東京の下町・六月町に一人で暮らす桐山零は、高校生にしてプロの将棋棋士。放課後理科クラブと将棋部を合体させた「将科部」では、零は、部員たちに将棋を教えたり、ラムネの手作りを教わったりと順調に活動していく。学校の中にできたあたたかな居場所に喜びをかみしめる零。ラムネを手に、もうひとつのあたたかな居場所、川本家へと向かう。

将棋会館を訪れた零は、二海堂たち棋士仲間とともに、宗谷と隈倉による名人戦最終局の中継を見ていた。同じ部屋にいた先輩棋士に島田をからかうような発言をされた零と二海堂は苦々しい思いをこらえるが、そこへ現れた後藤が棋士たちに対し怒りをあらわにする。義姉・香子を苦しめる後藤の振る舞いに複雑な思いを抱く零。そして、歴戦の棋士・柳原から「混沌（こんとん）」と表される、名人戦の勝負の行方は？

対局の昼食休憩中、なんとしても新人戦の決勝で零と対局すると息巻く二海堂は、将来名人となった自分を妄想し熱く語る。そんな二海堂をクールに眺めていた零だったが、自分でも気付いていなかった心の内を二海堂に指摘され、たいへん動揺する。一方その頃川本家では、相米二とあかり・ひなた・モモが、三日月堂の夏の新作和菓子を相談していた。モモの斬新なアイデアも飛び出す中、いつも明るいひなたが元気のない様子で……。

小学校からひなたと仲のよかった佐倉ちほが、中学３年のクラスでいじめの標的になってしまった。見て見ぬふりをする同級生ばかりの中、ひなたはちほに声をかけていっしょにご飯を食べ、担任の先生にいじめを訴えようと提案する。しかし、ちほは激しくなる一方のいじめから学校に来られなくなり、ついには転校してしまう……。 そしていじめの矛先は、今度はひなたに向けられるのだった。

いじめについて元担任の林田に相談する零。林田は様々な例を挙げ、「いじめられている本人がどんな解決を望んでいるかをちゃんと聞くことが大事」とアドバイスする。そして零は自分にできることを必死に考えた結果、解決に必要な経費を対局料から捻出しようと思い至り、これまでにないほど熱い思いで対局へ向かう！（でも、電卓を持って川本家に飛び込まんとする零の熱意はちょっとズレてる？！）

川本家を訪れた零は、ひなたに学校でのことを話してもらう。誰がどのくらい大きな声で笑っていいのか、教室でどのくらい自由に振る舞っていいのか、まるで決められているようなクラスの空気について、ぽつぽつと話すひなた。 そんなある日の昼休み、教室にいるひなたを、憧れの野球部エース・高橋がキャッチボールに誘う。高橋は零からひなたのことを聞き、教室から連れ出そうとしてくれるのだった。

担任から「どうしてそう協調性がないの？」と言われ、怒りから鼻血を出し自宅の居間で横になるひなた。川本家を訪れた零は、恥ずかしがって顔を隠すひなたを彼なりの優しさで気遣う。そしてあかりと買い物に出た帰り、妹のことで不安そうな彼女に思わず大声で「ぼくもいます！」と宣言する。 そんな中迎えた新人戦の準決勝。零の相手は“東のイライラ王子”こと蜂谷すばる。個性的な棋士・蜂谷を前に、零の戦いの行方は？

ひなたたちの力になりたいともがく零は、林田から「お前にできることをひとつずつやるしかない」と諭される。その言葉を胸に、零は対局で順調に勝ちつづける。 一方、ともに新人戦を勝ち進んで決勝で対局しようと零にアツく語っていた二海堂は、準決勝で山崎順慶五段と対局中に倒れ、敗れていた。二海堂が入院したことを知った零は、これまで聞くことができなかった彼の事情を教えてほしいと、島田にうったえる。

京都への修学旅行の前日、川本家で零や家族と夕食をとっていたひなたは、胃の痛みから食事を残してしまう。無理して行かなくてもいいと言うあかりだったが、ひなたは後悔しないために行くと強い意志をみせる。その言葉にはっとする零。 そして零は、ひなたの修学旅行と時を同じくして、大阪で山崎順慶五段との新人戦決勝に臨むのだった。

山崎順慶はプロ棋士になって６年の春、２つ目の降級点をとってしまう。そして将棋と同等に心血を注いできた鳩（はと）レースの世界では、愛情と手間をかけて育ててきた鳩の「銀」がレースから戻らない……。 努力し続けるしかない将棋の世界で、ひるむことなくその身を投げ打つ二海堂との新人戦準決勝、山崎は何が何でも勝ちたいという思いで彼の前に立った。

