ある日、新導クロノが学校へと登校すると、下駄箱に誰が置いたか分からない謎のカード束と、どこかの場所を示す地図が入っていた。放課後、地図に書かれた場所へと向かうクロノ。そこは「カードキャピタル２号店」というカードショップだった。

葛木カムイとの対戦を通じてヴァンガードの楽しさを知ったクロノは、続いてヴァンガード普及協会から出されるクエストにチャレンジすることに。しかしそこに多度ツネトをリーダーとするチーム「トリニティ・ドラゴン」が現れ、邪魔してくる！

対戦相手募集のクエストを受けて、待ち合わせ場所であるショッピングモールへと向かうクロノ。 しかしクエストの依頼主は急な用事で来られなくなってしまい、クロノは代理として現れた伊吹コウジという青年とファイトすることに。

「おばあちゃんの家に忘れてきたカードを自宅まで送って欲しい」という少年のクエストを受けたクロノ。早速そのおばあちゃんの家を訪ねてみるが話が通じず、訳の分からないうちに家の手伝いを押しつけられてしまう。さらにそこに同じクエストを受けた綺場シオンも現れて…。

いつも愛想が良いとは言えないクロノだが、今日はいつもにもましてご機嫌斜め。トコハをはじめ周りのみんなもそんなクロノの気配を感じ、何があったのかと訝しむ。果たしてクロノの機嫌が悪い理由は…！？

ドラゴンエンパイア支部ではクランリーダーである安城マモルとファイトすることが出来るイベントが行われており大盛況。イベントに参加したクロノの前に、不審な動きをする協会のマスコット、ヴァンガ郎くんが現れて…。

トコハの誘いにより、ドラゴンエンパイア支部が主催する「ヴァンガードクイズ大会」に、参加することになったクロノとシオン。互いに負けず嫌いな二人は、強烈なライバル心をバチバチと燃え立たせ、数々の競技へと挑む！

クロノがカードキャピタル２号店へとやってくると、今まで見かけたことのない美少女の姿が。その少女は可憐な立ち振る舞いで、初対面のクロノにも優しく話しかけてくる。果たしてこの少女の正体は…！？

トコハには、幼いころから実の姉のように慕い、憧れを抱いているアカネという存在がいた。アカネはドラゴンエンパイア支部で働く有能な職員。トコハとは互いに忙しく、落ち着いて話す機会が減ったことを寂しく思っていた。一方トコハは、ある日アカネが出したクエストの内容を知り、愕然とする。

「日本のヴァンガードの事を知りたいので案内してほしい」という、外国人からのクエストを受けたクロノ。待ち合わせ場所へと向かうと、そこにはハイメ・アルカラスと名乗る、妙にテンションの高い人物がいた。

ユーロリーグを代表するハイメアルカラスと、かげろうクランリーダーのマモルとのファイト。クロノは目の前で繰り広げられる白熱のファイトに、思わず拳を握り締めていた。

ハイメ・アルカラスという、はるかに高いレベルのファイターに挑むチャンスを掴んだクロノ。ハイメはクロノの想いを真正面から受け止める。このファイトの勝利者は？

カムイの発案で、ハイメとの激闘を終えたクロノを労うパーティが開催されることになり、トコハやシオン、ツネトたちといった馴染みの連中がカードキャピタル２号店に大集合。自分の為のパーティという今まで経験したことがない事態に、クロノは戸惑いを隠せずにいた。

ヴァンガード全国大会地方予選を間近に控え、新たな目標に燃えるクロノ。今日もクエストへと向かうクロノの前に、指三本で逆立ちをしながら街を行く少年が現れる。少年の名は「馬場タケル」。修行のため、全国を旅しているという彼との出会いは、クロノに何をもたらすのか。

「君の分身をいただくよ」。子供たちの間ではヴァンガード都市伝説、「仮面ゴースト」の噂で持ちきり。挑まれたファイトに負けると、大切なカードを奪われてしまうのだ。少年から助けを求められたシオンは、仮面ゴーストの正体を突き止めようとする。

マモルと対戦できる特典につられ、カードキャピタル２号店のメンバーと、ドラゴンエンパイア支部主催の祭りに出店したクロノ。ファイターとしても、普及協会の職員としても奮闘するマモルの姿を見てクロノは…。

ヴァンガード全国大会地方予選を目指し活気づくファイターたちをよそに、頑なに大会出場を拒むトコハ。ひょんなことからトコハとファイトすることになったクロノは、複雑なトコハの心情を垣間見る。

「忘れ物のカードを返却するために、持ち主を探してほしい」という気弱な男子高校生からのクエスト。その真の目的は！？我先にと張り切るクロノ、トコハ、シオンの三人だが、手掛かりが少なく捜査は難航を極める。

ディメンジョン世紀０１５年、人類は突如、宇宙から襲来した銀河怪獣の脅威にさらされていた。その銀河怪獣を撃退すべく立ち上がったのは、地球防衛組織「カエサル」のメンバーたち。地球の存亡は、彼らの結束にゆだねられた！

ヴァンガード全国大会地方予選は、３人１組のチームで出場するのが条件。しかしクロノ、シオン、トコハはそれぞれの事情により、まだチームを組めていなかった。そんな状況を見たカムイは…。

ヴァンガード全国大会地方予選の出場資格である「グレード３」になるため、クロノはトコハやシオンたちと共にユナイテッドサンクチュアリ支部主催のミニ大会に出場する。順調に勝ち進むクロノ達だったが、予想もしえない事態が彼らを待ち受けていた…。

