ポケモンマスターを目指すサトシと相棒ピカチュウは、カロス地方にやってきた。パンジーの妹がジムリーダーをやっているジムに行きたいと早速お願いをするのだが、あいにく留守とのこと。 そこでサトシがとった行動とは・・・？

サトシたちはプラターヌ研究所に向かう。研究所にたどり着き、プラターヌ博士の話を聞いていると、その情報を盗み聞きしていたロケット団が研究所に乗り込み、研究所のガブリアスを奪うべく首にリングを取り付けると、理性を失ったガブリアスは暴走をしてしまう。

ポケモンセンターでカロスリーグ挑戦の登録を行ったサトシは、最初のジムを目指して出発。その道中、デデンネというポケモンと出会う。どうやら実を欲しがっていたようで、その実をデデンネに差し出した瞬間、ヤヤコマというポケモンに奪われてしまう。

サトシたちは旅の途中、ポケモンたちにポケモンフーズを食べさせていた。すると、この間出会ったデデンネに食べられてしまう。そんなデデンネをゲットしようと追い掛けるのだが・・・。

サトシたちはハクダンシティにやってきた。早速ジム戦をとハクダンジムに向かうと、そこには以前一緒に旅をしたエリキテルとポケモンルポライター・パンジーがいた。パンジーはハクダンジムのジムリーダー・ビオラの姉だったのだ。そしていよいよサトシはジム戦に挑むが、ビオラのポケモン達の前に苦戦を強いられてしまう。

ビオラとのジム戦に敗れたサトシはリベンジをすべく、パンジーの協力も得て対ビオラ対策の特訓を行う。そして再度ジム戦へ挑戦。一度苦戦を強いられたビビヨンに対し、サトシ・ピカチュウがとった作戦とは・・・？

カロス地方ではおなじみのスポーツ「サイホーンレース」の会場であるスミル村の近くまでやってきたサトシ達は、ジュンサーから飛び入り参加ができる日であることを知らされ、サトシもレース参加を決意する。 セレナは、母がサイホーンレーサーであることから、サトシのコーチ役に。 乗り方を覚えたサトシはいよいよレースに臨むが、途中のコースで罠を仕掛けていたロケット団によって、レースがめちゃくちゃになってしまう。

とある町に立ち寄ったサトシたち。ガイドブックを手にしたセレナは、この近辺にカリスマトリマーがいることを知り、絶対に会いたいと意気込んでいた。そこでカリスマトリマーの弟子・ジェシカと出会い、トリミアンが自分の人間性を認めないとトリミングをさせてくれないのだと、悩みを打ち明ける。 そんな中、そこへもう一人のカリスマ(？)トリマー・ムッサリーが現れて、フォッコをトリミングしてくれるという。早速預けてみたものの、実はムッサリーたちの正体は・・・！？

ミアレシティに戻ってきたサトシたちは、街中でシトロン・ユリーカの父・リモーネに会う。そこでサトシは、シトロンが実はミアレジムのジムリーダーであることを知るのだが、同時に自分の発明したシトロイドによってジムを乗っ取られてしまったことも知る。シトロイドからジムを取り戻すべく、サトシ・シトロンたちはミアレジムへ潜入し、シトロイドとのポケモンバトルに挑む。

ショウヨウシティに向かうサトシたちは、プラターヌ研究所に立ち寄ることに。 一方、プラターヌ博士とメガシンカに関するデータを狙っていたロケット団は、プラターヌ捕獲作戦を実行。プラターヌを助けようとしたユリーカとセレナも連れて行かれてしまう。機転を利かせたセレナが目印として道中落としていったマカロンを食いしん坊のハリマロンと共に辿りながら、サトシたちはロケット団のもとへ。

旅の途中、ランチをしていたサトシたち。するとその様子を見ていたヤンチャムという２匹のポケモンに全部食べられてしまう。そんな状況の中、ロケット団がサトシたちのポケモンを一気に捕獲し、逃げられてしまう。見事作戦成功となったロケット団だが、些細なケンカをしたせいで気球が爆発、ピカチュウ達共々、みんなバラバラの方向に飛ばされてしまう。ピカチュウ達はなんとか集合することができたが、ニャースは落下の際、ゴロンダというポケモンに衝突。激怒させてしまう。

旅を続けるサトシ達。その途中、ポケモンバイヤー・ダズがジュンサーから逃げているシーンに遭遇する。ダズはポケモンバイヤーとして主にビビヨンを売りさばいて金儲けをしているなんとも悪どい奴。そんなダズを追いかけるジュンサーを手伝うべく、サトシ達もその後を追う。その途中、ダズが落としていったポケモン・コフキムシを発見する。

