東京の下町・六月町に一人で暮らす桐山零は、高校生にしてプロの将棋棋士。 義父の棋士・幸田との対局を終えた零は、三月町にある川本家へと向かう。川本家では、長女・あかり、次女・ひなた、三女・モモが零をにぎやかに迎え、夕食をともにするが……。

帰宅した零を待ち受けていたのは、棋士・二海堂晴信。幼い頃から零をライバルと呼ぶ二海堂は、零との対局を心待ちにしていたのだった。 後日、先輩棋士・松本一砂との対局終了後、零は一砂や棋士仲間の三角龍雪らとスナックへと向かう。そこでは川本家の長女・あかりが働いており、あたたかく彼らを迎えるのだった。

二海堂とのプロとしての初対局の日を迎えた零。幼い日の対局を思い出しながら将棋会館へと向かった零は、気迫に満ち満ちた二海堂と相対する。 そして始まる対局！それは幼いころから変わらない、「負けたくない」という互いの思いがぶつかる場で……。

野球部の試合応援を翌日にひかえたひなたは、気になるエース・高橋勇介のためにお弁当を作ることにする。華やかでかわいいお弁当を目指してはりきるひなただが、華やかさよりも定番のおかずをすすめるあかりと衝突してしまう。 翌朝もお弁当作りや着ていく服選びでバタバタのひなた。乙女の一大イベントの行方はどうなる!?

あかりに頼まれてモモを保育園に迎えに行った零だが、帰り道で転んだモモが怪我をしてしまう。その手当てをしながら、零は幼い頃に家族を失くした日のことを思い出す。 突然の事故によって失われた両親と妹、暖かな家。葬儀の場で孤独にたたずむ零に声をかけたのは、父の友人でプロ棋士である幸田柾近だった。 「君は……将棋、好きか？」

「どこかへ行きたい……」 自分の力で生活していくために必死に盤に喰らいつき、中学生でプロ棋士となった零。しかしプロ二年目となる今年、昇級する目を失ってしまう。もがいてもがいてようやく辿り着いた今の場所から動き出す理由を見出だせない零は、自らの中途半端さに思い悩む。

ファストフード店に入ったひなたと零は、そこで偶然ひなたの片思い中の相手・高橋に遭遇！緊張のあまり挙動不審でアワアワしてしまうひなたと、スポーツマンと何を話していいのか困ってしまう零。 しかし零がプロ棋士だと気付いた高橋は、自分は将来プロの野球選手になりたいと語り、プロになってから一年遅れで学校に行くことを選んだ零に、その理由を問う。真剣な表情の高橋に対して、零の答えは……？

ひなたとモモに将棋を教えることになった零と二海堂。二海堂お手製のかわいい将棋ニャーの絵本に、モモたちも大興奮！将棋の基本を楽しく勉強する。 いきなり家に押しかけたり、解説で熱いメッセージを送ったりと、零との友情や将棋への熱意をまっすぐにぶつける二海堂。その熱意は零に届くのか……。

棋士歴40年、65歳の現役棋士・松永正一との対局の日。自分の人生の倍以上の年月を戦ってきた松永に、零はその覚悟を思い気を引き締める。 しかし始まった対局では、行き当たりばったりとしか思えない手を指す松永に、いたたまれなくなってしまう零。対局を終えた零は行きがかり上、松永と食事に行くことになるが……？

12月。忘れ物を取りにきた香子から、零が24日に対局する相手・安井学のことを聞かされる。負けると酒を飲み暴れてしまうという安井は、このクリスマスが終わると離婚することが決まっているという。 家族で過ごす最後のクリスマスに、勝って帰るか、負けて帰るか……。 零は幼い日、幸田家で迎えた幼い日のクリスマスを思いながら、安井との対局へ向かう。

ひどい風邪をひきクリスマスからずっと寝込んでしまったまま大晦日を迎えた零のもとを、あかり・ひなた・モモが訪れる。そのまま強引に病院と川本家へと連れて行かれた零。おかゆを食べ、手厚く看病されてだいぶ回復した零は、義父・幸田やあかりたちに心配をかけてしまったことを反省する。 そして暖かい川本家で、零は新しい年を迎える。

