマンは、公園でジュースを飲んでいたが、ちょっと目を離した隙に、サーカス団の団長のような風体の男に、ジュースを飲まれてしまった。そして、その夜、シンスケとカミタマンの部屋に、提灯お化けが現れる。あまりの恐怖に、失神するカミタマン。だが、その寝顔を見つめる提灯お化けの頬は、なぜか赤く染まっていた。

横山とカミタマンは海の話で言い合いになった。千葉の海がパラダイスだという横山と、カミタン島が最高だというカミタマン。千葉をバカにされた横山は怒り、カミタマンを宅急便で千葉へ送ってしまう。千葉の海で目覚めたカミタマンは水平線を見つめながら、カミタン島へ帰りたいと願った。だがそこへ謎の海賊が現れて......。

夏休み真っ盛り。最近ネモトマンの評判が良くなりつつあったが、シンスケは冷たい飲み物を飲みすぎたため、怪人「夏バテ」に襲われてしまう。体力をすっかり奪われたネモトマンはカミタマンの励ましもむなしく、横山の家に出現した「へんな虫」を退治するどころか逆に助けられる始末。カミタマンは「夏バテ」に勝負を挑む！

朝からカミタマンと一緒に運動で汗をかいてきたマリは、これで朝ご飯をおいしく食べられると思っていたら、大好きな塩辛を全部、シンスケに食べられてしまっていた。そこで激怒したマリはシンスケを懲らしめる。そんなふたりの様子を見て自分にも兄弟が欲しいと思い始めたカミタマンに、横山が「兄弟になろう」と言い出す。

シンスケのパパは今夜も仕事の後、居酒屋へ。酔っ払って帰宅したパパは、子どもたちから見ても情けなかった。「絶対にパパのようにはなりたくない」と寝言でまで言うシンスケだったが、本人は夏休みの宿題にまだ手をつけていない状態。「このままではパパみたいになっちゃうぞ」と、パパ本人に言われたシンスケは--。

新学期が始まったころ、空から怪獣モスガが現れた。カミタマンとの再会を喜ぶモスガと迷惑がるカミタマン。しかしモスガは、どこまでもカミタマンを追いかけてきた。仕方なくカミタマンはモスガを根本家に置いてもらおうと考えるが、そう簡単にはいかない。カミタマンはモスガに「愛される努力が必要だ」と説くのだが......。

カミタマンは昆虫たちから、昆虫を捕まえては佃煮にしてしまう佃煮博士が最近、出没していることを聞く。博士をやっつけてほしいと頼まれたカミタマンは早速、博士と対峙。なんとか気絶させることに成功する。だが意識を取り戻した博士はモスガを発見。モスガが昆虫だと知り、佃煮にしようとする。果たしてモスガの運命は？

これまでネモトマンに依頼があった人助けなどの仕事が、最近ではモスガに集中していた。知らない間に、モスガの人気が急上昇していたのだ。もともとネモトマンになるのが面倒だったシンスケは喜ぶが、そのうちに、ちょっとジェラシーを感じ始めた。落ち込んでいるシンスケの様子が気になったモスガは、ある決心をする。

タタリが絵本の世界に入り、「かぐや姫」にお祟りを始めた。タタリは「かぐや姫」が自分を育ててくれたお爺さんとお婆さんを置いて月へ帰っていくのが無責任だと怒ったのだ。そこでカミタマンはタタリを止めるため、絵本の世界へ。だが、なぜかタタリは姫から逃げて来る。それもそのはず、姫はシンスケのパパとそっくり！

横山とモスガの前に突如、扇風機が出現した。扇風機は風を起こして、ふたりを襲う。そのため、ふたりは風邪をひいてしまった。これを聞いたシンスケは、ネモトマンとして扇風機に立ち向かうが、返り討ちに。ついにカミタマンが立ち上がる。勝負の末、負けを認めた扇風機は、自分が暴れた理由をカミタマンに語り始めた。

シンスケが泣いている美少女を家に連れて来た。「火野正平みたいな真似しやがって」と怒るカミタマンだが、シンスケによれば美少女は宇宙人に狙われているらしい。カミタマンは半信半疑だったが、とりあえずシンスケをネモトマンに変身させる。それから間もなく根本家に「モスガを養子にしたい」という紳士が訪ねて来た。

カミタマンは、都はるみの曲を歌いながら佇んでいる少女と出会った。少女の名は、サチコ。この時代には似つかわしくない哀愁を感じさせるサチコにカミタマンは興味を抱く。ところが、カミタマンと一緒にいるサチコの姿を見て、シンスケと横山は驚く。なぜなら彼女は不幸なサチコなどではなく、本当はヒロコだったからだ。