旅の途中、サトシはポケモントレーナー・プルミエとポケモンバトルを行う。プルミエはニンフィア、サトシはケロマツで勝負。「私が勝ったら付き合って」とプルミエは意味深な発言。結果、ニンフィアのメロメロがきっかけでケロマツは敗れてしまう。サトシはプルミエとの約束どおり、付き合うことに。プルミエに連れていかれた場所、そこは彼女が働く幼稚園だった。プルミエは色々なポケモンを幼稚園に連れて来ては、園児たちに触れ合いの機会を設けていたのだった。ピカチュウ達に園児たちは大喜び。そんな中、ポケモンに近づこうとしない園児・ランディがいた。彼がポケモンを怖がる理由とは・・・？

旅の途中、サトシ達は通りかかった屋敷で雨宿りをしようと中に入る。その頃、ロケット団も同様に雨宿りをしようと屋敷の中へ入っていた。屋敷は人の気配はしないのだが、明かりがついたりドアが勝手に閉まったりと不思議な現象が起きる。この現象に怯えながらも屋敷の中をそれぞれ進んでいくサトシ達とロケット団。するとそこには怪しい影が・・・。

食いしん坊のハリマロンはセレナが作った食後のマカロンを独り占め。そんな食べ過ぎが原因でお腹がブヨブヨになってしまっていた。そこで食後の運動も兼ねて、ポケモンバトルをすることに。しかしお腹の重いハリマロンは動きが鈍く、ケロマツだけでなく、デデンネにまで負けてしまう。 ジムリーダーとして危機感を感じたシトロンは、ハリマロンのためにエクササイズギアを発明。これでハリマロンにエクササイズをしてもらおうとするのだが、いつの間にかハリマロンがいなくなっていた。ハリマロンは一体どこに行ってしまったのか…？

ポケモンセンターで休憩をしていたサトシたち。そこに居合わせた女の子とユリーカのポシェットがひょんなことから入れ違いになってしまった。２人ともポシェットにはポケモンを入れており、ユリーカはデデンネ、女の子はピチュー。サトシたちは女の子が頭に大きな赤いリボンをつけているという情報だけを頼りに、デデンネとピチューのトレーナーを探すことに。ユリーカはデデンネを見つけることができるのか！？

旅の途中、特訓をしていたサトシとケロマツ。そこに忍者トレーナー・サンペイとケロマツの進化形であるポケモン・ゲコガシラと遭遇する。サトシはサンペイにポケモンバトルを挑むも返り討ちにあってしまう。しかし、このバトルで受けたゲコガシラの「でんこうせっか」をケロマツに覚えさせたいと、サンペイから“戦いの極意”を学ぶことに。こうして、サトシとケロマツはサンペイ・ゲコガシラと共に厳しい修行をはじめるのだった。ケロマツは「でんこうせっか」を覚えることができるのか！？

コボクタウンに立ち寄ったサトシたちは、大いびきで寝ているカビゴンを発見する。このカビゴンを起こす方法はただ一つ。ショボンヌ王が吹く「ポケモンの笛」が必要らしい。しかし、その笛はパルファム宮殿のワガママお姫様に奪われてしまったという。サトシたちはその笛を取り戻すため、パルファム宮殿のお姫様のもとへ向かう。笛を返してもらうよう頼むのだが、お姫様が笛を返すために提示してきた、驚きの条件とは・・・？

ピカチュウゲットの作戦を練っていたロケット団の前に現れた、謎の人物・マダムＸとカラマネロ。突如カラマネロから放たれた光に、なんとムサシとコジロウが洗脳されてしまう。辛うじて逃れることができたニャースは、サトシたちに助けを求める。そこにカラマネロが再び現れ、なんとピカチュウまでも洗脳されてしまう。次々と洗脳されていく仲間たち。サトシはこの大ピンチを乗り越えることができるのか！？そして、マダムＸとカラマネロの目的とは一体！？

サトシ達はポケモンバトルの社交場である「バトルシャトー」で、ハクダンジムのジムリーダー・ビオラと再会する。そこにはもう一人。サトシの次なる目的地、ショウヨウジムのジムリーダー・ザクロがいた。お互いバトルシャトーで勝ち星を重ねてきたビオラとザクロ。その二人がついに激突する！ジムリーダー同士のバトル。果たして勝負の行方は！？

ポケモンとトレーナーの魅力をアピールする動画を作ってサイトにアップできるポケビジョン！ポケモンセンターで見たその映像には、カロスNo1アイドル・エルとフォッコの姿が！さっそく、セレナもポケビジョンにとりかかるが・・・

コウジンタウンにやってきたサトシ達は、いろんな地方のみずタイプポケモンが集まるコウジン水族館へ行くことに。そこで出会った館長・ルダンと相棒のポケモン・ウデッポウと出会う。“黄金のコイキング”を釣り上げるというルダンの夢を手伝おうと、一緒に釣りをすることになったサトシ達。するとシトロンが、黄金のコイキングを釣り上げるためのナイスなアイテムを発明。見事釣り上げることができるのか！？