三が日を過ぎ、体調も戻ったため川本家から自宅に帰った零。年末年始の川本家のにぎやかさから一転して、一人で過ごす時間の寂しさを痛感するが、まずは獅子王戦のトーナメントに向かって集中するよう気持ちを切り替えようとする。 迎えたトーナメント初戦、零の対局相手は辻井武史！「色々な意味で」強い攻撃力を持つ辻井を前に、零は奮闘する。

トーナメントで後藤とあたることになった三角は、対策を練りに練って対局へ向かう。後藤の型は居飛車穴熊、対して三角は風車を得意とする。三角は後藤に対し、自らの得意な戦法でぶつかることにするが……？ そして同じく獅子王戦トーナメントにて、零は島田開八段との対局の日を迎える。零にとってどうしても負ける訳にいかない戦いが、始まる。

島田の実力を見誤り、取り返しがつかないほど悪い局面になっていたことに気付かされた零。恥ずかしさと混乱で激しく動揺するが、島田にうながされるようにしてなんとか最後まで指し続ける。 対局後、零は恥ずかしさのあまり将棋会館から走り去る。その背中を見送った島田は、弟弟子である二海堂からの言葉を思い出し、零を研究会に誘ってみようかと考える。

獅子王戦トーナメント決勝戦、後藤と島田の三番勝負の初戦が幕を開けた。自らを信頼する者同士の戦いに、圧倒される零。 対局を終えた後藤は、将棋会館前で待つ香子に冷たい態度をとる。その様子を見ながら、零は自分が幸田の家を出た時のことを思い出す。 そして三日月堂ではあかりやひなたたちが、そんな零を心配していた……。

欠席していた化学の実験レポートを書くため、零は林田に「放課後理科クラブ」に連れて行かれる。そこで部員の野口たちに出迎えられ、同年代の生徒たちと賑やかに話す零の様子を見て喜ぶ林田。 実験を終えた零は、獅子王戦トーナメントの決勝戦・後藤と島田の最終局へ向かう。勝負の行方は。そして対局を終えた島田に対し、零が口にすることとは……？

獅子王戦、島田と宗谷名人との対局の前夜祭に参加する零と二海堂。「いつか絶対にタイトル戦に出る」と言い切る二海堂の覚悟を目の当たりにし、零は動揺する。 会場の庭に出た零は、ふと自分のすぐ近くに立っている人影に気付く。気配を全くさせずにたたずむその人物こそ、最年少で名人に就位し、史上初めて七大タイトルを全て制覇した宗谷冬司だった。

獅子王戦第三局を控えた島田。自宅で行う研究会で議題にあげた局面に対し、異なる戦法を持つため議論が衝突する二海堂と重田だが、一方零は、その局面を見て「気持ち悪い」と表現する。 翌日、島田から今度は一人で来てくれるように言われた零。A級棋士との対局に圧倒されるが、自分にできることを必死で差し出そうとする。

山形の雪深い村で育った島田は、地元のお年寄りたちに将棋を教わり、中学生になると月2回の奨励会へ通うためアルバイトに励み、勝ち進めない時期も胃の痛みと戦いながら将棋を続けてきた。 同い年の宗谷が奨励会を駆け抜け、順位戦を駆け昇っていくのを見ながら、縮まらない差を見つめながら、それでも努力することをやめるわけにはいかなかった。 零はそんな島田と共に、獅子王戦第四局の場・京都へと向かう。

獅子王戦第四局２日目。このまま宗谷にストレート負けすると、島田は故郷での対局が叶う前に敗れることとなってしまう……。 急きょ大盤解説を担当することになった零は、藤本雷堂棋竜とともに対局を見守ることに。胃の痛みに耐えながら全力で攻めの将棋を指す島田。その対局の結末とは？

4月、島田の故郷・山形県天童市で開催される「人間将棋」に参加することになった零と島田、二海堂。あいにくの雨に見舞われ屋内での開催となるが、棋士たちは地元の将棋ファンたちに温かく迎えられる。そこでの地元の人々と島田の交流に胸を打たれる零。 そして三日月堂では、相米二とあかり、ひなたが新商品の開発に向けてアイデアを練っていた。

2年生に進級した零だが、これまで何かと気にかけてくれていた林田は担任ではなくなってしまう。新しいクラスでも友人を作れず馴染めない零。なんのために高校に入りなおしたのか、これで本当に逃げてないことになるのか……。 そんな零に林田は、野口たちの所属する放科部と将棋部を合体させた部を作ることを提案する。ずっと居場所の見つからなかった学校に、部活という新しい場が生まれる。