新人王となった零は神宮寺会長から呼び出され、宗谷名人との記念対局を大々的に行うと聞かされる。幼い頃から雲の上の存在だった宗谷との対局に動揺する零だが、神宮寺から「頼りにしてる」と励ましの言葉をかけられる。学校では将科部の面々からもお祝いされ、人々の温かさを零は噛みしめる。一方島田は、長らく棋匠として君臨する老棋士・柳原への挑戦権をとるべく、櫻井岳人七段との対局を迎えていた。

修学旅行から戻って以来、ひなたのクラスでは高城たちによる担任への嫌がらせが始まり、担任は心労から倒れ入院してしまう。新しく担任となった学年主任の国分は、ひなたと高城の保護者それぞれと三者面談を行うことを決め、問題解決に向けて動き出す。 ひなたから事情を聞いたあかりは、仕事を放り出して面談に行こうとする相米二を説得し、ひなたと共に面談に向かう。しかし、２人は高城とその母に遭遇してしまう。

国分によるクラスへの介入により、いじめ問題は解決に向かう。クラス全員の前で形ばかりの謝罪をした高城だったが、国分はそんな彼女と粘り強く対話を続けるのだった。 そして、友人たちと以前のように笑い合えるようになったひなたの元に、いじめのため転校したちほから初めての手紙が届く。

島田と柳原による棋匠戦一局目は柳原の勝利となった。しかし、２人の顔合わせには今ひとつ華がない……。神宮寺会長は、時期を同じくして行われる宗谷と零の記念対局に集客の期待をかける。矢面に立つことが苦手な宗谷と零のことを島田は案じる。 盛岡での対局前日。零は、宗谷との初めての対局に向けての緊張をかかえながら、記念対局の前夜祭に出席する。

零と、現役最強の棋士・宗谷名人との記念対局が始まった。力の差は歴然だが、名人相手に食い下がる零の将棋に、控え室で対局を見ている関係者の議論も盛り上がる。しかし中盤で敗着の一手を指してしまう零。が、零は決してあきらめず最善手を探して指し続ける。果たして勝負の行方は？

盛岡での記念対局からの帰り道、台風のため仙台で足止めを食らった零と宗谷。宿泊先を見つけて一息ついた零は、神宮寺からの電話で、「将棋の鬼」とも言われる天才・宗谷の秘密を知らされる。零は、東京に戻った後、対局を反芻しながら宗谷の過去の棋譜を追いかけるのだった。 一方、入院していた二海堂は退院し、玉将戦の1次予選から復帰を果たす。

零と二海堂が大盤解説をまかされた、柳原と島田の棋匠戦最終局。 棋匠の座に長く君臨する柳原だけあって、前夜祭の会場ではほとんどの記者や関係者が旧知の仲。挑戦者である島田はその圧倒的なアウェイ感に気圧されながらも、何がなんでも初タイトルを獲ると意気込む。

最年長A級棋士・柳原の永世称号がかかった棋匠戦最終局。終盤に差しかかり、対局は島田優勢に傾く。 将棋の道を断念し引退した仲間たちから柳原に託されてきた数限りない「たすき」。その重圧にがんじがらめになりながら、柳原は焼け野が原を進む思いで指し続ける。

三月町の夏祭りに出店した三日月堂は、あかりとひなたのアイデアで“冷やし白玉シロップ”を販売する。その中には、いじめのため転校したひなたの友人・ちほが作った梅シロップを使ったものもあった。 夏休みに入ってすぐ、ひなたはちほに会いに行っていた。ちほは、楽しそうな笑顔も見せながらも、今もいじめで受けた心の傷を抱えていた。ひなたは、梅シロップをみんながおいしそうに食べる写真を送ろう、そしてまた会いに行こう、と思うのだった。

夏休み中のひなたは新しいお菓子のアイデアが次々と浮かぶ一方、学校の勉強や高校受験に対して前向きになれないでいた。 零はそんなひなたを、モモ、あかりとともに、自分の通う駒橋高校での流しそうめんに誘う。ひなたは、野口たち将科部の面々や林田たちとふれあううちに、駒橋高校に進学することを考え始める。

高校受験を控え必死で勉強に取り組むひなたは、憧れの同級生・高橋が遠方に進学することを知りショックを受ける。いつまでも身近にいると思っていた人々が離れていく…。落ち込んだひなたは入試直前にして熱を出してしまう。 そんな中迎えた試験の日。ひなたは、迎えに来た零とともに受験会場に向かった。

みんなでもんじゃ焼きを食べに行こう。中学を卒業したひなたと高橋を、零が誘った。遠く高知の高校に進学する高橋と話す場を作ってくれた零に感謝するひなた。自分たちはどこにいても三月町の子だと、思いを新たにする。 そして高橋が三月町を発つ日。ひなたは、桜まつりに賑わう三日月堂で忙しく立ち働くのだった。