コウジンタウンにやってきたサトシ達は、いろんな地方のみずタイプポケモンが集まるコウジン水族館へ行くことに。そこで出会った館長・ルダンと相棒のポケモン・ウデッポウと出会う。“黄金のコイキング”を釣り上げるというルダンの夢を手伝おうと、一緒に釣りをすることになったサトシ達。するとシトロンが、黄金のコイキングを釣り上げるためのナイスなアイテムを発明。見事釣り上げることができるのか！？

ショウヨウシティに到着し、いよいよショウヨウジムでザクロとのジム戦に臨むサトシ。ザクロのイワークに対し、サトシはケロマツで挑む。バトルシャトーで見たイワークの「がんせきふうじ」対策に力を入れてきたサトシとケロマツ。２人の作戦はザクロに通用するのか！？ そして、ピカチュウ対チゴラスの勝負！！ サトシはジムバッジをゲットできるのか！？

旅の途中、セレナはフォッコやピカチュウたちにお手製のポケモンのお菓子「ポフレ」を振る舞っていた。するとそこに“ホイップポケモン”ペロリームとそのトレーナー・ミルフィが現れ、初対面のセレナに対してお手製ポフレを「まぁまぁ」と小馬鹿にしてくる。当然二人の間には熱い火花が散るのだが、その決着をこの街で行われる「ポフレコンテスト」でつけることに。

旅の途中、セレナはユリーカの頭にカワイイ花型の髪飾りをセットしてあげると、そこにフラベベというポケモンが、自分の花と勘違いをして取りついてきた。このフラベベ、とある事情で自分の花を失ってしまったらしい。 サトシたちはこのフラベベが取りつく「妖精の花」を探すことに。しかし花が咲く季節は終わりを迎えつつある。果たして無事、見つけることができるのか！？

とある街を訪れたサトシたちは、この街で行われるポケモンバトル大会のエキシビジョンマッチにカロス地方の最強のポケモントレーナー、チャンピオン・カルネが登場することを知る。会場でカルネにバトルを申し込もう！とするも、面会ＮＧとのこと。偶然にもカルネにメガシンカの研究協力を依頼しに来ていたプラターヌ博士の計らいにより、カルネと出会うことができたサトシ。そして、念願叶ってサトシＶＳカルネのポケモンバトルが実現する！果たして勝負の行方は！？そして、カルネのサーナイトはメガシンカをするのか！？

とある街にやってきたサトシたちは、いきなりジュンサーに連行されてしまう。なにやらサトシ・セレナ・ユリーカを名乗る３人組がピカチュウ・デデンネを連れて無銭飲食をしている事件が多発しているとのこと。全く身に覚えのないサトシたちは、犯人探しをすることに。ニセサトシたちを捕まえることができるのか！？

サトシたちは旅の途中、突然コルニという女の子と相パートナーのルカリオにポケモンバトルを申し込まれる。挑戦を受けたサトシはピカチュウでバトルに臨むも、ルカリオの圧倒的強さに大苦戦。なんとコルニは次に目指す目的地・シャラジムのジムリーダーだった！そのコルニが身に付けているグローブにはキーストーンが。ということは、このルカリオはメガシンカを・・・？

ルカリオのメガストーン、「ルカリオナイト」を手に入れるため、セキタイタウンにやってきたコルニとサトシたち。山奥の洞窟にその石がある情報を入手し早速向かうのだが、先回りしていたロケット団が、突如何者かに撃退され吹き飛ばされてしまう！洞窟の奥にはバシャーモが待ち構えていたのだった！ルカリオはバシャーモとのバトルに勝ち、ルカリオナイトを手に入れることができるのか！？

ルカリオナイトを手に入れ、見事メガシンカを果たしたコルニのルカリオ。その力を確かめるべく、早速ピカチュウとバトルをすることに。メガシンカによって圧倒的パワーを見せつけるメガルカリオであったが、強力な波導を制御しきれず次第に凶暴さを見せ始める。ピカチュウに対し卑劣な攻撃を行ってしまうまでの暴走状態に陥ったメガルカリオを止められるのか！？

メガシンカによって強力な波導をコントロールできない課題が浮き彫りになったコルニとルカリオは、メガシンカおやじから新たな試練を与えられ、サトシたちと共にムスト山へ向かう。その近道のために入った洞窟で、ロケット団が罠を仕掛けてきた！しかしそれが原因で洞窟のオンバットたちが大暴れで大混乱！なんとかその場から逃れたサトシたちだったが、みんながバラバラに別れてしまう。

ムスト山へ到着したサトシとコルニたち。そこで出会ったメープルというお婆さんとメガシンカバトルをするも、またもメガルカリオは暴走。メガクチートに圧倒されてしまう。そんなコルニたちにメープルが与えた修行、それは「生け花」だった。メガシンカとは全く関係無いようなこの修行。果たしてコルニたちは生け花でメガシンカを極めることができるのか！？