このところ、シンスケとマリの兄妹喧嘩は酷くなる一方。シンスケによれば、昔から自分よりマリのほうが親に大切にされてきたのだという。激しく同情したカミタマンは、シンスケをネモトマンへと変身させた。ところがマリはネモトマンの前で、本当は兄に対して素直でありたいという本音を漏らす。感動したシンスケは--。

タタリが小型のＵＦＯを発見した。ＵＦＯにお祟りをしようとしたところ、逆に追われてしまったタタリ。ＵＦＯの目的は、地球に浣腸をして、地球の便秘を大爆発させることだった。カミタマンはタタリを宇宙人に差し出し、時間を稼いで対策を練ろうとする。しかし根本家の家族会議で、タタリを見殺しにすることが決まり......。

珍々亭からタクアンが家出して、公園の噴水でウインドサーフィンをしていたところを連れ戻された。しかしタクアンはまた店から逃走。どうやらタクアンはクレープになりたいらしい。そして、その夢を他の漬物たちも後押しする。タクアンはお漬物界のスーパーアイドルだったのだ。果たして、タクアンの夢は叶うのだろうか？

相変わらずサラ金の取り立てから逃げ続ける佃煮博士。だが、ついに研究中だった「佃煮化自動販売機」が完成した。またもやモスガの佃煮化を狙い、行動を開始する博士。ところがモスガは、自分から博士のアジトに乗り込んで「佃煮化しろ」と迫るのだった。そんなモスガに恐れをなした博士は、カミタマンに相談を持ちかける。

横山のマリへのアタックは続くが、当然ながら相手にもされない。そこで横山がシンスケにマリの理想の男性像を聞いてみたところ、ネモトマンではないかと答える。横山は早速カミタマンにネモトマンの正体を訊ねたが、カミタマンは言わない。だが、それをいいことに、横山はなんと、自分がネモトマンの正体だと吹聴し始めた！

マリはママが昔の写真に比べ、おばさんっぽくなってしまったことに絶望していた。自分も結婚したら、そうなってしまうのか？　すっかりふさぎこんでしまうマリ。しかしマリのそんな思いを知ったママは家の中にも関わらず、急にドレスアップした。すると立ち直ったマリもすかさずドレスアップし、やがてふたりは商店街へ......。

シンスケが横山の家庭用ゲーム機を壊してしまった。カミタマンはモスガに「おもちゃの神様」を捜してもらうことにする。「おもちゃの神様」は無事に見つかって、ゲーム機も直り、一件落着。カミタマンから「趣味を持て」と言われたモスガは、この「神様捜し」を趣味にすることにした。だが、そのために別の問題が発生する。

根本家の隣に引っ越してきた国野為三というお爺ちゃんは、超元気。ただ、昔ながらの考え方の持ち主のため、男らしくない男に対しては容赦がなかった。やがて為三は、町内の子どもたちを集めて「大和魂を叩き込む」と言い出す。このままでは、みんなが大変だ。ネモトマンとなったシンスケは、為三を止めようとするが......。

佃煮博士はモスガを捜していたが、日本の寒さを避けるため、モスガは南の島へ行ってしまった。がっかりする博士に、カミタマンはサラ金苦から逃れる方法を提案した。それはなんと、とらばる聖子と結婚すること。博士はまだ完全には納得していなかったが、それでも聖子にアタックをかけ始めた。果たして、聖子の返答は？

クリスマス・イブ、カミタマンは公園でサンタクロースと出会った。たまたま投げた空き缶をサンタの頭に当ててしまったカミタマンは、サンタから頼まれて、代わりにクリスマスプレゼントを配ることになる。実は、サンタには恋人がいた。彼はその恋人から、毎年クリスマス・イブに会えないことを責められていたのだ......。

ママとマリは、年末だというのに大掃除の手伝いもせず、シンスケのゲームで遊んでばかりいるパパに腹を立てていた。カミタマンの説得で、少しだけ手伝うパパだったが、かえって迷惑をかけてしまう始末。シンスケだけは味方だろうと思い、サッカーの応援に行ったら、追い帰されてしまった。居場所のないパパはどうする!?

