ストーリーの大筋については多元宇宙論を念頭に考えていけば問題なく理解できると思います。
ただ個々のシーン(特に戦闘シーン)をちゃんと理解しようとして見ると全く理解できません。考えるよりも直感的にすげー！って見とくのが良いと思います。あと3回みよ。
【追記】やっぱ並行宇宙関係ないかも。かなり独特な世界観だ。
【追記の追記】2回見た！！5倍楽しめた。「運命」と「感じる」というのがやはりテーマみたいです。来る未来が分かり切っていても、何もしないでいいわけないよな、というかなり哲学的な主題を感じました。