旅の途中、ポケモンたちに悪さをしているリングマを止めようとしたサトシたち。するとそこに“レスリングポケモン”ルチャブルが現れた。カッコよくわざを決めることが「戦いの美学」であるルチャブルの姿勢にサトシは心打たれる。ルチャブルの決めわざ「フライングプレス」を一緒に完成させようと、サトシとルチャブルは特訓を行うのだが、そこに凶悪ポケモンたちが忍び寄る･･･！

旅の途中、カロスキャニオンを訪れたサトシたち。そこで、空を飛びながらポケモンバトルをする「スカイバトル」を繰り広げる１人のスカイトレーナー・ナミとファイアローと出会い、ルチャブルと共にサトシはスカイバトルに挑む。ルチャブルがファイアローに勝つことができたら、ヤヤコマもファイアローにスカイバトルを挑むことができる。果たしてスカイバトルの勝負の行方は！？

旅の途中、「うつしみのどうくつ」に立ち寄ったサトシたち。鏡のように自分たちを映し出すこの洞窟で、奇妙な事件が起こる。なんと鏡に映るもう一人のサトシが、ピカチュウを奪い去ってしまう！サトシはピカチュウを取り戻すべく思わず鏡の壁に飛び込むと･･･まさかの別世界に！？そこには勝ち気なセレナ・足の速いシトロン・お嬢様気質なユリーカと、いつもの仲間の面影はなく･･･。果たしてサトシはピカチュウを取り戻せるのか。そして、元の世界に戻ることができるのか！？

コルニとのジム戦に向け、シトロンを相手にダブルバトルを挑むケロマツとルチャブル。しかし息が全く合わず、バトルの途中でケンカをする始末。見かねたサトシは２人の絆を高めるべく、「スーパーフライングいあいぎり」という合体わざの特訓を提案する。当然ながらすんなり上手くいくわけもなく、それでもサトシは２人を励まし特訓にも熱が入る。すると突如、何者かがサトシを森の中へ引きずり込んでしまう！サトシの大ピンチに、ケロマツとルチャブルは力を合わせて救うことができるのか！？

プラターヌ博士が主催する「ポケモン・サマーキャンプ」に参加することになったサトシたち。このキャンプでは、チーム対抗戦で与えられたプログラムを競い合い、最もポイントが高いチームが殿堂入りトレーナーとして認定される。そこでサトシたちは、フシギダネ・ゼニガメ・ヒトカゲをパートナーに持つサナ・ティエルノ・トロバという３人組に出会う。バトルあり！笑いあり！涙あり！？のサマーキャンプが、いま幕を開ける！！

サマーキャンプ３日目のプログラムは「ポケビジョン制作」！ポケビジョンに思い入れのあるセレナは、ポケモンたちを主役にしてその魅力をアピールしようと気合十分！セレナは自分がイメージしたアイディアを元に、ポフレ作りやトリミングをして準備はバッチリ！ところが、撮影地のロケハンに夢中になったセレナは、ちょっとした不注意で崖の下に滑り落ちてしまう！とっさに助けようとして手を伸ばしたサトシも巻き込まれてしまう。果たして２人は無事なのか！？そして、ポケビジョン制作の結末は！？

白熱するサマーキャンプ。ここまでサトシとティエルノのチームが同ポイントでトップを争っていた。次なるプログラムは、各コースに作られたチェックポイントのスタンプを集め、最も早くゴールを目指す「ポケエンテーリング」。仲間と力を合わせて順調にチェックポイントを通過するサトシとティエルノたち。ところが、霧が深くなった道中でユリーカがはぐれてしまう。果たして無事、見つけ出すことができるのか！？そして、はぐれたユリーカが森の中で見たものとは……！？

ポケモン・サマーキャンプ最終日はチームバトル！ここまでサトシとティエルノのチームが同ポイントでトップを競っており、この両チームが決勝戦で決着をつけることに！決勝戦の前に、ポケモンの治療をしてもらおうとティエルノたちはジョーイさんのもとへ。しかしその前に現れたのは、シェフに扮し、サマーキャンプに潜入していたロケット団！ティエルノたちのポケモンを連れ去ってしまう。果たして、無事ゼニガメたちを取り戻すことができるのか！？そして、チームバトル決勝戦に勝利し、サマーキャンプ“殿堂入り”を果たすのはどのチームなのか！？

シャラシティに到着し、コルニ、ルカリオと久々の再会を果たしたサトシたち。ポケモン・サマーキャンプでティエルノから教わった『リズム戦法』が完成していない状態でジム戦に挑もうとするサトシをみんなが心配する中、シャラジムのあるマスタータワーへ。コルニとのジム戦を明日に控えたその日の夜、ロケット団がマスタータワーに眠るメガシンカの秘伝書を奪い去ってしまう！決戦前夜の大騒動！果たして、ロケット団から秘伝書を取り返すことができるのか！？