ユナイテッドサンクチュアリ支部主催のミニ大会から数日。失意のクロノの前に「謎の男」があらわれる。

ドラゴンエンパイア地区には魔界の王が住まう闇の砦があった。王が砦に用意した３つの関門を潜り抜けた者には、強大な闇の力が授けられるという。そんな魔王の試練を突破するべく、今、クロノが砦の中へと一歩、足を踏み入れる･･･！

ヴァンガード全国大会地方予選のエントリ―締切が迫るなか、失ったポイントを回復するため奔走するクロノたち。一方マモルは大会を目指すファイターたちを支援するため、普及協会職員としての使命を果たそうとする。

大会に向け、グレードアップを目指すファイターたちの為に、ドラゴンエンパイア支部が企画したイベント「サバイバルヴァンガード」。エントリーしたクロノ、トコハ、シオンにとって、文字通り生き残りをかけた最後の挑戦が始まる！

カードキャピタル２号店を訪れたクロノは、店長から初心者の少年にヴァンガードを教えて欲しいと頼まれる。

ヴァンガード全国大会地方予選までいよいよあと1週間！様々な想いを胸に、それぞれの日々を過ごすクロノ、トコハ、シオンの３人。そして待ちに待った開幕の時を迎える･･･！！

順調に勝ち進む「トライスリー」の次なる相手、その名もチーム「風来坊」。それは、かつてクロノがクエストを通じて出会い、熱いファイトを繰り広げた馬場タケルが率いるチームだった！

全国大会地方予選の予選トーナメントを勝ち抜ぬき、ベスト１６までたどり着いたチームトライスリー。しかし次なるクロノ達の対戦相手は、ユナイテッドサンクチュアリ支部が集めた優勝候補筆頭の精鋭チーム、ディマイズだった。

トコハの対戦相手である、チーム・ディマイズの羽島リンは美しさと強さを兼ね備えた有名ファイター。リンは安城マモルの妹であるトコハを意識しているようだが…

シオンが対戦することになったチーム・ディマイズの東雲ショウマは、対戦相手のシオンに対しても、敬意を払う紳士的なファイター。しかし彼の瞳は、謎めいた光を放っていた…。

クロノはトコハやシオンを強引に誘って海へと出かける。クロノは何とかして二人を楽しませようとするものの、次から次へとアクシデントに見舞われる。

ヴァンガードにも綺場家の跡取りとしての使命にも誠実でありたいと自分を追い詰めるシオンに、クロノやトコハの言葉は届かない。シオンの頑なな態度に業を煮やしたクロノは…。

大人気のヴァンガードアイドル「サーヤ」がドラゴンエンパイア支部のイベントにやってきた！元気いっぱい、超ポジティブな彼女のプロ魂に、スタッフは大わらわ。トコハはマモルを助けてイベントを成功させるため、クロノ、シオンと共に奮闘する。

叔母ミクルからの真剣な頼みと、ヴァンガードとの間で思い悩むクロノ。そんなクロノにシンはファイトを持ちかける。初めて見るファイターとしてのシンの実力を前に、クロノは…。

目指すはチーム・ディマイズへのリベンジ！ユナイテッド・サンクチュアリ支部主催の大会へ乗り込んだチーム・トライスリーだが、そこに集ったファイターたちの異様な言動を目撃する。

ユナ・サン支部への潜入に成功するも、バラバラに引き離されてしまったクロノたち。シオンが通された部屋で待ち受けていたのは、因縁の幼馴染、烏森ユウヤだった！

ユナサン支部の現状を目の当たりにし、怒りに燃えるトライスリーをあざ笑う、ユナサン支部長神崎の挑戦状。神崎はクロノ、シオン、トコハの３人を同時に相手するという。

ユナサン支部での出来事に、忸怩たる思いのクロノたち。バカンスのため来日したハイメ・アルカラスとの再会の喜びに勇気づけられ、“友達”を浅草観光へと連れ出す。

ユナサン支部の暴走を止めるべく、ドラエン支部が動き出す。クロノたちは自分たちの闘いに決着をつけるべく、それぞれの想いと決意を交わし、次のステージへと進化する！

とうとう始まったユナサン支部でのスペシャルマッチ。前回のファイトのリベンジを果たそうと意気込むトコハを、チーム・ディマイズの羽島リンが女王の貫録で迎え撃つ。

スペシャルマッチ二戦目、「自分には人の未来が見える」と言葉巧みにシオンを翻弄する東雲ショウマ。シオンは己が信じる未来を示すことができるのか。

ユナイテッド・サンクチュアリ支部に絶対的な力で君臨する支部長・神崎ユウイチロウ。彼には心に秘めたる壮大な野望があった。その野望をクロノ達は目の当たりにする。

クロノの前に立つタイヨウは冷たく勝利のみを追求するマシーンへと変わり果てていた。かつてのタイヨウを取り戻そうとするクロノの熱い想いはタイヨウへと届くのか！？

とうとう始まった神崎とクロノのファイト。全霊を賭けて神崎へ挑むクロノは、仲間の声援を受け善戦する。しかし神崎の呪わしき最凶の切り札、ダムドが姿をあらわす！

神崎の力は凄まじく、クロノに勝機は一分も残されていないかに見えた。しかしそんな中でもクロノは諦めずに立ち向かっていく。その時、クロノとクロノジェットが…！

神崎との激戦から数日後、混迷を極めていたユナサン支部も落ち着きを取り戻し、再興に向けて動き始めていた。そんな中、クロノは伊吹から呼び出しを受ける。

伊吹とクロノ。ファイトを通じて互いへの想いを巡らせるふたり。クロノは今まで培ったギアクロニクルのユニットたちとの絆を糧に、新たな未来を示す！