マッドサイエンティストが生み出した薬により、下水道に棲みついていた亀が突然変異してミュータントタートルズとなった。彼らは人目を避けて暮らしていたが、同じミュータントのスーパーフライが人間抹殺を企んでいることを知り、計画を阻止しようと立ち上がる…というお話。
ストーリーはこれまでのアニメ版、実写版と変わり映えしないが、ビジュアルが圧倒的である。普通のアニメはキャラクターデザインの原画から動かしやすいデザインに簡略化して作成するのだが、この作品はコンセプトアートがそのまま動き出している感じである。スパイダーバースシリーズと同じく、どの場面を切り取っても一枚絵として成立する。360度どこから見ても破綻のないディズニーアニメとは真逆のアプローチで、どこから見ても手書きの味が感じられる見事なアニメ化である。