はやる気持ちを抑えきれないサトシは、コルニ対策『リズム戦法』の練習もそこそこについにシャラジム戦に突入する！格闘タイプを得意とするコルニに対し、サトシはルチャブル、ヒノヤコマ、ピカチュウで勝負に挑む。今までルカリオに一度も勝てていないピカチュウ。果たして、波動を制御できるようになったメガルカリオに勝利することはできるのか！？

旅の途中サトシたちは、ニャオニクスをパートナーにもつリュウジとハジメという兄弟に出会う。２人はそれぞれ旅をしていて、久しぶりに家に帰る途中であった。久々の再会にも関わらず、２人の間には険悪なムードが……。家に帰った２人は、父親から後継者を決めるための試練を言い渡され、その後継者争いにサトシたちも加勢することに！

旅の途中に立ち寄ったポケモンセンターで、サトシたちは失敗ばかりのプクリンと出会う。すると、町で暴れるボーマンダの仕業で次々とケガを負ったポケモンたちが搬送され、プクリンは大パニック！そんなプクリンを優しく支えるジョーイさんがボーマンダに襲われ大ピンチ！ジョーイさんを守るため、プクリンがボーマンダ立ち向かう！

カロスクイーン・エルのパフォーマンスを見て刺激を受けるセレナ。その後のルーキークラスの演技中、勝手にステージでパフォーマンスを始めたヤンチャムが会場をメチャメチャにしてしまう。ヤンチャムのイタズラにみんなが腹を立てる中、セレナはヤンチャムのパフォーマンスに対する想いを感じ、一緒にパフォーマンスをしたいと考える。

シトロンの母校でサトシたちは野生のルクシオに出会う。このルクシオは、かつてシトロンと共に研究を行い、友情を深めたポケモンだった。しかし、ちょっとしたすれ違いから２人は離れ離れになってしまう。再会を果たした２人だが、彼らの間には埋まらない溝が…。シトロンの想いは通じ、友情を取り戻すことができるのか！？

森の中でサトシたちはラプラス防衛隊を名乗るユリーカくらいの年頃の３人組に出会う。３人はケガをしたラプラスを手当てし、世話をしていた。時折悲しげに鳴くラプラスを海に帰してあげようとするが、ロケット団に妨害され大ピンチ！ポケモンをもたないユリーカとラプラス防衛隊は、ラプラスを守りきることができるのか！？

ヤンチャムとハリマロンのケンカがきっかけで、ネネというトレーナーと出会ったサトシたち。ネネもセレナと同じくトライポカロンの出場を目指していた。お互いのパフォーマンスを見せ合っていると、ロケット団が現れポケモンたちを奪い去ってしまった！トレーナーと離れ離れのピンチに立ち上がったのはケンカ中のヤンチャムとハリマロン！？

ミュライユ海岸でポケモン釣りをしていたサトシは、“クサモドキ”ポケモン・クズモーを釣り上げる。クズモーの攻撃で猛毒状態になってしまったピカチュウは、通りすがりの夫婦に治療を受ける。水中考古学者である二人は、このあたりに沈没していると考察する豪華客船「カッスラー号」を見つけるため、この海域を潜るという。その調査を手伝うことになったサトシ達。一方、豪華客船と聞いて財宝ゲットを狙うロケット団の影が・・・。

サトシたちは、ブルーを襲う色違いのルチャブルを見かける。ブルーを助けようとしたサトシだったが、実はそれはお芝居の練習だった。練習を邪魔した上、はずみで主役のエルレイドにケガをさせてしまい、代わりにサトシのルチャブルが舞台に出ることに。向かえた本番では騒ぎに乗じてロケット団が乗り込んできて…。

サトシ達はバトルの特訓中、傷を負ったサンペイとゲッコウガと再会する。サンペイたちは秘密の巻物をある館まで届けるという任務の途中、謎の“仮面の忍者”に襲われたという。サトシたちはサンペイの力になろうと、一緒にその館を目指すことにする。ところがふたたび仮面の忍者があらわれバトルへ。あれ？サトシのケロマツの様子が？

とある牧場に立ち寄ったサトシたちは、セレナのママと再会する。一流のサイホーンレーサーに育てたいというママの想いを感じながらも、セレナは意を決し「ポケモンパフォーマーになりたい」という想いを伝える。しかし認めてくれないママに対し、セレナは「メェークルレースで勝つことができたら夢を認めてほしい」という勝負を提案する。

サトシ達は旅の途中で発電所を占領していたカラマネロと再会する！すると不意をつかれたサトシ達とロケット団が囚われの身に。難を逃れた、シトロンとコジロウは何とか皆を助けようとするが、コジロウのマーイーカの様子が…。

