別々の進路を選択し、離れ離れになったトライスリー。 新導クロノは、晴見高校へと進学したが、打ち込む目標も見つからず、張り合いの無い日々を過ごしていた。

U20チャンピオンシップ出場の為にチームメイトを探す新導クロノ。その前に東海林カズマが現れる。

カズマの力を見極めるためにファイトを挑む明日川タイヨウ。カズマに秘められた力が今、覚醒する!!

学業、スポーツ、ヴァンガードすべてを極めるために福原高校に進学した綺場シオン。しかし福原高校ヴァンガード部は廃部の危機にあった！

3人目のチームメイトを探す福原高校ヴァンガード部。シオンは3年生の羽島リンに狙いを定めていたが・・・

チームを結成したクロノとシオンはドラゴンエンパイア支部で交流試合を行うことに！

留学したパリで自分自身の進むべき道を探すトコハ。 ハイメはそんなトコハにプロファイターを目指す青年ミゲルを引き合わせる。

トコハは残酷な現実を受け止めきれず、深い悲しみから立ち直れずにいた。 悲劇を乗り越え、未来へと意志を繋ぐため、ハイメにファイトを申し込む。

U20を共に戦うチームメイトを探し、謎のマスクマンと共に帰国したトコハ。 ドラゴンエンパイア支部を訪れたトコハを意外な人物が待ち受けていた。

U20への出場権を手にする為にドラゴンエンパイア支部の特別予選に挑戦するクロノ達。 カズマの対戦相手として現れたのは、トコハの兄、安城マモルだった。

東海林カズマがチームから脱退してしまう。新導クロノは納得いかずカズマを追いかけるが、カズマと間違われ不良たちの”ボス”に連れ去られてしまう…！

U20ショップ予選最終日…。カードキャピタル1号店で東海林カズマのチーム復帰を信じて戦うストライダーズの前に立ちはだかったのは、あのトリニティドラゴンだった。

ストライダーズとトリニティドラゴンの激闘も終盤戦へ。仲間の想いを背負い、新導クロノと多度ツネトの大将戦が幕を開ける。U20出場権を掴むのはどっちだ！？

ストライダーズ、福原高校VG部、ハイメフラワーズの３チームは、それぞれチームの士気を高める為に壮行会を行う。U20本戦開催直前に彼らは何を想うのか。

U20チャンピオンシップ“ファーストステージ”始動！戦いの舞台はまさかの…惑星クレイ！？若きファイター達の生き残りを賭けたサバイバルが幕を開ける。

東海林カズマはチーム新ニッポンの浅田マコトの思いもよらぬ実力に苦戦する。チーム新ニッポンをクールに支えるマコト、その強さの源は胸に秘めた友への想いだった。

安城トコハは明日川タイヨウとのファイトをすることに。たとえ友人であっても倒さなければ先には進めない…！覚悟を決めてファイトに臨むトコハだったが、タイヨウもまた、U20にむけてとある特訓を行っていた。

江西サトルは葛木カムイと遭遇してしまう。未だ自分のファイトを見つけられずにいる江西に襲い掛かるカムイの容赦ない連続攻撃。江西はこの窮地を乗り越えることができるのか。

チーム脱退を賭けて綺場シオンに決闘を挑む羽島リン。シオンはリンを倒し、チームを存続させることができるのか。早尾アンリが不安気に見守る中、“綺”公子と女王のファイトが幕を開ける。

U20を盛り上げるラミーラビリンスwithサーヤ。過去の行いへの償いの為に奮闘するアムは早尾アンリと遭遇する。綺場シオンのチームメイトを相手に、アムは果たして…。

東海林カズマが出会った対戦相手はラミーラビリンスの弓月ルーナだった。そのイメージ力でペイルムーンのユニット達を可憐に操るルーナのファイトにカズマは魅了され、心を奪われてしまう…！？

機器のトラブルによって停電が起き、中断されたファーストステージ。その混乱に乗じて暗躍する鬼丸カズミ、そしてそれを追う伊吹コウジ。二人の思惑が暗闇の中で交錯する。

ファーストステージ3日目も終盤。宿命のライバル対決もこれで３度目。互いに相手を見据えての真剣勝負を繰り広げる安城トコハと羽島リン。全力で闘志をぶつけ合う２人のファイトの行方は一体…。

綺場シオンの前に立ちはだかるのは、２日目であの安城トコハを下した明日川タイヨウ。仲間の為、友の為、チームの為、二人の騎士(パラディン)の決闘が幕を開ける。

新導クロノの前に現れたのは星崎ノア。全参加者が注目するU20チャンピオンシップのファーストステージ“ラストファイト”の最中、ノアの様子がおかしいことに気付いたクロノは悍ましいイメージを目の当たりにする。

多くの謎を残し幕を閉じたファーストステージ。カムイに誘われキャピタル１号店に訪れたクロノ。そこにはかつてキャピタル１号店で活躍していたファイター達が勢揃いしていたが、どうにも落ち着きがない様子で……。

帰国してきたアイチからファイトの誘いを受けたクロノ。今までの2人を良く知るカムイとシンが見守る中、アイチの強烈なイメージとユニットとの絆に、クロノも負けじと闘志を燃やし立ち向かう。

