ジェイソン・ボーンが消息を絶ってから何年もの歳月が経過したある日、世間から姿を消して生活していたボーンの元に、CIA の元同僚であるニッキ―が現れる。 彼女は、「CIA が世界中の情報を監視・操作する事を目的とした、恐ろしい極秘プログラムが始動したという」という情報を告げ、さらにボーンの過去にまつわる「衝撃的な真実」を明かす。そしてその真実は、新たな戦いの始まりを意味していた―。 ボーンは再び姿を現すこととなり、追跡を任された CIA エージェントのリーは、彼が最も求めているものを提供すれば、再び CIA 側に取り込めるのではないかと考え始める。 しかし“史上最も危険な兵器”であるボーンは、追跡者が想像すらできない、ある目的を持って動いていた。