ヒヨクシティに向かう途中、サトシたちは最弱のドラゴンタイプ、ヌメラに出会う。弱っているヌメラを助けたサトシたちのスキをついて、ピカチュウとヌメラがロケット団にさらわれてしまう。ピカチュウとヌメラは、力を合わせて逃げ出そうとするが？

旅の途中、池をみつけたサトシたちはポケモンたちに水浴びをさせることに。ところがその池はロケット団の作った罠だった。バラバラになってしまったサトシ一行、何とか合流するもヌメラが迷子になってしまう。デデンネがヌメラを追いかけ見つけたが、ヌメラはロケット団に捕まってしまっていた！

ヒヨクシティに到着したサトシたち。ヒヨクシティのポケモンセンターで迷子のバニプッチを保護していると聞いたサトシたちは早速バニプッチに会いにいくことに。ところがバニプッチはロケット団に誘拐されてしまう。バニプッチの後を追いかけると突然、大雪が降り出して！？

いよいよ迎えたヒヨクジム戦、サトシはヒヨクシティのジムリーダー、くさタイプ使いのフクジに挑む。多彩な技でサトシを追い詰めるフクジに、サトシはあえて相性の悪いみずタイプのゲコガシラで挑む。果たしてサトシの作戦とは？そして、無事ジムバッチを手に入れることが出来るのか！

今日は年に一度のヒヨクシティのお祭りの日。この日に一番大きな誓いの樹の下でポケモンにプレゼントを贈ると互いの絆が深まると聞いたサトシとセレナは、二人でポケモン達へのプレゼントを買いに出かける。初めてピカチュウも、他のポケモンもいない二人っきりでのお買い物…あれ？これってもしかしてデートなんじゃ！？

今日はいよいよセレナのトライポカロンデビューの日。緊張を隠し切れないセレナだったが、サナと合流して決意を新たにし準備はＯ．Ｋ．果たしてセレナはサナ、ムサシ等、ライバル達を抑えデビュー戦での勝利を飾れるのか？いよいよ、トライポカロン、ヒヨク大会の幕が開く…！

サトシ達は、旅の途中の荒野で、傷ついたバネブーを助ける。バネブーは、荒野の中にあるオアシスで平和に暮らしていたのだが、フラリと現れたブーピッグにいじめられて逃げ出したという。サトシ達はバネブーを助けようとするが、黒幕のロケット団の罠にはまって囚われてしまう。檻を抜け出したデデンネとヌメラがブーピッグに立ち向かう！するとヌメラの様子が!?

旅の途中、カロス発電所の近くを通りかかった一行は発電所に立ち寄ることに。ところが発電所に近づくとピカチュウ達に異変が！実はロケット団が発電所を占領してでんきタイプのポケモン達を操っていたのだ！サトシ達はポケモン達を助けだせるか？そういえばシトロンが何か悩んでるみたいだけど…？

サトシ達とのバトルのせいでコジロウ、ニャースとはぐれてしまったムサシとソーナンス。川に落ちて溺れてしまったところを医師のホワイトに助けられる。すると何とムサシはホワイトに一目ぼれ！ソーナンスもホワイトのパートナーのソーナンスと良い雰囲気に…愛と悪の狭間で悩むムサシ、どうなるロケット団！？

次のトライポカロンに向けて練習中のセレナ、ところが練習が上手くいかずセレナはついフォッコ達に辛く当たってしまう。セレナは気持ちを整理しようと少し一人で行動することに。するとエレーナと名乗る謎のお姉さんが声をかけてきて一緒に買い物をすることに…あれ？このお姉さんの顔どこかで見たような？

ミアレシティへと向かっていたサトシ達一行は、森でティエルノと再会する。ジム戦に向けてティエルノとの特訓バトル中に、ロケット団のメカが現れてティエルノのカメールとライチュウ、そしてサトシのヌメイルがさらわれてしまう！何とかロケット団を追い詰めた一行だったが、バトルの余波で火事が発生して大ピンチ!!その時、あのポケモンが立ち上がる!!

ミアレシティに戻ってきたサトシたちは、約束だったシトロンとのジム戦に挑もうとしていた。すると突然、ジュンサーさんが乱入！何とシトロイドを逮捕するという!!どうやらシトロイドそっくりのロボットがミアレシティで様々な悪さをしているらしい。果たしてサトシ達はシトロイドの無実を証明できるのか？

ついに迎えたミアレジム戦、男と男の約束を果たす時！ここまで一緒に旅を続けてきたサトシとシトロン。手持ちポケモンや、よく使う技など、互いの特徴を良く知る二人のバトルは、かつてないほど激しいモノに…全力と全力がぶつかり合うバトルの末、最後に鍵を握るポケモンとは…？