「俺に勝てなかったら、すべてを忘れてここから去れ。」合流した伊吹から唐突に突きつけられた試練のファイト。相変わらず容赦の無い伊吹にクロノは己の力と覚悟を示すことはできるのか。

立凪財閥総帥“立凪ノーム”の元を訪れた一行。クレイと地球の運命を見守るノームが語る、今二つの世界の間で起きている驚愕の真相。右手を隠す“ディフライダー”、その正体とは一体……。

U20チャンピオンシップのセカンドステージは城を駆け上がり頂上を目指すロワイヤル。１度でも敗北すれば復帰できない厳しいルールの中、タイヨウはチーム・ディフライダーのベルノと遭遇してしまう。

トコハが遭遇したのはミゲルに代わってU20に参加するチーム・ディフライダーのサオリ。ミゲルに並ぶため、決意を新たにサオリとファイトするトコハだったがサオリはその決意を否定し、ミゲルの死を嘲笑う。

ラミラビとクミを容赦なく捻じ伏せ、彼女達が目指す“楽しいファイト”を愚弄する鬼丸。彼女達のファイトを守るため騎士として戦う江西に、鬼丸の操るぬばたまの“禁忌の能力”が襲い掛かる。

トコハとのファイトで抱いた違和感に苛立ちを隠せないサオリ。自身がユニットであることを隠そうともせず人間のファイトを「お遊び」と見下すサオリにクロノはU20にかける思いを全力でぶつけていく。

クロノがサオリとのファイトを繰り広げている中、カズマもまた鬼丸とのファイトに臨んでいた。因縁の兄への挑戦に全力を尽くすカズマだったが、目前の鬼丸の心は既にあの日の“兄”ではなく―。

カズマと鬼丸の関係を知り衝撃を受けるクロノ。落とし前をつけるため鬼丸本人を装いカズマの心をを弄んだシラヌイにファイトを挑む。鬼丸の体を乗っ取りU20を蹂躙するシラヌイの恐るべき目的が明かされる。

福原高校はシオンの戦略の通り行動し、誰一人脱落することなく2日目に進出していた。だが、チームの為に己を殺しているシオンの苦しみに気付いていた早尾はその戦略を無視し走り出す……！

再び自由を手にしたシオンは全身全霊を以てクロノにファイトを申し込む。まるで出会った当時のように全力でぶつかり合う2人。ファイトは熱を帯びていき会場のファイター達は惹きつけられていく……！

セカンドステージは終了したが勝ち抜けたのは3チームのみ。敗者復活戦が開催されることが決定したが、その前に一同はいつか訪れた南の孤島でクロノと伊吹は今までディフライダーについて皆に語ることに……。

ラミーラビリンスwithサーヤとハイメフラワーズの敗者復活戦。全ての真実を知り、迷いを振り切ったトコハはファイナルステージへの切符を手にするためサーヤとのファイトに臨む。

これから始まるファイナルステージに向けてU20での戦いの軌跡を振り返っていたクロノとタイヨウ。そこにカズマも加わり、ストライダーズは最終決戦を前に各々の決意を固めていく。

相手がディフライダーであろうとも変わらぬ意思で優勝を目指し立ち向かっていくリンとアンリ。リンの闘志に胸を打たれるベルノだったが、アンリとファイトするサオリは……。

サオリと鬼丸に食らいついていく早尾とシオン。どんな逆境をも乗り越えて来たシオンと宿命への反逆を願うカズミ。運命へ立ち向かう２人のファイトは熾烈を極めていく。

準決勝2戦目を戦うストライダーズとハイメフラワーズ。 クミの仲間への感謝とヴァンガードへの想いを込めたファイトがタイヨウを追い詰める。

トライスリー対決再び！決意を新たに戦うクロノとトコハの2人。 決勝戦への切符をかけて、一歩も引かず真っ向からの殴り合いを展開する。

クロノとタイヨウは、決意を固め特訓を提案したカズマをとある山奥へと連れていく。 そこに居たのは最強のシャドウパラディン使い神崎ユウイチロウだった。

U20チャンピオンシップ決勝戦の前日に、ベルノにファイトを申し込まれるトコハ。 お互いの想いをぶつけ合うファイトの最中、ベルノはカズミの正体とその目的を知らされる。

U20チャンピオンシップ決勝戦の第1試合はタイヨウVSベルノ。 タイヨウは地球最後のファイトに全力で臨むベルノの輝きを超えることはできるのか。

準決勝とは一転、殺意にも似た憎悪を漲らせ冷徹にファイトするサオリ。 冷たく燻る炎の壁を超え、求める世界を掴む為、竜は今“覚醒”を遂げる。

ファイトの中で紐解かれていく幼い頃のカズミとカズマ、二人の忘れていた記憶。 兄を救い、過去の全てを超える為にカズマは己の全てを賭けた一撃を叩き込む。

U20チャンピオンシップも遂に最終決戦！ 全てを託され戦うクロノは、カズミの体を乗っ取っているシラヌイの記憶を幻視する。

クロノは未来を掴むために、そして自らの信じるヴァンガードを、カズミに示すため全身全霊を込めたファイトを繰り広げる。そのファイトの果てにシラヌイが出した答えとは――。

U20チャンピオンシップは閉幕し、それぞれの日常へ戻っていくクロノ達。 だが、シラヌイはカズミの中に自らの“主”についての記憶を遺していった。