フォックスリバー刑務所から脱獄に成功したマイケル達だったが、脱獄犯として全米全土で指名手配された。マホーン捜査官を中心としたFBIグループに執拗に追いかけ回される。マホーン捜査官は政府と絡んだ裏組織に脅され、脱獄犯達の逮捕ではなく殺害を命じられていた。
シーズン1に引き続きスリリングだった。シーズン2は逃亡犯としてアメリカを駆け巡るためにカーチェイスなどのアクションも多めだった。
フォックスリバー脱獄犯達やマホーン捜査官、シーズン1の敵などそれぞれの過去や家族愛に触れるシーンなどもあり、悪人も根っから悪に取り憑かれてるわけではない描写があった。