プラターヌ研究所へ立ち寄ったサトシ達。プラターヌ博士が発見したメガストーンがガブリアスナイトだと判明し、盛り上がる一行だったが、ロケット団にキーストーン、メガストーンそしてガブリアスを奪われてしまう！後を追うサトシ達、しかしロケット団は、何とガブリアスをメガシンカさせて迎え撃とうとして！？

旅の途中、とある湿地帯に立ち寄ったサトシたち、なんとそこはヌメルゴンの故郷だった！！かつての仲間たちと再会し、嬉しそうではあるもの、どこか様子のおかしなヌメルゴン。そこへ、湿地帯の支配者フラージェス率いる軍団が攻め込んできた！？仲間を守るため、故郷の平和を守る為、ヌメルゴンが立ち向かう！！

ヌメルゴンの故郷の湿地帯に滞在中のサトシたち。湿地帯にすむポケモン同士の対立に心を痛めつつも、人がポケモン同士の関係に立ち入るのは…と思い悩んでいた。その夜突如としてフラージェス率いる一団がピカチュウたちをさらっていった！救出に向かうサトシたち、騒動の裏にうごめく怪しい影の正体とは…？

ロケット団とのバトル中、突然ゴロンダに襲われたサトシたち一行。混乱の中皆とはぐれたユリーカは、気がつくと隣にいたのが何とあのロケット団のニャース!?しかも互いの身体にツルが絡って繋がってしまい、嫌でも一緒に行動するハメに。迫りくる様々なトラブル、果たしてユリーカとニャースは無事夫々の仲間のもとまで辿り着くことができるのか!?

森で迷子になってしまったサトシたち。辿り着いたのは、オバケがでるとウワサの“こわいイエ”だった！？戸惑う一行の前に家の住人だという老人、コールが現れ家に寄っていかないかと提案してきた。雨が降りはじめたこともあり、好意を受けることにした一行。続発する怪奇現象、消えていく仲間達、こわいイエの真実とは!?

クノエシティについたサトシたちは早速ジム戦を挑もうとするが、何と今日はジムリーダーのマーシュのデザインしたドレスのファッションショーが行われる為、ジム戦はできないという。がっかりしたサトシだったが、たまたま知り合ったショータというトレーナーとバトルをすることに･･･あれ？セレナとユリーカがいないぞ!?

遂に待ちに待ったクノエジム戦の日を迎えたサトシ！はやる気持ちを抑えられないサトシだったが、対戦相手のジムリーダー、マーシュはトリッキーな戦法を得意とする強敵だ！今回のサトシは特に作戦を考えてはいないみたいだけど…本当に大丈夫なの！？

サトシとマーシュのジム戦を観戦し、かなり刺激を受けたショータ。ショータは興奮した弾みにいつも大切にしているバトルメモを落としてしまう。心配したサトシたちは手分けしてメモを探すがなかなか見つからない。実はショータのメモを拾ったのはロケット団だった！

旅の途中のとある森でルチャブルがタマゴを拾ってきた!みんなで暖めてみるとタマゴからかえったのはなんとオンバットだった！喜ぶ一行、オンバットもサトシとピカチュウにとても懐いているようだ。しかし、なんとこのオンバットは飛べないことが判明!!みんなでオンバットが飛べるように手伝おうとするが･･･？

旅の途中に立ち寄った村で、沢山のひこうタイプのポケモンとトレーナーが集まっているのに出会う。今この村では、空を飛ぶポケモン達による飛行レース、ポケモンスカイリレーが開催中だという!サトシはヒノヤコマ、ルチャブル、そしてオンバットで挑む事にしたが、オンバットはまだ飛ぶのが苦手なようで･･･。

サトシのピカチュウが映画に出演！？ピカチュウ好きの大富豪の熱烈オファーによりピカチュウがピカチュウだらけの映画の主役を勤めることに！ところがこの映画、スタッフは足りない、シナリオが無い等問題だらけ、見かねたサトシ達も映画製作を手伝うことに。果たして無事映画は無事完成するのか!?

モンスターボール工場の見学に訪れたサトシたち。しかしこの工場見学はロケット団のワナだった!モンスターボールのメンテナンスチェックという嘘にまんまと騙され、モンスターボールごとポケモンを奪われてしまう。唯一ボールに入らなかったピカチュウが、ポケモンたちを取り戻すためにニャースと大激突！！

今日はついにセレナのトライポカロン挑戦2回目!!ミルフィも登場してセレナはパフォーマンスにそして恋にと気合十分！今回のテーマパフォーマンスはポフレ作り！得意ジャンルを見事突破したセレナだったが、フリーパフォーマンスへと向かう舞台裏でまさかのトラブルが･･･どうなるセレナ!?プリンセスキーは誰の手に!?