あっという間に冬休みも終わり、明日から学校だ。シンスケと横山は憂鬱だったが、マリはうれしそう。そしてモスガは、シンスケと横山が学校へ行ってしまえば一緒に遊べなくなるので、それを寂しがっていた。そこでマリは「モスガも学校へ行けば良い」と提案。モスガはすっかりその気になり、マリも協力を約束するが......。

ひとりの美少女が、カミタマンとシンスケのことを見つめていた。シンスケは、美少女が自分のことを好きなのではないかと思い、有頂天に。だが美少女＝洋子は、なんとシンスケに対し、横山へのラブレターを託すのだった。ショックを受けるシンスケと舞い上がる横山。明日の初デートに備え、横山はいつになく張り切るが......。

とらばる聖子が学習塾を開いたが、生徒が思うように集まらないため、強引に集めようとして「落ちこぼれ狩り」を始める。横山からのＳＯＳを受けたカミタマンは横山を助けに行くが、ブーメランにもいつものスピードがなく、そもそも全く調子が出ない。病院で診察を受けたカミタマンは「太り過ぎ」だという診断を受けて......。

佃煮博士は、空き地でのキャンプ生活を余儀なくされていた。その心にはまだ、カミタマン打倒への闘志が燃えたぎっている。やがて博士は、新しい作戦を思いついた。「怪物ドジョー鍋」となって、カミタマンの前に現れた博士。だが、シンスケに約束を破られ、腹が立っていたカミタマンは、博士を簡単に返り討ちにしてしまう。

モスガの調子が悪い。医者へ行ったら睡眠不足と診断された。冬眠するのを忘れていたことに気づいたモスガはすぐに冬眠したいと言い出す。だが、この町内は何かと騒がしく、すぐに熟睡することができない。そこでモスガは産まれたときに入っていた卵にもう一度、入ることにした。ようやく冬眠を始めたモスガだったが--。

シンスケは今日も、テストで酷い点を取ってきた。ママは、シンスケの成績の悪化はカミタマンのせいではないかと分析する。これを偶然、聞いてしまったカミタマンはショックを受けた。やっぱり神様として、シンスケに勉強をするように言ったほうが良いのか？　悩んだ末、カミタマンはしばらくシンスケと会わないことにした。

とらばる聖子が、傷だらけでカミタマンの前に現れた。「アントニオの宝を捜して」と言い残し、意識を失った聖子。彼女が持っていた地図を頼りに、カミタマンとマリはシンスケや横山に内緒で宝を捜し始める。だが、意識を取り戻した聖子は、シンスケたちをけしかけた。こうして「アントニオの宝」の争奪戦が開始された--！

子どもたちから、早く春が来てほしいという願いを受けたカミタマンは、春を見つける名人のモスガと一緒に、山の向こうへ。そこには、本当に春がいた。春は「まだ早い」と拒むが、カミタマンがうどんをごちそうしたことで、すぐに考えを変えて、日本を春にしてしまった。しかし、突然の春の到来に困り果てた男がひとり......。

根本家の雛人形から、男雛が消えていた。激しく怒るマリ。その夜、女雛がカミタマンに相談を持ちかけた。男雛は今年の１月、女雛の前から去って行ったというのだ。カミタマンは悲しむ女雛のため、男雛の行方を捜すことにする。やがて、男雛がフランス人形と暮らしていることがわかった。フランス人形は、男雛を愛していた。

マリの友達が公園でヘンな男に襲われた。マリはカミタマンに助けを求めるが、あいにくカミタマンは風邪気味。そしてネモトマンことシンスケはゲームに夢中で、変身して戦うことを拒否した。仕方なくカミタマンが公園へ駆けつけると、そこにいたヘンな男の正体が佃煮博士だったと判明する。佃煮博士は今や困窮極まっていた。

横山そっくりな若様が突然、現れた。若様は横山と同じように、マリのお尻を触りたがって追いかける。だが、カミタマンの姿を見ると、今度は「父上の仇」と、刀を抜いて斬りかかった。どうやら若様はカミタマンの超能力を、父を殺した忍者の術と勘違いしたようだ。しかし若様はマリたちの説得にも全く耳を貸さないのだった。

マリは偶然、ネモトマンがシンスケであることを知ってしまった。しかし、にわかに信じられないマリは、横山を利用して、自分の前にネモトマンが現れる状況を作る。この作戦は成功し、マリはネモトマンとふたりきりになった。ネモトマンを油断させ、ヘルメットとマスクを強引に奪い取るマリ。そこにはやはり、兄の顔が......！

カミタマンに、カミタン島からメッセージが届いた。三流神様としての修業は終わったので、一流の神様になるための教育を受けるため、島へすぐに帰って来いというのだ。カミタマンはシンスケたちと離れたくなかったが、なぜかお別れパーティの準備が着々と進行していく。そしてシンスケはひそかに、ある決断をしていた。