あるホテルに立ち寄ったサトシ達、このホテル、荒れ放題で様子がおかしい？気を取り直して地下のバトルフィールドを見に行くと、ポケモンを賭けの対象にするマントルという男と出会う。サトシも賭けバトルに巻き込まれそうになるが、そこに現れたロトムに助けられる。ロトムはホテルが荒れてしまった理由を知っているようで･･･？

サトシ達は旅の途中に立ち寄った町でポケモンに仮装する祭り、パンプジンフェスティバルに参加することに。すると、謎の老人がパンプジンの集団を率いて襲い掛かってきた！戸惑う一行。そして、ピカチュウに仮装したハリマロンを奪われてしまう。騒動の影にはロケット団の姿が･･･え!?ムサシのバケッチャが結婚!?

ヒャッコクシティへの旅を続けるサトシ達一行。近道をする為マンムーをレンタルして雪山を越えることに。すると山中で病気のユキカブリとそれを守るユキノオーに遭遇、ユキカブリを助けるため、サトシ達は手分けして薬の材料を探すことに、しかしロケット団も後をついてきてマンムーとユキノオーが捕まってしまった!!

旅の途中、雨が降ってきてポケモンセンターで休憩することにした一行。しかし雨漏りが原因で機械が故障し、停電してしまう。シトロンが修理しようと奮闘するが、部品が足りなくて直せない!!そこでハリマロンとホルビーが買ってくることになったのだが･･･？果たしてハリマロンは無事はじめてのおつかいを達成できるのか!?

ヒャッコクシティへの旅を続けるサトシ達、セレナは次のトライポカロンに向けて練習にも熱が入る。そんな時、練習中の事故が原因でテールナーの小枝が折れてしまう。みんなで変わり小枝を探したが、テールナーは頑なに折れた小枝にこだわりをみせる。テールナーの小枝に秘められた約束とは･･･？

旅の途中で、トロバと再会したサトシ達。ポケモンフォトコレクターを目指すトロバは、近くの火山に伝説のポケモン、ファイヤーがいるとの噂を聞きつけ、やって来たのだという。伝説のポケモンに会えるかも！とサトシ達も大興奮。ところがロケット団の妨害がはいり大ピンチ！その時、怪しい鳴き声が周囲に響き渡り･･･!?

ある夜、目が覚めたユリーカは迷子のチゴラスを助ける。一先ずユリーカがお世話をすることになったのだが、このチゴラス、身体は大きいのにとっても甘えん坊！お世話するのも一苦労。そんな時、チゴラスを狙ってロケット団が現れた！チゴラスを助けようとしたユリーカが大ピンチ！？その時チゴラスに異変が･･･！？

とある森でロケット団に襲われ、落とし穴にはまってしまったサトシ達。ロケット団の撃退には成功したものの、バトルの余波で地面に穴があき、地下に落っこちてしまう。するとユリーカが、前にも同じような経験をしたと言い出す。どうやらその出来事は、シトロンがホルビーをゲットするきっかけとなった出来事のようで・・・？

次のトライポカロンへ向けて、パフォーマンスの練習にも力が入るセレナ。ある日、花畑の中で楽しそうに踊るイーブイを見つける。イーブイの美しいダンスに感動したセレナは、何とかしてイーブイをゲットして一緒にトライポカロンに出て欲しいと願うが････果たしてセレナの想いはイーブイに伝わるのか！？

7個目のバッジゲットとトライポカロン挑戦のため、ヒャッコクシティへ向かう途中、同じくトライポカロンヒャッコク大会に出場するサナと、応援のティエルノが合流し、ますます気合の入るセレナ。しかし、どうやらセレナには何やら悩みがあるようだ。それはどうやら、つい最近ゲットしたばかりのあのポケモンのことのようで・・・？

ヒャッコクシティに到着したサトシ達、まずはセレナがトライポカロン・ヒャッコク大会に挑戦だ！今回もサナにムサヴィそしてネネ、手強いライバル達が集結し、不安に感じつつも気合を入れなおすセレナ。無事テーマパフォーマンスを突破するものの、何とフリーパフォーマンス直前にあのポケモンが迷子になってしまう！

セレナのトライポカロン挑戦も無事終わり、いよいよ次はサトシのヒャッコクジム挑戦だ！ジムに向かう途中、ヒャッコクシティのシンボル、日時計の近くを通った一行は、謎の女性に襲撃をうけるプラターヌ博士と助手達を目撃する。助けに入ったサトシ達に謎の女性はカロスを救う為だ、と言って突然バトルを仕掛けてきた！

いよいよ迎えたヒャッコクジム戦！今度のジム戦は2対2のダブルバトル！2体のニャオニクスで息のあったコンビネーションをみせるジムリーダー、ゴジカに対し、サトシはゲコガシラとファイアローの２体で対抗する！ニャオニクスの“みらいよち”に苦戦するゲコガシラとファイアロー、その時、サトシが閃いた作戦とは！？